李鴻章接到了丁汝昌的電報，說是水師學堂的陸軍學員組成的部隊願意接管旅順基地的防守，正在愁鴨綠江沿岸防禦兵力不足，現在有人願意接管旅順基地的防務，正中李鴻章的下懷，也顧不得考察水師學堂的什麼陸軍有沒有守旅順的實力，馬上發電報讓北洋水師護送水師學堂的陸軍馬上出發到旅順，和旅順的駐軍換防。
丁汝昌接到李鴻章的電報，馬上讓林大鑫盡快把水師學堂的陸軍送到旅順去！
林大鑫得到李鴻章同意水師學堂陸軍部隊接管旅順基地防務的消息，決定讓水師學堂陸軍整編第一師和整編第三師去旅順，林大鑫把第一師的師長吳佩孚和第三師的師長倪凡叫到水師學堂內的辦公室。第三師的師長倪凡也是教導隊一期的，山東濟南人，是5個師長中身高最高的，有1.9米的身高，脾氣也是5個師長中最火爆的！
林大鑫看著吳佩孚和倪凡兩人開口說道：「現在決定由第一師和第三師到旅順接管防務！吳佩孚為旅順防區總指揮，倪凡為副總指揮！說實話，我不太看好鴨綠江的防線！如果鴨綠江防線被突破，日軍很有可能長驅直入，進攻旅順基地！你們兩人要做好打大戰的準備！」
吳佩孚和倪凡兩人「啪——」的一聲，雙腳一併和，氣勢如虹的說道：「校長放心！我們保證把旅順守的固若金湯！」
林大鑫點了點頭，他也相信兩個整編師36000餘人一定能守住旅順。林大鑫接著說道：「而且第一艦隊會抽調定海艦、鎮海艦、威海艦、立海艦和4艘魚雷艦，第二艦隊會抽調經過搶修已經恢復戰鬥力的雲海艦和4艘魚雷艦組成旅順守備艦隊，守備艦隊的指揮官是水師學堂總教習於傅！旅順守備艦隊會護送你們去旅順，並且留在旅順和你們一起防守！」
吳佩孚和倪凡點了點頭，有水師學堂的軍艦在海上，整個旅順的防守就更加堅固了！
林大鑫又說道：「你們到達旅順後，旅順大部分的駐軍都會開赴鴨綠江沿線，但是炮台的守衛部隊會留在旅順，你們到旅順以後，拿著提督大人的手令，把炮台也接管了，那些炮台的淮軍兵丁也都是訓練多年的炮手，有機會就把這些炮手收編了！」
吳佩孚和倪凡點頭表示一定把這些有經驗的炮手，收編到兩個整編師！
水師學堂海軍抽調軍艦組成的旅順守備艦隊，而抽調了第一艦隊和第二艦隊多艘軍艦後，林大鑫又把兩支艦隊的軍艦重新分配了一下，把第一艦隊的旗艦興海號和安海號抽給了第二艦隊，而由4艘俘虜意大利鐵甲戰列艦重新組成了第一艦隊。
原意大利鐵甲戰列艦排水量15900噸的勒班陀號，被林大鑫改名為飛熊號，成為第一艦隊新的旗艦，蔣晨繼續留在第一艦隊擔任旗艦飛熊號的艦長。
原意大利鐵甲戰列艦意大利號被命名為飛虎號，艦長是教導隊一期，原來第一艦隊在海戰中沉沒超海號的艦長聞彧。本來因為自己的戰艦沉沒而十分鬱悶的聞彧，沒有想到天上突然掉下餡餅，自己成為了一艘排水量15407噸的鐵甲戰列艦的艦長！高興的聞彧立刻請了幾位教導隊一期的同期好友到威海衛城內最好的酒樓大吃了一頓。
原意大利鐵甲戰列艦排水量12264噸的杜利奧號改名為飛鷹號，教導隊一期的馬巖被林大鑫任命為飛鷹號的艦長。
原意大利鐵甲戰列艦排水量12461噸的恩裡科號改名為飛狼號，教導隊一期的甄理被任命為艦長。
4艘強大的鐵甲戰列艦組成了水師學堂第一艦隊，使得第一艦隊成為了戰列艦編隊。
