對於小皇帝，張居正是無比忠心，有時忠心得有點肉麻。例如，張居正有一次在奏疏中對皇帝說："今伏荷皇上天語諄諄，恩若父子。"40歲的張居正將10歲的皇帝比作父親，倒也有趣。但是，實際上張居正對於小皇帝的輔導和帝鑒圖說關懷，也是無微不至的。他為皇帝安排了詳盡的視朝和講讀的日程表。大至朝廷用人之道，小至宮中的一些小節，張居正都要細細地與皇帝說。
有一次，小皇帝想搞一次元宵燈火，張居正就說："將燈掛一些在殿上，就可以盡興了。不需要再搞什麼燈棚。接下來的幾年還要有許多大事，例如皇上的大婚、潞王的出閣，每件事都要花很多錢，天下民力有限，還是節省一點好。"小皇帝倒也知趣，說："朕極知民窮，按先生的話辦吧。"小皇帝對於張居正，也是非常的尊敬，從來不稱名道姓，而是稱"先生"，所下的詔令，凡提及張居正時，都寫"元輔"。萬曆二年五月八日，皇帝在講讀完畢之後，聽說張居正腹痛，就親手調製了一碗辣面，並要次輔呂調陽陪著張居正一塊吃，其意圖是要以辣熱攻治腹痛。皇帝對於張居正，有充滿人情味的一面。他聽說張居正的父母都還健在，非常高興，賜給兩位老人很多的東西。
萬曆朝的前10年，政府在張居正的領導下，面貌煥然一新。張居正在政治上推行考成法：內閣稽查六科，六科稽查六部、都察院，六部與都察院稽查巡撫、巡按，巡撫、巡按考察地方官員。這樣一來，內閣成為政治運轉的中軸，而吏治也得到了很大的改觀。在經濟上，張居正實行清丈田糧、推廣一條鞭法，結果清查出了大量的隱匿、遺漏田地，在稅收上則將一切徭役折銀，按丁、糧加以攤派，簡化了稅收的條目，也改變了過去賦役不均的狀況。這一切舉措，又都是在小皇帝的支持下進行的，對於明王朝的經濟狀況，有非常大的成效。戶部管轄的太倉庫的收入，從隆慶時期的每年200萬兩銀左右升至萬曆初年平均每年三四百萬兩，京師糧食的貯量也往往是隆慶年間的三倍左右。這一切，都是張居正的功勞。只不過，張居正也許忘了，10年間，除了國家財富的激增之外，小皇帝已經不再是昔日的小皇帝了，而是一個成長為近20歲的青年。在他年輕的心中，除了有對張居正的感激之外，是否也有無法施展自己身手的遺憾呢？如果真是這樣想，那麼要成為大權獨攬的真正皇帝，萬曆小皇帝就必須擺脫張居正的影響。這樣的契機直到萬曆十年才姍姍來遲。當初的萬曆小皇帝，此時已經是大婚4年的青年。
神宗親政之後做的第一件大事，就是清算已死的張居正。萬曆九年七月張居正患病。患病的原因，據說是"積熱伏於腸胃，流為下部熱症。又多服涼藥，反令脾胃受傷"。當時一些學者像王世貞、沈德符，都推斷張居正喜歡服用**，以致熱氣向下或向上發散。張居正在冬天的時候，頭上不敢戴貂皮帽，就是因為熱氣上衝於頭。所以說，張居正的病情，實在是因為他的個人生活的奢侈靡爛所致。當然，張居正操勞國事，過度疲勞，亦是病因之一。從萬曆九年到萬曆十年間，張居正一直沒有請假，堅持辦公。次年二月，張居正舊病復發，雖然屢經名醫醫治，但是張居正自己也知道，自己"精力已竭"，"不過行屍走肉耳"！
萬曆十年六月二十日，一代名臣張居正終於病逝。神宗為之輟朝一天，給予張居正崇高的待遇：謚文忠，贈上柱國銜，蔭一子為尚寶司丞，賞喪銀500兩。然而，兩年之後的萬曆十二年八月，神宗在都察院參劾張居正的奏疏中批示道："張居正誣蔑親藩，侵奪王墳府第，箝制言官，蔽塞朕聰。……專權亂政，罔上負恩，謀國不忠。本當斷棺戮屍，念效勞有年，姑免盡法追論。"這時候的張居正一家，已經被抄家。張府人口，一些老弱婦孺因為來不及退出被封閉於張府，餓死十餘口；張居正的長子張敬修留下了一份"丘侍郎、任巡按，活閻王！你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈"的遺書，自縊身亡；張居正80歲的老母還是在首輔大學士申時行的請求下才留有一所空宅和10頃田地。張居正恐怕生前絕對不能想到，他死後竟然會遭到一手扶持的神宗如此無情的懲處！
