也許，他需要等待，等待一些人站出來為皇帝講話。直到七月，事情仍懸而未決。新科進士張璁上疏，針對"為人後者為人子"的說法，指出如果興獻王健在並且即位的話，難道興獻王也要做孝宗的兒子麼？認為朱厚所繼承的大統，實際上是太祖之統，是來自祖父憲宗的。而且，張璁說："現在要迎養聖母來京，稱皇叔母的話，就要講君臣之義了，難道聖母要做皇帝的臣子？且長子不得為人後！"這一番議論，在朱厚聽來，自是高興，說："此論一出，我們父子就可以保全了。"但是，在大臣們看來，張璁的議論無疑是奸邪之論，意在討好皇帝。因此，紛紛上疏要求懲辦張璁及其同黨桂萼。但是，朱厚璁好不容易找到支持他的人，哪裡會懲辦呢！於是，他不久後即命張璁、桂萼兩人進京與京城的大臣們來議禮。大臣們自然是極力阻撓二人入京，一方面與皇帝妥協，一方面攻擊張璁和桂萼兩人心術不正。這樣，圍繞著議禮這一事件，朝臣中已分成兩派：一派是以張璁為首的主張尊奉興獻王為皇考的；一派是以楊廷和為首的主張尊奉孝宗為皇考的。
從兩派的力量對比來看，自然在初期楊廷和佔據著極大的優勢。內閣大學士們、各部的尚書以及科道的言官們，幾乎都是與楊廷和同一主張的。世宗這時剛剛即位，羽翼尚未豐滿，還不敢過分地**。大臣們也動輒以辭職相要挾。就在正德十六年的十月，禮部尚書毛澄、大學士蔣冕就先後要求辭職，朱厚璁因為還缺乏多數朝臣的支持，還只能溫旨挽留。但是，正德十六年九月的一次事件，也許初現了朱厚璁**的苗頭。該月，禮部主張用王妃的禮節來迎接到京的興獻王妃。但是，朱厚璁明確地表示不同意，下詔用"母后儀駕"，由大明門入。整體看來，這一時期朱厚璁與楊廷和等大臣之間的關係，是一種博弈。雙方相互妥協、要求，試探對方的底線。有時，朱厚璁幾乎就像是在哀求了。正德十六年的十一月，朱厚璁對楊廷和等人說："你們所說的意思我都明白，但是，我的哀哀之情不能自已，罔極之思亦無方。可承朕命以表衷腸，慎無再拒，勉順施行。"意思說，請你們就接受我的命令不要再拒絕了吧，勉勉強強實施就可以了。在當時，朱厚璁的要求比較簡單，就是不能稱自己的父親為"叔父"。嘉靖元年三月，世宗朱厚璁勉強接受稱興獻王為興獻帝顯陵
"興獻帝"、稱興獻王妃為"興國太后"的做法。議禮諸臣如張璁、霍韜、熊浹等人被以各種理由放到外地去做官，只剩下皇帝一個人與整個文官政府抗衡。
但是，朱厚■在長達一年的與諸臣接觸中，也許早就明白皇帝之尊貴及**的力量。所以，嘉靖元年十二月十一日，皇帝傳諭："興獻帝、後皆加稱皇字。"也就是要稱興獻帝為"興獻皇帝"，稱興獻太后為"興國皇太后"。但是，毛澄等人堅持"興獻帝不宜加皇號"，抗疏力爭。朱厚■派太監去見毛澄，向毛澄長跪叩頭。毛澄嚇了一跳。太監說："這是聖上的意思。聖上說：'人誰沒有父母，為什麼使我不能盡表尊崇父母之情？一定要請你改變主張！'"毛澄憤然說："老臣雖糊塗，但不能讓禮法在我手上破壞，只有一去不參加議禮罷了！"於是堅持辭去禮部尚書一職。事情到嘉靖三年正月，又有南京刑部主事桂萼上疏請求改稱孝宗為皇伯考，稱興獻帝為皇考。這一主張等於是否定了朱厚■繼嗣孝宗的說法，比當初只要求尊崇親生父親的主張又前進了一步。從而，在朝廷中再掀軒然大波。事情到嘉靖三年的三月，皇帝與大臣之間達成了和局：尊稱世宗的親生父親為"
本生皇考恭穆獻皇帝"。這回皇帝似乎也滿意了,也命張璁等人不要再來北京議禮了。但是，對於張璁和桂萼二人來說，深知當初這樣的議論就犯了眾怒，如果不弄垮反對派，勢必在朝廷無法立足。於是，張璁等人又向皇帝上了一道奏疏。大意是說："稱自己的父親為'本生皇考'，其實還是把自己當作是伯父孝宗皇帝的兒子，與稱自己的父親為'皇叔父'其實沒有多大區別；那些大臣們表面上是尊重了您的意見，其實暗地裡還是割裂了您作為兒子對父親的孝情。"皇帝看了這道奏疏，也不再和大臣們商量了，就下詔："萼、璁來京。"這個時候，當初反對皇帝最激烈的幾個大臣如毛澄、楊廷和、蔣冕，或者死了，或者致仕回家了。
