法國天主教勢力同新教胡格諾派(即加爾文派)在1562—1598年(另一說則為1559—1594年)之間進行了一場長期戰爭。它雖然帶有明顯的宗教色彩，但就其性質和內容而言，則是法國的一場內戰。這場戰爭使正在上升的王權面臨崩潰，貴族分裂勢力有所抬頭。這場戰爭是法國歷史上的一段無政府狀態時期，戰爭的結果是天主教、胡格諾教派各有所得，有助於王權的重新振興和加強。
胡格諾戰爭的原因是王權同封建割據勢力之間的矛盾和宗教派別矛盾的激化。16世紀前期的法國，封建經濟仍占主導地位，人口中的9o%從事農業。王權從11世紀開始逐漸加強，對法國的統一和國家的形成是一種積極進步力量。但是，在中世紀的法國(甚至整個歐洲)，王權的強化和確立是在同貴族權威和割據勢力進行鬥爭的曲折過程中逐步實現的。封建社會內部產生了資本主義萌芽，不斷產生新興的資產階級。
他們通過購買破落貴族及與爵位相連的產業、納捐官職等方式躋身貴族之列，成為統治階級的一部分。他們的經濟、政治利益和國王的權威密不可分，支持王權對內抑制貴族勢力、對外進行擴張，為資本主義的展創造條件。但是，封建貴族不甘心自己權勢的衰落，竭力維護自己的特權和對國王的控制權，伺機向王權挑戰。隨著國王逐步成為貴族和教會的腦，反對王權**制度的封建貴族分裂成兩大集團，他們相互角逐，覬覦國家政權。一個集團是天主教派勢力，他們聚集在王室近親吉斯家族周圍，以吉斯公爵和洛林紅衣主教查理為形成了強大的天主教營壘，對國王起著舉足輕重的影響。另一個集團是新教胡格諾派勢力，以波旁王朝家族的成員l·孔代親王、納瓦爾國王(亨利)和g·代·科利尼海軍上將為代表。
15、16世紀，人文主義思想和加爾文教在法國迅傳播。人文主義的傑出代表埃普塔爾宣揚「信仰得救」和「回到《聖經》上去」的理論，以莫城為中心積極宣傳新思想。加爾文教強調信仰得救，否認羅馬教廷權威和封建等級觀念，主張廢除繁瑣的宗教禮儀，取消偶像崇拜、朝聖和齋戒，教徒選舉產生神職人員，建立簡化、純潔和廉價的教會。大批手工業者尤其是印刷工人、小商人、農民以及下層教士接受上述教義，成為加爾文派新教教徒，被稱為胡格諾派。據估計，16世紀下半葉，法國人口約18oo萬，新教法庭27萬多個，新教徒1oo多萬人。祈教派在南部、西南部力量較強。一些對王權**不滿的貴族為牽制王權，支持胡格諾派，覬覦王位的顯貴也趁機宣佈改信新教，這些人的突出代表就是納瓦爾為的波旁王朝家族。
胡格諾戰爭的直接原因是宗教迫害。16世紀4o年代，亨利二世指定特別法庭懲辦異端，大批胡格諾派人士被處以火刑。1559年，年僅15歲的太子弗朗索瓦二世繼位，實權落在軍功顯赫的吉斯家族手中，新舊教派之間的衝突驟然加劇。
1562年3月1日，吉斯公爵率軍隊在瓦西鎮屠殺舉行宗教儀式的胡格諾教徒，死傷近2oo人。「瓦西鎮屠殺」成為持續3o多年的胡格諾戰爭的直接導火線。雙方的兵力不多，在戰爭中都依靠外國列強，天主教派依靠西班牙；加爾文派依靠英國、德意志公爵和荷蘭教友。這場戰爭大致可分為三個階段。
第一階段︰1562—157o年。這一時期共生三次戰爭，雙方均未取得決定性勝利。1562—1563年為第一次戰爭。1562年12月德勒一戰天主教派的將領蒙莫朗西被俘，聖安德烈元帥戰死。1563年2月，吉斯公爵在圍攻奧爾良時被暗殺。孔代也在德勒被俘，納瓦爾國王安托萬死於魯昂之圍。1563年3月，太后卡特琳布安布瓦斯敕令，給予新教徒信仰自由和在指定地區舉行宗教儀式的自由。1567—1568年是第二次戰爭。1567年9月，孔代和科利尼率新教軍隊劫持太后和查理九世未遂，包圍巴黎。11月1o日，在巴黎北郊聖德尼一戰，雙方不分勝負。德意志新教選侯派兵馳援胡格諾派，天主教徒和宮廷屈服。1568年，雙方簽訂《隆朱莫條約》，重申安布瓦斯敕令。1568年9月，查理九世在天主教派的壓力下撤銷先前布的宗教寬容敕令，禁止胡格諾教徒舉行任何宗教儀式，一切官吏和法官都必須宣誓效忠天主教會，新教牧師必須在兩個星期之內離開法國，雙方的第三次戰爭由此爆。
1569年3月，天主教軍隊在雅爾納克大敗新教軍隊，孔代陣亡。1o月，科利尼又被擊敗。157o年8月，太后卡特琳簽署聖日耳曼敕令，使新教徒獲得禮拜自由和在幾個設防安全區自派總督的權力。第一階段的戰爭以新教派的有限勝利而暫告結束。
