在調取刑部卷宗的這段時間裡，溫體仁成了眾矢之的。以李標、錢龍錫為首的數十名東林系大臣對他萬炮齊轟，均說當年錢千秋之事鬧得滿城風雨，最後都知道錢謙益是被人陷害。此事已有公論，溫體仁這時翻出來這段舊案，顯然別有用心。
尤其是吏科都給事中章允儒，他屬於東林黨中的強硬派，一向主張排擠非東林系大臣。為了反駁溫體仁，他出班抗聲奏道：「此事當年盡人皆知，犯人供狀曾刊於邸抄，臣親眼看過，記憶猶新。明明已經結案，溫體仁硬說沒結，攪亂枚卜大典，其罪非輕！」
溫體仁雖然勢單力孤，卻是毫無懼色，以不變應萬變，一口咬定此案未結。他連連向朱由檢叩頭道：「臣若是信口雌黃誣告錢謙益，那就是欺君之罪，務請陛下誅戮以昭示天下；可臣若說的是事實，是不是就證明錢謙益確實有黨？」
朱由檢見溫體仁有恃無恐，料想他必定抓住了此案的紕漏之處，便讓眾臣暫停議論，等案捲來了一看便知。
須臾卷宗調來，朱由檢親自審閱。只見卷宗中附有錢千秋當年的試卷，每段的末字果然是「一朝平步上青天」。再看犯人的招供，倒是確有徐時敏、金保元、錢千秋三人各自的供狀，上面都有血紅色的指押。而且三份供狀內容相同，都稱錢謙益與此案無關，只是徐金二人打著他的幌子騙人。
朱由檢心中狐疑，心想自己雖然不喜歡錢謙益，但也不能製造冤假錯案啊。便將案卷擲與溫體仁，冷冷地道：「你說此案未結，這不是已經結了麼？」
溫體仁恭敬地拾起案卷看了兩眼，便不慌不忙地道：「陛下請看。錢千秋的試卷有兩份，一份是他本人答的原卷，一份是經過謄錄的。請陛下與諸公對比原卷和供狀的字跡，是否相同？」
朱由檢心中一緊，忙接過試卷再細看，果然兩者的字跡不盡相同。朱由檢心念電轉之間，已明白此中必定有鬼。但溫體仁肯定沒看過卷宗，他又是怎麼知道的呢？
溫體仁馬上為眾人揭開了謎底：「臣與錢千秋同為浙江人，此案在刑部審訊時，臣在浙江的故友曾親眼見到錢千秋遊西湖，根本沒在京師。人都沒來，這供狀難道是長翅膀飛來的不成！」
此言一出，滿朝大嘩。錢龍錫、李標、喬允升等人依次傳閱卷宗，發現確如溫體仁所說，也全都傻了眼。朱由檢便問喬允升：「你是刑部尚書，你說這是怎麼回事？」
喬允升當即冒汗道：「回陛下，雖然案發時臣未在刑部，但到任後未能查出此弊案，臣有罪！當時經辦此案者，乃是時任刑部尚書田吉，很有可能是田吉收受了某人的好處，才故意寬縱錢千秋。只是現在田吉謀逆已經伏誅，死無對證…」
溫體仁當即跟上一句道：「田吉雖死，錢千秋仍在。將他收監重審不就行了？」
此時白紙黑字，東林系大臣雖想袒護錢謙益，卻是無話可說。良久，錢龍錫緩緩地道：「既然錢謙益與此案有涉，案情未清之前，確實不可再入閣，請陛下另選他人。」
眾臣一聽，錢龍錫這是要丟車保帥了。還有人想為錢謙益出頭，但見錢謙益面如死灰，抖衣而戰，均知道他肯定不乾淨。皇帝年紀雖輕卻明察秋毫，這一關他肯定是過不了了，因此也只得紛紛附議。
朱由檢心中暗喜，本來他就討厭錢謙益，正好借這個機會道：「既如此，暫將錢謙益革職，待審清此案後再做區處。」
這下可好，錢謙益滿懷熱望，風塵僕僕地趕來京師，又上竄下跳四處串聯。最後不但沒能入閣，連現有的官職也被擼了。當即有警衛團軍士上前摘了錢謙益的冠冕，將他「送」出殿外。
本來此事就算告一段落，可溫體仁仍不肯善罷甘休，繼續叩頭奏道：「錢謙益如此人品，竟得朝臣共推，可見結黨營私，請陛下嚴查！」
這下東林黨人可不幹了，心想你溫體仁好大的膽子，得了便宜還賣乖，竟敢單槍匹馬向整個東林黨挑戰？
於是錢龍錫、李標、喬允升、劉鴻訓等重臣紛紛表態，言推舉錢謙益實出於公心。至於錢千秋案，眾人確實不知情，但絕無結黨營私之事。
尤其是章允儒，剛才全力維護錢謙益，沒想到錢謙益自己不爭氣，讓他頓覺下不來台，正無處撒氣，便將怒火全傾瀉到溫體仁頭上，指著他的鼻子怒喝道：「枚卜大典，天日臨之於上，諸臣何敢營私？你雖然為官資歷深厚，但素無清望，諸臣就是不推舉你，你待怎的？還有，你既知錢千秋一案有鬼，為何早不奏晚不奏，偏要等枚卜選中錢謙益時才告發？可見你就是想扳倒錢謙益，自己進入枚卜名單！我告訴你，似你這等私慾熏心之人，錢謙益倒了，也輪不到你！」
溫體仁卻早有準備，好整以暇地道：「有理不在聲高，章大人你吵嚷什麼？你喊得越歡，就越證明你是錢謙益一黨。你問我為什麼不在枚卜之前參奏？嘿嘿，錢謙益若不入內閣，不過是一吟風弄月的閒官，參他何用？正因為他想擠入內閣，而陛下乃千年一出之聖君，用人自要慎之又慎。所以我才寧肯與滿朝大臣為敵，也要參倒這個奸佞無恥之徒…」
「你說誰結黨？」章允儒不等溫體仁說完，暴怒地打斷他道，「黨之一事，從來小人構陷君子，都是這等說！陛下，臣猶記當年閹賊魏忠賢驅逐**星等公忠之臣，也說結黨，盡行削奪。大抵小人為公論所不容，便將眾望所歸者指斥為黨，留傳至今，為害君子之榜樣！」
他這番話一出口，溫體仁卻是展顏微笑。而錢龍錫、李標等人則是搖頭歎息，暗道章允儒好不謹慎，怎能拿皇帝與魏忠賢相比！
果然，朱由檢當即冷笑道：「哦？照你這麼說，魏忠賢以結黨為名罷了**星的官，今天朕罷了錢謙益的官，朕和魏忠賢是一丘之貉了？」
章允儒當即語塞，朱由檢就勢瞋目大怒道：「君前奏對，何敢如此放肆？警衛團何在！」
燕凌等警衛團軍士當即應聲而出，朱由檢咬牙道：「將章允儒押下去！」
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