第一波攻擊失敗造成的大量「傷而不亡」，雖然讓皇太極暗吃一驚，但並沒有動搖他攻城的決心。他認為明軍之所以能『射』擊如此精準，是因為投入進攻的兵力太少了，負責對『射』的弓箭手沒有給攻城的步軍以足夠的掩護。
另外皇太極也從敗兵的口中得知了城牆前的那道工事。這一點他倒並未太在意，因為以往攻城，這個位置應該是護城河，造成的麻煩可能還會更大一些。
所以很快皇太極就準備發動第二波攻擊。當然他也非常狡猾，隱約能猜到明軍可能是有所保留，所以這波攻擊仍是試探性的，最精銳的女真戰士他仍捨不得使用。但在投入兵力方面，還是比第一波攻擊大為加強。
首先，他動用了五輛楯車和三輛鐵裹車。雖然這些攻城器械都是在通州臨時趕製的，但因構造簡單，還是足以用於實戰。
其次，直接負責攻城的漢軍旗士卒由三千人增加到六千人。此次入關作戰，漢軍旗共來了三萬人，每旗三四千人，這六千人已經是正黃旗和鑲黃旗兩旗的總兵力了。正黃旗仍由統領佟養真率領，鑲黃旗則由另一名漢奸將領石廷柱指揮。
這兩人均是滿門漢奸。滿清八旗有「八大姓」，即在軍中地位顯赫的八個姓氏，分別是佟佳氏、馬佳氏、瓜爾佳氏、齊佳氏、索綽羅氏、富察氏、那拉氏和鈕鈷祿氏。這八姓人口眾多，實力強大，又相互結為姻親，在八旗體系中很有地位，即是皇太極和各旗旗主，也都對他們高看一眼。
而不少漢奸們投降滿清以後，也依樣畫葫蘆搞了個「漢軍八大姓」，佟姓和石姓均位列其中。這兩姓既有「合作」又有「競爭」，平時是你好我好大家好，到了戰場上卻是各自爭功邀寵。
皇太極為刺激手下更加為自己賣命，最近還推出一項「抬旗」政策，即功勳卓著者，漢軍可以抬入滿清下五旗，滿清下五旗可以抬入上三旗。漢人抬入旗籍，就等於和滿人有了一樣的身份，算是「翻身做主人」了，因此這些漢奸們無不趨之若鶩。
佟養真和石廷柱這兩個傢伙，最近正在為誰能先抬入旗籍而明爭暗鬥。剛才佟養真搶得第一波攻擊的「頭彩」，石廷柱心中自是頗為不忿；可轉眼間漢軍正黃旗大敗而回，石廷柱又暗自竊喜，心道別看你佟養真善於溜鬚拍馬，這可是戰場，戰功須得真刀真槍拼出來！
現在皇太極命漢軍正黃旗和鑲黃旗同時出陣，也有讓佟石二人競爭之意。這兩條滿清的鷹犬立時打起精神，揮舞著明晃晃的刀劍，嚴令手下士卒一會兒要捨命進攻，膽敢後退者格殺勿論。
除了這六千人外，為了進一步增強攻擊力，皇太極還派出蒙古鑲黃旗。蒙古八旗全是騎兵，此次入關共有二萬人馬，平均每旗兩千多。雖然他們的戰鬥力比不上滿清八旗，但遠遠超過漢軍旗，尤其是單兵騎『射』水平，與女真人幾乎相差無幾。
皇太極對這一波攻擊的具體戰術部署是：做為炮灰的漢軍旗推著楯車先上，弓箭手藏身於楯車之後，壓制住城頭的明軍火力；其餘漢軍仍然蟻附攻城，並用鐵裹車衝擊城門。當然為了對付城牆前的那道工事，這些士卒要每人負土一袋，到地方就用土掩埋『射』擊孔。
而跟在後面的蒙古人，則騎馬在距城牆五六十步以外對城頭放箭。因為蒙古人體力強健，即使比漢軍旗距離遠，攻擊力卻毫不遜色。萬一撞開城門，這些騎兵就直衝入城，滿清八旗再發動總攻。
隨著刺耳的號角聲響徹大地，清軍的第二波進攻開始了。漢軍旗的士卒推著五輛龐大的楯車緩緩前進，其餘士卒則盡量散開，形成一個寬大的正面，吶喊著向太平門撲來。俗話說得好，人上一萬，無邊無沿，近萬名清軍同時攻城，聲勢果然浩大，把剛剛上城樓勸朱由檢回天壇的首輔韓爌和閣臣錢龍錫、李標都嚇得臉色蒼白。
朱由檢卻對三人若無其事地笑道：「卿等勿憂，這仍是韃子的試探性進攻。看見他們的旗幟沒有？這是漢軍正黃旗、鑲黃旗和蒙古鑲黃旗，仍然沒有真正的韃子，無非是虛張聲勢而已。三位且放寬心在此觀戰，解勝，你給三位閣臣說說如何應戰。」
解勝忙應道：「遵旨！幾位大人，此次韃子雖仍是佯攻，但投入兵力近萬人，亦不可輕敵。末將準備執行二號作戰方案，請聖上批准！」
「在這裡你是主將，下令即可。」朱由檢輕描淡寫地道。
解勝便對周陽道：「執行二號作戰方案！」
周陽匆匆領命而去，幾位閣臣卻是面面相覷，心道什麼叫「二號作戰方案」？
眼見大隊清軍如潮水般向太平門撲來，距離越來越近，首輔韓爌可有點急了，大聲問解勝：「城上不是有紅夷大炮麼，『射』程可達數里，為何不開炮擊敵？」
解勝自從進京以後，一直統領五軍營和神機營，甚少和文臣打交道，此時面對首輔韓爌，一時有些不知所措。朱由檢見狀立即給他打氣道：「解將軍是在執行作戰方案，韓大人稍安勿躁！」
皇帝發話，韓爌當然不敢追問了，可還是百思不得其解，為什麼放著威力巨大的紅夷大炮不用，眼睜睜看著敵軍迫近呢？
很快，漢軍旗就推著五輛楯車壓了上來，距離城牆只有七八十步，周圍則是黑壓壓的正黃旗和鑲黃旗士卒。此時直接指揮戰鬥的參將周陽才大吼一聲道：「速『射』炮！」
一聲令下，城頭上的八門改進型佛郎機炮，也就是朱由檢親自命名的速『射』炮各就各位，炮手早已將子銃裝入炮膛，一位神機營軍官大喝一聲：「預備~~~放！」
導火索被立即點燃，跳動的火焰迅速向炮管之中爬去。朱由檢見三位閣臣還在愣神，便對他們笑笑道：「快摀住耳朵！」說著先把自己的耳朵摀住了。
還沒等幾人反應過來，只聽驚天動地的數聲炮響，八門速『射』炮一齊開火。韓爌猝不及防，竟然連震帶驚，一屁股坐在地上！.