圍攻絳州的三十六營義軍雖然知道大同薛家軍回來救援，卻沒有想到薛家軍來得這麼快，薛家軍的人馬會如此的多，倉皇之下兵敗如山倒，二十多萬大軍基本上沒有像樣就作鳥獸散了。
紫金梁王自用沒有來得及召集兵馬，哈日珠拉帳下萬夫長阿如罕，率領蒙古鐵騎已經踏破王自用的中軍，猶自要負隅頑抗的王自用，被部將張述聖、姬三兒挾離了中軍，王自用剛剛離開中軍大營，整個營盤就被阿如罕的蒙古大軍佔領，不久逃出來的敗兵告訴王自用，大將黃虎已經死在亂軍之中了，王自用知道敗局已定歎了口氣，率領部分人馬投萬榮去會合闖王高迎祥部。
蒙古阿如罕的騎兵後發先至，所部包括薛九、薛十、薛慶益、肖參將、劉國永的四千人馬，會合薛六的大同軍，兩萬多將士六萬多戰馬，那陣勢端的是千軍萬馬，人農民出身的起義軍嚇破了膽，整個起義軍幾乎是不戰自潰。
絳州城軍民得知義軍殺到，在王大軍的率領下出城聚殲殘敵，殺死和俘虜義軍達到五萬多人，其中俘獲的義軍首領就有大名鼎鼎的撞塌天劉國能，隨後阿如罕、薛六轉攻武平關方向的義軍，哪知道見機得快的點燈子趙勝、闖王高迎祥、不沾泥張存孟、大王張獻忠、、曹*羅汝才不戰而逃，掃地王、邢紅狼，黑煞神、亂世王、張妙手、白九兒、一陣風、七郎、大天王、九條龍、四天王、上天猴、丫頭子，齊天王、映山紅也跟風逃走，阿如罕、薛六不戰解了武平關之圍，雷霸天、溫存陽率領武平關軍民出關還是繳獲了義軍遺失大量帳篷牛羊糧食財物，算是狠狠的發了一筆橫財。
薛六遵照薛雲的既定政策，有選擇的招募了一批農民軍俘虜，人數在五千人上下，然後根據農民軍互相之間的舉報，斬殺了千帶有血債的義軍頭目和士兵，並把剩餘的兩萬多義軍釋放，發給少量的糧食許他們去投盤踞在萬榮的起義軍。
不過這些去投奔萬榮的義軍俘虜，在途中遭到來自沁水的曹文詔部的攻擊，手無寸鐵的義軍俘虜，被曹文詔、曹變蛟叔侄屠殺過半，這些被薛六釋放的義軍俘虜，只有五六千人義軍逃到了萬榮，其餘的義軍紛紛四散奔逃，後來很多義軍將士逃到北直隸、河南、山東境內流浪作亂。
紫金梁率領闖將李自成、滿天星、李晉王、黨家、破甲錐、金剛、混天王、蠍子塊、催山虎、沖天柱、油裡滑、屹烈眼敗至萬榮，十餘萬人馬損失過半，特別是李晉王、黨家、破甲錐、金剛幾部幾乎全軍覆沒，王自用所部同點燈子趙勝、闖王高迎祥、不沾泥張存孟等部會合，還是有近十七萬人馬，而薛家軍並沒有乘勝追擊，這使得三十六營的義軍鬆了一口氣，不過這些義軍再不願意跟薛家軍作戰，吵鬧著要殺回陝西去。
自絳州兵敗王自用的威信大降，又得被放回來的義軍報告，薛家軍願意跟義軍井水不犯河水，這使得三十六營的義軍頭領更無戰意，甚至還恨上了李自成、張獻忠兩個積極主張攻打薛家軍的禍包，特別是是張獻忠被爆出跟米脂薛家軍的舊怨，憤怒的三十六營義軍首領差點張獻忠撕成碎片，還好在闖王高迎祥的庇護下，在武平關損失慘重的張獻忠，率先從榮河逃入了陝西境內的韓城。
隨後紫金梁王自用順從眾議，等到自己和點燈子的老營從大寧、石鼓來投，就率領陝西三十六營義軍從韓城返回陝西，到了韓城之後義軍分裂成兩大股，闖王高迎祥、點燈子趙勝、不沾泥張存孟、闖將李自成、大王張獻忠、曹*羅汝才等留在陝西南部活動，紫金梁王自用率領老回回馬守應、混天王、蠍子塊、催山虎、沖天柱、油裡滑、屹烈眼、上天猴、丫頭子等北上會合綏德州的王子王照希，得知三邊總督洪承疇去了山西，一舉攻下了葭州城，毛知縣趁亂逃走，守備郭景嵩陣亡，接著王自用再陷府谷、神木，佔領了陝西整個東北角，兵鋒之盛遠超橫天一字王王嘉胤當年。
王自用的實力還是陝西義軍中的老大，不過久走夜路吃了虧的王自用，對米脂高家軍寨是敬而遠之，甚至在位子王照希控制的綏德州，也沒有加派一兵一卒，更不要說去拿下綏德城了，就是這樣王照希跟王自用還是逐漸陷入了水火不容的境地。
在薛家軍和陝西義軍絳州之戰中，獲利的除了客軍曹文詔部之外，平陽府的官軍有獲利頗豐，薛六考慮到保護杭州至大同的商路，也為了給日後留下合作的空間，薛家軍對平陽府官軍奉送了大量從義軍繳獲的戰利品，足夠平陽府官軍報一個殲滅上萬義軍的大功，而平陽府官軍中，千總趙日滿更是得到了查乾巴日的饋贈，二人私下連續見了幾次面，從此趙日滿成了薛家軍埋在平陽府官軍裡的內線。
