增援袁崇煥的京軍在經過十天的行軍後，到達了廣寧。對於京軍的到來，袁崇煥是有喜有憂啊。袁崇煥喜的是朝廷派出的援軍竟然是頗具戰力的京軍，這就讓袁崇煥在與後金部隊對陣的時候，心裡稍微的有底了。
袁崇煥所統帥的遼軍，雖然說在整個明軍的戰鬥序列裡，是最有戰力的，不過因為遼軍的擴充，新兵的增多，戰鬥力不可避免的受到了影響。所以朝廷派遣的京軍過來，為袁崇煥省了不少的麻煩。
袁崇煥憂的是朝廷派來的京軍，自己能不能管得了這幫「驕兵悍將」。根據朝廷兵制，統兵權與調兵權是分開的。這麼做雖然能避免造成統兵將領的專權，但是也形成了兵不識將；經不識兵的情況。
這樣的話，統兵將領的權利就被大大的削弱，也造成了另一種情況的生，就是雖然身為大軍主帥，往往只能對自所統帥的兵馬實行有效的管理，而對於因為戰事而暫時歸屬自己的兵馬，主帥的命令就顯得有些蒼白了。
將帥不和的狀況是時常生，一些將領對主帥的命令陽奉陰違，在戰場上，有些將領往往是出工不出力，對於明軍的這種種弊端，袁崇煥是心知肚明，所以袁崇煥很是擔心，自己能不能指揮得動這支從京城調來的兵馬。
在援軍沒有到的時候，袁崇煥愁，援軍到了，袁崇煥還愁。袁崇煥明白，這場大戰對明朝與後金都很重要，守住了黑山，廣寧就沒有任何危險，朝廷就掌握了一個完整的遼西，進而圖取遼東，平定後金的叛亂也就大有可為。
所以此戰，明軍必須勝利，而要取勝，明軍必須要上下齊心。而袁崇煥就擔心因為種種原因，將帥之間、明軍上下，他不齊心。真要到緊要關頭，朝廷來的援軍真要弄出什麼要蛾子，袁崇煥哭都來不及。
所以在援軍到來之後，袁崇煥並沒有急於出兵救援黑山，而是加緊整訓兵馬。袁崇煥打定主意，在兵馬沒有整訓好，將領沒有統一之前，堅決不能出兵，否則大軍要是出西平堡一步，那就必敗無疑。
於是在袁崇煥的主持之下，遼軍於京軍一起在廣寧開始了緊張的整訓。對於袁崇煥主持的這場整訓活動，京軍的一些將領很有看法。在這些將領看來，自己在乙巳之警中，已經和後金的兵馬交過手了，還用得著整訓嗎？
而抱有這種想法的京軍將士不在少數，而且因為京軍是朝廷用重金打造的，而京軍中的軍官大部分是由京城講武堂出來的，可以說京軍大部分軍官都是天子門生，所以京軍大部軍官都自我感覺良好，其中有的京軍軍官還有些看不上遼軍。
而袁崇煥所帶領的遼軍，也很看不慣京軍，覺得這幫京軍都是花架子，中看不中用，所以遼軍的軍官也有些看不上京軍，所以明軍兩部是互相看不上對方，所以每當袁崇煥召集眾將議事的時候，遼軍與京軍可謂涇渭分明。
面對著這種狀況，袁崇煥也覺得有些無奈，不過好在京軍都知道袁崇煥的威名，再加上崇禎皇帝的嚴令，京軍在遼東期間，一定要聽從袁崇煥的命令，所以京軍在袁崇煥的面前還是很老實的。
不過不管是遼軍還是京軍，因為主帥的關係，遼軍的統帥袁崇煥，深受儒家教育，和操練京軍的兵部尚書孫承宗又大有關係，所以兩軍的軍官和士卒都很終於忠於崇禎皇帝，所以在經過近兩個月的整訓之後，兩軍的關係有所緩和。
而對於袁崇煥在廣寧整訓近兩個月，遲遲不兵救援黑山，朝廷上可謂是爭論頗多。要知道數十萬大軍齊聚廣寧，需要大批的糧草，而朝廷財政緊張的狀況一直沒有得到有效的緩解，所以戶部一直是叫苦不迭。
