自從莽古爾泰受傷之後，皇太極被迫停止了對尊化的大規模的進攻皇太極知道，他率領的八旗軍面隊憑借堅固城池和使用先進大炮的明軍，是沒有什麼好的攻城方法的。為了減少傷亡，他一方面命令各軍嚴密監視尊化；另方面，他將八旗軍分批的派到各地去劫掠物資。
而明朝方面，在薊縣失陷的第二天，十二月初十三日，孫承宗就率領三萬京軍出北京城，一路向通洲前行。孫承宗在傍晚十分，抵達通洲。孫承宗到達通洲後，他立即命令斥候探察通洲周圍的情況。
在十二月初十五日，薩哈廉和武其納決定回兵和皇太極。自從薩哈廉和武其納於十二月初十二日攻陷薊縣後，直到初十五日撤離薊縣，薩哈廉和武其納的數千騎兵縱橫四方，前鋒一度兵臨通洲。在三天的時間裡，薩哈廉和武其納擄掠人口數萬，金銀、糧食等物資無數。
孫承宗在通洲休整一天之後，開始向薊縣進軍，由於孫承宗所率領的明軍攜帶了紅夷火炮等重型火炮，所以行軍度很慢。等孫承宗的前鋒抵達薊縣的時候，只碰上了薩哈廉和武其納的後軍。
這些後軍並沒有與明軍多作糾纏，只是和明軍稍微一交鋒後，就立即後撤，但是這次的戰鬥，明軍傷亡數十人，而後金只是有數人受傷而已。孫承宗率領的大軍緊趕慢趕，終於在下午抵達了薊縣。
薊縣被後金軍隊蹂躪三天後，終於回到了大明的手中。此刻映入孫承宗眼簾的是一座殘破的城池，除了明軍士兵以外，看不到一個居民，只有一些飛鳥在破損的城頭，房屋和枯樹上在怪叫。
孫承宗在原薊縣的縣衙裡召開了軍事會議。雖然在早些時候，明軍的前鋒與後金後，後金軍隊退走。但是孫承宗知道，在這次戰鬥中，明軍並沒有佔到什麼便宜，而後金軍隊也沒有敗退，他們只是撤退而已.
但是孫承宗手下的將領卻是十分興奮的，京軍自從被重新整頓以後，京軍的士兵待遇是最好的，武器用的只最先進的。當然，他們的訓練是最艱苦的。因為後金擾邊，京軍一分而二，一部分馳援尊化，一部分協防京師。
被留在京師的京軍十分的無奈，他們夢想到前線去建立功勳，好光耀門楣。這次他們跟隨孫承宗出征，都憋足了勁，想要在戰場上殺敵報國，再加上前鋒擊退後金士兵，收復薊縣，他們更是信心十足。
好在孫承宗對後金軍隊的實力比較清楚，所以他沒有輕兵冒進，而是採取穩紮穩打的策略。即使在紮營的時候，孫承宗也向四處派出偵騎，探察四方情況，而軍士也是兵不卸甲，隨時的作好作戰準備。
十六日，孫承宗率領大軍開拔，向尊化進軍。由於薩哈廉和武其納擄掠人口數萬，還有大量的金銀、糧食等物資。所以他們的行軍度也很慢。一路上，明軍在後邊追，後金軍隊往前邊趕，但是兩軍後隊與前鋒之間總是相隔那麼數十里地。
在十七日，薩哈廉和武其納與皇太極會合，孫承宗率領的大軍也在距離皇太極數十里之外的地方紮下大營。此時皇太極覺得情況有些危急了。雖然皇太極包圍了尊化城，但是明軍的援軍也到了，而且薩哈廉和武其納也帶來一條重要消息，明朝政府在後金抵達尊化之前，已經派遣了一支數量龐大的援軍。
皇太極再想，自己攻擊尊化這麼多天，尊化的城防已經岌岌可危，如果尊化城裡有援兵，自己攻打尊化不會這麼的順利。皇太極是越想越覺得不對勁，他趕緊命令後金各軍，做好撤退準備。
當然，皇太極為了掩蓋撤退意圖，他又命令正藍旗和兩紅旗加緊騷擾明朝的援軍，並且要他們做出一副要攻擊的樣子。
