到了1502年降低到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬曆九年經過張居正的治理後達到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮練兵，使邊境安然。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時嚴懲貪官污吏，裁汰冗員。張居正改革後，萬曆初年呈現出太平盛世的景象，史稱萬曆中興。
萬曆中興
張居正死後初期，萬曆帝尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。萬曆14年後，神宗就開始連續不上朝。萬曆十七年元旦後，神宗以日食為由免去元旦朝賀，此後每年元旦神宗再也不視朝。由於神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。御使袁可立借雷震景德門的機會上疏抨擊朝政，被震怒的神宗皇帝罷官為民。神宗委頓於上，百官黨爭於下，政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。然後正是由於這些原因，民間工商業以及文化得到極大的發展，萬曆年間是明代經濟最發達的時期，所謂資本主義萌芽，正是興盛於此。
萬曆朝包括援助李氏朝鮮抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏哱拜之亂、平定貴州楊應龍之亂的萬曆三大征都取得了勝利。
萬曆四十六年，後金汗努爾哈赤以「七大恨」告天，誓師叛明[8]。次年在薩爾滸之戰中大敗明軍，明對後金從此轉為戰略防禦。萬曆48年，神宗病逝。
天啟時期
泰昌元年(1620)，光宗駕崩。長子朱由校繼位，是為明熹宗，改元天啟。熹宗文化水平不高，又喜歡木匠工作。閹黨魏忠賢趁勢而起，結黨亂政，明朝社會更加黑暗。
所謂的「魏忠賢亂政」，是明朝文官集團中佔有優勢數量的「東林黨」和「浙黨」、「齊黨」、「魯黨」為了各自的利益所引發的。皇帝企圖通過內廷與朝中少數派的官員聯合起來，從東林黨把持的內閣中爭奪權力的鬥爭。這種鬥爭隨著天啟皇帝病逝而最後告終。天啟皇帝死後，崇禎皇帝又開始起用「東林黨」官員，1627年十月魏忠賢被皇帝調到鳳陽看守皇陵，魏忠賢上吊自殺。
崇禎時期
天啟七年，熹宗死去。繼任熹宗的是其弟信王朱由檢，是為思宗，年號崇禎。他即位後，銳意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宮外。時機成熟後，崇禎帝下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知被崇禎帝已派錦衣衛來逮捕他，便與黨羽李朝欽一起自縊。崇禎帝將其首級懸於河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也被貶黜或處死。閹黨專權雖然結束，但其後朝中又黨爭不斷，崇禎帝對朝政又開始失望。為中興國政，他開始加強集權，力圖控制百官，任用宦官來貫徹自己的革新意志。
1629年10月，後金汗皇太極由蒙古人做嚮導親率大軍，通過喜峰口，從龍井關突破長城，攻陷遵化、灤州、永平、遷安四座要塞，直逼帝都。由於人事變動，朝廷一度失去了對遼西邊防軍的控制，而衛戍帝都之三大營為後金武力威懾，北京城外園亭莊捨被入侵者蹂躪殆盡。同年12月，崇禎帝詔令天下兵馬進京勤王。
1630年，帝以「咐托不效，專恃欺隱，以市米則資盜，以謀疑則斬帥」等罪名將負責遼東軍務的袁崇煥處死。同年，後金大軍直抵北京城外，明廷大震，重慶女總兵秦良玉挺身而出，率領「白桿兵」主動向八旗軍發起進攻。在北京永定門外，皇太極派出多爾袞部迎戰秦良玉部。這一仗，秦良玉率白桿兵在孫承宗等老將的配合下戰勝鐵蹄騎兵。之後，秦良玉又趁風雪之夜成功偷襲後金大汗皇太極的大營。迫使皇太極不得不連棄灤州、永平、遷安、遵化四城，無功而返，退出關外。
