熊野寺的主持擁有一本日本武功的秘籍，從不示人，一個名叫上野守直的武士千方百計想得到它。
忍者堀川奉令行動，他打聽出秘籍收藏在寺內一間小建築裡，寺廟戒備森嚴，無法進入。於是他花了七個月的時間，挖了一條地道通到小建築底下，這時才發現，該屋建在一塊大石頭上，根本無法挖通。
可熊野寺主持已經發現有人在挖地道想盜秘籍，他派人在地道口突然用火攻，將堀川活活燒死。
上野又派了另一名忍者八郎去盜秘籍。
八郎長得年輕貌美，且能歌善舞，他被當作侍童招進寺裡，心術不正的僧侶將他打扮一番，當作同性戀的洩慾對象。
八郎終於引起了熊野寺主持的興趣，兩人也勾搭上了，八郎巧妙地利用副主持的嫉妒，打聽出主持是是半夜躲在密室用很幽暗的燈光來讀秘籍的。
一天晚上，當主持在密室幽光下讀秘籍時，八郎像貓一樣潛入密室，勒死主持，將秘籍收入圓筒，立時飛遁回去覆命。
迫不及待的上野守直從八郎手中搶過秘籍，根本不理睬八郎向他講述熊野寺主持在密室暗燈下閱讀秘籍這一重要細節，自顧自走進房間，把秘籍從金屬筒內取出，攤在陽光明亮的小桌上閱讀。
奇怪的事發生了，還不等他看完第一段，整個秘籍的文字就開始褪色，這第一段講的正是說明該秘籍是用一種一見光就消失的特殊墨汁書寫的。
告誡秘籍的主人不要讓它見光，否則文字會全部隱形消失。
一部具有極高價值的秘籍就這樣被毀掉了，但忍者們在盜秘籍中所採取的各種非常手段卻使人難以忘懷十二大陸。
由於忍者們幹的大都是涉及到上層權力爭鬥的秘密事件，而且危險性相當大，因此他們當中一部人的結局往往十分可悲。
危險首先來自僱主。這些陰險毒辣的社會頭面人物在不擇手段達到自己的目的後，怕事情內幕洩露，經常可能將執行任務的忍者殺死滅口。
忍者雖然本領超人，但難免有失算的時候，有一個忍者冒著夏日的酷暑，潛入一個諸侯住宅的地板後，一動不動準備偷聽諸侯內宅的密談。但在傍晚時分，被一個衛士察覺，衛士用長矛刺穿地板，將藏匿在下面的忍者殺死。原來夏日的蚊子圍著忍者叮咬，忍者雖然沒有發出任何聲響，但嗡嗡叫的蚊子卻暴露了他的行蹤。
忍者最可怕的敵人是武士。武士在明處，忍者在暗處，防不勝防，故武士最憎恨忍者，忍者一旦被武士捕獲，必然受到最殘酷的刑罰處死。
活剝皮就是酷刑的一種，皮膚被一片片剝下來，極其痛苦，而又不能立即死掉。所以忍者是絕對不肯讓武士活捉的。這裡講述一位最富有傳奇性的忍者的遭遇。
這位忍者名叫猿飛，因為他有象猿猴一樣在樹上攀援飛躍的本領，來去無蹤；同時他徒手格鬥的武功也很好，人們根本無法捕捉他。
有一次他被派去偵察住在某城堡中的一個將軍，偷聽到將軍和一位大臣的密談。
可當他離開城堡時被守衛發現，他立即躍上城牆，巧妙地避開了追趕的人，但當他跳落花園時，踩上了一隻暗設的捕熊鋼夾，將他的腿緊緊夾住。
這時將軍手下的衛士圍了上來，猿飛見狀，一刀將夾住的腿砍斷，單腳逃了很長一段距離。可終因失血過多，難以支持。
猿飛見衛士越來越近，知道自己沒有希望逃脫，便索性站定、大聲辱罵了追趕他的衛士，用劍毀掉自己的面容，使人無法辨認，然後揮劍砍斷自己的的脖子。一個聞名遐邇的忍者就這樣可悲地結束了自己的一生。
戰國時代中，雖然同為大名服務，不過忍者和武士的身份分別可謂是台前和幕後，誇張的一些甚至是天上地下如忍者是家奴武士是家臣，但其實也要看具體情況而定。
忍者雖然本領超人，但執行任務中也經常有失算的時候。有一個忍者冒著夏日的酷暑，潛入一個諸侯住宅行刺。為了不發出聲響他硬是用手在土中挖洞，用了十幾天的時間才潛入室內的榻榻米之下。就在即將大功告成的時候，他身上的汗臭找來了蒼蠅和蚊子，昆蟲的嗡嗡叫聲引起一個衛士的懷疑，於是衛士抽刀向下刺穿地板，將藏匿在下面的忍者殺死。
那些倖存下來的忍者當中一部分人也往往很寂寞的了卻殘生。