神宗這種一百八十度的態度轉變，顯然是他長久地處於張居正的約束之下的心理變態後的大發洩。而張居正的政治悲劇，原因有很多方面。首先，張居正過度自信，沒有給皇帝足夠的自信，威權震主，最後才引來了皇帝的報復。其次，張居正執政的時期過於專權，得罪的官員太多。被張敬修罵作活閻王的丘■即其一。丘■，諸城人，性格剛直，好爭論。隆慶年間罷官在家。神宗初年，很多言官向朝廷推薦丘■。但張居正很厭惡他，沒讓他重新出來做官。神宗深知這層關係，等張居正死後，特派丘■跟太監張誠去抄張家。丘■用法酷烈，不免有公報私仇的嫌疑。
張居正奪情一事，也開罪了許多正直的士大夫。禁講學一事，又開罪了許多知識分子。最後，張居正對於慈聖皇太后的父親李偉等人，沒有給予充分的方便，以致神宗清算張居正時，慈聖皇太后並沒有為張居正說話。如此看來，張居正是一個極自信的人，所以不能虛己待人，而是過於刻毒**。所以，招來報復，某種層面上來說是咎由自取。但是，對於神宗來說，清算張居正是自己開始親政的基礎，推倒張居正，也就樹立了皇帝自己的權威。神宗稱張居正"罔上負恩"，其實他自己何嘗不繼張居正而任首輔大學士的張四維、申時行，目睹張居正生前的寵榮和死後的受辱，自然再不敢以張居正為榜樣。
因此，曾經以才幹受張居正賞識的申時行，深知伴君如伴虎的道理，吸取張居正的教訓，一方面順從皇帝，一方面用誠意打動整個文官政府。一句話，申時行是一個典型的和事佬。這位來自富饒的蘇州府長洲縣的嘉靖四十一年狀元，正如他的字"汝默"一樣，力求清靜，但也被人視為"首鼠兩端"。他在任上，開創了兩項很惡劣的先例——章奏留中和經筵講義的進呈，他也因此被人批評為要為神宗的"荒怠"負責。章奏留中，就是皇帝對於大臣們送上來的奏疏不予理睬，放在宮中，既不批示，也不發還。經筵講義的進呈，就是皇帝不需要參加經筵，經筵講官們只需要把他們的講義送到宮中就可以了。
這兩件慣例的養成，就徹底地切斷了皇帝與大臣們交流的渠道。其實，要讓申時行為神宗的荒怠負責，無疑是不公平的。皇帝既要親政，大臣們就應當無為；皇帝既要無為，大臣們就更應當謙遜地表示順服。這才是神宗的心態。從某種意義上來說，神宗從他的祖父那裡隔代遺傳下來的，除了自大心理之外，還有乾綱獨斷的心態。神宗是一個權力慾極重的人，而且，與他的父親不同，他不是一個平庸的君主。實際上，萬曆一朝的大事，如萬曆三大征，還都是在神宗的佈置下進行的。所謂萬曆三大征，是指在東北、西北、西南邊疆幾乎同時開展的三次軍事行動：平定■拜叛亂；援朝戰爭；平定楊應龍叛變。
■拜是蒙古韃靼部人，嘉靖年間投降明朝邊將鄭印，後來官至寧夏副總兵。
【備註：目前《夢還楚留香》的正文已停更快一個月了，考慮到拙作是為讀者朋友們而寫亦非其他。是以余在此決定，當「學而遠行之——明朝十六帝」更新完畢之後，便恢復正文的更新，但本人在心中將繼續對之前的不公對待，保持著長久的抗議狀態。平心而論，在長達三年左右的小說創作中，余沒有做出絲毫有損於讀者，又或是對不住自己良心的事來。不論小說文中穿插的日文數量多寡，這都是根據小說講求一個真實性而來，絕非本人刻意為之。將話說通俗點，就是你可以「賴」掉我的全勤成績，但你不能詆毀我的個人人格。如若後面彼此真的合作不愉快了，那《夢還楚留香》正文後的續篇章又或是已經起草的第二部小說，余也不妨改壇異之罷了。】