雙方爭辯激烈，朱棣命他們於午門外跪著辯論。戶部尚書夏原吉為穩定局面，主動將責任承擔下來，才逐漸緩和了矛盾，遷都之議平息下來。
可以說，朱棣能夠最終奪取皇位，並實現了很多不平凡的功業，除去一些有利的客觀因素外，更與他個人的雄才大略分不開。
成祖一生，智謀過人，歷史上流傳有很多關於他的智謀故事。
自投羅網年輕的建文帝即位後，一口氣削奪了五個藩王。雖然燕王尚未被削，但是他的周圍已經佈滿了新皇帝的諸多眼線，北平也被重兵包圍，形勢岌岌可危。朱棣沒有坐以待斃，私下裡培養了一批死士，還在燕王府裡打造兵器，但這些進行得十分隱秘。他在王宮後苑修建了很大的地下室，圈以高大的圍牆，圍牆下埋著缸甕，以防止聲音傳到外面。同時養了許多鴨鵝，用鴨鵝的叫聲掩飾打造兵器和操練的聲音。
沒有不透風的牆，建文帝聽到一些燕王的行跡，愈發猜忌朱棣。由於還沒有準備充分，朱棣決定親自去南京，藉以緩和氣氛，爭取時間。他當然知道此行的風險，說不定會有去無回，但是他相信自己會回來，會使仁弱的建文帝相信自己沒有謀反之心，還可以探聽朝廷的虛實。建文元年二月，朱棣來到了南京。
對於燕王自投羅網，戶部侍郎卓敬勸說建文帝將燕王徙封南昌。這的確是個不錯的辦法，然而建文帝優柔寡斷，沒有採納卓敬的建議，幾天後將燕王放歸北平。朱棣的這次自投羅網，體現了一位雄才偉略的政治家的成熟和膽色，收到了奇效。五個月後，一切準備妥當的朱棣毅然以八百騎兵舉事。
佯狂裝瘋建文元年六月，燕山護衛百戶倪諒向朝廷告發朱棣的兩個部下為燕王招募死士。二人經過審問，供認了朱棣的一些陰事。建文帝沒有更多的證據，所以沒有削燕王，而是下詔訓責。朱棣害怕這是削藩的前兆，遂生一計，用以迷惑建文帝。
北平的人聽說燕王突然瘋了，經常可以看到他在大庭廣眾之下亂跑、亂喊，有時躺在大街上昏睡。建文帝聽到傳言，命北平布政使張和都指揮使謝貴探聽真情。二人來到燕王府，看見朱棣圍坐在火爐旁邊，渾身顫抖，似乎很冷的樣子。看見張、謝二人前來，朱棣手拄枴杖，走路踉蹌。張、謝二人被朱棣精湛的演技欺騙了，上奏朝廷，建文帝信以為真。
其實朱棣並不是第一次裝病。早在周王被廢之後，他就一直稱病不出，藉以韜光養晦，麻痺對手。不過當時他確實有一塊心病，他的三個兒子在南京，可能已被扣為人質。一旦他有異謀，三個兒子性命堪憂。於是他借口病重，請求建文帝讓三個兒子歸府照顧自己。這是一箭雙鵰之策：如果朝廷放歸三個兒子，則免去了質於人的情況；如果不同意放歸，可以探知朝廷的意向，早做謀劃。建文帝拿不定主意，後來在徐增壽的蠱惑下竟然將朱棣三個兒子送歸燕國。朱棣大喜過望，連稱"天助"，欣喜之情難以言表。幾個月後毫無顧忌的朱棣造反，建文帝真是後悔莫及！
智擒張謝北平布政使張、都指揮使謝貴是建文帝安插在朱棣身邊的兩雙眼睛，負責監視朱棣的一舉一動。這時燕王府護衛百戶鄧庸赴南京公幹，被齊泰逮捕入獄，經審訊，供認燕王准皇帝尊親之寶備舉兵的各項事宜。建文帝大驚，密令張、謝貴捉拿燕王府官屬，伺機逮捕朱棣。朱棣得知事情緊急，立即命張玉、朱能率僅有的八百壯士入衛燕王府。
當時的情況對燕王十分不利，如果強攻，損失過大，所以只能智取。朱能獻策，擒賊先擒王，抓住張、謝貴，其他人就好辦了。朱棣採納了他的建議，命人埋伏在端禮門兩側，然後派人請張、謝前來。張、謝懷疑有詐，不肯前往燕王府。朱棣又命人拿著朝廷要抓捕官屬的名單前去，這樣二人才相信。在燕王府，張、謝的隨從被攔截在大門外。朱棣拄著枴杖坐著，設宴行酒。他拿起一塊西瓜，放在嘴邊，欲嘗又止，對二人說："現在平民百姓，兄弟宗族之間，還知道相互體恤。我身為天子近親，卻朝不保夕。既然這樣，天下還有什麼做不得呢？"說完，憤怒地將西瓜摔到地上。埋伏的勇士聽到暗號，一擁而上，將張、謝貴擒獲。隨後，朱棣命朱能、張玉等人迅速擊敗了城內的守軍，控制了北平。
