就在朝廷積極的整合市舶司的時候，福建巡撫熊文燦和福建水師副都督鄭芝龍聯名上疏朝廷，說現在佔據台灣南部的荷蘭人與佔據台灣的北部的西班牙人為了台灣控制權開戰了，朝廷應該趁此機會驅除荷蘭人與西班人，收回台灣島.t
朝廷在接到熊文燦和鄭芝龍的聯名奏疏後，召開緊急會議，討論是否立刻出兵的事宜。因為當時朝廷也沒有開台灣，所以在世人眼裡台灣那裡是不毛之地。不過由於前次皇帝陛下已經表示過，要驅除外國人，收回台灣，所以大家也就遵從皇帝的意思，同意了熊文燦和鄭芝龍的請求。
而此刻的福建廈門、泉州等地，早就集結了大批的軍甲物資，鄭芝龍、傅有成等水師將領早就整裝待，只等朝廷的指令。
崇禎三年九月末，朝廷開戰的旨意終於由行人司傳達到福建。福建巡撫熊文燦在接到朝廷的命令之後，立即傳諭鄭芝龍、傅有成等水師將領，即刻出兵，收復台灣。
鄭芝龍、傅有成在接到朝廷的命令之後，從錨地揚帆遠航，直奔台灣島而去。雖然說台灣此刻被荷蘭人與西班牙人佔領，但是他們並沒有控制住台灣島，荷蘭人只是在台灣南部修建了蘭遮城（台灣城），普羅文查城堡（赤嵌樓）。
荷蘭人想要壟斷對中國的貿易，所以荷蘭人在佔據台灣以後，以台灣為基地，派出戰船，在南中國海四處遊蕩，搶掠商船。而荷蘭人的這種做法大大的侵害了西班牙政府的利益。
於是西班牙人從呂宋北上，佔據了台灣北部，並在基隆和淡水修建了城堡設防。荷蘭人與西班牙人為了要壟斷對中國的貿易，開始在台灣大打出手。而荷蘭與西班牙的這種行為又大大的侵害了中國的利益。
因為荷蘭與西班牙在中國海的這種戰爭行為，使得水道不僅不暢，而且還很危險。面對著這種情況，江南的一些富戶大族是無可奈何。t當他們得知朝廷大軍要出兵台灣是，他們可是歡欣鼓舞，於是他們紛紛向朝廷的大軍提供荷蘭人與西班牙人在台灣的詳細情況，他們甚至還將蘭遮城，普羅文查城堡的佈防圖獻給了朝廷大軍。
因為朝廷的大軍得到了這麼多詳細的資料，所以鄭芝龍、傅有成對這次收復台灣的戰鬥充滿了信心。鄭芝龍、傅有成率領近三百艘戰船與一萬兩千人組成的遠征軍在澎湖稍作休整後，繼續向台灣進，並於十月初在台灣鹿耳門登6。
明軍在台灣登6之後，並沒有急於動攻擊。大軍在稍作休整之後，才防守相對普羅文查城堡進，由於荷蘭人此刻正在和西班牙人作戰，所以普羅文查城堡防守相當薄弱，當明軍出現在普羅文查城堡周圍是，很爛人才現明軍已經在台灣登6了。
普羅文查城堡立刻向蘭遮城求援，並緊閉普羅文查城堡大門，準備憑城據守。可是因為明軍掌握著普羅文查城堡的詳細資料以及城堡裡的大部分荷蘭人都去前線與西班牙人作戰的緣故，所以明軍與荷蘭人激戰四個時辰後，就收復普羅文查城堡，也就是赤嵌樓。
在蘭遮城的荷蘭人在聽說明軍登6台灣以及普羅文查城被保衛的消息後，十分的惱怒。哈勞節對宋克說：這些該死的中國人，竟然在這個時候出兵，真是太可惡了。閣下，請允許我率領兩百名士兵前去普羅文查城堡，我要好好教訓一下中國人。
面對哈勞節的請戰要求，宋克顯得十分的猶豫。宋克在1622年與明軍交過手，當時宋克率領數千荷蘭軍人，趁著明軍換防的空檔，搶佔了澎湖。對於荷蘭的挑釁，朝廷在1623年八月任命主戰派官員南居易為福建巡撫，次年正月，命令兩千明軍登6澎湖列島，與荷蘭人展開激戰。
