上回說到伏羲成就天皇后便把人族共主之位傳給了神農，他則去了火雲洞。帝虛沒有在伏羲成就天皇后離開，而是留在了人族，他依舊住在原先的山上，不過現在叫墟山了。卻是帝虛在等蚩尤等巫族出現。
神農當上人族共主之位，在人族中大力推廣農耕，發行各種農作之法。人族生產力大大提升，人口日益壯大，人族發展又一次提升。神農以德義治理天下。他行事光明磊落，大公無私，天下萬民共同愛戴。在他治理的地方，不賞而民勤、不罰而民正，人民生活富足而快樂。
人類學會種植五穀後，許多吃不完的糧食因為保存不好而毀壞。神農又教大家捕捉山中幼獸小鳥，用那些吃不完的糧食來飼養，等到幼獸小鳥長大後再將其宰殺。這樣，可謂一舉兩得，既將那些吃不完的糧食發揮了功用，有免除了人族去山上捕獵的危險。慢慢的，人們發現豬、牛、馬、羊、狗、雞等六種動物最好飼養，便將其統稱為「六畜」。
五穀六畜的出現，標誌著人類文明進入了一個嶄新的農業發展階段。這時候，人類的勞動果實已有剩餘。人族的勞動果實多餘起來後開始互相交換各自所需，這就是原始社會的以物易物。清墟也想到了金錢的傳播，只是現在卻還是早了點，畢竟現在以物易物的問題還不是太嚴重，現在發展金錢的流通會有些阻礙。
天道之下萬物的發展都會有相應的靈寶出世，如同這人族，現在人族大興天道自然要發行一些靈寶來鎮壓這人族氣運，落寶金錢是人族金錢之祖，鎮壓世間金錢氣運。在人族大興之時，天道便誕生了一系列的寶物，清墟自然要前去收取的，再說這金錢的氣運功德何其龐大，清墟是想也不想就把它收取了，再說這落寶金錢也是一寶。
神農將人族治理得井井有條，天下間少有人族為食物來源死傷之事。可惜好景不長，這年天下大旱人族收成不佳，有那些個人族誤食有毒之物中毒而死，這種情況時常發生，那神農開始為此事擔憂起來。神農又聽說清墟在天皇時期所露出的種種手段，便親自前往墟山求教。
神農來到墟山便朝清墟一拜，「請道長教我解毒之術。」清墟讓過神農一拜，人族共主之拜可不好受。而他知神農已被玄都代師收徒，也不想搶老子的功德，便道：「共主對解毒治病還是尊師擅長，還是去問尊師吧。」帝虛說罷便把神農送回了人族的聚集地，神農從清墟處得知自己的師尊擅長此道便迫不及待的前去請教了。
玄都已得老子指點見神農來了便道：「人族發展必然是以食為天，你雖然推廣了人族農耕畜牧之事，卻未教導人族識別萬物。人族生老病死雖為天理，但也有一線生機延續人族壽命。現老師賜你的神農鼎，郝豬鞭給你。吾再教你煉丹之術，神農鼎可用來煉丹以解人族之難，郝豬鞭可助你識別萬物。一切還得看你自己，去吧。」
神農得到玄都指點後開始辨識天下萬物，以解人族困難。那神農在玄都身邊多年學習，也知道識別萬物的困難，你最大的困難就是在識別萬物的時候要嘗遍百草，其中有些是有劇毒的，神農在誤食之後經常中毒，還好有玄都從老子那拿來的丹藥解毒。
丹藥雖可解毒，但是那也只是排毒，有些餘毒還得慢慢的排除，神農每日嘗遍百草瞭解其中的性能，雖有丹藥解毒，可身體中的餘毒混雜太多，形成連環劇毒，一旦發作起來大羅神仙也救不了，只是神農身具太乙玄仙的修為可以壓制這些劇毒，但也不是長久的辦法。
神農在嘗百草之中有一大劫，老子早就知道，只是這劫也是神農必經之劫，老子只好讓玄都隨時注意這個徒弟，免得人皇未證，反而應劫身隕。
神農在嘗遍百草之時發現許多藥物可以用來治病救人，還有一些東西也可作為食物，便傳授與人族，人族自此也有了蔬菜可食，醫藥治病。
神農在嘗百草之時無意間吃下斷腸草，這斷腸草劇毒無比，再加上神農體內各種劇毒發作，這毒性可謂無藥可解。就在神農將要身亡之時玄都趕到。將神農體內毒物全數排解後，玄都道：「師弟為人族嘗遍百草，了解藥性，可你卻不知這藥即便可救人，但它也帶了三分毒性，可謂是藥三分毒。你如此嘗遍百草，體內劇毒可謂無解，若非師尊有丹藥可為你洗經伐髓，重塑身軀，只怕你的小命難保。如今你為人族嘗遍百草，這藥經也快完成，也該整理一下你這些年來所得，將來也好傳授給人族。」
神農道：「師兄所言甚是。」
神農繼續嘗百草，將洪荒常見之物，不常見之物一一寫進書中。只是神農得玄都指點，在那藥經之前寫下是藥三分毒之說，這在後世醫術上人所皆知。