孫承宗紮下大營以後，孫承宗手下的將領就紛紛要求出戰，他們企圖憑借手中精銳的明軍士兵，一鼓作氣，和尊化城中的守軍裡應外合，一舉擊潰後金士兵。但是孫承宗拒絕了他們的提議，只是要求他們守好大營。
面對部下的請戰要求，孫承宗只能連連苦笑，心說他們可真是初生牛犢不怕虎啊。自己就只有三萬軍隊，人家皇太極是數十萬的虎狼之師。再說，現在尊化是什麼情況，孫承宗實在是沒有把握。裡應外合雖然是好主意，但是一旦我軍不能擊潰後金軍隊，尊化反而丟了。那自己的罪過可就大了。
孫承宗不得不考慮周全，自己的責任畢竟十分的重大。而在尊化城裡，馬世龍並不知道孫承宗已經率領明軍來支援尊化了，並且孫承宗已經在距離尊化幾十里的地方紮下了大營，馬世龍在城樓上看到的只是漫山遍野的後金大營與後金士兵。否則說不定馬世龍還真的讓被他雪藏的京軍出城去和後金拚命。
正藍旗和兩紅旗接到皇太極的命令以後，雖然派了些士兵去騷擾明軍大營，但是並沒有真心執行皇太極的命令。面對正藍旗和兩紅旗的騷擾，孫承宗只是命令諸軍嚴守大營，不要理會敵軍。
經過了一夜的準備，在十八日早，皇太極率領後金大軍和擄掠的明朝居民和大量的糧食和金銀等物資，徐徐後退，而正藍旗和兩紅旗被皇太極留下，讓他們阻擋明軍，同時，為了統領正藍旗和兩紅旗，德高望重的代善被皇太極留下來，指揮諸軍。
後金的異動引起了明軍的警覺，孫承宗和馬世龍幾乎同時察覺到了後金的異常行為。馬世龍在城樓上看到皇太極的大軍撤退時，作為老將他知道，援軍可能到了。他急忙命令城中的京軍做好出征準備，但是為了慎重期間，他又命令京軍的將領，如果事情有詐，趕緊撤回來，與此同時，他也命令尊化守軍做好接應準備。
當尊化城裡的明軍做好準備後，皇太極率領後金大軍已經走遠了了，留守的正藍旗和兩紅旗也快要跑路了。馬世龍命令打開尊化的西門，西門一開，數萬明軍蜂擁而出，呼喊著向正藍旗和兩紅旗殺了過去。
代善雖說被皇太極所轄制，代善還是非常有武略的，雖然對皇太極的這種打擊異己的行為很是不滿，但是為了掩護後金的大部隊，他還是率領正藍旗和兩紅旗迎了上去。頓時間，兩軍混戰在了一起。
孫承宗得到尊化明軍和後金打起來的消息後，孫承宗當機立斷，立刻率領全部的援軍衝到戰場上。等孫承宗率領軍隊到達戰場後，明軍已經和後金軍隊的戰鬥已經進入了白熱化。面隊後金軍隊的衝鋒，明軍是緊守陣腳，步兵一次次的擋住後金騎兵的衝鋒，步兵後面的火槍在接連不斷的射擊。
孫承宗沒有揮軍直接加入戰場，他先是命令炮隊在後金軍隊的背後架好火炮。而孫承宗則命令步騎兵排好隊型，準備加入戰場。
跑隊架好火炮之後，孫承宗一聲令下，數十們門火炮一起怒吼，猛烈的轟擊後金軍隊。代善和他是率領的正藍旗和兩紅旗被孫承宗的炮火打蒙了，代善萬萬沒有想到孫承宗率領的明軍還攜帶著紅夷大炮。
代善手中的兵力根本就不足，面隊尊化城裡殺出來的明軍，他還能夠應付，但是面隊孫承宗的火炮，代善有些應付不過來了。明軍前後兩面夾擊正藍旗和兩紅旗，雖然正藍旗和兩紅旗的士兵兇猛彪悍，但是面對著八、九萬的明軍士兵的英勇作戰。他們有些挺不住了。
代善看到自己手下的士兵在明軍的猛烈進攻之下，傷亡逐漸增加，並且自己的軍隊開始顯露出了敗象，代善在百般無奈之下，命令正藍旗和兩紅旗突圍，向皇太極率領的後金主力部隊靠攏。