太平洋戰爭初期，南方軍進展迅速，兵分四路作戰，山下奉文的25軍沿馬來半島——新加坡方向，本間雅晴的14軍沿菲律賓方向，飯田祥二郎的15軍沿緬甸——泰國——印度方向，今村均的16軍沿爪哇方向。不到半年時間，南方軍即侵佔了新加坡、馬來西亞、菲律賓、印度尼西亞以及南太平洋上的許多島嶼，攻佔了10倍於日本本土、擁有富饒自然資源和1.5億人口的大片土地。同時，日方損失甚微，包括海軍在內，僅傷亡15000人，損毀飛機380架，驅逐艦4艘。
經過兩年的時間，因為戰局的一再失利，字去年後，日本就加強了南方派遣軍的實力。在王漢章為進攻泰國之前，日軍為撤離泰國之前。
第7方面軍〈司令部在新加坡，司令官土肥原賢二〉：第29軍（第37，第94師團，第37，第70旅團），第16軍（第48師團，第28旅團），第37軍（獨立混成第56，第71旅團），直轄之第46師團，獨立混成第26旅團，共計10萬人，主要任務是防止盟軍在馬來亞、新加坡、婆羅洲、爪哇島及蘇門答臘。
第14方面軍（司令部在呂宋）：第35軍〈第1，第16，第26，第30,第100，第102師團，獨立混成第54，第55旅團，步兵第68旅團〉，第41軍（第8師團），直轄之第10，第19，第23，第103，第105，坦克第2師團，第1挺進集團，獨立混成第58旅團，第4飛行師團。
1941年11月在南方軍隸下設置第14軍，作戰地域配置在菲律賓方面。1942年10月改編升格成第14方面軍，司令官本間雅晴，兵力20萬人。
第18方面軍（司令部在曼谷，司令官中村明人)：第15軍（第4師團），直轄之第15，第22師團，獨立混成第29旅團，曼谷防衛隊，一共5萬人。
南方軍直轄：第14師團(獨立混成第49，第53旅團），第2軍（第5，第32，第35，第36師團，獨立混成第57，第128旅團），第18軍（第20，第41，第51師團）第38軍〈第2，第21，第55旅團，獨立混成第34旅團〉,第3航空軍（第5，第9飛行師團，第55航空師團。人員25萬人，由派遣軍司令官寺內壽一指揮，作戰區域在太平洋諸島。
從兵力上來講，日軍的南方派遣軍兵力雄厚，而且是日軍最精銳的部隊，如果不是美國在太平洋上猛烈的進攻，王漢章肯定會面臨一場前所未有的大戰，當然王漢章能走到今天也跟日軍的戰略格局小有關，日軍開始沒十分的在意，他們認為先擊敗美國，中國遠征軍就不足為慮，但是他在美國手中是一敗再敗，而遠征軍，王漢章卻迅速的成長起來，日本因此錯過了最佳的進攻時間。
瘟疫爆發後，駐紮印尼和馬來的第七方面軍面對洶湧的瘟疫，無力制止，他們只有十萬人，卻要穩住5、6千萬的印尼土著，就算有土著兵協助，他們的人手還是不夠，想殺都不知道從那裡開始，同時也殺不過來，看似健康的人可能明天就發作了。
最后土肥原賢二隻能對日本軍隊和僑民進行防護，而石原四郎也飛快的抵達了新加坡。
根據駐紮在當地的軍醫的報告，石原四郎看著病人的症狀，很快意識到是他的研究成果，肯定是土著們來了印尼和新加坡，把這裡的人傳染了。
「土肥原君，根據下面的檢驗報告，和本人部下的親自檢查，本人已經可以確定這次瘟疫的病毒是本人研究所研究的新型細菌。不過我只是在泰國和柬埔寨使用了，本來是配合大本營消滅支那遠征軍的，但是沒想到他們居然跑得比兔子還快，使得計劃落空。」
「根據我本人在那裡半個月的觀察，瘟疫蔓延的速度非常的快，比在支那實驗室爆發的更快，我綜合了一下，一是這邊的環境更適合細菌的滋生，而是這裡的人口密集且不愛衛生，如今瘟疫已經全面爆發，雖然我們有藥物可以救治，但是抱歉，藥物造價昂貴，我沒有那個能力去救幾千萬人，」石原四郎說道。
土肥原道：「石原君應該知道印尼、馬來亞和越南同樣的重要，這裡有帝國最急需的資源，最重要的是石油資源，另外還能為幾十萬派遣軍提供軍糧，如果這裡任由瘟疫爆發，那麼經濟就會遭到嚴重的破壞，不但沒有了糧食，同時石油和其他礦產的正常生產怕是也會受到影響。」
