秦旭整軍的過程很簡單，目的也很明確，那就是要將原來的私家軍類型給打亂，重新編製，然後將軍隊整合，將軍官的任命權全部抓到自己手上！同時將挑出相應的數量加入中華軍為秦軍設立的軍校裡進行學習！
其實這些事情在季老太爺和蒙僖手上已經有在慢慢的進行整合。只是，老太爺就是太頑固，而蒙僖又不能完全領會現代軍隊建設的精華所在，所以有些做的不倫不類。
例如，秦旭原先的設想是將中央進行改革和變法之後，把軍隊和文官集團徹底割裂開來，但是由於蒙僖的權威太盛，加上自古以來軍人也同時是政治家的身份固定了蒙僖有時候必然要插手文官集團的政治決策！沒辦法，世界上力量最大最難以改變的就是慣性！當一種東西形成了慣性，想要把它改變可不是那麼容易的事情！而私家軍形式的秦軍也是！雖然之前蒙僖對秦軍進行了一些調整，如擴大秦旭這個帝王在軍隊之中的威懾力，鼎力支持秦旭建立後方總醫院，不分派系和家族，將所有傷兵統一安排到一個醫院進行治療等等，但是對於鄉土情節根深蒂固的中華傳統秦人來說，他們打從內心裡就有兩個身份－－－既是皇帝陛下的臣民，也是家族族長的奴僕！
想想也是，中華上下五千年，實行的都是「上智下愚」的政策。每任帝王都將自己定位的很高，然後以劉邦自詡，認為能「將將者」為最佳，至於下層兵士，自有「將兵者」管理！這就可以了！
乃至到了近代社會，中華最後一個封建王朝，清王朝時期，這種只知有將而不知有君的私家兵仍然是中華大地武力後盾的基石！剿滅了「太平天國」運動的湘軍，號稱當時亞洲第一雄軍的北洋淮軍，甲午之後大清國唯一享有盛名的毅軍……這些軍隊無不是私家軍！他們都是分屬於曾國藩，李鴻章，和聶士成的！這些軍隊在某些小戰場上還是能體現出其強大優勢的，例如對付太平軍，例如後來在越南和法國人作戰，這些時候，這些戰事都不需要動用全國的國力進行國家間的對抗，而且軍隊的調度和戰鬥都是局限在一定的區域，那這個時候，只要主帥揮好自己的個人魅力和指揮藝術，打勝戰還是可以保證的！但是，碰到甲午戰爭這樣必須舉國之力進行民族大對決的戰爭時，私家兵是永遠不可能爆出中央軍隊那種奮死拚殺的勇氣的！這也是為什麼甲午戰爭之後，八國聯軍侵華時，號稱中華唯一有戰鬥力的「毅軍」僅僅抵抗了日軍三天的原因之一。
而今，中華幾乎是在和全世界宣戰，雖然到今天為止只有四國動的攻擊，但是這個時候如果僅僅靠私家兵形式的秦軍，秦旭對這場戰爭是抱悲觀態度的！
中華軍是經過開國領袖還有歷代領導人「一個中華」熏陶了近百年的鐵軍，其戰鬥意志絕對不是現在還處在封建時代軍隊編制的秦軍能相抗衡的。但是中華軍卻缺少了秦軍那能防禦子彈攻擊，將戰爭由熱兵器帶回冷兵器的有效力量！
而秦軍呢！雖然在戰鬥意志上肯定會輸給中華軍，但唯一獲勝的是，這些秦人是始皇橫掃天下，一統六國時帶出來的無敵雄師！他們是在鐵和血的榮譽灌溉下催生出來的戰士！他們一出現就有一種天生的驕傲感和自豪感！他們身上有漢唐時期的軍隊才有的泱泱大國氣度！這種氣度可不是驕傲自大，目中無人！！而是如漢唐時那種「海納百川，有容乃大」的氣度！！！
這種氣度是現在的中華軍所不具備的。雖然中華自強自立了近百年，但任何人心裡都明白，我們這是在趕西方！說的明白點，其實就是我們一直在人家的屁股後面跑，在內心的深處我們就知道自己比不上人家，我們現在所做的一切只是在西方的基礎上進行的創新而已！而且單單對比軍事裝備的話，除了「黑金戰甲」，我們有的，人家也有，甚至比我們的還要先進！這是所有人的共知，不是什麼秘密！
但秦軍就沒有這種負擔！相反，他們一直都以自己所在的秦軍為驕傲！「曾經在始皇麾下，掃天下，制**；如今在三世陛下麾下，必定也能重現當年盛況！」這是季老太爺和蒙僖不斷給下屬士兵灌輸的觀念！這種觀念可以說已經慢慢深入人心，特別是伴隨著秦旭幾次出征的勝利，還有這次深陷重圍卻在最後不但打敗敵人，還殲敵無算！戰事的順利其實就是對軍心的最大鼓舞力！若是前線敗訊頻頻，再高昂的戰鬥士氣也會被打磨掉！
本著這樣的想法，秦旭只能有他僅有的一些知識功底，將秦軍進行整合。先是將蒙僖南下南京所不需要的軍隊，也就是蒙僖放在都周圍作為「天子護衛隊」的兩萬多人進行整編！
