但是，當魏忠賢把這件事和他的親信王體乾商議的時候，王體乾提醒魏忠賢說："主上凡事憒憒，獨於夫婦、兄弟間不薄，一不慎，吾輩無遺類矣。"魏忠賢聽後也心中暗驚，於是遂將那幾個人處死，殺人滅口，化解了此事。後來，張皇后在信王朱由檢即位一事上，起了很大的作用。熹宗臨死前不久，對張皇后說，魏忠賢告訴我說後宮有二人懷孕了，以後生男就立為皇帝。張皇后表示反對，認為應當早立信王。信王想推辭，皇后自屏風後走出，說："皇叔義不容辭，且事情緊急，恐怕發生變故。"信王才願意繼承皇位。熹宗對於張皇后，始終愛惜。他臨死之時，將張皇后托付於弟弟信王朱由檢，命曰："中宮配朕七年，常正言匡諫，獲益頗多。今後年少寡居，良可憐憫，善事中宮。"此後，思宗對張皇后確亦非常敬重。有一次，思宗的皇后周氏對思宗說周延儒人品如何不行，思宗心中不滿後宮議論朝政，問周氏怎麼知道，周氏以張皇后對，思宗遂無言。
不過，在遍佈魏忠賢和客氏爪牙的後宮中，張皇后還是遭到客、魏二人的暗算。天啟三年，張皇后有孕。魏忠賢和客氏密令宮女在為皇后捻腰的時候下重手。一個年方18歲的皇后，哪裡明白這些道理。宮女們按魏、客的吩咐，"捶之過猛，竟損元子"。這一事，後來成為楊漣彈劾魏忠賢的第十條罪狀。其實，作為皇后，雖然寬容待人，而且正直敢言，但是無法糾正宮中的歪風邪氣，不能不說是一種缺憾。清代學者查繼佐在《罪惟錄》中說，張皇后敢於在當時陳《趙高傳》於几案，就說明她的"不慊"的勇氣，然而"即以慊風諸妃，萬不能實諸妃妊，他日稱皇太后也，惜也。"談遷也說，儘管張皇后謙而不妒，使妃子們都能接觸到皇帝，但是卻不能保全諸妃的生育，以致自己也無法在天啟以後做皇太后，真是可歎。這樣的批評，應當說是苛求了。在當時的情形下，張皇后能保全自己，已經是她不膽怯的最好結果了。
天啟五年八月，熹宗在客氏、魏忠賢的陪同下到西苑遊樂，在橋北淺水處大船上飲酒。然後，又與王體乾、魏忠賢及兩名親信小太監去深水處泛小舟蕩漾，卻被一陣狂風刮翻了小船，差點被淹死。經過這次驚嚇，熹宗的身體每況愈下。天啟七年夏，病情加劇。八月十一日，召見異母弟信王朱由檢，招呼弟弟說："來，吾弟當為堯舜。"次日，召見內閣大臣黃立極，說："昨召見信王，朕心甚悅，體覺稍安。"體覺稍安，只是因為安排了後事，所以放心了許多。10天之後，熹宗就駕崩了。信王朱由檢，即後來的明代最後一個皇帝思宗。
朱由檢比熹宗朱由校小5歲，受過比朱由校更好的教育。這是因為，朱由檢在天啟二年被他的哥哥朱由校封為信王。13歲的信王，年齡也剛好到了接受教育的時候，由進士出身的翰林院官員們悉心**。等他18歲的時候，朱由校又替他完婚，聘周奎之女為王妃。從這些事情看來，朱由校本人雖然貪玩，但是對於一個長兄應該做的事情，卻一點也沒有耽誤。所以，朱由檢的文化修養比他的哥哥朱由校要高得多。朱由檢善書法、詩文，也善於彈琴。朱彝尊說朱由檢的書法"龍騰虎躍"，氣韻非凡。其次，朱由檢少年時期的生活環境要安靜得多。
熹宗朱由校因為是皇長孫、皇太子，一直被後宮中的投機分子如李選侍、魏忠賢等人居為奇貨，導引壞了。而朱由檢雖然也是從小失去生母，但一直在另一位李選侍的撫養下，比較健康地成長。東李人品極端正。受東李的影響，朱由檢從小就養成了**奮鬥的剛毅性格和良好的生活習慣。在當時，熹宗朱由校無子無女，孑然一身，而兄弟七人也只剩下五弟一人，朱由檢已經是朱由校惟一的繼承人了。在朝臣們心中，期盼信王朱由檢繼位的願望也早就有了。一些在野的大臣們閒聊的時候，都主張勸信王早日出閣講學。出閣講學，一般是皇太子的禮節。當然，這樣的奏疏，是誰都不敢上奏的，因為這無異於詛咒熹宗早死無後。但是，在信王朱由檢那裡，卻是一種韜光養晦的氣象。信王朱由檢基本上托病不願上朝，以避免遭到魏忠賢的猜忌。
