現在於孝天保證他們只要交出兵權，就既往不咎，而且還會給他們以厚撫，讓他們回家榮養，當一個富家翁，已經算是特別開恩了。
如果他們不抓住這個機會的話，恐怕等於孝天回頭解決了建奴之後，就不會再給他們開出這麼優厚的條件，到時候他們恐怕除了要交出兵權之外，連一個好下場都很難得到。
祖大壽迫於形勢，最終也只能服軟，接受了於孝天給他開出的條件，至於於孝天邀請他入兵部做事，他也選擇了婉拒，因為他作為一個外系之人，今後兵部肯定都是於孝天直系的手下，他即便是入兵部，估計也會受到排擠，絕難掌握多少權力，倒不如乾脆現在就急流勇退，回家當個富家翁，不問世事的好。
現在他已經可以確定，大明已經不是以前的大明了，眼前的這個於孝天，才是以後真正的主宰者，他是絕不容有任何軍將在他的眼皮下面擁兵自重的，與其與他對抗，倒還不如老老實實聽命於他，可以落得一個好的結局。
於孝天說服了祖大壽之後，也鬆了一口氣，對於關寧軍，一直以來都是他的一塊心病，甚至於此次率兵出關之前，他已經做好了最壞的打算，如果祖大壽等關寧諸將不肯聽命於他，交出兵權重編關寧軍的話，他甚至已經做好了準備，在收拾建奴之前，先把這幫關寧軍將給收拾掉，以解後顧之憂。
但是現在看來，他不用再擔心這個事情了，祖大壽是個很聰明的人，而且知道事情該怎麼做，還沒有自大到認為憑借他們關寧軍之力，可以和他於孝天對抗的程度，這次較為爽快的答應了他的條件，那麼這對於以後他經略遼東，便是一個好事。
起碼免去了一場不必要的殺戮，可以讓關外少死不少人，這對於以後恢復遼東的生產，也可以起到不小的作用，在這方面祖大壽這麼做，可以說是有功於社稷，有功於民族，於是於孝天起身對祖大壽深施一禮道：「於某多謝祖大帥如此開明，於某代整個遼東百姓，謝過祖大帥！
但是此事還不急於一時，一切可以等到我等聯手討滅建奴之後再說！此次於某親征遼東，還望祖大帥能不吝配合於某，一雪我大明數十年之辱！
如果這一次關寧軍能建立功勳，那麼於某此後可以重新考慮對於部分有功之人的安排！……」
祖大壽回到錦州城之中以後，立即將跟著他混的那些關寧諸將召集到了一起，將此次他和於孝天談判的結果告知了眾人。
眾人一聽頓時一片嘩然，不同意的人大有人在，許多人當場就蹦了起來，咋呼著決不答應，甚至於有人當即就要回去點兵帶兵自立山頭去。
但是這些人的囂鬧很快被祖大壽一聲怒喝給壓制了下去，祖大壽冷眼掃了在場之人一遍，冷森森的對他們呵斥了一番，對他們陳明利害，把該說的又對他們說了一遍。
並且告訴這幫人，他已經同意了於孝天的提議，決定在此次於孝天討滅建奴之後，便第一個交出兵權，如果誰要是不肯就範，非要帶兵去自立山頭的話，他第一個不答應，誰這麼做就是跟他為敵，就算是於孝天暫時不去理他們，他祖大壽也會率兵對其進行進剿。
聽了祖大壽這麼一說，這幫傢伙頓時都蔫兒了下來，心知事情恐怕已經是無法挽回，如果祖大壽不肯帶著他們鬧事的話，那麼僅憑著他們這些人自己下去胡鬧，估計完全沒有半絲勝算，這樣蹦出去跟於孝天作對，其實就是自己找死，而且估計於孝天也很樂意有人這麼跳出來，當出頭鳥！
現如今要是有人主動跳出去充當這個出頭鳥的話，無疑將是於孝天最希望看到的，他肯定會用雷霆手段將這些個出頭鳥給全部幹掉，這一點在場的這些關寧軍將們都不是傻子，肯定是沒人願意充當這個出頭鳥的，既然沒有人敢跳出去，那麼他們也就出了接受之外，再沒有任何辦法了。
祖大壽這才算是徹底把這幫關寧諸將給按了下去，接下來又告訴他們，事情還有轉機，於孝天有言在先，如果這次他率軍對建奴進剿之中，他們這些關寧諸將願意全力配合，並且立下戰功的話，那麼事後可以重新考慮對他們的任用問題，但是如果有人想要趁著這個機會給他添亂的話，於孝天醜話也說到了前面，誅其九族絕無二話，必將他們舉家上下滿門連根拔起，絕不心慈手軟。
