朱由檢這個引發軒然大波的決定，說起來也很簡單：讓德妃包玉憐協理太醫院，督導全國開展滅鼠運動。
可是朱由檢剛在早朝上宣佈這個決定，大臣們立即炸了鍋。除了三位內閣大臣裝傻充愣以外，其餘官員無一例外地齊聲反對。就連平時對朱由檢的各種新政較為支持的孫承宗、王在晉、袁可立這三位重臣，也立場鮮明地表態：此舉萬萬不可！
朱由檢這次倒沒著急，更沒生氣，而是平心靜氣地發問道：「諸臣既雲不可，請陳述一下不可的理由。」
不少大臣目視禮部右侍郎李標，因為除了被皇帝差去監軍西南的成基命外，李標就是朝臣中入閣呼聲最高的官員了。而且李標學識淵博、性情耿直，前一陣朱由檢罷黜數十名官員，他為此事還一直耿耿於懷，現在皇帝再一次「離經叛道」，李標非猛烈開火不可。
果不其然，李標當仁不讓地出班奏道：「陛下，太醫院與剛剛被裁撤的二十四監不同，雖也是為皇室服務，但屬於朝廷的正式官署。太醫院院使統領其事，為正三品；其下設御藥局、御藥房、東宮典藥局，兼管各藩王府良醫所，所用醫官皆稱御醫，亦各有品級。雖然職責單一，但規制與六部五寺相若，同為朝廷機構，屬員為外臣，而非內侍。德妃娘娘何等尊貴，豈可自降身份，與外臣相處？」
這番話乍一聽似乎很客氣，其實卻是頗為不留情面。那言下之意無非是：德妃是後宮嬪妃，太醫院裡可全是男人。難道皇帝就不要男女之大防了麼？
孫承宗和袁可立他們與朱由檢打交道較多，深知這位皇帝年輕氣盛。他們不禁為李標暗中捏著把汗，生怕皇帝盛怒之下，把李標的烏紗帽也摘了。
孰料朱由檢一點也沒生氣，反而笑呵呵地道：「李大人可能有所不知，德妃之父包建嚴，就曾出任太醫院院使。德妃深得其父真傳，醫術出神入化，當年朕還是藩王之時，曾被魏忠賢下毒陷害，幸得德妃診治，朕才轉危為安。」
這段秘事朱由檢從未對外人說起過，大臣們自然是頭一次聽說，不禁驚歎不已。當然，包玉憐如何金針過穴這些細節，朱由檢是不會告訴他們的，只是借此事讓眾人知道包玉憐精通醫術。
「你們可知先帝為何封玉憐為『德妃』？」朱由檢神情肅穆地道，「醫者懸壺濟世，視病患如同自己的兒女，故有『醫者父母心』之說。德妃就是這樣一個有『父母心』之人，她不單為朕治病，朕在藩邸之時，她也為普通百姓診治，涇陽百姓深感其德，所以先帝才封她為『德妃』。今朕讓德妃協理太醫院，一是為了舒展其志，不浪費她的高明醫術；二也是她願以此種方式，感念先帝冊封之恩。醫者最重德行，朕相信德妃不會視御醫為僕役，御醫亦會敬重德妃，李大人不必過慮。」
朱由檢這番話同樣綿裡藏針，一方面是把熹宗抬出來壓李標，先帝都認可德妃行醫，你若反對，不是連先帝一起反對了麼？另一方面則是強調德妃和御醫都是醫德高潔之士，絕不會涉及到男女瓜葛。誰若是懷疑這一點，反倒說明他自己德行不佳。
李標果然被朱由檢說得張口結舌，面紅耳赤，一時有些接不上話。另一位東林黨干將、詹事府左諭德劉鴻訓立即出班奏道：「德妃娘娘雖然醫德高潔，臣仍以為不可。太醫院乃是官署，德妃娘娘乃陛下後宮之人，無論身份如何尊貴，畢竟是女流之輩。若干預其事，是女子干政也。自古女子干政，必為取亂之道，陛下不可不察！」
劉鴻訓這人也不簡單，不但一眼就看透了朱由檢的真正目的，而且就這麼直截了當地說出來了。
朱由檢的臉上閃過一絲陰沉，卻又很快轉為溫和的微笑，盡量耐著性子解釋道：「劉大人多慮了。太醫院雖為官署，畢竟職責與六部五寺大不相同，和政事沒有半點關礙。此次全國多處爆發鼠疫，危害甚大，朕本欲親自處置，奈何擴建京師又牽扯了朕太多精力，只好讓德妃幫著朕料理一些。德妃亦只是暫時協理太醫院，並非取代院使。鼠疫過後，如無大事，德妃仍要返回宮中。」
這番話也算是朱由檢難得地向大臣們做出妥協了，一是申明德妃除了醫療衛生這些「本職工作」以外，絕不干預政事；二是即使在太醫院也是臨時的，忙完這一陣就撤。
朱由檢原以為自己態度如此誠懇，給足了大臣面子，又做出了一些讓步，就不會有人再刁難自己了。但讓他沒想到的是，見皇帝態度似乎有些動搖，反而有更多的官員跳出來反對。而且也沒什麼新意，翻來覆去就是那兩條理由：男女大防，女子不得干政。
爭論了將近一個時辰，朱由檢的耐性終於耗盡了。他猛地把臉一沉道：「令妃曾任三品參將，現在正在四川抗擊永寧土司奢崇明叛亂的秦良玉，更是出任宣撫使，先帝親賜二品朝服冠冕。若說干政，她們乃是領軍武將，可比醫者干政得更厲害吧，難道先帝這麼做都錯了？你們不**子干政，很好，那你們來做！誰懂如何防治鼠疫？誰又能領兵力保成都不失？給朕站出來，朕馬上任命你去做！」
這一通咆哮果然把大臣們鎮住了。一方面，朱由檢又搬出「先帝」這個屢試不爽的法寶。大臣們可以反對現任皇帝，但就是不能反對先帝，否則他們的種種論點就站不住腳了，這個軟肋被朱由檢準確地抓住了。
另一方面，這些大臣們在朝堂之上慷慨激昂則可，真要做一件具體的事可未必在行。尤其是醫療和領軍這種專業性極強的領域，更是一竅不通，誰敢在朝堂之上大言不慚地說「我行」？君前無戲言，吹了牛皮卻做不到，那可要付出項上人頭的代價！
「朕意已決，諸臣不必多言。退朝！」朱由檢也不再給大臣們反對的機會，袍袖一甩扭頭便走，邊走邊想：看來「不換思想就換人」這句話是太有道理了！真希望恩科明天就開考，選拔一大批能為我所用的青年才俊，把這幫死腦筋的大臣統統換掉！
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