「現在我就直說好了，你這麼做的目的我也很清楚，而且我想你也應該很清楚，我要把你撈出來是一件很簡單的事」武明一隻手按在初號機的頭部，這時候綾波唯感覺自己的靈魂似乎被什麼東西抓住了，只要武明願意，綾波唯馬上就得離開初號機。
「不過你不會這麼做，不然你也沒必要在這裡跟我說話，直接把我撈起來就行了。」綾波唯的語氣顯得很平靜，也不知道是她本性就是這樣還是說跟初號機融合後淡化了作為人類的一部分情感。
「不知道是誰說的這句話，越是聰明的人就越討厭，這句話還真是至理名言啊。」武明有些頭疼地收回了手，「算我敗給你了，你要待在初號機裡面是你的ziyou啦，不過你的兒子怎麼辦？小真嗣對於這件事恐怕是完全不知情。」
「現在他沒必要知道這種事，等人類補完計劃開始的時候，他自然會知道他需要知道的一切。」綾波唯的語氣聽起來有些無奈，「我知道以你的能力，人類補完計劃也許只是一個玩笑，不過這是我們人類反抗命運的證明，所以我想請你不要阻止我。」
「反抗命運啊，我也在做這種事，只不過我要反抗的恐怕不只是命運那麼簡單。」武明搖搖頭離開了初號機，「放心，我不會把你揪出來，不過我會讓你睡上十年左右，畢竟每天被你這樣子盯著的感覺可不好受。」
「那還真是謝了」綾波唯的聲音漸漸地淡去，因為武明的術式，她的靈魂開始休眠，先別說要是讓她連續十一年都盯著研究所過會怎麼樣，武明自己都覺得不能淡定了，所以倒不如讓綾波唯睡一下。
「我還以為你會把唯揪出來呢，老闆這可不像你的作風。」八雲紫站在武明身邊說道，以她對武明的瞭解，這種時候武明應該是先把綾波唯撈起來再跟她說話的，上次解決露米婭的事的時候也是這樣子，先斬後奏。
「好，我整理的世界的真實還有些殘缺，其中一部分的殘缺就是綾波了。」武明指著初號機說道，「裡死海書裡記載的零之使徒就是你們之前每天見面的綾波，也許她自己都不知道，她已經被這個世界選擇了，在不久以後的未來，她將是引導人類的一個重要部分。」
「我還以為零之使徒是你隨隨便便加進裡死海書裡面的呢。」八意永琳放下了手中的工作，選擇這場實驗已經沒有進行下去的必要了，「不過既然是引導人類的重要部分，你不是更應該把她掌握在手中嗎？如果把她救出來的話不是能更好的掌握這個因素嗎？」
「雖然我自己也不是很清楚，不過我有一種預感，這個所謂的零之使徒恐怕很快就會重新出現在我們面前，我根本就什麼都不用做。」武明還是很相信自己的預感的，畢竟這種預感曾經多次救了他的命
「武明，你做得很好，讓她在實驗事故里消失的話就不會留下那些痕跡了。」在seele的會議上，基洛對武明的表現很滿意，他沒想到武明接到任務之後的第二天就讓綾波唯從這個世界上消失了，而且沒有留下任何破綻。
「畢竟這是她自己提出的實驗，出問題是她自己的事，就算要追究責任也找不到我的頭上，最多只能算是綾波她自討苦吃而已。」武明攤開手說道，他剛剛對seele的報告中已經明確肯定了綾波唯的死亡。
「很好，剛剛我們已經把綾波唯所在的家族的資金都凍結了，這樣的話綾波源渡想要追查也沒有這個能力了。」另一個seele的門徒，「現在關於綾波唯的資料大致上已經全部消失了，這樣就不會再有人阻止我們偉大的計劃了。」
「我說不用管綾波源渡嗎？」武明趴在桌子上問道，「據我所知那傢伙對綾波唯可不是一般的上心，再加上他本人的能力也不是隨便一個科學家能比的，不好好地處理的話我擔心會留下什麼問題。」