如此一手打一手拉的情況下，這些關寧諸將就算是不情不願，也只能接受眼下的這個事實，紛紛偃旗息鼓，表示願意聽祖大壽的吩咐，按照祖大壽的吩咐行事。
崇禎十五年八月初七，一場大明和建奴之間的最後對決終於在遼東上演了，於孝天率領三萬餘於家軍主力，從錦州出發，直撲大凌河。
一支早已在渤海灣之中待命的北方艦隊的船隊，隨即派出眾多小型船隻，直入大凌河口，協助於家軍主力強渡過了大凌河，直撲大凌河堡，也挑起了第二次大凌河堡之戰。
只是這一次攻守雙方卻交還了位置，建奴軍成了守方，明軍也就是於家軍卻成了攻方。
大凌河堡現如今也乃是建奴在遼東防禦關內明軍的第一道防線，所以這幾年來，被建奴大力經營，不斷的擴建加固，使得大凌河堡已經形成了完善的防禦體系。
而且皇太極把最信任的濟爾哈朗作為主帥，放在了大凌河堡親自坐鎮，並且把重新擴編的鑲藍旗放在了大凌河堡一帶鎮守，和西面的義州相望守護，共同構築起了第一道對大明的防線。
於孝天沒有先取義州，而是直接督師強渡大凌河，先是以船隻上的火炮擊潰了北岸的建奴守軍，進而掩護幫助陸師強渡大凌河成功。
濟爾哈朗隨即率軍反撲，但是卻被於家軍成功阻住，在大凌河北岸站穩了腳跟。
濟爾哈朗見勢不妙，於家軍太過厲害，於是不
敢再和於家軍在野外浪戰，率軍趕緊撤回了大凌河城之中，關閉城門作勢死守。
這時候建奴通過皇太極全力以赴的督造，現如今已經也鑄造出了不少紅夷大炮，雖然建奴所鑄紅夷大炮質量上遠差于于家軍所用的大炮，但是威力也不容小覷，單單是大凌河堡之中，就裝備了二十餘門大約十八磅左右的紅夷大炮。
另外建奴也打造了不少火繩槍，形制上和明軍所用的舊式鳥銃相仿，質量上還有所超出不少，濟爾哈朗試圖以這些火器和於家軍進行對抗。
於孝天領兵攻過大凌河之後，便兵圍了大凌河城，開始對大凌河堡發動了進攻。
大凌河堡之外的建奴兵馬，很快被於家軍騎兵肅清，剩下的建奴兵馬盡數退守大凌河堡之中，死守大凌河堡。
於孝天下令架炮對大凌河堡發動猛烈炮擊，雙方展開了一場激烈的炮戰，在於家軍的新式炮兵面前，雖然建奴這兩年來極力打造火炮，但是卻還是完全被於家軍的炮火壓制。
三天激戰下來，大凌河堡之中的那些紅夷大炮幾乎盡數被於家軍大炮擊毀，濟爾哈朗大為驚懼，於是遣城中鑲藍旗的騎兵出城逆襲於家軍，試圖以騎兵將城外於家軍的炮兵陣地摧毀。
但是他們的出擊立即也遭到了於家軍步兵和炮兵的猛烈打擊，一千多出城偷襲的騎兵，根本連於家軍炮兵陣地的邊都沒有摸到，便被打了個落花流水，剩下的殘兵敗將掉頭逃走，但是又遭到了於家軍剛剛組建不久的蒙古騎兵營的追殺。
結果一千多建奴騎兵，最終只有幾十個人逃回了大凌河堡之中，剩下的基本上被聚殲在了城外。
濟爾哈朗大為驚懼，於是只得派人夜間潛出大凌河城，趕往義州求援，命令義州守軍前來救援大凌河城。
於孝天等的就是濟爾哈朗的這一招，當初皇太極率兵攻打大凌河堡，也是採用了圍城打援的辦法，包圍大凌河堡之後，接連敲掉了幾路前來救援大凌河堡的明軍，最終迫使鎮守大凌河堡的祖大壽第一次降清，也導致了一萬多關寧軍精銳最終投降了建奴，成為了建奴的爪牙。
這一次於孝天以牙還牙，也採用了這個辦法，義州建奴兵將，聞令不敢不從，起三千兵馬出義州趕本大凌河城應援，但是半路上遭到了於家軍的強力阻擊，結果援軍根本無力衝破於家軍的防線，就被於家軍擊潰。
潰兵逃回義州城的時候，才發現這個時候連義州城也回不去了，原來於孝天這邊領兵攻打大凌河堡，那邊已經命令祖大壽率領兩萬關寧軍，偷襲義州。
等義州建奴守軍出城趕往大凌河堡的時候，祖大壽領兵出現在了義州城外，瞬間便把義州城包圍的如同鐵桶一般，開始不要命的攻打義州城。
這個時候義州城中僅剩下了不足兩千建奴守軍，加上部分民眾，就算是把所有旗丁都全部加上，也不過只有區區不到五千守軍。
而且義州城之中有不少漢人，並不願意為建奴跟明軍拚命，在這樣的情況下，一部分漢兵故意放水，最終義州城終於被祖大壽麾下的關寧軍攻破