有好多人因此送命，如浙江府學林元亮替海門衛官作《謝增俸表》，其中有「作則帝憲」一語，杭州府學徐一夔表文中有「光天之下」、「天生聖人，為世作則」等語，朱元璋便硬說文中的「則」是罵他做「賊」，「光」是光頭，「生」是僧，是罵他做過和尚。據說，有一年元旦夜裡，朱元璋外出，發現一則燈謎：上畫了一個女人，手裡抱著一個西瓜，坐在馬背上，其中馬蹄畫得特別大。對此，朱元璋大怒，認為這是暗諷馬皇后是個大腳，於是即命查緝，將作燈謎的人杖責至死。
文字獄從1384年一直延續到1396年，長達十三年，造成了人人自危、不敢提筆的局面，以致文官們不得不請求設計出一種標準的文牘的措辭，以免犯忌。
【打擊貪官】
朱元璋出身貧苦，從小飽受元朝貪官污吏的敲詐勒索，他的父母及長兄就是死於殘酷剝削和瘟疫，自己被逼迫從小出家當和尚。所以，在他參加起義隊伍後就發誓：一旦自己當上皇帝，先殺盡天下貪官。
後來他登基皇位不食言，果然在全國掀起轟轟烈烈的「反貪官」運動，矛頭直指中央到地方的各級貪官污吏。他的辦法很特別：
首先，朱元璋對貪污六十兩銀子以上的官員格殺勿論。當他發現御史宇文桂身藏十餘封拉關係拍馬屁私托求進的信件後，立即派人對中央各部和地方官府進行調查。結果顯示從上到下貪污**現象極其嚴重，他龍顏大怒，立即詔令天下：「奉天承運，為惜民命，犯官吏貪贓滿六十兩者，一律處死，決不寬貸。」並稱：從地方縣、府到中央六部和中書省，只要是貪污，不管涉及到誰，決不心慈手軟，一查到底。
其次，朱元璋敢於從自己身邊「高幹」開刀。明初的中書省下屬吏、戶、禮、兵、刑、工六部。由於大量留用元朝的舊官吏，以及一些造反起家的功臣。他們有恃無恐貪贓枉法。朱元璋大膽對這些官員進行懲處。
洪武十五年，戶部官員與地方官府勾結，採取預先空白報表蓋印後私自填充虛假支出數額營私肥己貪污財物。朱元璋發現後，立即將各地衙門管印的長官全部處死；副長官打百棍邊疆充軍。三年後，又查出戶部侍郎郭桓和各司郎中、員外郎與各地到中央繳納課稅的官員結成貪污團伙，採取多收少納、捏報侵欺手段貪污國庫物資折合糧食達兩千四百萬石的犯罪事實。他將這些貪官統統處死，各省、府、縣牽連人員無一倖免，一時幾萬貪官人頭落地，受到不同處理的人就更多了。洪武二十五年，戶部尚書趙勉夥同老婆內外受賄十幾萬銀兩東窗事發，結果夫妻二人雙雙成了刀下鬼。
洪武十六年，刑部尚書開濟接受一死囚家賄銀萬兩，用另一死囚做替死鬼。他還勒索其他罪囚家人錢物，並導致一家20口人全部自殺的悲劇。洪武十九年，刑部郎中、員外郎受賄虛報死亡並私放兩死囚。這些大貪官都被朱元璋斬首。
洪武十八年，工部許多官員借營建宮廷之機，採取虛報工匠工役人數天數多領工銀，發放時剋扣工匠銀兩私吞。朱元璋在一次突擊檢查中就查處侍郎韓鐸、李楨貪污受賄案，並且帶出中央專門派去監督工部的工科給事中。
洪武十八年，兵部侍郎王志把徵兵之機當作生財之道，接受逃避服兵役的世襲軍戶所送賄銀達23萬兩。朱元璋把他也送上斷頭台。
洪武十九年，禮部侍郎章祥，夥同員外郎辛欽，竟然私自侵吞皇帝賞賜公主婚禮的銀兩，也被朱元璋拿了個正著。
朱元璋為了監督各級官吏行為，專設都察院御史和六科給事中職位。然而這些監督部門也被**了。洪武十九年，都察院御史劉志仁奉命去淮安處理一宗案件。到達後他故意拖著案子不審，吃了原告吃被告，勒索兩家許多錢物，還誘姦良家民女。後被朱元璋處死。朱元璋又查出六科有61個給事中存在不同程度的貪污受賄行為，一一做了處理。
