司馬氏逼迫曹魏禪位之後，西晉王朝在長安歷四帝共五十二年，公元316年晉愍帝司馬鄴被迫出降匈奴貴族、漢王劉曜，西晉滅亡。——建鄴（今江蘇南京）也是因為要避司馬鄴的諱才改稱建康的。
第二年，琅邪王司馬睿在建康稱帝，這就是晉元帝。五年後晉元帝由於受手握重兵、覬覦皇位的王敦（王導的堂兄）的逼迫，在憂鬱中駕崩，太子司馬紹即位，這就是晉明帝。
在晉明帝閒暇時，大臣王導與溫嶠侍帝坐，晉明帝就問溫嶠司馬家如何奪得天下。溫嶠還沒有回答完畢，王導就接過話頭說：「溫嶠年輕，還不能盡知詳情，請允許臣為陛下敘說。」於是王導就詳盡地敘說被晉氏追尊為宣王的司馬懿創業之始，如何誅滅名族培植親信，被追尊為文王的司馬昭如何逼迫高貴鄉公曹髦，親信賈充如何指使太子舍人成濟、成濟又如何用長矛刺穿高貴鄉公曹髦的胸膛由胸出背，一直說到文王司馬昭立陳留王曹奐、武帝司馬炎代魏稱帝。
晉明帝聽了，就把臉貼在坐床上哀歎：「若如公言，晉的命運又怎得長久！」
晉明帝的擔憂，後來就真的就成了事實。
晉明帝之後，過了五十年六個皇帝，孝武帝司馬曜即位。司馬曜在位二十多年，在他三十五歲時，因一句戲言而被他的寵妃張貴人帶著奴婢捂死了——那句戲言是：「你都快三十了，該廢掉你了」；其後太子即位，這就是晉安帝司馬德宗。
安帝又是一個白癡皇帝——司馬家已經出過一個白癡皇帝晉惠帝司馬衷了，司馬衷就是那個聽說百姓餓死卻問近臣「百姓無糧，何不吃肉糜」的呆皇帝。安帝連寒暑饑飽都不能分辨，於是朝政就落在了他的叔父會稽王司馬道子手中，他只是一個名義上的皇帝。無奈司馬道子不過是一個酒徒，他常作長夜之飲，於是就把朝政交給親信小人，其後內部征伐不斷，國家一片混亂。
安帝隆安二年（公元398年），鎮守京口（兗州刺史治所，在今江蘇鎮江）的王恭和荊州刺史殷仲堪以及閒居荊州的桓溫之子桓玄等人相繼起兵討伐司馬道子。隨即新安太守、五斗米道教主孫泰也藉機起兵，卻被司馬道子誘殺。他的侄子孫恩逃到海島上，繼續以五斗米道招引流亡，準備復仇。
隆安三年（公元399年)四月，司馬道子患病，並且無日不醉，他的世子、中書令兼中領軍司馬元顯見朝望已去，就私下建議朝廷解了他父親的司徒、揚州刺史的職，由帝之同母弟琅邪王司馬德文兼任司徒，司馬元顯自己擔任揚州刺史；其父酒醒後得知，大怒，但已無可奈何。——世子是諸侯王的繼承人，往往是諸侯王的嫡長子。
司馬元顯這個十八歲的惡少掌權後，多樹朋黨，以原廬江太守張法順為謀主，朝貴都懼怕他們。
在這朝政混亂民不聊生的時候，孫恩乘機糾合武裝從海島上起兵登6，先殺死了上虞縣令，然後進攻會稽郡（治所在今浙江紹興）。攻破會稽郡城後，他們殺死了才女謝道蘊的丈夫會稽內史王凝之——謝道蘊還拔刀出門殺了幾個敵人。一時間，吳郡、臨海、義興等地的郡守紛紛逃命；而包括吳郡、臨海、義興在內的八郡人紛紛殺死當地長官以響應孫恩，十日之間，孫恩的人數達數十萬。
朝廷緊張起來了，在戒嚴的同時，命令北府兵將領輔國將軍劉牢之和衛將軍謝琰兵討伐孫恩。
東晉建都建康，故稱設在建康之北的軍府廣陵（今江蘇揚州）為北府。孝武帝太元年間，謝玄北鎮廣陵，當時前秦苻堅正盛，於是謝玄就招募徐、兗二州的勁勇驍猛之士組成了一支精兵，謝玄以劉牢之為參軍，率領精銳為前鋒，百戰百勝，號稱「北府兵」，敵人畏之如畏虎。此時，北府兵由劉牢之為統帥，為了剿滅孫恩，劉牢之再次招募驍勇之士。
就在討伐孫恩的過程中，一個武力過人英勇善戰的草莽英雄就此展露頭角，他就是小名寄奴的三十七歲的劉裕。