神農寫完藥經後，開始研究藥理為人族治病。人族中人何其之多，那些病症雖無後世那麼多，可每日前來看病求醫的也不少，神農一邊為人族看病，一邊研究治病之法寫在藥經之上。神農也將這藥經傳授給人族，讓人們知道萬物的藥性與作用。一些人在神農那裡學到不少醫理，便開始學神農在人族四方走動，為人治病。這些就是最早的遊方郎中。
神農在為人族治病之時，清墟來見神農教他了用針灸之法治病，那人體經脈穴道繁雜無比，清墟為其指出大概，那些細小之處讓神農自己去研究。
神農在人族治病多年，研究無數屍體寫下人體經脈穴道全圖，在研究經脈穴位之時而且還把人體研究個透徹，也一併寫在書上留於後人學習。本來這人體全圖，現在還沒人敢研究的，畢竟這是對死人不敬的。那神農身為人族共主，為了人族研究醫理，人族自然感激還來不及，倒不會阻止神農此舉，倒有不少人前來獻身幫助神農研究。這些當然也是清墟的推舉了，他想讓人族醫理快速發展，就先讓神農把這醫術研究個通透，還免去後人不少的麻煩。
而清墟不僅教了神農針灸之法，也把後世的一些病例，治療之法說了出來。
神農在位研究醫理花去三百多年，此書一成天地震動。那神農寫下的藥經，囊括了後世所有病症，其中的治理之法寫得清清楚楚，而且此書把洪荒中所有的東西全部詳細的記載下來，就算那些洪荒絕種的東西在這書中也有詳細的記載，此書可謂記載完了洪荒過去未來一切。此書一出可謂是逆天的存在，雖然此書只是為解人族危難而出，可裡面有些東西卻不該出現，天道為此震怒欲將此書毀去，可神農為人族發展有大功德，天道只好將那天劫臨而不發。也不退去。
天上有一騎青牛的道人作歌而來。
「玄黃世兮拜明師，混沌時兮任我為；
五行兮在我掌握，大道兮渡進群賢。
清淨兮修成金塔，閒遊兮曾出關西；
兩手包羅天地外，腹安五嶽共須彌。」
正是玄門第一聖太清太上老君。
他來到神農身前道：「徒兒，你的書因帝虛師弟之因已遭天嫉，為師思之，你留下一半藥經在人族，剩下的一半你自己帶著以後可找機會傳下。」
神農也知如此解決是做好的，便接納了老子的意見「謝師尊指點。」
神農將自己寫下的藥經半部傳授給人族，見得人族有藥經之助今後可減少傷亡，心中不由得欣慰。
神農傳下藥經半部，被世人稱作《神農百草經》，流傳人族之間，人族得到此書的幫助，死傷人口大減有了此書人族的壽命也開始延長，這卻是大有益於萬民。神農在位幾百年，早該證得人皇果位，如今神農將《神農百草經》傳世，神農也功德圓滿，證得人皇。
神農證得人皇，聖母女媧便前來，玄都**師，領了老子的法旨，前去人族宣旨，將神農生平所做功德一一宣讀。
神農證得人皇，那天皇伏羲坐著九龍輦前來迎接。伏羲道：「御弟今日功德圓滿，該放下人族共主之位與我同去火雲宮。」
神農笑道：「同去。」兩人坐著九龍輦往那三十三天外而去。這次的功德有女媧，老子，帝虛，神農分了，卻是帝虛幫助神農著成了《神農百草經》，卻有功德所得。
在神農著書之時，他的女兒女娃因無聊前去東海邊玩，在岸邊見一身著華貴衣服的的少年騎著另一個少年。女娃見著便上前說道：「你這人怎麼可以如此欺負他人，還不快快下來。」
那身穿華貴衣服的少年看了一眼女娃，道：「吾乃東海三太子，你是什麼人敢來管我。」
「吾乃人族共主之女，你說我能不能管你。」
「吾乃龍族，不是人族你還管不上我。」
「你欺負人族之人我為何不能管你。」女娃說著上前便朝三太子打去。
三太子從沒被人打過一下子便愣住了，見女娃又朝他打來便叫囂著朝海裡逃去：「等你來到海上看我不好好教訓你。」
女娃見三太子退走了，也不追趕在海邊玩了起來。她看見一艘小船，便劃著去了海中，東海三太子見剛剛在岸上打他的女娃駕著船來到了海上，便想捲起海浪嚇唬一下女娃。但是他沒想到自己控制不好威力把女娃淹死了，在知闖禍後便逃到水晶宮中，但是他不知他是逃不過這一劫的，殺死人族共主之女可是大因果。
帝虛見女娃死後化成精衛便收到盤古殿中，卻是帝虛認為以後遊覽洪荒有兩個人跟著也不無聊。（女娃和敖帝）
而神農得知女娃身死便一夜老了很多，後從他師兄玄都處瞭解女娃被帝虛帶走了，便一心一意著《神農百草經》才使在短短幾百年就完成了。
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