是數者，殺人至慘，而不麗於法。踵而行之，至末造而極。舉朝野命，一聽之武夫、宦豎之手，良可歎也。」此卷記廠衛之事較詳，史論甚佳。廠衛為明代刑法中之大事，洪武中行錦衣衛鎮撫司獄，末年廢罷，至永樂中復置，且立東廠。立東廠事實錄中避而不述，是有所隱晦遮掩，《刑法志》頗予詳述，此舉甚當，亦補《職官志》之所難述。
《藝文志》四卷，出目錄學名家黃虞稷之筆。黃虞稷撰有《千頃堂書目》，於目錄之學甚為博知。《藝文志序》另出倪燦之手，文中申明本志體例，僅錄有明一代名家著述，此與前史不同。「前史兼錄古今載籍，以為皆其時柱下之所有也。明萬曆中，修撰焦竑修國史，輯《經籍志》，號稱詳博。然延閣廣內之藏，竑亦無從遍覽，則前代陳編，何憑記錄，區區掇拾遺聞，冀以上承《隋志》，而贗書錯列，徒滋訛舛。故今第就二百七十年各家著述，稍為厘次，勒成一志。凡卷數莫考、疑信未定者，寧闕而不詳雲。」
自《漢書·藝文志》、《隋書·經籍志》之修，搜羅歷代圖書，考其存亡，為目錄學整理之大功業。《明史·藝文志》不採用此種修纂方法，專取有明一代之書，似簡而實詳，確是頗有用心者。然智者百慮，不免一失，如其著錄鄧名世《古今姓氏書辨證》四十卷，乃宋人之作，以其體例而論，必為誤錄之書。
《藝文志》四卷，依經、史、子、集排述。一曰經，共十類：《易》、《書》、《詩》、《禮》、《樂》、《春秋》、《孝經》、《諸經》、《四書》、《小學》。二曰史，共十類：正史、雜史、史鈔、故事、職官、儀注、刑法、傳記、地理、譜牒。三曰子，共十二類：儒家、雜家、農家、小說家、兵書、天文、歷數、五行、藝術、類書、道家、釋家。四曰集，共三類：別集、總集、文史。其經部收書目九百零五部，史部一千三百十六部，子部九百七十部，集部一千三百九十八部，共計收書四千五百八十九部。雖然並未能將有明一代圖書盡收其中，仍不失為一大功績，而為瞭解明代目錄書籍之不可少者。
列傳
基本沿舊史之體例，但亦有其創新之處。《四庫全書總目》卷四六《明史》條提要中稱：「列傳從舊例者十三，創新例者三，曰《閹黨》、曰《流賊》、曰《土司》。蓋貂璫之禍，雖漢、唐以下皆有，而士大夫趨勢附膻，則惟明人為最夥。其流毒天下，亦至酷。別為一傳，所以著亂亡之源，不但示斧鉞之誅也。闖、獻二寇，至於亡明，剿撫之失，足為炯鑒，非他小丑之比，亦非割據群雄之比，故別立之。至於土司，古謂羈縻州也。不內不外，釁隙易萌。大抵多建置於元，而滋蔓於明。控馭之道，與牧民殊，與禦敵國又殊，故自為一類焉。」應該說，創設《閹黨》、《流賊》、《土司》三類傳，確實符合於明史之實際情況，這與諸表中創設《七卿表》有異曲同工之處。明代宦官之干政，雖不及漢、唐諸朝有廢立之舉，但外廷士大夫屈膝卑顏於閹宦，而成一時之氣焰，則為亙古未有。《閹黨傳》所列四十六人，屬劉瑾黨者七人，余皆魏忠賢之黨。讀《閹黨傳序》可知史館諸人於明亡之鑒深痛而慨然。然而與《流賊傳》相比，其感情又有所不同，所撰《流賊傳序》自唐賽兒起義論起，直至李自成、張獻忠之亡明，文稱：「自唐賽兒以下，本末易竟，事具剿賊諸臣傳中。獨志其亡天下者，立《李自成、張獻忠傳》。」其中《李自成傳》長達萬餘言，為《明史》諸傳中之最長者。從修史者角度雖主要為後人之鑒，卻因此而保留較為豐富的有關記載，而未採取分散於「剿賊」諸臣傳中。
《明史》列傳之體例採用類傳形式，除以類分傳外，於諸臣傳中亦因類分卷，而未盡以父子及孫等為傳。其方法即因事而分。如卷一二二有《郭子興傳》、《韓林兒傳》、《劉福通傳》，雖亦為明建國前群雄之列，而與群雄同明太祖朱元璋之關係不同，歸為一卷。陳友諒、張士誠、方國珍、明玉珍合為一卷，擴廓、陳友定、把匝剌瓦爾密合為一卷。諸臣中，如徐達、常遇春單為一卷，是功臣亦有別而分立。史臣為建文帝遺臣列傳頗詳，甚至有傳聞之人，能列立傳者盡量立傳，也是史臣寄托遺民之情的一種方式。