第二階段︰1572—1585年。這一階段以著名的「聖巴托羅繆之夜」開始。1572年8月23—24日夜間，胡格諾派的重要人物正聚集巴黎，慶祝其領袖波旁家族的亨利的婚禮。亨利·吉斯(吉斯公爵之子)以巴黎各教堂鐘聲為號，率軍隊動突然襲擊，殺死胡格諾教徒2ooo多人。由於24日正值聖巴托羅繆節，因此這一血腥的夜晚在歷史上被稱為「聖巴托羅繆之夜」。
這次大屠殺之後，法國再次出現分崩離析的局面。胡格諾派先在南部和西部組成聯邦共和國，對抗中央政權。1573年6月，查理九世簽署《拉羅竭爾和約》，准許新教徒在拉羅竭爾、尼姆和蒙托邦舉行教儀，給予這些城市信仰自由。1574年5月，新教派再度起事。朗格多克在原總督丹維爾伯爵領導下正式分裂出去。1575年，新教派動全面起義，胡格諾教徒全部動員起來，為聖巴托羅繆之夜的屠殺報仇雪恨。1576年5月，亨利三世簽署了博利厄敕令，譴責聖巴托羅繆之夜的大屠殺，同意為死難者昭雪，除巴黎和王室住地外，一切法國城市都有權舉行新教儀式。敕令還給予胡格諾教徒擔任公職的權利，准許他們佔有在政治上、軍事上居於優勢的8個城市，在城市裡建立混合司法機構，高等法院也設立特別法庭，以保證進行公正的辯論。博利厄敕令實際上承認了胡格諾教徒佔領的地區為「國中之國」。博利厄敕令引起天主教派的強烈不滿。1576年，吉斯在北方組織「天主教神聖同盟」，自行徵稅、招募軍隊，要求恢復王國的宗教統一，拒絕執行敕令，兩派戰爭又起。戰爭中，胡格諾派遭受重大挫折，中部的拉夏裡戴和西部的布魯日落入天主教同盟手中。1577年9月，兩派締結《貝日拉克和約》，規定解散天主教同盟，限制博利厄敕令給予新教徒的自由和權利。新教徒只能在每個區的一個城市和自己的安全區內舉行宗教儀式，他們對安全區只有6年的支配權。
第三階段︰1585—1598年。從1585年開始，法國國內開始了「三亨利之戰」。各方領分別是國王亨利三世、吉斯公爵亨利、波旁家族的亨利。1585年，吉斯公爵亨利取得西班牙的支持，在南特重組天主教同盟，巴黎、里昂、波爾多、馬賽、第戎等城市紛紛歸附。同時，法王亨利三世又撤銷了兩次和解的敕令。胡格諾教徒只得在波旁家族的納瓦爾國王亨利的旗幟下應戰，並得到英國和德意志新教諸侯的支持。1587年1o月2o日，新教軍隊在庫特拉擊敗天主教同盟軍。吉斯兄弟不久也重創胡格諾派軍隊。1588年5月，天主教同盟控制下的巴黎迎接吉斯公爵入城，包圍王室住地盧浮宮，國王亨利逃出巴黎，並在魯昂簽署聯盟敕令，滿足了天主教派的一切要求。同年12月，國王的近衛軍暗殺了吉斯公爵和天主教同盟所有領。巴黎聞訊後生暴亂，並成立以吉斯家族為的新政權。受到新舊教派夾攻的亨利三世同納瓦爾國王結盟。1589年8月1日，亨利三世被刺身亡，納瓦爾國王亨利成為法王亨利四世。但天主教派拒不承認，內戰戰火繼續燃燒。亨利四世連續在軍事上取得勝利，但無法攻入巴黎。鑒於法國9o%以上的人口都信仰天主教，亨利四世於1593年7月25日在聖德尼大教堂改信天主教。6天之後，新舊教兩派勢力達成為期3個月的休戰協議。1594年3月22日，亨利四世凱旋進入巴黎，受到隆重歡迎。此後的四年中，各地紛紛歸附，亨利四世還趕走了混戰之中攻入法國的西班牙軍隊。
1598年4月，亨利四世頒布「永久性」的「南特敕令」，宣佈天主教為國教，胡格諾教徒在法國全境有信仰新教的自由，在擔任公職方面享有同天主教徒同等的權利。5月，西班牙同法國議和。3o多年的胡格諾戰爭自此結束。
胡格諾戰爭的結束，使法國王權得到振興。戰爭期間，巴黎和外省的高等法院經常抵制王命，各地貴族不同程度地恢復了「自由」特權，如徵稅和募兵。內戰的結束和亨利四世的勝利，有助於重振王權，為民族國家的統一和經濟的復興創造了條件。亨利四世在相蘇利的協助下進行了全面整頓和改革，使工商業和農業迅繁榮起來，國庫由空虛變為充盈。亨利死後，路易十三的相紅衣主教黎塞雷徹底剷除了貴族的獨立勢力，建立了以王權為核心的地方管理體系，實現了中央對地方較為嚴格的控制。
「南特敕令」雖然保留了胡格諾教派的一些特權，但仍具有劃時代的意義。它是基督教歐洲國家實行宗教寬容政策的第一個範例。教皇克萊芒八世曾譴責「南特敕令極為可憎，它給予每個人以信仰自由，而這是世間最有害的事情」。這從反面表明了「南特敕令」對於解放人的思想、打破天主教一統天下的局面具有「開天闢地」的影響。