控制了東南諸省之後，於孝天也就抓住了大明經濟的命脈，那麼接下來就是中原諸省了。
大明內亂起於陝西，禍及了河南、山西、湖廣、南直隸以及山東南部等地，不把這幾個地方控制住，那麼就沒法將大明的亂局給徹底按下。
所以於孝天收服了洪承疇、孫傳庭二人，令他們走在前台，先從軍事上擠壓各路流民軍生存的空間，並且初步取得了成效。
在崇禎十二年底的時候，以張獻忠、羅汝才為首的一大批有名有姓的流民軍首領，便紛紛被逼投降或者是被殺，使得河南湖廣一帶的局勢漸漸趨於平穩，僅剩下了老回回馬守應、革裡眼賀一龍等等一批流民軍，尚在南直隸與河南、湖廣交界的英霍山一帶活動。
而陝西也僅剩下了李自成等為數不多的流民軍，被趕到了平涼、慶陽、延安府等地，被擠壓在一些邊遠地區活動抑或是苟延殘喘。
特別是在幹掉了張獻忠之後，使得整個流民軍的士氣都為之大為受挫，一些小股的流民軍因為看到繼續鬧下去，已經沒有多大前途，一些首領要麼投降了官府，解散了他們的流民軍，被遣送回鄉安置。
但是李自成很顯然比較硬氣，卻始終不肯低頭投降，帶著餘部繼續在平涼府和慶陽府一帶流竄。
洪承疇在解決了張獻忠之後，開始按照於孝天的吩咐，收攏兵力，把陝軍主力向西調動，陳兵於淳化、三水、鳳翔、隴州一帶，堵住了李自成所部繼續東犯的去路，並且得到了於孝天一部分新編練的於家軍的支援，使之兵力和戰鬥力都又一次得到了大幅提升。
李自成到了崇禎十三年六月的時候，已經是舉步維艱，他在洪承疇的軍事擠壓之下，率兵逃往了寧夏，但是到了那裡之後，發現根本無處籌糧，於是又只得率部逃往臨洮府一帶，但是卻遭到了新上任的臨洮知府魯方天領兵堵截。
李自成到了這個時候，已經是基本上到了彈盡糧絕的境地，麾下流民軍數量也已經跌至了不到兩萬人的規模，而且核心堪戰的兵力，不過只有區區兩千人左右。
臨洮知府魯方天集結臨洮地方守軍，將其阻於臨洮府東面龍門鎮一帶，雙方發生了一場激戰，魯方天兵力不足，但是卻死守不退，最終臨洮官軍戰敗，魯方天死於亂軍之中，也算是在於孝天當權之後，第一個死於流民軍之手的高級官員。
但是李自成雖然打贏了這一仗，但是卻也損失很大，突破了官軍的阻攔之後，卻沒有能獲得多少戰利品，臨洮在大明本身就是邊鎮，算是一個窮鄉僻壤，李自成率部突入臨洮府之後，卻也沒撈到多少好處，依舊是籌措不到足夠他們應付一段時間的糧餉。
無奈之下，九月李自成率部只得放棄臨洮府，帶兵東返，試圖打回他老家延安府一帶，但是這一次他沒有機會再回到他的故鄉米脂縣了。
洪承疇趁著李自成先逃往寧夏，接著又跑到了臨洮府這段時間，完成了對李自成進剿的最後佈置。
洪承疇一共集結起來了將近兩萬五千餘陝軍，沿著慶陽府、平涼府一帶層層設防，堵住了李自成東返的去路。
李自成率部一路走一路上和官軍交戰，雖然屢屢小勝，攻破了數處官軍的阻截，但是損失也越來越大，當他率部走到鎮原縣的時候，他麾下已經僅剩下了不足五千兵將，而且幾乎徹底斷糧。
李自成心知如果再獲取不到一些糧食的話，恐怕馬上他的兵馬就會作鳥獸散，於是他決定鋌而走險，攻打鎮原縣城，試圖破城之後搶得一些糧食，讓他補充一下，能一鼓作氣突破官軍的封鎖，逃到延安府境內。
只要回到延安府境內，他認為以他乃是延安府本地人士，對於當地地形、人都熟悉，而且人頭也熟，完全可以得以喘息的機會。
但是他沒有想到的是，就在他一路朝著延安府挺進的時候，洪承疇已經大致猜出了他要走的路線，提前把大概不到兩個整編營的於家軍給派到了鎮原縣一帶。
帶隊的主將說起來讓人感到有點世事無常，居然正是當年被於孝天生擒活捉的孔有德，不過現在已經換了一個名字，改成了孔盡忠，早已沒有人知道他就是當年製造了登萊之亂的那個叛將孔有德了。