劉裕的祖父劉靖曾擔任過東安太守，父親劉翹只任過郡功曹，到了劉裕的時候，家道中落，他只是粗知文字而已。因家境窘迫，他不得不靠打柴、賣鞋為生。他為人好樗蒲之賭，但輸了又無錢兌現，因此頗受鄉里輕賤。劉裕憑勇猛善戰應選，後來擔任劉牢之的參軍。
劉牢之讓他帶著數十人去偵察敵情，結果遭遇孫恩部下數千人，雙方激戰，隨從數十人都死了，而劉裕獨自揮舞長刀左右砍殺，殺死殺傷甚眾，後來援軍到達，大破孫恩軍，斬獲千餘人。在其後與孫恩軍的交戰中，劉裕常常披堅執銳，身先士卒，且每戰皆能摧鋒陷陣，有時戰至酣時，他和部下都會脫去盔甲，與敵人短兵相接。
在其後的兩年間，受到打擊的孫恩重振旗鼓，先後殺死了衛將軍謝琰和吳國內史袁山松。
到了隆安五年六月，孫恩率領十萬將士進逼建康，一時京都震恐，居民荷擔而立；其時劉牢之還在山陰（在今浙江紹興），劉裕日夜兼程，與敵人同時到達建康。在與敵人的交戰中，劉裕所領部隊奮力拚殺，殺死殺傷敵人甚眾。
後來孫恩知道劉牢之已回京都，就撤退了。
因屢立戰功，朝廷任命劉裕為建武將軍、下邳太守。這時候，出身寒微的武將劉裕總算有了一些地位了。
就在國家處於一片混亂的局面下，像其父桓溫一樣懷有不臣之心的荊州刺史桓玄早已蠢蠢欲動了，他不把朝廷放在眼裡，私自安插親屬親信把持國家要津，執政的司馬元顯不能忍受了。
皇帝是白癡，誰執政誰就可以下詔。孫恩剛剛退走，元興元年（公元4o2年）正月司馬元顯就在心腹張法順的慫恿下，下詔宣佈討伐桓玄：他自任元帥，以劉牢之為前鋒。
但劉牢之心中懷2，他擔心殺了桓玄，將來元顯難以對付，於是在軍中就派其子劉敬宣去桓玄處媾和，這樣，桓玄沒有費什麼力氣就進入了建康，然後殺了司馬元顯和張法順等人，廢黜司馬道子，不久又毒死了他。
這回輪到桓玄下詔了。桓玄稱詔，自任都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，兼領徐、荊、江三州刺史，假黃鉞；以兄桓偉為荊州刺史，堂兄桓謙為尚書左僕射，桓修為徐、兗二州刺史，侄子桓石生為江州刺史，親信謀主、長史卞范之為丹楊尹；隨即又解了劉牢之的軍權，只任命他為會稽內史。
不久前自己還是控制著京口以及江北地區的舉足輕重的北府兵大將，一下子就被剝得幾乎兩手空空，劉牢之被逼得走投無路了，就想舉兵反，但又無人響應，於是自縊而死，其子劉敬宣逃奔廣陵。劉牢之的部將共同殯殮了他，然後護其喪歸丹徒；桓玄聽說了，就下令劈開他的棺材割了他的頭顱，然後暴屍於鬧市。
不久，桓玄出鎮姑孰（在今安徽當塗，是建康西南門戶），但朝政大事都去咨詢他。
元興二年（公元4o3年）九月，桓玄的親信殷仲文、卞范之等勸已進號為大將軍的桓玄早早受禪，並且已經撰寫好了九錫文及冊命。不幾天，已經被桓玄遙控的朝廷冊命桓玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國設置丞相以下百官。
到了十一月十七日，卞范之草擬好了皇帝禪位的詔書，派臨川王司馬寶去逼迫皇帝書寫；二十日，皇帝臨軒，派遣司徒王謐奉皇帝璽綬，禪位於楚，兩天後安帝出居永安宮。隨後，百官到姑孰勸進。十二月初三，桓玄在姑孰即皇帝位；初九日桓玄進入建康宮，隨即把安帝放逐到尋陽（治所在今江西九江市西南）。
桓玄終於做了他的老父桓溫在二十年前一直想做卻沒有做成的一件大事。
劉裕就等著這一天。