天啟七年八月十二日，熹宗讓信王入繼大統的決心已定，而留給信王的囑咐是兩點：一，善事中宮；二，重用忠賢。也許，熹宗壓根就想不到，侍奉他小心謹慎的魏忠賢並不會同樣如此侍候信王朱由檢的。熹宗彌留的最後幾天，魏忠賢一直在苦思良策以應對將來可能發生的事情。他想居攝，但是內閣大學士施鳳來卻說："居攝遠不可考，且學他不得。"他想搞宮廷政變，但是兵部尚書崔呈秀卻說："恐外有義兵。"在明代的政治環境中，異姓稱帝的可能性根本就不存在。所以，熹宗死的第二天，魏忠賢無可奈何之下，向外公佈了張皇后的懿旨："召信王入繼大統。"此後的數月中，在魏忠賢與新即位的朱德陵由檢之間，將進行著一場殊死的較量。清除前朝的寵臣，似乎是明代政治發展的一種規律，在崇禎一朝也同樣會發生作用。
天啟七年八月二十二日熹宗的去世，標誌著明代一個黑暗時代的結束。清代學者談遷在其《國榷》中說，天啟一朝，與正德一朝極相似。熹宗"好獵樂內，嫉諫悅■(xing)，無一不同"。以此看來，天啟一朝，魏忠賢誠然罪過極大，大臣更顯無恥，然而作為最高統治者，熹宗亦難辭其咎，不能不為這一時代的黑暗承擔責任。
思宗可能是明代皇帝中性格最為複雜的一個。正如一位學者所言，在思宗身上，機智和愚蠢，膽略與剛愎，高招與昏招，兼而有之。當然，複雜性格的背後，是複雜的政治形勢。農民思宗御押
起義、後金軍隊的入侵、災荒、大臣之間的黨同伐異，都是讓思宗頭痛的難題。處理這樣的難題，成功或者失誤都屬於正常。在史學界，有一種所謂"17世紀危機"的理論，即認為17世紀中葉全球氣候變冷，導致處於溫帶的中國北方莊稼生長和收穫期明顯縮短，並進而引發饑荒和瘟疫，以及長江中下游稻米高產區因過度追求貨幣的增值而導致糧食匱乏，動搖了明王朝的社會與經濟基礎結構。清兵的入關與清朝的建立，才引導著中國從危機中走了出來。這樣的理論，似乎也可以為思宗這個亡國之君開脫了。
孟森說："思宗而在萬曆以前，非亡國之君；在天啟之後，則必亡而已矣！"思宗死的時候，也是這樣自解的。此後，歷史學家對于思宗普遍抱有同情，以為崇禎帝的一生實是"不是亡國之君的亡國悲劇"。然而，人才何代無之？要在知人善任罷了。然而崇禎一朝"有君而無臣"。思宗既想有心為治，卻不識用人之道，以致釀成亡國悲劇，未必無過。而且，孟森也說思宗"苛察自用，無知人之明"、"不知恤民"。因此，一方面，一個勤政、自律、立志有為的皇帝無奈成為亡國之君，固然使人同情；然而，另一方面，思宗用人之拙、疑心之重、馭下之嚴，卻正是加速了明王朝覆亡的催化劑。
"神明自運"四字，是明末清初松江名士夏允彝對思宗除去太監魏忠賢一事的評價。稍後的歷史學家如談遷等人，對于思宗在除魏忠賢一事上所表現出來的穩重、魄力，都歎賞不已。的確，在天啟末年和崇禎初年，思宗的政治才能曾曇花一現般絢麗奪目。他在接替自己的長兄朱由校的皇位之後，很快進入角色，並順利排除一切影響他皇位和執政的因素。在明代歷史中，思宗幹得最漂亮的一件事，無疑是在不動聲色中除去了權傾朝野的魏忠賢。天啟七年八月二十四日，天啟皇帝死後的第三天，朱由檢正式即皇帝位，定次思宗手書"九思"
年改元崇禎。當時，魏忠賢以司禮監秉筆太監提督東廠。魏忠賢的親信田爾耕為錦衣衛提督；崔呈秀為兵部尚書。朝廷內外自內閣、六部乃至四方總督、巡撫，遍佈魏忠賢的死黨。魏忠賢不敢公然加害思宗，只是因為明代皇權的權威而不敢輕舉妄動，但是，暗中的毒害還是有可能的。