為何伊賀與甲賀的忍術如此發達呢?伊賀與甲賀離京都跟名古屋算是很近，而且位在重山險阻圍繞的封閉小盆地裡，自成一個小天地。可是在戰略上的位置卻是十分的重要。因為靠近日本的中央近畿地帶，所以受到京都的文化影響蠻深的。神社，寺院，莊園都很多。在後來莊園制度崩壞的時候，土豪們就一個個崛起。
忍者，簡單的解釋就是在古代日本一種受過特殊機構施以特殊忍術訓練而產生出來的特戰殺手、特戰間諜。
其所呈現的是屬於「派系組織性的單位」形態。
而這種「組織性的單位」有很多門派分佈在日本各地，有官方及非官方性質的。
基本上忍者這種產物的誕生其因素完全和日本古代「戰國時期」這種客觀環境有很大的關係。
日本古代「戰國時期」就如同早期中國的「春秋戰國時期」一樣，城邦分立，各自為政我的狐狸相公。
到處都是兵荒馬亂和充滿血腥殘酷的殺戮及無情的戰火。
而這些爭權奪利互相鬥爭的諸侯及軍閥們非常的迫切需要培養一批專業化的滲透部隊能快速潛入敵後進行偵查、刺探、暗殺、擾亂及破壞等的間諜任務。
「忍者」就是在這樣充滿動亂的險惡大環境中誕生出來的。
而早期這些諸侯軍閥們所培養出的「專業化滲透部隊」在初期事實上並非就有僱用到「忍者」，只不過算是任何政權都必然會設置的一種官方所屬的情報作戰單位，類似於「間諜」。
那後來產生所謂的「忍者」與「間諜」的差別在哪呢？我們都知道，「忍術」是從中國經兩國相互往來在文化上的交流而流傳到日本的一種特殊修道術。
「忍術」在日本逐漸演變成許多門派分佈在日本各地自成獨樹一格的修道派流。
忍者，原本只是一種對於「忍術修煉者」的稱呼，而某些自成派系的「忍術修煉者」本身就擁有眾多門下弟子。
這些「忍術修煉者」自己本身或門下弟子私底下就利用自己所習得的「忍術」培養了屬於個人所擁有的「專屬私人部隊」，開始以企業化及軍事化的經營理念方式管理，時而得受予金錢成為職業殺手僱傭兵，也時而受雇於政府單位部門執行敵後任務。
到後來因為政府單位以投資報酬率及投資風險的角度眼光去分析及評估，發現忍者的戰略價值、任務效率以及忠誠度高於一般的間諜及殺手，所以「忍者」到後期就逐漸受到政府單位的重視，也因此開始有了屬於政府官方的專屬忍者部隊。
「忍者」與「間諜」一樣，都是屬「特種作戰層級」的組織。
但忍者不一樣的地方就是除了本質學能上要受一般的間諜基本訓練外，其最為不同之處在於多了一項就是「忍術」的訓練。
忍者就是擁有忍術技法之特戰層級的單位所培養出來的終極戰士。
任務形態更為複雜，更加不單純，比一般間諜層次更高。這就是所謂的「忍者」。
許多人印象中總以為忍者每次出任務都是以黑衣蒙面的姿態出現，其實是受到武俠小說和電影的「物像化」影響。
的確，這種黑色的衣服確實是忍者出任務時經常穿著的服飾，但也是要看任務狀況而定，這種黑色的衣服也並不一定總是所謂的「忍者制服」。
事實上古代日本的老百姓在工作時也經常穿著這種黑色的工作衣，那是一種日本古代的工作衣。
而當忍者在暗夜人靜時能方便執行任務上的隱秘需求，才特別穿著這種染黑的工作衣，而在工作衣上有特別的一些修改，以符合任務及作戰上的需求。
而真正的忍者經常在出任務時不會像小說和電影所敘述的總是以黑衣蒙面的姿態出現，且經常化妝成各式各樣的社會人士或各行各業的角色混入一般人群之中，作為自我身份的掩飾。
例如乞丐、化緣和尚、技藝雜耍表演人、路邊小販、武士、浪人、修道士、江湖郎中等等不定的角色。某些忍者跟現代的情報員、特務的形態類似或一樣。
忍者通常在新月或陰天夜晚潛入敵方城樓與宅邸，如果總是全身黑色裝束，輪廓反而會更顯突出，因此，經常的基本裝束顏色是深藍。碰到月明星稀的夜晚，便換成灰色或是茶色裝束。
上衣裡頭有許多口袋，放一些不能淋濕的火藥、縫衣針、救急藥（包括安眠藥、毒藥）等；腰帶裡頭則放一些日用雜物。手套與綁腿，通常藏著一些暗器。