成都爆發內戰後，川軍旅長劉湘、劉成勳、但懋辛，團長鄧錫候、田頌堯、賴心輝、向傳義、呂超等發表聯名皓電斥羅：「在任數月，皓嗜淫賭，勒提稅款逾700萬，本省軍餉數月未發。」唐繼堯也發表皓電指責川軍：「川省實行裁兵，原屬正辦，乃劉師長竟令所部圍攻督署，實屬不顧大義，應請主持公道，迅予解決。」四川和雲南兩省議會和兩省國會議員紛紛發表談話，或通電互相攻訐，雲南說川軍「爭權叛變」，四川說滇軍「侵略鄰封」。
滇、川、黔軍在成都城劃分了三大區域，第一部分是中立區域，系黔軍駐守，由東門起經糠市街、書院西街、湖廣街、華興街轉至會府、順城街、鹽市口、三橋南街直至南門，這些地區全由黔軍駐防，並把地面的石板築成掩護，堵截亂兵。第二部分由南門自孟家巷起轉西至少城，由北門老關廟之西，及正府街青龍街之北，全是川軍駐紮區域。第三部分從東門自宇庫巷經詹天廟、書院北街、梓潼橋、慈惠堂、純陽觀、馬王廟、銅絲街、喇嘛寺以及皇城附近為滇軍駐紮區域。
滇、川軍戰鬥時，滇軍以皇城為大本營，以東較場為輔助軍。川軍以北較場為大本營，以西較場為輔助軍。皇城在成都的中心，滇軍自皇城發炮向西北兩較場轟擊，同時也受到來自這兩處地方的還擊。成都人民受禍最烈的是皇城壩和北較場附近，其次為東西較場。
4月20日北京政府已經接到四川內戰爆發的消息，於是段祺瑞下令以羅佩金為超威將軍，劉存厚為崇威將軍，而四川督軍一職由省長戴戡暫行兼代，劉雲峰為四川陸軍第二師長。這批人事命令毫無曲直是非，不過段有個私心，便是命令他的內弟吳光新由宜昌帶兵到四川平亂，為吳光新督川鋪路。至於進步黨領袖梁啟超則希望戴戡由兼代而實授，因為戴屬於進步黨。另一批人政學系則支持岑春煊督川，段對國會說：「我在位一天，決不與岑共事！」
川、滇軍之戰不止在成都，成都城外和內江都有戰鬥。4月21日，羅奉到北京政府的調職令，即將督軍印信送給戴戡，表示遵奉政府命令。22日成都紳商和外國領事邀請羅佩金和劉存厚兩人在省長公署舉行調解會議，羅派代表韓鳳樓，劉派代表徐孝剛參加。滇軍要求墊發開拔費60萬，並由英、法、日三國領事擔保安全退出省城，雙方都簽訂了停戰協定。可是到了晚上，又各自逞威地開起炮來。雙方都指責對方背約。大戰到半夜才停止，當晚北京政府電催羅、劉兩人迅速交卸職務前赴北京。
23日北京政府派王人文為四川查辦使，並嚴令川、滇兩軍停戰。24日段祺瑞接到戴戡的密電，報告羅願遵令卸職，但川軍仍於23日炮攻督署，滇軍並未還擊。段大為光火，乃下令免了劉存厚的崇威將軍，並令聽候查辦。
24日羅佩金率領滇軍由成都東門退出，劉存厚率領川軍由成都西門退出。羅臨走時發出敬電說：「佩金遵令移交，乃劉存厚仍復施放大炮，並令所部搜捕滇人，受害之家不知凡幾？……劉存厚自稱為四川臨時督軍，廣出佈告，並調第一師周道剛所部由東路西上，第三師鍾體道所部由川北赴省。現駐簡陽、新都等處滇軍均被圍攻甚急。……在川滇省軍民是否徒手聽其屠滅？」羅還有電報指摘北京政府從中挑唆。以致引起成都事變，北京國務院發表有電否認其事。唐繼堯也有敬電指摘北京政府處理四川問題不公，他說他和羅佩金、劉存厚兩人都是士官老同學，又曾共事多年，但是「公誼所在，不能偏徇私見。」他認為北京政府如此處置，「國家法紀何在？政府威信何在？長作戰之風，開凌上之漸。」因此他準備出兵昭通作為在川滇軍的後援。
滇軍退出成都後，仍駐紮四川最富足的幾個縣份，如資中、簡陽、榮威、富順、自流井、瀘州、宜賓等地。
1917年5月1日，戴戡宣佈就任代理四川督軍，同時以會辦軍務署參謀長張承禮任副官長，蔣方震為參謀長，杜步雲為軍需課長。戴出身佐貳，從軍6年，一身兼四川督軍、會辦軍務、省長三重任，年方40，真是時來運至。可是他深知四川局面的嚴重性，以黔軍和川軍、滇軍相比，實力最弱，自己因機緣時會，所以有戰戰兢兢臨淵履冰之感。
羅佩金去，戴戡代理川督，對於四川來說，川人治川的目的，仍沒有達到，於是用對付羅的手段來對付戴，仇滇軍的情緒化為仇黔軍。4月30日四川省議會通電指摘戴戡「假中立之名，陰謀取利」。這時的川省議會竟也主張以岑春煊繼任四川督軍。
5月9日滇軍退駐簡陽，川軍完全撤出城外，戴戡正式就任代理督軍，城內警察恢復站崗，黔軍清除成都城內的軍事設施，市民情緒才趨於安定。
張勳復辟，戴戡在四川響應梁啟超，通電討逆。