《明史》諸列傳中，亦多見以事附傳之體例。如卷一**《夏良勝傳》，附同下詔獄者萬潮、陳九川、張衍瑞、姜龍、徐鏊、姚繼巖傳，均連署進言諫止武宗南巡之人。卷二○六《馬錄傳》附顏頤壽、聶賢、湯沐、劉琦、盧瓊、沈漢、王科，均嘉靖中「李福達之獄」受牽之人。如隆慶中御史龐尚鵬疏中稱：「據李同之獄，福達罪益彰，而當時流毒縉紳至四十餘人，衣冠之禍，可謂慘烈。」此附傳後史官評論中所引述，以為同事附傳之由也。此類附傳，於《明史》中不勝枚舉。
《明史》列傳中，《外國傳》及《西域傳》，反映了當時與境外國家及部落地區等的聯繫，保存了大量東南亞及中亞等地歷史資料，是研究這些國家歷史及中外關係史的較好參考資料。
在二十四史中，《明史》以編纂得體、材料翔實、敘事穩妥、行文簡潔為史家所稱道，是一部水平較高的史書。這反映出編者對史料的考訂、史料的運用、對史事的貫通、對語言的駕馭能力都達到較高的水平。雖然它的篇幅在二十四史中僅次於《宋史》，但讀者並不感到冗長而生厭。
《明史》儘管有較高的史料價值，又稱「最為完善」之作。但它作為一部官修的正史，其缺點也是顯而易見的。
例如：清人在建國之前曾臣服於明朝的事實，清入關之後南明諸朝廷等長達20多年的歷史，《明史》都隱諱未書。康熙皇帝原已批准將福王、唐王、魯王、桂王附在思宗本紀內，而康熙五十年爆發了南山案後就被禁止寫入了。
趙翼作《廿二史札記》，已對《明史》中的缺失有所評論，只是出於對官修正史的顧忌，未敢加貶斥之辭。近世史學家柴德賡教授曾經指出：「如『周延儒之入奸臣傳』一題下，應加『不當』二字，才與內容符合，但卻從略。『劉基廖永忠等傳』條，下未接『疏舛』二字，『喬允升劉之鳳二傳』下未接『重複』二字，此正所謂其不敢貶斥者也。」1趙翼原文雖然委婉，《周延儒之入奸臣傳》中亦云：「周延儒不過一庸相耳，以之入《奸臣傳》，未免稍過此非以甚延儒之惡，轉為延儒增其身份也。」《劉基廖永忠等傳》一篇，則論其述史之不確。以朱元璋征陳友諒一役，《太祖紀》記：「戊戌，克安慶。壬寅，次湖口，敗友諒於九江，克其城，友諒奔武昌。」《陳友諒傳》所記略同。《廖永忠傳》加至安慶，破其水寨，遂克安慶。總之皆稱先克安慶，後克九江。而《劉基傳》中卻記，師攻安慶，自旦及暮不下，劉基請徑趨江州，搗其巢穴。按此說則江州之陷前，安慶未克。所記不合。與此相類，《張玉傳》記東昌之役，成祖被盛庸軍包圍，力戰而出。張玉不知，突出陣中欲救成祖，力戰而死。而《朱能傳》卻稱，成祖被圍，張玉力戰而死，朱能率周長等力戰，救成祖出。張玉究竟死於成祖突圍前還是突圍後，二傳所記不合。事雖並非關鍵，但確為述史不嚴謹之失漏。
《明史·卓敬傳》記卓敬之被殺，稱成祖欲活之，但功臣姚廣孝與卓敬有隙，從旁進言勸殺。此乃據明人野史雜傳，考其史實，廣孝實未從成祖之1柴德賡：《史籍舉要》。
師入南京，亦無從讒殺卓敬。《明史》記建文遺臣之事，為表彰忠義，較多搜羅，野史傳聞亦有所採用，難免有誤。
四川廖麻子、曹甫起義，曹甫之被殺所記亦有抵牾之處。《洪鐘傳》記其為廖麻子所殺，《林俊傳》則記曹為指揮李蔭所擒殺。
《喬允升傳》記崇禎皇帝在位十七年，刑部易尚書十七人，並一一列舉易人之事。《劉鳳之傳》中亦有此段文字，並且一字不改照錄於傳中。此二傳一在卷二五四，一在卷二五六，相隔只兩卷，不及訂正。「蓋卷帙繁多，纂修諸臣不暇彼此參訂也。」1至於書中此類錯誤不足之處更多不勝舉，故史家多作考證文字。