「石原君，我不關心土著死多少，但是我在乎的是帝國在這裡的利益，特別是帝國急需的物資，不管你用什麼辦法，無比保證正常的生產。」土肥原的話非常的嚴厲，讓石原四郎都有點怕怕。
石原四郎想了想道：「這個我明白，但是要救治恐怕來不及了，我看進行重點救治，我們先將重要的地方進行消毒處理，進行重點消毒，以保障這些地方的安全，你看怎麼樣，總之我聲明，就算你全力支持藥物的生產也不可能生產出那麼多藥物的。」
土肥原四郎看石原四郎一臉真誠，他道：「好吧，你去安排，還有盡快，不要讓瘟疫蔓延到僑民和軍隊。」
石原四郎根據土肥原的命令，很快就對新加坡和重要的城市還有原料生產地進行了清理，而馬來半島則是重點區域，這裡比較小，優勢戰略要地，土肥原不希望出現什麼大事。
而馬來的土著則遭了殃，一般的土著要是感冒發燒了不敢去治療，對於這樣的人，日本人一旦發現直接當瘟疫患者處理，他們不是救治，而是消滅後焚屍滅跡，得了病被日本人發現了就是死路一條了。
而印尼人則沒有那麼好的運氣了，馬來半島的人口只有幾百萬，比較好防治，但是印尼的三個大島集中了印尼百分之九十的人口，一個到最少也是一千萬，爪哇島更是有兩千多萬人，根本無法防治，瘟疫已經四處蔓延，現在誰也沒辦法得知誰感染了，誰沒有感染。
等待印尼人的只有泰國人一樣的下場了，而當地的華人大部分集中在重要的城市，日本在這裡進行了防治，因此他們大多數人僥倖的躲過了這一劫，不過因為其他地方的瘟疫使得日軍的收入極大的減少，因此日本人對他們的盤剝更加的厲害，基本上只是讓他們能活下去，但是這樣已經算是不錯了，之前日本人在印尼、馬來亞日本人不但自己屠殺華人同時還慫恿土著對華人進行殘害。
而印尼和馬來發生瘟疫的時候，菲律賓差不多在隨後的幾天也爆發了瘟疫。因為日本封鎖消息，土著們知道的事情都是對日本有利的報道，大多數人並不知道外界的事情，更不知道東南亞的大瘟疫。
在菲律賓馬尼拉的本間雅晴雖然知道泰國的瘟疫，但是並沒有提醒他要注意防治瘟疫，他自己也壓根沒想過隔著寬廣的南海，瘟疫還能傳到菲律賓，他一直認為需要擔心的是退守西貢的中村明人和在馬來亞的土肥原賢二，因此菲律賓並沒有加強人口流動措施。
不過到菲律賓的泰國人比較少，畢竟距離太遠，所以沒有到處爆發，但是人口最多的主島卻沒有倖免，而且因為土著們發病的不敢上報，所以導致了大量的人被感染，有的很快發作，有的人病毒在身體內潛伏起來，隨時發作，甚至還有的人不會發作，但是會一直潛伏，但是別人接觸他則會感染，然後發作，不知這種人是萬中無一的。
瘟疫在菲律賓迅速的擴大了，而且駐紮在菲律賓的日軍又多，很快在軍隊內也出現了一些感染者，一時間日軍人人自危，再也顧不得防治什麼瘟疫了，很快他們就將自己和外界的土著隔開，同時他們不得不讓石井四郎過來防治瘟疫，至少要保住日軍。
王漢章也終於知道了原來瘟疫是日本人搞的，因此在國際上強烈的控訴日軍的行為，同時派人拍攝了大量的照片，一時間盟國爭相報道，連德國等軸心國也對日本的做法表示譴責，這種事情雖然很多國家都幹過，但是都是秘密進行的，向日本人這樣公開的做這種事情實屬罕見。
而日本也指責是秦國干的，不過在秦國列舉了大量的證據之後，沒有人相信是秦國干的，首先日本不戰而逃離泰國就是最明顯的事情，日本人不可能這麼做，另外日本在中國使用毒氣彈、細菌彈早就報道了無數次了。
英美等國看日本的細菌武器威力如此驚人，也十分的擔心，他們們加快了藥物的研製，萬一真的日本人狗急跳牆，到時候自己也好防治。同時美國的登陸菲律賓的作戰計劃被迫擱置。
而日本方面，瘟疫已經全面爆發，沒有辦法防治了，除非他不打仗了才會有精力。
到秦軍反攻印尼、菲律賓時，原本印尼7000萬人口之剩下了兩千多萬，菲律賓1600萬人口因為分散在各個島嶼上，加上其特殊的地位，後來因為發病或者被日軍懷疑殺掉的有600多萬，剩下九百多萬人口。這為日後將這些地方納入華夏文明圈極大的減少了阻力。
同時瘟疫橫行，日本在此地的稅收受到嚴重的印象，有些人是染上了瘟疫死的，有些人則是餓死的，同時日本為了保證礦產資源的生產，大量徵集土著，壓迫致死。