而劉存厚在段祺瑞的示意下暫不表態，張勳復辟後曾任命劉存厚為四川巡撫，戴戡以為抓住把柄，於是聯合羅佩金一起討伐劉存厚，四川戰禍又起。
戴戡算盤打得很好，以滇軍顧品珍、趙又新兩師夾攻成都城外的川軍第二師主力，自己則率黔軍掃蕩城內2營川軍。不料戰事一起，滇軍卻坐壁旁觀，黔軍反被劉存厚反擊，只得退入皇城死守。
原來羅佩金深恨戴戡，故意引其落入圈套。
戴戡被圍困皇城，情勢危急，只能向遠在北京的老師發報，請求調停。
梁啟超連夜進總統府來找林鑠。
林鑠其時已經接到四川方面的電報，猶恨戴戡無故挑起內戰：「戴戡不是本事很大麼？也不掂量一下自己的斤兩，又用蔣百里這樣的書生作軍事參謀，分明是自尋死路。」
梁啟超說道：「無論怎樣你得救他，松坡已經故去，我就這麼一個得意的弟子了。」
林鑠歎了口氣，因為他還有用著老梁的地方，於是說道：「戴戡這回再想呆在成都我也沒有辦法，四川人都紅了眼，想救他只能把他調出四川。」
梁啟超無可奈何，只得同意，發電報讓戴戡遵守中央的命令。
林鑠向四川發去命令，鑒於四川局面混亂，免去戴戡督軍、省長職務，調任北京，所部熊其勳旅同時調往漢中，由劉存厚暫署省長一職。
同時電告劉存厚，戴戡及熊旅在調防途中如果再受到攻擊，將拿他是問，到時中央軍將進軍四川，調查嚴處肇事者。
劉存厚接到電報，雖然恨不能宰了戴戡，但還是遵照命令，放戴戡和熊其勳出了成都，不過卻一直派兵監視其進入陝西，省得他萬一調頭南下與羅佩金會合。
劉存厚得到成都，即聯合劉成勳再加上收容的第四師殘兵，一起反攻滇軍。因滇軍內部不穩，造成全線潰敗，劉存厚趁勢掩殺，收復眉山、敘府等地。滇軍連吃敗仗，羅佩金只得將兵權交到顧品珍手上，沮喪地返回雲南。
自重九起義以來，唐繼堯第一次吃到敗仗，這對於剛剛就任廣州軍政府陸軍元帥的他來說，不諦是當面挨了一個耳光。
唐繼堯組織「靖國滇黔聯軍」打起護法旗號，浩浩蕩盪開進四川。另外黔軍王文華部也開赴川黔邊境，逼近重慶。
劉存厚與川軍第三師師長鍾體道一起一面抵擋滇軍，一面向中央求援。
林鑠接到劉存厚的電報立即下令李漢銘師由鄂西、羅炳南師從陝南、簡從周部一個混成旅由宜昌、李雲龍師於常德兼程入川。四川的地理位置就很容易形成軍閥割據的局面，若不趁著這幫小軍閥們還沒成氣候的時候入川，後面處理起來更為棘手。
益州之地，沃野千里，最主要這裡有四千多萬人口，能夠提供足夠的兵源。
此時滇軍第一軍顧品珍部已經抵達簡陽、資中，第二軍趙又新部在自貢，第四軍黃毓成部和第八軍葉荃部佔領了瀘州。
川軍第二師和第三師一左一右夾攻顧品珍部，雙方展開激戰，由於川軍憤慨滇軍禍川，兼之有保衛家園之責，人人奮勇。顧品珍被川軍打個措手不及，連忙退往自貢、富順，與滇軍第二軍會合。
其後，雙方你來我往，形成拉鋸局面。
1917年11月，共和軍簡從周部由宜昌首先抵達重慶，其後張廷輔師由萬州入川，林鑠下令雙方停戰，由陸軍部次長蔣作賓整理四川軍務。
12月初，蔣作賓由湖南趕到成都，與劉存厚及滇軍將領商議決定將駐川的各省軍隊改編為中央軍，川軍合編為三個師，滇軍編成兩個師。
實際上由於糧餉供應困難，大部分小軍閥倒是很希望自己的部隊改編為「中央軍」，這樣最起碼糧餉總會有了保證，由於北洋軍的不信任，加之任意裁撤和遣散南方軍隊，這才引出一波又一波的武力對抗。
唐繼堯見勢不妙，命令滇軍收縮川南，拒不執行中央的改編計劃。
唐繼堯此舉令顧品珍、趙又新、葉荃等人的不滿，也為今後顧品珍等人起兵驅唐埋下了種子，這是後話，暫且不提。
四川稍靖，林鑠命吳佩孚率第三師入洛陽，整理河南軍務。
武昌方面，湖北督軍王占元因剋扣軍餉引起兵變，駐防漢陽的李漢俊部進武昌維持秩序，王占元在李漢駿所部的逼迫下，在收到林鑠的100萬元安撫款後主動交出軍權，辭去鄂督一職。湖北即歸於共和軍控制之下。
1918年5月，中華復興黨軍事委員會和共和國國防委員會發佈共和軍重新整合後的編制及人員任命：
共和軍陸海軍大元帥兼國防委員會委員長：林鑠
總參謀長：林鎔，總軍令部長：李秀山，總裝備部長：劉慶恩，總後勤部長：黎承恩，總作訓部長：梁文烈。
共和軍整編為十二個集團軍三十六個步兵師和六個騎兵師。
至此，除奉天、兩廣和雲貴尚不服從中央統一軍令，其餘各省及特別區軍政大權又重歸於中央領導之下。
林鑠暫時停止了國內的軍事行動，因為整個俄國已經亂成了一團。