「綾波源渡？這一點你倒是可以放心，現在這個世界上已經沒有綾波源渡這個人了，有的只是碇源渡而已。」基洛冷笑了一聲，「現在碇源渡所知道的只是綾波唯在實驗中出了事故，而她本人所屬的家族因為她的死而開始爭奪財產，在這個基礎上，他和他的兒子碇真嗣都被趕出家門了。」
「連姓氏都逼著他改了，看來你們的效率也夠恐怖的。」武明冷冷地說道，正如綾波唯所說，對殘存下來的人類也是一樣，要毀滅人類是很簡單的事情，也許比起使徒，人類本身要可怕得多。
「沒你厲害，你可是接到命令的第二天就讓綾波唯出實驗事故了，你的效率才叫可怕。」基洛毫不在意地說道，「原本我以為你要等上幾天再動手的，不過這樣也好，早點解決綾波唯也免得夜長夢多。」
就這樣，一個名為綾波唯的人在世人的認識中死去了，只有武明他們知道，綾波唯其實還活在初號機裡面，也許以碇源渡的能力也猜到了這件事，不過只要seele認定綾波唯死掉就行了，這樣也可以保護碇源渡和碇真嗣。
以小真嗣現在的年紀，他還沒辦法明白死的概念是什麼，在他的眼裡，媽媽不知道因為什麼原因去了別的地方，現在是不會回來的了，不過也好，這樣他就不比承受失去至親的痛苦了，在綾波唯出事後，碇源渡就把他送到了親戚家寄住。
對於綾波唯的死，雖然碇源渡似乎很生氣，可是卻沒有在人工進化研究所裡做出什麼過激的動作，只是像武明要了綾波唯進行實驗的時候使用的lcl溶液，武明也沒有拒絕，很爽快的就給了碇源渡。
至於碇源渡要拿那些lcl溶液來幹什麼，武明也很清楚，碇源渡除了負責製造eva的武器，他還負責看管第二使徒莉莉絲，根據武明的情報，碇源渡不知道用什麼辦法把莉莉絲的靈魂分離出來了，這一次他帶走的lcl溶液裡面可是混有綾波唯的基因的，不用想他肯定是拿來製造莉莉絲靈魂的容器的。
時間對於武明他們來說其實真的沒什麼意義，十一年的時間對於碇源渡來說也許很長，可是對於武明他們來說只是轉眼間的事而已，在這十一年裡發生了很多事，第三新東京市就在東風谷早苗的故鄉箱根建立了，也幸虧八阪神奈子她們在第二次衝擊後就跑進了幻想鄉里，不然她們就會因為第三新東京市的建立而完全喪失信仰之力，的時候她們離消失也就不遠了。
現在的第三新東京市雖然宣稱為預計取代第二新東京市的首都，實際上，卻是迎擊使徒的要塞都市，在第三新東京市下方的，是廣大的地下都市，其中央坐落著特務機關nerv總部，最下面的中央教條區則存放著第二使徒莉莉絲。
碇源渡因為自己的能力突出而被seele任命為nerv的總司令，雖然因為綾波唯的事seele對碇源渡有一定的戒心，不過一時之間也找不到比碇源渡更合適的人來擔任nerv的總司令，所以只能讓碇源渡來干了。
完成eva的製造的任務後，武明被seele任命為技術特派員去參與nerv的運作，在nerv裡面，武明擁有在他認為必要的時候指示nerv行動的權力，其實這也是seele不信任碇源渡的緣故，他們派武明去nerv更多地是為了監視碇源渡。
「大姐，你就不能讓我幾個人頭嗎？我的賈克斯完全發育不起來啊。」武明已經開始佩服自己的預感了，綾波唯跟初號機融合後沒幾年她就再次出現在武明面前了，不過她換來一個名字，現在她的名字叫綾波麗。
武明一開始還不相信這個剛剛被碇源渡在培養缸裡培養出來的容器就是綾波唯的，不過她提出跟武明solo一把後武明就全信了，因為武明又一次被虐得生活不能自理了，所以他不得不承認綾波麗就是綾波唯。
「老闆啊，你要是不用計算量作弊的話我倒是可以考慮，不過你一直在用超過常人一萬倍的速度來思考，你以為我不知道嗎？」綾波唯，現在應該叫綾波麗了有些得意地說道，在電玩方面，武明完全不是她的對手。