1640年，明清松錦之戰爆發，1642年洪承疇在松山被俘，祖大壽在錦州投降。松錦之戰標誌著明朝在遼東防禦體系的完全崩潰，在關外只剩下寧遠一座孤城。
1641年，李自成攻陷洛陽，殺福王朱常洵。1643年十月年李自成攻破潼關，十一月佔領西安。張獻忠領導的農民軍先是攻克了湖廣地區，後又攻克四川，建立大西政權。1644年李自成在西安建立大順政權，年號永昌。1644年三月，農民軍攻陷大同、宣府、居庸關。十八日，農民軍攻克北京外城。次日凌晨，崇禎帝在北京煤山自縊，明朝滅亡。
打擊貪官
朱元璋出身貧苦，從小飽受元朝貪官污吏的敲詐勒索，他的父母及長兄就是死於殘酷剝削和瘟疫，自己被逼迫從小出家當和尚。所以，在他參加起義隊伍後就發誓：一旦自己當上皇帝，先殺盡天下貪官。
後來他登基皇位不食言，果然在全國掀起轟轟烈烈的「反貪官」運動，矛頭直指中央到地方的各級貪官污吏。他的辦法很特別：
首先，朱元璋對貪污六十兩銀子以上的官員格殺勿論。當他發現御史宇文桂身藏十餘封拉關係拍馬屁私托求進的信件後，立即派人對中央各部和地方官府進行調查。結果顯示從上到下貪污**現象極其嚴重，他龍顏大怒，立即詔令天下：「奉天承運，為惜民命，犯官吏貪贓滿六十兩者，一律處死，決不寬貸。」並稱：從地方縣、府到中央六部和中書省，只要是貪污，不管涉及到誰，決不心慈手軟，一查到底。
其次，朱元璋敢於從自己身邊「高幹」開刀。明初的中書省下屬吏、戶、禮、兵、刑、工六部。由於大量留用元朝的舊官吏，以及一些造反起家的功臣。他們有恃無恐貪贓枉法。朱元璋大膽對這些官員進行懲處。
洪武十五年，戶部官員與地方官府勾結，採取預先空白報表蓋印後私自填充虛假支出數額營私肥己貪污財物。朱元璋發現後，立即將各地衙門管印的長官全部處死；副長官打百棍邊疆充軍。三年後，又查出戶部侍郎郭桓和各司郎中、員外郎與各地到中央繳納課稅的官員結成貪污團伙，採取多收少納、捏報侵欺手段貪污國庫物資折合糧食達兩千四百萬石的犯罪事實。他將這些貪官統統處死，各省、府、縣牽連人員無一倖免，一時幾萬貪官人頭落地，受到不同處理的人就更多了。洪武二十五年，戶部尚書趙勉夥同老婆內外受賄十幾萬銀兩東窗事發，結果夫妻二人雙雙成了刀下鬼。
洪武十六年，刑部尚書開濟接受一死囚家賄銀萬兩，用另一死囚做替死鬼。他還勒索其他罪囚家人錢物，並導致一家20口人全部自殺的悲劇。洪武十九年，刑部郎中、員外郎受賄虛報死亡並私放兩死囚。這些大貪官都被朱元璋斬首。
洪武十八年，工部許多官員借營建宮廷之機，採取虛報工匠工役人數天數多領工銀，發放時剋扣工匠銀兩私吞。朱元璋在一次突擊檢查中就查處侍郎韓鐸、李楨貪污受賄案，並且帶出中央專門派去監督工部的工科給事中。
洪武十八年，兵部侍郎王志把徵兵之機當作生財之道，接受逃避服兵役的世襲軍戶所送賄銀達23萬兩。朱元璋把他也送上斷頭台。
洪武十九年，禮部侍郎章祥，夥同員外郎辛欽，竟然私自侵吞皇帝賞賜公主婚禮的銀兩，也被朱元璋拿了個正著。
朱元璋為了監督各級官吏行為，專設都察院御史和六科給事中職位。然而這些監督部門也被**了。洪武十九年，都察院御史劉志仁奉命去淮安處理一宗案件。到達後他故意拖著案子不審，吃了原告吃被告，勒索兩家許多錢物，還誘姦良家民女。後被朱元璋處死。朱元璋又查出六科有61個給事中存在不同程度的貪污受賄行為，一一做了處理。
第三，朱元璋發明「剝皮實草」的殘酷刑法處置貪官。一天，朱元璋在翻閱一批處死貪官的卷宗時突發奇想：百姓痛恨的貪官一刀斬首太便宜了他們，何不採取挑筋、斷指、斷手、削膝蓋等酷刑。他還創造了「剝皮實草」刑法，把那些貪官拉到每個府、州、縣都設有的「皮場廟」剝皮，然後在皮囊內填充稻草和石灰等等物品。