對於應天作為帝都，朱元璋始終有些不滿意，他的理想的都城之地是老家濠州或是古都長安、洛陽、開封建都，當然，大都（北京）也在考慮範圍內。然而，不怕不識貨，就怕貨比貨。長安、洛陽兩地，久經戰火，早已破敗不堪，要重修建都，耗費極大，而在濠州，中都的修建耗費極大，大臣們都反對，百姓也有意見，甚至因此而發生起義。不得已停止了修建，至於開封，好是好，城池堅固，在北宋、金、元時期發展很繁榮，遺憾的是不易防守，而且由於地勢低，有洪水的威脅。北京是故元之都，元朝新亡，建都於彼，君臣皆以為不吉利。所以他才勉為其難，定下應天為都城。
雖說已經早昭告了天下，但心中對應天仍舊不滿意，在他看來應天做為都城，有三處困擾著他，一是中原的局面一直在北方，建都南京有偏安性質；二是元朝殘餘勢力仍虎視中原，伺機南下，建都南京有鞭長莫及的感覺；這兩處倒也罷了，畢竟可以慢慢改變，唯獨第三個隱患，讓他心中著實不安。
應天就修建宮殿而言，的確比中都，汴梁差了許多，燕雀湖地勢低窪，又距離外城太近，戰時易受城外敵軍威脅，並非理想的地點。但軍師劉伯溫判斷此地為「龍頭」寶地，對於劉伯溫的能耐，朱元璋深信不疑，不得不在此修建新宮，為了修建新皇宮，他調集幾十萬民工填湖。由於湖廣勢低，填湖工程十分浩大，需要大量的土石，故南京民間有「遷三山填燕雀」的傳說。燕雀湖大部分被填平後，為了防止地基下沉，又在殿基下打入無數密集的木樁，上蓋巨型條石，然後再在上面建造宮殿，並鋪蓋磚石結構的大型水道。為了使內宮水源澄清，又在遺留的湖底鋪以大量雨花石，讓湖水穿城牆而入，在內宮屈曲環繞。便是這樣，朱元璋認為這破壞了風水，對子孫後代不利。所以，他一直想遷都。遷往何處？他心目中認為長安較好，長安有函谷關、隴蜀的沃野千里，南邊有巴蜀的富庶，北邊有胡人畜牧的便利，可以在三面防守，並向東方牽制諸侯，只要握住渭水通運京師，當東方有變，就可以順流而下。正所謂金城千里，天府之國。是最為理想都城，可眼下天下尚未統一，遷都之事不是小事，需要從長計議，這才是他沒有遷都漢中的緣由。
「陛下——？」一個太監看著朱元璋緊皺的眉頭放了下來，這才小心翼翼的弓著身子走了上前，叫了聲。
朱元璋端坐在龍椅上，隨手端起茶几上的茶杯押了一口茶，眼皮抬了一下，道：「何事？」
那太監一副如臨大敵的模樣，戰戰兢兢的道：「回，回稟陛下，大元帥送上了諜報，相國大人派人送進了宮中！」
「諜報，在哪裡？」朱元璋一驚，騰了一下站了起來。
那太監嚇了一大跳，更加擔心的道：「回稟陛下，在奴才這裡？「
「拿過來！」朱元璋喝道。
「是！」那太監急忙送上諜報。
朱元璋沒有急著翻開諜報，而是掃了一眼那太監，從鼻腔裡冷哼了聲，道：「這諜報你從何處得到？「
那太監心頭一驚，隨即汗流如雨下，顫聲道：「奴才今早收拾陛下書房時，恰好看宮中錦衣衛送來諜報，奴才怕陛下忘記看了，才大著膽子給陛下送來——？」
「大著膽子？」朱元璋冷笑了聲道：「你果然大膽！來人拖出去！仗責五十！「
「陛下饒命啊，奴才，奴才再也不敢了？再也不敢了？「那奴才跪倒在地，大聲求饒。
朱元璋道：「昔年唐代宦官自殿中監李輔國開始掌握了軍權，「寶印符契，晨夕軍號，一以委之，日後宦官不但總領神策軍，而且還組建牙隊，最後形成專權，甚至有立廢皇儲之大權，唐文宗甚至稱自己不如周赧王和漢獻帝，宦官如此可惡，朕豈能縱容！「說道這兒，朱元璋眉頭一皺，眼裡射殺出一絲殺氣，對著門口的錦衣衛道：「傳令下去，今後我大明一朝，有太監干政者，處以斬刑！」
這一句聖旨一下，有洪武一朝，太監都不得過問政事，洪武十七年，朱元璋特意鑄了一塊鐵牌，懸掛在宮門上。鐵牌上寫著：「內臣不得干預政事，犯者斬。」直到後來朱棣起兵「靖難」，刺探宮中事，多以建文帝左右為耳目，許多宦官立過戰功。如狗兒、李興、鄭和、馬靖等，開始受到重用。「蓋明世宦官出使、專征、監軍、分鎮、刺臣民隱事諸大權，皆自永樂間始。」雖然宦官參與了不少政治活動，但還沒有達到專權的程度。到明英宗時，開始形成宦官專權的局面，朱元璋太監不得干政如一紙空文，明朝的太監形成了獨特的局面。這個是朱元璋無法預料的。
^^^^^^^^^^^^^^^不好意思，不是湊字數，這些都不要錢的，說兩段小故事！呵呵——
傳說南京城及皇宮建好後，朱元璋率領群臣登上紫金山，俯視都城之氣派。南京城96里，13個城門，宮殿雄偉，在當時世界上也是少見的。對於在自己手中創造了這樣一座宏偉的都城，太祖朱元璋很是得意，炫耀地問群臣：「我的都城建得怎麼樣啊？」群臣自然都是讚不絕口。唯獨14歲的四皇子朱棣說：「紫金山上架大炮，炮炮擊中紫金城。」朱元璋定睛一看，不禁冒了一身冷汗。原來南京都城周圍山巒起伏，東面鍾山，南面雨花台，北面幕府山等，一些重要制高點都在城外，這是城防的大忌。朱元璋心中惱怒，不過，當時沒有發作。回宮後，他讓太監給負責籌劃築城的劉基送去了一盤橘子。劉基知道皇帝怪罪自己籌劃失當，送橘子是恨不得將其剝皮抽筋吃肉之意，嚇得連夜逃入茅山避禍。
這當然只是傳說。不過，確實有個因書寫匾額惹怒朱元璋而被砍頭的真實故事。
皇宮中各門匾中的「門」字末筆直下至底而沒有向上的勾腳。「門」字的這種寫法，始於宋朝。據說宋偏都臨安後，玉牒殿失火，殿門燒光。宰臣奏說，宮殿匾額中的「門」字，末筆都有勾腳，帶火筆，因此招火，將這些匾額全部燒掉方能免災。從此以後，凡書寫宮殿匾額的「門」時字末筆都直下，不勾腳。朱元璋命中書詹希原書寫門匾。詹希原是明代著名的書法家，到朝中為舍人，常為宮殿公署榜題寫匾額，人們以得其書為榮。詹希原寫的時候，將「門」字最後一豎向內鉤起稍高了一點。朱元璋看後便大發雷霆說：「吾方欲集賢，詹希原欲閉門塞朕賢路耶？」遂下令斬之。