第三，朱元璋發明「剝皮實草」的殘酷刑法處置貪官。一天，朱元璋在翻閱一批處死貪官的卷宗時突發奇想：百姓痛恨的貪官一刀斬首太便宜了他們，何不採取挑筋、斷指、斷手、削膝蓋等酷刑。他還創造了「剝皮實草」刑法，把那些貪官拉到每個府、州、縣都設有的「皮場廟」剝皮，然後在皮囊內填充稻草和石灰，將其放在處死貪官後任的公堂桌座旁邊，以警示繼任之官員不要重蹈覆轍，否則，這個「臭皮統」就是他的下場。這種觸目驚心的舉措震懾了一批官員，使他們行為大為收斂。
第四，朱元璋對自己培養的幹部決不姑息遷就。為了培養和提拔新力量，朱元璋專門成立了培養人才的國子監，為沒有入仕的年輕讀書人提供陞遷機會。他對這些新科進士和監生厚愛有加，還經常教育他們要盡忠至公，不為私利所動。然而洪武十九年，他派出大批進士和監生下基層查勘水災，結果有141人接受宴請，收受銀鈔和土特產品。朱元璋在斬殺他們時傷心的連連歎氣。
第五，朱元璋制定整肅貪污的綱領——《大誥》。近兩年時間編纂的《大誥》一書是他親自審訊和判決的一些貪污案例成果的記錄，書中還闡述他對貪官態度、辦案方法和處置手段等內容。朱元璋下令全國廣泛宣傳這本書；他還叫人節選抄錄貼在路邊顯眼處和涼亭內，讓官員讀後自律，讓百姓學後對付貪官。
作為開國之君的朱元璋，「人在政舉」，借助自己的崇高威望，以極其殘酷的法律嚴懲貪官污吏。其決心之大、力度之強、措施之精確，收到了強烈震懾作用。朱元璋從登基到駕崩，他「殺盡貪官」運動貫穿始終沒有減弱，但貪官現象始終沒有根除。他晚年只能發出「為何貪官如此之多，早晨殺了，晚上又生一撥」的哀歎。
【清除權臣】
明初，官僚機構基本上沿襲了元朝，朱元璋逐漸認識到其中的弊病，於是進行了改革。
首先是廢除行省制。1376年，朱元璋宣佈廢除行中書省，設立承宣佈政使司、都指揮使司和提刑按察使司，分別擔負行中書省的職責，三者分立又互相牽制，防止了地方權力過重。
在軍事上，朱元璋廢除了管理全**事的大都督府，將其分為中、左、前、後、右五軍都督府，並和兵部互相牽制。兵部有權頒發命令，但是不直接統帥軍隊，都督府掌管軍隊的管理和訓練，但是沒有調遣軍隊的權力。這樣，軍權便集於皇帝之手。
在中央機構改革的重點是廢除丞相制。明初中書省負責處理天下政務，地位最高。其長官為左、右丞相，位高權重，丞相極易與皇帝發生矛盾，明朝時以胡惟庸任相後最甚。
胡惟庸是鳳陽定遠人，1373年由右丞相升任左丞相。胡門生故吏遍於朝野，形成一個勢力集團，威脅皇權。1378年，朱元璋對中書省採取行動。一天，胡惟庸的兒子騎馬在大街上橫衝直撞，結果跌落馬下，被一輛過路的馬車壓了，胡惟庸將馬伕抓住，隨即殺死。朱元璋十分生氣。十一月又發生了占城貢使事件。占城貢使到南京進貢，把象、馬趕到皇城門口，被守門的太監發現，報與朱元璋，朱元璋大怒，命令將左丞相胡惟庸和右丞相汪廣洋抓進監獄。但是，兩丞相不願承擔罪責，便推說接待貢使是禮部的職責，於是，朱元璋便把禮部官員也全部關了起來。
兩相入獄，御史們理解了皇上的意圖，便群起攻擊胡惟庸專權結黨。於是，1380年，朱元璋以擅權枉法的罪名處死了胡惟庸和有關的官員，同時宣佈廢除中書省，以後不再設丞相。
朱元璋以專權枉法之罪殺了胡惟庸後，胡案就成為他打擊異己的武器，以致受牽連而被殺者達三萬多人，最後太師韓國公李善長也受牽連，77歲的李善長全家被殺。
接著，朱元璋又於1393年殺掉功臣藍玉。藍玉是明朝開國大將，被朱元璋封為涼國公。1391年，四川建昌發生叛亂，朱元璋命藍玉討伐，臨行前，朱元璋面授機宜，命藍玉手下將領退下，連說三次，竟無一人動身，然而藍玉一揮手，他們卻立刻沒了身影。這使朱元璋下決心要除掉藍玉。1392年的一天，早朝快結束時，錦衣衛指揮使參奏藍玉謀反，朱元璋隨即令人將其拿下，並由吏部審訊。