張璁、桂萼入京，掀起了大禮議的又一個**。只不過這一次，是議禮派在皇帝的支持下人數越來越多，完全佔據了上風。據說張璁、桂萼一入京，朱厚■就授他們為翰林學士。翰林中的其他官員竟然紛紛請求辭職，以表示不願與張璁、桂萼二人同事的決心。嘉靖三年七月，皇帝命去除"本生皇考恭穆獻皇帝"中的"本生"二字，遂引發了反對皇帝過度尊崇親生父親的哭門事件。楊廷和的兒子楊慎對眾臣說："國家養士一百五十年，仗節死義，正在今日。"於是，群臣跪伏於左順門，大呼太祖高皇帝、孝宗皇帝。朱厚■命太監傳諭說："爾等姑退！"但是，群臣到中午時分仍然伏地不起。於是，皇帝命錦衣衛將翰林學士豐熙等8人逮入詔獄。楊慎等人於是撼門大哭，一時"聲震闕庭"。朱厚■大怒，將五品以下官員馬理等134人逮入詔獄拷訊，四品以上官員姑令待罪。但是，朱厚■餘怒未息，命將楊慎、張原等糾集者實行廷杖。張原當時即被杖死，楊慎等或削職為民，或充戍邊疆。這件事，當時也稱為"大禮獄"。明代士大夫的風節，在這一事件中表現得非常強烈。但是，這一事件同時也使"衣冠喪氣"，而張璁等人氣勢極為囂張，議禮一事亦沿著議禮諸臣的主張越滑越遠。嘉靖三年九月，定大禮，稱孝宗為"皇伯考"，昭聖太后張氏為"皇伯母"；稱恭穆獻皇帝為"皇考"，章聖太后為"聖母"。
至此，世宗解決了"誰是我的父親"的問題，明確地表明孝宗朱祐樘只是自己的伯父。但是，正如孟森諷刺的那樣，既然當初反對稱親生父親為皇叔父的理由是"如果稱皇叔，就要講君臣之義"，那麼稱孝宗為皇伯考不是也要講君臣之義嗎，難道要把孝宗當作世宗的臣子嗎？這裡面無疑存在著一個自相矛盾之處。所以，清代人在修《明史》的時候，也總是議論紛紛。為此，學者毛奇齡曾專門寫了一篇《辨定嘉靖大禮議》的文章，從經學的角度專門探討明代人疏於知禮。但是，今天看來，大禮議一事，並無是非曲直，倒是真實地反映了明代皇權的**力量之強大。後來，議禮一事還不僅停留於此。世宗非但對其生父稱帝稱考，而且稱皇稱宗，乃至超越武宗而配享於明堂。這樣的做法，連張璁等人都覺得有些不對。但是，誰又能節制皇帝的隨心所欲呢？晚明學者黃景■說得好："有導其源，思節其流，難矣！"其實，後來世宗的隨心所欲，又何止在大禮議一事上，在迷信道教上，他更是走得越來越遠。
世宗迷信道教，在明代皇帝中是最典型的。他為自己取了幾個很長的道號，大概凡是道士們喜歡使用的字詞，在嘉靖的道號中都容納進去了，真是可笑至極。例如，他自號"靈霄上清統雷元陽妙一飛元真君"、"九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁一陽真人元虛圓應開化伏魔忠孝帝君"，又號"太上大羅天仙紫極長生聖智昭靈統元證應玉虛總掌五雷大真人元都境萬壽帝君"，把自己當作道教的神仙。
從16歲始，世宗就開始喜歡上道教的齋醮活動，即建壇向神祈福的活動。從嘉靖二年起，世宗的齋醮活動就開始受到群臣的關注與勸諫。第一個誘引世宗進行此類活動的人，可能是太監崔文。在四月份給事中張嵩的上疏中說："太監崔文等於欽安殿修設醮供，請聖駕拜奏青詞，是以左道惑陛下，請火其書，斥其人。"閏四月，楊廷和也勸皇帝不要迷信道教："齋醮祈禱必須預絕，其端不可輕信"，指出齋醮活動是道教之人假借來騙衣食的，虛誕誣罔。