最終，南居易先後調集兩百艘戰船，近萬明軍，強攻澎湖，迫使荷蘭人灰溜溜的「揚帆而去」所以宋克比較瞭解明軍的戰鬥力。眼下佈雷佐恩正率領這六百名荷蘭軍人在與西班牙人作戰，蘭遮城守備空虛。宋克擔心明軍會趁虛而進攻蘭遮城。
而哈勞節對宋克的擔心嗤之以鼻，哈勞節認為這些所謂的明軍只是一群烏合之眾，偉大的荷蘭軍人一出現，對這他們幾槍，這些明軍就會望風而逃。
宋克十分鄙視哈勞節，哈勞節在宋克的眼裡只是一個胡吃海喝的，沒有什麼才能的糊塗蛋。為了穩妥起見，宋克趕緊派出信使，將佈雷佐恩和他的六百名士兵召回。同時，宋克又趕忙的向巴達維亞請求支援。
隨後又傳來普羅文查城堡被明軍攻克的消息，這讓宋克又急又怒。普羅文查城堡失守了，眼下荷蘭就只剩下蘭遮城了，而蘭遮城裡只有不到四百名士兵，怎麼來頂得住明軍的進攻，宋克愁的在辦公室裡走來走去。
明軍在攻克普羅文查城堡後，休整一晚後，就立即向蘭遮城進。當宋克還在辦公室裡不知如何是好的時候，外面的軍士進來報告說，明軍已經把蘭遮城給包圍了。宋克得知這個消息後，立即跑到城樓上去觀察。
只見城下的明軍在有條不紊的建立營寨，挖掘壕溝，樹立柵欄，一副要長久圍困的樣子。宋克看到明軍人數不少，有裝備了許多的火炮。宋克知道，這仗不好打了，現在只能寄希望與佈雷佐恩能盡快回援，還有巴達維亞能盡快的派援兵過來了。
而站在宋克身邊的哈勞節對明軍十分不以為然。哈勞節對宋克說：閣下，明軍在很短的時間了攻克了普羅文查城堡，那不過是普羅文查城堡的指揮官太過無能。不過不得不說，明軍的裝備確實出乎意料，不過我相信，明軍沒有一年半載休想攻克蘭遮城。
宋克憂慮的說道：但願上帝保佑我們吧。
哈勞節聽到宋克的話後，哈哈的大笑，說道：閣下，上帝總是站在我們一邊的。我們會最終大敗明軍的。
正在前線與西班牙作戰的佈雷佐恩就要擊潰敵人，眼看就要攻佔基隆了，可是一封蘭遮城告急的文書，使得他不得不放棄基隆，馬上回兵蘭遮城。可是當佈雷佐恩走到半途時，就遭到了明軍的突然襲擊。
明軍在佈雷佐恩必經的道路上預先設伏，當佈雷佐恩進入明軍的伏擊圈後，顯示進入明軍預先設好的地雷陣，然後明軍用大炮在行轟擊。佈雷佐恩的六百名士兵被突如其來的變故弄轟蒙了，一時間不是所措。不過荷蘭人畢竟是一支貫戰之師，在佈雷佐恩的組織下很快結陣與明軍對抗。
不過明軍顯然是蓄謀已久，準備充足；而荷蘭人則是倉促應戰，催不及防。很快，佈雷佐恩被明軍擊斃，佈雷佐恩戰死，再加上荷蘭軍隊的一些其他將領相繼被明軍擊斃，最後殘存的荷蘭人決定向明軍投降。
明軍在擊敗佈雷佐恩，留下一部分軍隊監視西班牙人，留一部分趕回蘭遮城，準備協助主力部隊攻擊蘭遮城。而此刻在蘭遮城中，宋克還眼巴巴的等待著佈雷佐恩和巴達維亞的援軍呢。
佈雷佐恩被明軍消滅了，巴達維亞在接到台灣的告急文書後，立即派遣九艘戰船，六百名士兵組成的遠征軍向台灣駛來，不過從巴達維亞啟程的援軍還沒看到台灣島，就被鄭芝龍、傅有成所率領的數百艘明軍水師戰船團團包圍。
其實明軍水師實力也不必荷蘭人差，明水師主力戰船大體分成六種型號，其中一號福船吃水六仗、柁樓三重、底尖上闊、尾高昂，配備紅夷大炮、千金佛朗機炮、碗口銃、迅雷炮等前進火器。而其威力，史載「是惟不中，中則無船不粉」
鄭芝龍、傅有成指揮明軍水師與荷蘭海軍鏖戰數個時辰，結果擊沉荷蘭海軍五艘，數百名荷蘭士兵溺水身亡，而明水師被擊傷數艘戰船，俘獲了包括旗艦「熱蘭遮」號在內的四艘荷蘭軍艦，此次海戰，明朝水師大獲全勝。