《明史》對黨籍中人，言之刺刺不休，與其他方面人物相比，記述不均，因之是非亦難得其平。
為補《明史》記述之不足，後人陸續有些補編之作。如劉廷燮的《建文遜國之際月表》。黃大華的《明宰輔考略》和《明七卿考略》，吳廷燮的《明督撫年表》，傅以禮的《殘明宰輔年表》和《殘明大統歷》等，都收在《二十五史補編》中。
乾隆四十二年，清朝繼改修《明史》本紀後，又以於敏中、錢汝為等為總裁，考證明史，但未刊行。光緒時，戶部侍郎王頌蔚入值軍機，得見考證明史之稿本、正本和進呈本，已多殘缺不全。王頌蔚將其整理彙編，成《明史考證捃逸》四十二卷，民國五年(1916)收入《嘉業堂叢書》。現通行的《明史》版本是乾隆四年的武英殿原刊本，1974年中華書局又據以校勘、標點，鉛印出版。
至於《明史》所不及見者，可參考《明實錄》、夏燮《明通鑒》、谷應泰《明史紀事本末》、談遷《國榷》、陳子龍《明經世文編》、張岱《石匱書》及《石匱書後集》、計六奇《明季北略》、《明季南略》、溫睿臨《南疆逸史》、徐鼒《小腆紀年》、《小腆紀年附考》、《小腆紀傳》、查繼佐《罪惟錄》、劉湘客《行在陽秋》、蔣臣《桐變日錄》、瞿昌文《粵行紀事》、全祖望《鮚埼亭集》等。又如焦竑的《國朝獻徵錄》，受到萬斯同的高度評價：搜采最廣，自大臣以至郡邑吏，莫不有傳。……可備國史之采擇者，惟此而已。乾隆年間，以於敏中、錢汝為等主編《明史考證》，多據《國朝獻徵錄》參校《明史》，但未刊行。光緒年間，王頌蔚得見《明史考證》殘本，再整理成《明史考證捃逸》四十二卷。
明史目錄
本紀
本紀第1太祖一~卷3本紀第3太祖三
本紀第4恭閔帝
本紀第5成祖一~卷7本紀第7成祖三
本紀第8仁宗
本紀第9宣宗
卷10本紀第10英宗前紀
卷11本紀第11景帝
卷12本紀第12英宗後紀
卷13本紀第13憲宗一卷14本紀第14憲宗二
卷15本紀第15孝宗
卷16本紀第16武宗
卷17本紀第17世宗一卷18本紀第18世宗二
卷19本紀第19穆宗
卷20本紀第20神宗一
卷21本紀第21神宗二光宗
卷22本紀第22熹宗
卷23本紀第23莊烈帝一卷24本紀第24莊烈帝二
志
卷25志第1天文一~卷27志第3天文三
卷28志第4五行一~卷30志第6五行三
卷31志第7歷一~卷39志第15歷九
卷40志第16地理一~卷46志第22地理七
卷47志第23禮一~卷60志第36禮十四
卷61志第37樂一~卷63志第39樂三
卷64志第40儀衛
卷65志第41輿服一~卷68志第44輿服四
卷69志第45選舉一~卷71志第47選舉三
卷72志第48職官一~卷76志第52職官五
卷77志第53食貨一~卷82志第58食貨六
卷83志第59河渠一~卷88志第64河渠六
卷89志第65兵一~卷92志第68兵四
卷93志第69刑法一~卷95志第71刑法三
卷96志第72藝文一~卷99志第75藝文四
表
卷100表第1諸王世表一~卷104表第5諸王世表五
卷105表第6功臣世表一~卷107表第8功臣世表三
卷108表第9外戚恩澤侯表
卷109表第10宰輔年表一卷110表第11宰輔年表二
卷111表第12七卿年表一卷112表第13七卿年表二
列傳
卷113列傳第1后妃一卷114列傳第2后妃二
卷115列傳第3興宗孝康皇帝睿宗興獻皇帝
卷116列傳第4諸王一~卷120列傳第8諸王五
卷121列傳第9公主
卷122列傳第10~~卷280列傳第168
卷281列傳第169循吏
卷282列傳第170儒林一~卷284列傳第172儒林三
卷285列傳第173文苑一~卷288列傳第176文苑四
卷289列傳第177忠義一~卷295列傳第183忠義七
卷296列傳第184孝義一卷297列傳第185孝義二
卷298列傳第186隱逸
卷299列傳第187方伎
卷300列傳第188外戚
卷301列傳第189列女一~卷303列傳第191列女三
卷304列傳第192宦官一卷305列傳第193宦官二
卷306列傳第194閹黨
卷307列傳第195佞幸
卷308列傳第196奸臣
卷309列傳第197流賊
卷310列傳第198土司
卷311列傳第199四川土司一~卷319列傳第207廣西土司三
卷320列傳第208外國一~卷328列傳第216外國九
卷329列傳第217~卷332列傳第220