計除卜萬朱棣攻打懷來宋忠部之時，大寧兵馬號稱10萬，在都督劉真、都督僉事陳亨、都指揮卜萬率領下出松亭關，將要進攻遵化。七月二十四日，朱棣親自率兵增援。劉真等人知道宋忠兵敗懷來後，退守松亭關，拒不出戰。三員主將中，劉真年老力衰，又缺乏計謀，不足為慮；陳亨是燕王的老部下，持觀望態度；只有卜萬英勇善戰，成為燕王的眼中釘。
恰巧捉到兩個大寧的士兵，朱棣遂決定使用反間計，除去卜萬。他假意寫給卜萬一封信，對他大加讚賞永樂七年所造銅銃，極力詆毀陳亨。他命一個被俘的大寧軍卒將信藏在衣領內，然後設酒席款待他，並送給他一些銀兩，又故意讓另一個軍卒看到這一切。燕王隨後將二人放歸。未得賞賜的士卒忿忿不平，回去後將此事上告。劉真果然在士卒身上找到了那封信，就信以為真，將卜萬投入獄中，並籍沒其家。卜萬後來死在了獄中。
成祖朱棣是一位較有作為的皇帝，在歷史長河中佔有重要的位置。他的一生，文治武功不遜色於歷朝君主。然而他性格暴戾，特別是在靖難之役後以極其殘忍的手段大肆屠戮建文遺臣，成為他人生中無法洗滌的污點。
朱棣攻取南京後，對於那些不肯歸附自己的大臣嚴加懲治，無所不用其極。建文帝削藩的主要謀士黃子澄，先被砍去雙手、雙腿，然後方將其殺死，齊泰亦被"族誅"。朱棣對抵抗最為堅決的鐵鉉非常憤恨，命人割下了他的耳鼻後才將其殺死，妻女充為官妓。禮部尚書陳迪和兒子等六人同日就刑，朱棣在行刑前將陳迪兒子的耳鼻割下煮熟讓陳迪吃掉，並問味道如何。陳迪沒有懼色，回答道"忠臣孝子的肉鮮美無比"，坦然就刑。
這些事件中，以方孝孺的"誅十族"最為慘烈。方孝孺是當時最有名的讀書人，就連姚廣孝也向成祖為其求情。成祖召方孝孺為其寫即位詔，方孝孺堅決不從。朱棣以死相威脅，自己的性命不要了，難道還不顧及九族嗎？方孝孺大義凜然，朗聲回答"便十族奈我何"。成祖盛怒，將其滅門十族。自古以來，最嚴厲的莫過於誅九族，從來沒有誅十族的先例。方孝孺墓方孝孺一案，成祖可是開了先河，空前絕後。所謂十族，就是在九族之外將朋友門生牽連在內。
不久之後，朱棣又興"瓜蔓抄"。景清在成祖登基後並沒有馬上殉節，而是委身於朝班很長時間。一天，他身穿緋衣，暗藏利刃，準備行刺朱棣。朱棣見其神色異常，命人搜身，得到利刃。景清當庭辱罵朱棣，不屈而死。朱棣命人將他剝皮實草，繫於長安門示眾，並令用鐵刷子將景清的肉一層層刷下，還把骨頭打碎。他還不解氣，將其滅族，街坊鄰居也受到了牽連，後來乃至於和景清稍有些關係的人都被殺，猶如瓜之蔓，牽連甚廣，許多無辜的人慘遭橫禍。
成祖朱棣對建文舊臣的殺戮前後長達十餘年，在晚年時法禁猶嚴，直到仁宗朱高熾即位後這種情況才得以改變。成祖實行這種近於瘋狂的嚴法酷刑，一方面與其個性有關，但更為本質的原因則是內心的虛弱。他發動靖難之役，說到底是奪了侄子建文帝的皇位，在皇位繼承的合法性上是要大打折扣的，這一點他自然心知肚明。因此，他希望能夠用屠刀堵住人們的非議之口，並想盡辦法證明自己是皇位的合法繼承人。為此，他甚至不惜在生母的問題上做文章。
成祖的生母是誰，一直存在著爭議，至今學術界未有定論。朱棣出生之時，正值天下大亂，群雄並起之際。朱元璋尚未建立明朝，而是忙於爭奪天下，當時尚無朱棣生母的爭論。等到朱棣奪位以後，關於他的生母是誰的問題突然敏感起來。自永樂時期以來，各種官方史書和野史上都對成祖生母問題有所記載和猜測。上個世紀以來，李晉華、傅斯年、朱希祖、吳晗"大明永樂年施"款銅鎏金佛像等一批知名學者都對這個問題進行了詳實的研究。