他先是將這些軍隊的編制按照自己認為的三三制原則進行整編，將這兩萬人整編成一個集團軍，居然讓秦旭整出了三部曲，每部曲五千人，剩下的五千人是秦家軍，既然是自己的軍隊，秦旭也不想調動了，算是徇私一次吧！
所有校尉以上軍官調離本職，調任新編的部曲任職，算是進行平級調動！同時告訴他們，他們現在接受了秦旭的調動就是「天子門生」。不得不說，「天子門生」的號召力還是很強大的！所有軍官都服從調動。不過為了防止下面的士兵不知情況，生嘩變，秦旭讓互相調動的軍官一同出去營地解釋整個事情，同時不忘提醒他們要灌輸給士兵這是皇帝陛下的詔命，增加宣傳，提高影響力嘛！
而各部曲將軍的職位，秦旭則打算委派自己最信任的人擔任！秦旭雖然不屑學劉邦那個老混混，不過，還是不會忽略「將將之道」的，對於第一次由自己親自操刀整編的軍隊，必然不能放鬆控制力度！
這個部曲將軍，秦旭都想好了人選。第一部曲將軍由秦節擔任，他跟著自己夠長時間了，而且在小樹林的戰役裡出生入死的，也該給這個位置的官職，而他本來的秦家軍統領的位置，秦旭決定讓極無鋒來當！因為秦家軍在接下來必然是他的貼身「御林軍」，不放在自己眼皮子底下，實在不夠放心！
第二部曲的人選當然是左斗了！這個秦旭尋找的突破口，秦旭不得不好好用一用。不過，由於左斗有敗績在先，秦旭沒有辦法名正言順的給他將軍一職，只好將他的爵位提升到上造，仍舊委任以校尉，不過統帶的可是一部精兵！
第三部曲的將軍，秦旭委派的人選竟然是所有人都沒有料到的魏成剛！魏成剛是菟裘軍的遺將。荼裘狂昏迷不醒後，菟裘軍變成了左家軍，可是左斗卻戰敗，僅剩一點點人的軍隊就被蒙僖好不客氣的吞併了，而這個魏成剛也被劃歸到了豐台守區。對於魏成剛的任命，黃斌等人都很不解，徐另徐成甚至還當堂提出反對意見！黃斌這次沒有站在徐另的這一邊，先是因為珊珊一事，讓黃斌可不敢再隨意觸怒秦旭，其次是因為這種帝王心術，他還是不要猜測的好！他甚至還想著是不是該給一直在陝西坐冷板凳的菟裘勉送一把現代工藝製成根雕茶几－－－說不准皇帝又會啟用菟裘家族呢，現在應該拉拉關係先！
的確，秦旭真是出於對菟裘家族的示好才決定啟用魏成剛。菟裘家族在秦軍中樹大根深，不是說荼裘狂倒下以後菟裘家族就會消失的，菟裘家族的實力只是被削弱了而已。但，就是因為菟裘家族的實力被削弱了，秦旭才決定重新開始啟用！菟裘家族的削弱，必然會讓其他家族的實力相應的增加，當這種增加過一定水準的時候，天平就會開始出現傾斜，這是秦旭所不能容忍的！因為這很有可能會威脅到他皇帝的位置！所以，此時必須開始慢慢的扶植菟裘家族，讓他們的實力不至於太過削弱，這樣才能將秦軍內部系統維持在一個正常的平衡狀態，這就猶如在大海中駕駛一艘戰艦，需要兩邊平衡才能往前開！
而秦旭，則是一個船長！而且是一個年輕的船長！！
徐另徐成的反對聲浪當然沒有秦旭乾罡獨斷的手腕大。
於是在秦旭的一力推行下，秦軍的第一次現代化整編開始在都上演。
實話說，這不是一個輕鬆的活！秦旭一直忙到深夜，才將所有事情都大略的處理好。那些守將也都回到了營地進行粗略的軍隊改造。這次整編可是秦旭摸著石頭過河，所有的步驟都是他走一步想一步弄出來的，勞累異常！
他知道，要擁有橫掃西方的實力，對軍隊的絕對控制力和軍隊對現代戰爭的適應力都是必不可少的！所有的準備，多不過為最後的輝煌而已！
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正在秦旭忙到深夜，準備入睡的時候，突然聽見遠處傳來了巨大的轟鳴聲！
秦旭正要詢問怎麼回事，門外趙宏突然跌跌撞撞的衝了進來，手裡揚著一封電報，嘴裡大喊：「陛下，開始了，開始了！」
秦旭心頭一跳，「什麼開始了？」
「紅色計劃！中華軍的紅色計劃順利開始了！」趙宏略顯潮紅的臉上帶著掩飾不去的喜氣，「千辛萬苦，紅色計劃終於開始了！陛下，這次計劃，可是我大秦軍隊和中華軍第一次大規模的配合作戰啊！……終於開始了！」
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