下午四時，南京的局勢已經在極度危急中，衛戍長官司令-唐生智召集副司令長官-羅卓英、劉興、周斕、畬念慈及衛戍部隊師長以上各將領在唐公館開會。
衛戍司令部召集師以上將領開會，這個時候誰都知道是怎麼回事，大概除了佈置撤退行動之外，也就沒有什麼了。聽說上午十時左右，雨花台陷落之後，88師第264旅新接任旅長-廖齡奇帶著不到包括88師團工兵營在內的兩千殘兵繞城而走，現在已經在下關江邊，搭乘該師輜重營兩個連控制的三百多艘木船渡江了。媽媽的，兔崽子們倒是跑得快。
王耀武是在師部接到軍長-俞濟時的電話通知的，俞濟時的話語說得是在明顯不過了：「唐長官召集師長開會，城裡情況已很混亂，開會可能有重大的變動。」
其實王耀武又何嘗不明白這些呢，而且關於撤退的問題，他不是沒有考慮過，要不然他也不會對俞濟時建議說：「戰事正在進行，我不能立即離開。開會如研究到放棄南京的問題時，不論突圍或渡江，必須有周密的計劃及準備的時間。應立將江北岸所有的船隻調到下關至八卦洲的江邊，分配給各部，並區分上船的碼頭；否則是不堪設想的。」
下午5點左右，包括俞濟時等參加開會的各軍、師長多數都趕到了長官部。
衛戍死司令長官唐生智劈頭就是先問道：「南京現已十分危急。少數敵人業已衝入城內，在各位看來，以為尚有把握再行守衛否？」
唐生智地這番先簡要地說明當前戰況，接著又詢問大家是否還能繼續堅守的屁話讓與會將領無一人言。所有人都彼此面面相覷，唐公館裡的空氣冷寂到使人寒顫。
在這樣的氣氛下。唐生智向與會的各將領公佈委座地電文：「如情勢不能久守時。可相機撤退，以策後圖。」所有都將領都默不作聲。唐生智於是又說道：「戰爭不是在今日結束，而是在明日繼續；戰爭不是在南京衛戍戰中結止，而是在南京以外地地區無限地延展，請大家記住今日的恥辱。為今日的仇恨報復！各部隊應指出統率的長官。如其因為部隊脫離掌握。無法指揮時，可以同我一起過江。」
在出示委座命守軍相機撤退的電令之後，衛戍長官司令部參謀長-周斕分了參謀處已油印好地撤退命令及突圍計劃
《衛戍作戰命特字第一號命令》
12月12日15時於都鐵道部衛戍司令部
一、敵情如貴官所知。
二、都衛戍部隊決於本日（12日）晚衝破當面之敵。向浙、皖邊區轉進。我第七戰區各部隊刻據守安吉柏墊（寧國東北）、孫家鋪（宣城東南）、楊柳鋪（宣城西南）之線，牽制當面之敵。並準備接應我都各部隊之轉進。蕪湖有我第76師、其南石炮鎮有我第6師佔領陣地，正與敵抗戰中。
三、本日晚各部隊行動開始時機、經過區域及集結地區。
四、要塞炮及運動困難之各種火炮並彈藥，應徹底自行炸毀，不使為敵利用。
五、通信兵團，除配屬外部隊者應隨所屬部隊行動，其餘固定而笨重之通信器材及城內外既設一切通信網，應協同地方通信機關徹底破壞之。
六、各部隊突圍後運動務避開公路，並須酌派部隊破壞重要公路橋樑，阻止敵之運動為要。
七、各部隊官兵應攜帶四日炒米及食鹽。
八、予刻在衛戍司令部，爾後到浦鎮。
《南京衛戍軍突圍計劃》為：
（一）74軍由鐵心橋、谷裡村、6郎橋以右地區突圍，向祁門附近集結。
（二）71軍、72軍自飛機場東側高橋門、淳化鎮，溧水以右地區向敵突圍，向黟縣附近集結。
（三）教導總隊、66軍、1o3師、112師自紫金山北麓、麒麟門、土橋鎮、天王寺以南地區向敵突圍。教導部隊向昌化附近集結，66軍向休寧附近集結，1o3師、112師向於潛附近集結。
（四）83軍於紫金山、麒麟門、土橋鎮東北地區突圍，向歙縣附近集結。
以上各部隊突擊時機為12日晚11時後開始，但83軍為13日晨6時。
（五）第2軍團應極力固守烏龍山要塞，掩護封鎖線，於不得已時渡江，向**集結。
（六）36師、憲兵部隊及直屬諸隊依次渡江，先向花旗營、烏衣附近集結，但36師應掩護各部隊渡江（後），然後渡江。
這份有衛戍司令部草草擬就地突圍計劃地基本精神就是衛戍部隊的大部由正面突圍，一部隨為數長官司令部由下關渡江。但在書面命令分後，唐生智又下達了口頭指示，規定第87師、第88師、第74軍及教導總隊這些南京守軍中的中央嫡系部隊「如不能全部突圍，有輪渡時可過江，向滁州集結」。