而朝中的有些大臣對於袁崇煥遲遲不就黑山，也很有看法，於是一些不甘寂寞的大臣開始上疏朝廷，要求朝廷催促袁崇煥，趕緊出兵與皇太極決戰，以震軍威。而戶部尚書畢自嚴卻保持了沉默，因為他的兄弟畢自肅是袁崇煥的老部下，所以畢自嚴對袁崇煥在廣寧整訓兵馬一事不聞不問，只是盡力提供前線所需糧草和兵餉。
內閣接到部分朝臣要求袁崇煥盡快出兵的奏章之後，也對袁崇煥整訓一事展開了激烈的討論。錢龍錫等人認為，京城離黑山前線太遠了，所以前線的一些事情朝廷並不瞭解，所以還是尊重前線將領的判斷的好
而錢謙益等人認為，朝廷財政緊張，西北大旱，而且民變不斷，再加上北方察哈爾蒙古不穩，所以還是趕緊與後金決戰，然後京軍回防京城，以應變蒙古可能的犯邊行為，再說，在怎麼耗下去，朝廷的財政可能要支持不下去了。
而溫體仁和周延儒兩個人，對朝廷的爭論，卻保持了沉默，其他的一些大臣問他倆對此事的看法，這二位愣是不表態。
其實溫體仁和周延儒以及他們所代表的既得利益集團一直在揣摩崇禎皇帝的態度，而一些既得利益集團的大臣對一些朝臣要求朝廷下旨催促袁崇煥盡早與後金決戰的看法嗤之以鼻。
其實部分既得利益集團的大臣們都是很有才華的人，他們明白，現在能收拾遼東殘局的只有袁崇煥一個人，如果這次朝廷催促袁崇煥盡快與後金決戰，而袁崇煥遵從朝廷的旨意，與後金決戰而大敗的話，遼東怎麼辦，還有誰能像袁崇煥一樣上遼東穩住局面。
所以部分既得利益集團的大臣力挺袁崇煥，而兵部尚書孫承宗也公開表態支持袁崇煥。而溫體仁和周延儒在經過一段不斷的時間觀察後，他倆感覺崇禎皇帝的態度好像是偏向袁崇煥的，所以這兩位終於公開表態了。
而袁崇煥和孫承宗一樣，是中立派，但有些偏向東林，所以剛開始爭論的時候，朝廷大臣們尚可平心靜氣的展開討論，不過當溫體仁和周延儒表意見之後，朝廷中的爭論就帶有不少的火藥味了。
溫體仁和周延儒公開支持袁崇煥，這就讓錢謙益等東林骨幹有些惱火了。在錢謙益等人看來，溫體仁和周延儒等人這純粹是對東林的挑戰，於是錢謙益等人紛紛掉轉槍口，對溫體仁和周延儒展開猛烈的抨擊。
錢謙益等人紛紛彈劾溫體仁和周延儒，說溫體仁和周延儒身為閣部大臣，責任重大，卻在其位不謀其政。不過錢謙益等人還是很明智的，沒有將火撒到袁崇煥的頭上，一方面因為袁崇煥只能說也是和東林交好，就怎麼撕破臉皮也不好。
在一方面，袁崇煥的坐師是孫承宗，而崇禎皇帝對孫承宗、袁崇煥那可不是一般的信任，所以就因為這小事與孫承宗、袁崇煥等人公開決裂，那可是不明智的事情，所以錢謙益等人彈劾溫體仁和周延儒的奏章中，還是有所保留的。
袁崇煥也聽聞了朝廷對他光整訓軍隊，不思出兵救援黑山的爭論，所以袁崇煥也寫奏章向朝廷說明情況。袁崇煥說後金集結主力興兵攻打黑山，而自己所部官兵新兵頗多，而增援的京軍對遼東的情況又不熟悉，面對凶悍的後金騎兵，明軍非經相當時間的整訓才可以和後金進行決戰。
朝廷在接到袁崇煥的辯白奏章後，再加上和稀泥的崇禎皇帝的明確表態，崇禎皇帝說：將在外，君命有所不受。這分明是力挺袁崇煥，再加上戶部尚書畢自嚴都沒抱怨什麼，所以朝廷之間的爭論漸漸的平息下來了。