孔有德被於孝天俘虜之後，帶回了南方，於孝天念在這傢伙多年在關外和建奴征戰，對於關外情況十分瞭解的份上，留下了他的性命，並且把他丟入到了於家軍陸軍學堂之中，來了一次深造。
孔有德起初很不適應於家軍的管制嚴苛，屢屢犯戒沒少被教官收拾，但是後來他也想通了，於孝天能留他一條命，已經算是法外開恩了，加之後來他到了淡水之後，意外的見到了留在淡水現在全心全意做學問的孫元化，兩人相見之後感慨萬分，孫元化把孔有德著實又教訓了一番。
孫元化開導孔有德，讓孔有德以後跟著於孝天好好幹，於孝天乃是能成就大業之人，現在跟著於孝天，算是盡早從龍，以後可以洗白他的出身，成就一番事業，而且於孝天識人善用，對於部下相當不錯，只要孔有德以後好好幹，總是不會虧待於他。
於是孔有德受教之後，也就安心了下來，在陸軍學堂之中足足呆了兩年時間，改了名字之後，被授予了個少尉軍銜，當了一個見習副連長，接著被派往香港島駐守了一段時間，後來隨軍南下又去後黎朝跟越南人打了幾仗，進而轉正提拔為了副營長。
這一次北上的時候，他在第九旅旗下任事，作戰相當勇猛，立下了不小的戰功，轉而被拔擢起來當了營長，洪承疇返回陝西的時候，於孝天讓孔有德跟著洪承疇返回陝西，作為監視洪承疇的人員，在洪承疇帳下聽令。
孔有德這段時間在陝西跟著洪承疇，進剿羅汝才和張獻忠
的時候，都立下了戰功，現在軍銜已經被提升到了中校軍銜，但是暫時還是領一營為營長，接下來如果有需要的時候，他隨時都可以獨領一個旅的建制，成為於家軍高級軍將。
而這一次洪承疇要剿滅李自成，看準李自成可能要走鎮原縣一帶，於是便把孔有德所率的一個營另外帶了一部分在陝西新編練的新兵，到了鎮原縣坐鎮負責堵截李自成。
結果出現了一個令人有點啼笑皆非的局面，孔有德大戰李自成，後來於孝天得知這件事的時候，當場就笑的把一口茶噴出了老遠，這都哪兒跟哪兒呀！簡直就是關公戰秦瓊嘛！可是偏偏因為於孝天意外出現在這個時空之中，卻導致了如此荒誕的事情的發生。
李自成完全不知道這時候在鎮原縣城，居然會藏了這麼一支要他命的雄兵，以為像鎮原縣城這樣一個小縣城之中，充其量能有幾百官軍或者鄉勇就算是不錯了，就算是他們攻城能力不強，只要拼一下，還是可以拿下這座縣城的，於是便帶著麾下的兵馬，呼呼啦啦的把鎮原縣城給包圍了起來。
孔有德其實早就從斥候哪兒得知了李自成率兵攻至鎮原縣的消息，他琢磨了一下之後，耍了個心眼，決定這一次要在所有人面前露一鼻子，耍一個手段把李自成給留在這裡。
於是他下令鎮原縣提前早早關閉城門，封鎖了他領兵駐守在這裡的消息，並且將手下所率的兩千部下，留下了三個連的兵力留守縣城之中，而他自己則率領騎兵連和剩下的精銳，出城不知去向。
李自成率軍抵達鎮原縣城之後，把縣城給裡三層外三層的包圍了起來，然後威脅鎮原縣的守軍立即開城獻降，否則的話他攻入城中，便要把縣城之中殺一個雞犬不留。
像這樣的事情，李自成干的絕不是第一次了，從他起兵追隨高迎祥造反之後，像屠城的事情，已經干的不是一次兩次了，往往只要他們攻城的時候，遭遇到城中守軍強烈抵抗，為了威嚇以後其它的城池守軍，他們這些流民軍攻下城之後，往往採取極其血腥的手段，在城中大肆屠殺。
但是這一次他的威脅顯然沒有起到任何作用，鎮原縣城城牆上毫無反應，反倒是發炮轟死了他派去勸降的幾個手下。
李自成大怒之下立即下令開始攻城，數千流民軍在李自成核心兵將的驅使之下，開始蜂擁而上，架起雲梯蟻附攀城，對鎮原縣城發動了猛攻。
但是讓李自成感到意外的是鎮原縣城的守軍似乎比他想的要多一些，抵抗也相對頑強一些，更讓他意外的是守軍之中居然有一些可以射很遠的火-槍，數量雖然不多，但是卻很厲害，接二連三的打死了他一些手下的將領，讓他的幾次進攻都屢屢受挫。
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