而第二艦隊調入興海號和安海號兩艘裝甲巡洋艦後，第二艦隊擁有5艘排水量7000噸左右的大型快速裝甲巡洋艦，1艘4000多噸的快速中型裝甲巡洋艦，2艘排水量3000多噸的快速防護巡洋艦，使得第二艦隊成為一支擁有8艘航速都在20節以上的巡洋艦，成為一支快速巡洋艦隊。
第一艦隊和第二艦隊剩下的8艘魚雷艦和原來北洋水師比較先進的12艘魚雷艦組成了一支雷擊艦隊，這支雷擊艦隊也被丁汝昌劃歸到了林大鑫的水師學堂名下。
在水師學堂陸軍準備出發的前夕，意大利公使竟然來到了威海衛，向北洋水師索要4艘鐵甲戰列艦。丁汝昌讓意大利公使去水師學堂找林大鑫，4艘鐵甲戰列艦現在歸林大鑫指揮。
當然意大利公使沒有如願，在林大鑫這裡碰了釘子，走的時候叫囂的要讓北洋水師付出代價，被一臉不耐煩的林大鑫派人給轟出了水師學堂。
1894年10月1日，水師學堂的旅順守備艦隊護送著裝載著整編第一師、整編第三師36000餘人和裝備的20艘運輸船，開往了北洋水師旅順基地。
這20艘運輸船有15艘都是林大鑫名下造船廠新建造出來的。
這些運輸船排水量都是700噸，航速最高可以達到18節，船上的小型汽輪機和小型鍋爐都是林大鑫名下的機械裝備製造廠生產出來的。船上的鋼板也是林大鑫名下鋼鐵廠的產品。
整艘運輸船可以說是純大清產的！其他5艘運輸船是北洋水師的船。
威海衛距離旅順從海路走，並沒有多遠，時間不久，艦隊就到達了旅順港口。
運輸船直接停在了旅順港口上，水師學堂第一師和第三師的陸軍學員陸續從運輸船上下到港口，按編制整隊之後向旅順的兵營和炮台行進。
吳佩孚和倪凡帶著師部的人員進入了旅順城，和一臉鐵青的旅順總兵徐邦道完成了交接手續。怪不得旅順總兵徐邦道臉青，因為有水師學堂陸軍接管旅順的防區，他們這些原來旅順防區的清兵就被調到前線的鴨綠江沿岸。
現在鴨綠江沿岸戰雲密佈，日本人隨時可能進攻鴨綠江一線，此時去鴨綠江危險重重
重，馬上就得帶兵去鴨綠江的旅順總兵徐邦道臉色好才怪呢！
但是軍令難為，旅順總兵第二天就帶領著大約13000清軍，離開了旅順，向鴨綠江防線前進。船廠、機器局等旅順重要的機構也被水師學堂的陸軍接管了過來。
留在旅順的2000餘名炮台的淮軍兵丁，在吳佩孚果斷的槍斃了2名鬧事的軍官後，加上知道了水師學堂陸軍的高薪待遇後，被整編第一師和整編第二師的炮兵部隊收編了！
不差錢的林大鑫對自己手下的部隊非常大方，陸軍一名士兵每個月都有6兩銀子的津貼，班長的津貼則有8兩銀子，級別最高，補貼越高，像吳佩孚這樣的師長每個月的津貼可以達到80兩銀子。
海軍的津貼比陸軍稍微高出了一些，一名普通的水手每月津貼是7兩銀子，班長級別的津貼是9兩銀子。
而且戰死或者傷殘了，林大鑫也不會不管了！在海戰中戰死的學員，林大鑫給他們的家屬每家500兩銀子，發給了一塊烈士家屬的牌匾和證書。以後這些烈士家屬可以憑借證書，每年都可以到水師學堂領取一份烈士家屬的補助。
在海戰中有殘疾的海軍學員，願意繼續留在軍隊的，林大鑫安排他們到水師學堂的後勤部門，交給了自己的表哥王巖。不願意繼續留在部隊的，林大鑫把他們安排到了自己的工廠中，做些力所能及的工作。
旅順炮台留下的2000餘名大部分都是炮兵的淮軍，聽到水師學堂陸軍的待遇如此優厚，爭先恐後的願意加入水師學堂。