這樣一來，唐生智地口頭指示便是使得命令的嚴肅性大大降低了。
更是糟糕地是，武漢統帥部雖然致電唐生智，令其在不能持久時相機撤退，但委座卻總是從政治方面產生較多考慮，某種意義上說，委座是希望能多守一段時間，因而在12日，委座又以致函形式致電南京衛戍司令長官唐生智、副司令長官羅卓英及劉興。提出企望。
「限即到。南京唐司令長官、劉、羅副司令長官：
據報江浦附近已現敵軍，是敵希圖對我四面合圍，或威脅我後路，逼我撤退也。五日激戰，京城屹立無恙。此全賴吾兄之指揮若定與犧牲精神有以致之。
經此激戰後。若敵不敢猛攻，則只要我城中無恙，我軍仍以在京持久堅守為要。當不惜任何犧牲，以提高我國家與軍隊之地位與聲譽，亦為我革命轉敗為勝惟一之樞機。
如南京能多守一日。即民眾多加一層光榮；如能再守半月以上。則內外形勢必一大變。而我野戰軍亦可如期策應，不患敵軍之合圍矣。遙望京城，想念官兵死傷苦痛。無任系念!進退戰守，生死榮辱。惟兄等熟圖之。中正手啟。十二申。」
可是誰也沒有想到，此電文到了南京衛戍長官司令部地時候，不僅唐生智的撤退命令已經下達，而且當時南京的實際情況也已不可能再進行固守。
天黑後，紫金山滿山都在焚燒，雨花台、中華門、通濟門一帶，全是火光，南京城裡異常混亂。散會之後，自行決定由下關渡江的各軍、師長大多未按命令規定的時間開始撤退，而是在散會後立即部署部隊撤退。有地單位在接到命令前即已撤走。
雖然衛戍長官司令部命令第2軍團負責固守烏龍山要塞以掩護其他部隊撤退和突圍，應最後撤退，但徐源泉在下午就率其第41師和第48師從周家沙和黃泥蕩碼頭乘坐其預先控制於該處地民船最早渡至江北，經安徽去江西整頓。
烏龍山要塞部隊在徐源泉部撤走後，也開始準備毀炮撤去江北。很多參加會議的將領只向所屬部隊打撤退電話，或回去安排一下撤退事宜就脫離部隊，先行到達下關，隨同衛戍司令部及第36師乘渡船先到江北。
第71軍軍長王敬久、該軍第87師師長沈藻等根本未回指揮所；教導總隊隊長桂永清回到富貴山地下室指揮所後告知幕僚撤退任務，即留參謀長-邱清泉處理文件等，自己單獨先去下關；其第2旅旅長胡啟儒得知撤退消息較早，不等會議結束，即以奉命去下關與第36師聯繫為由，電話通知其第3團團長代行旅長職責，獨自先去下關。
這個時候，天色已經完全黑，74軍軍長俞濟時見情況緊急，立即派軍部的李參謀把命令送51師，並囑王耀武立即組織5師殘部設法過江，過江後到滁州車站附近集結。接到命令之後，王耀武當即令周志道的第151旅到八卦洲附近綁紮木排過江，李天霞第153旅及師直屬部隊至下關設法渡江，過江後到滁州車站附近集結。
下達命令後，王耀武立即率師部人員經城內中山路向挹江門前進，然而途中遇卻到第36師宋希濂部的阻擋。面對著湧來地潰兵，36師不斷地開槍射擊，子彈由人們頭頂上空颼颼飛過。向挹江門行進地潰兵看到這種情形，有地主張與36師對打；有的說沒有叫敵人打死，而被自己的部隊打死了，那才冤枉。到處都是一片混亂，
看無法由馬路通過，又怕耽擱時間多了過不了江，王耀武立即率部就繞道向挹江門走去。在整個南京城內到處都是爆炸政府各部建築物地聲音，馬嘶人嚷，傷兵叫喊，亂騰到極點。由於各部隊遺棄的傷兵很多，其中勉強能行者，也拄著棍子向下關前進，一面走一面罵。
由於城中各部隊多沿中山路向下關撤退，而挹江門左右兩門洞已經堵塞，僅中間一門可以通行，各部爭先搶過，互不相讓，人多門窄，極為擁擠，甚至有潰兵被擠倒踩死地；到處都是一片的混亂。不少人因擠倒而被踩死。
教導總隊第1旅第2團團長-謝承瑞，在光華門陣地上英勇地抗擊日軍多次衝擊，卻在挹江門門洞內被擁擠的人群踩死。第83軍第156師師長李江等人見城門無法擠過，就從門東側用綁腿布懸吊下城出走。
下關情況更為混亂，各部隊均已失去掌握，各自爭先搶渡。由於船少人多，有的船因載而沉沒。大部官兵無船可乘，紛紛拆取門板等物製造木筏渡江，其中有些人因水勢洶湧、不善駕馭而喪生。因烏龍山要塞守軍撤走，原停泊於草鞋峽、三台洞的海軍文天祥中隊的四艘魚雷快艇中隊也趁夜色馳去大通。
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