薛六為了加強絳州和武平關的實力，徵求了薛九、薛十的意見，由薛九、薛十率領本部人馬，各領一千從俘虜徵召的新兵，駐守絳州城和武平關，其他三千新兵補充給了薛慶益、肖參將、劉國永所部，月十一日，薛六得知大同城生變，急忙辭別李知州、薛九、薛十等，率領本部人馬和阿如罕的蒙古軍返回大同城。
月初日，陽震雷接到潛水衛密報，大同城內城隍廟、姜子牙廟、法華寺、玄貞觀、華嚴寺、清真寺、純陽宮都發現不明身份者，陽震雷連夜抓捕了數名混入大同城的流民，用「柔情蜜意香」審問，才得知是這些人是剩下的官兵，潛伏在大同城的官兵不下數百人，只等總督大人洪承疇的兵馬一到，就裡應外合拿下大同城。
陽震雷立刻把情報報告給余大小姐，余大小姐雖然注重親情，但是對待敵人殺伐非常果斷，立刻下令費千總、王千總、汪千總把守好東南西三門，有通知心腹余三千總守住北門，隨後聯絡羅國輝、張參將、梁參將會合總兵府人馬，聯合清剿大同城內潛伏的陝西明軍。
從三更天開始到初九日正午，一共清剿潛伏在大同城內的陝西明軍一千人，牽出大同城參與同謀的官員七人，富商士紳二十三人，涉及家小奴僕三千多人，薛家軍潛水衛還在進一步深挖情報，薛家軍這次清剿行動使得洪承疇原定初九日偷襲大同城的計劃失敗了。
月初九日傍晚，陝西三邊總督洪承疇率領延綏總兵杜文煥、延綏巡撫張福臻、延綏東路總兵尤世祿、總兵賀虎臣、副將艾萬年、參將陳洪範、賀人龍、王承恩五萬人馬抵達大同城下，可是整個大同城是旗幟招展森嚴壁壘，城牆上兵馬眾多來回巡視，洪承疇就知道自己的計劃失敗了。
月初十日晨，偷襲失敗的洪承疇包圍了大同城，可是陝西明軍缺少攻城器具，洪承疇只好命令官兵製作簡易雲梯，準備趁著大同城兵力空虛一舉破城，不過大同城方面夠狠，一早上就砍了五千多人，從城牆上推了下來，屍體鋪滿了大同城四門之外，大同城未戰就充滿了血腥。
洪承疇知道被殺的都是自己的官軍和同謀的官員士紳家人，這下子洪承疇對大同城內應再無一絲奢望，延綏巡撫張福臻說道：「總督大人，大同城再無內應，攻城恐怕勞而無功啊。」
洪承疇心裡憤懣之極，大同府監軍張公公、趙巡撫、李知府、余副將、大同衛羅指揮使、張參將、梁參將、圖千總俱從逆賊薛雲，不然自己憑著皇上的號召力，才收編到一下小魚小蝦，最後全部覆滅不說，還連累了自己一千精兵。
洪承疇說道：「張大人，事已至此，趁著薛家軍主力在絳州，一鼓作氣拿下大同城，端掉薛家軍的老巢。」
延綏巡撫張福臻說道：「總督大人，我軍千里奔襲，缺少攻城器具，要攻打大同城這樣的堅城，而且失去了內應，幾乎是不可能成功的。」
洪承疇被張福臻說得心裡窩火，不過也不得不承認張福臻說得在理，但是性格驕傲的洪承疇，是不能忍受損失上千官軍無功而返的結局，希望能夠趁著薛家軍大軍未歸攻下大同城城池。
洪承疇說道：「張大人，薛逆在大同城裡屠殺我大明軍民是人神同憤，相信大同城裡並非人人向著薛逆，我奉皇命討伐薛逆，相信大同城軍民定會審時度勢，與薛逆劃清界線歸順朝廷。」
張福臻心說總督被仇恨蒙蔽了眼睛，這個大同城是大明數一數二堅城，以陝西軍這點實力根本打不下來，要知道薛家在大同城經營多年，可以說是萬眾一心銅牆鐵壁，豈是總督大人說的一盤散沙，就算陝西軍真的攻下大同城來，恐怕陝西明軍家屬也是家家披麻戶戶戴孝了。
張福臻還要向洪承疇建言，洪承疇手一揮說道：「趙大人，本督心意已決，你不必多言。」
張福臻見洪承疇獨斷專行不由得黯然，就在這個時候延綏總兵杜文煥來到洪承疇低聲說道：「總督大人，有絳州薛家軍和陝西三十六營流寇的戰報。」
洪承疇說道：「哦，雙方的戰況如何。」
延綏總兵杜文煥說道：「月初四日，薛家軍薛六攜蒙古軍一日破圍攻絳州的三十六營二十多萬流寇，聚殲流寇近十萬人，絳州城、武平關之圍一解，賊首王自用率部南逃，現薛家軍和蒙古軍正在絳州一線休整，估計剋日即將北歸大同府。」
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