放走了蕊兒的親妹妹，朱由檢對剩下的白蓮教徒可不再客氣了。近百名特戰隊員一湧而上，先把所有香客趕出香積寺，然後一個房間一個房間地搜尋，最後搜出幾十個假和尚，還從密室中救出十餘名被囚禁的女子。
這時戚美鳳和李貞妍也扶著蕊兒走出密道，很多天不見天日的蕊兒此刻臉色更顯蒼白，見到朱由檢，不停地流著淚道：「王爺，蕊兒不該瞞你！我…」
朱由檢卻根本沒有責備蕊兒之意，暖暖地一笑道：「好了好了，只要你沒事，為夫就放心了。咱們現在馬上回家，讓玉憐給你瞧瞧，你再好好睡上幾天，有什麼事以後再說。」
一行人隨即押著這伙白蓮教徒，護送蕊兒返回秦王莊。朱由檢趕緊請來包玉憐，一邊簡單向她介紹事情的經過，一邊讓她為蕊兒號脈。此時蕊兒已經昏迷不醒。
包玉憐當然也大吃一驚，仔細為蕊兒號過脈後蹙眉道：「王爺，娘娘服用的是一種毒藥，此毒早已隨氣血運轉全身。雖然於性命無礙，但可使人全身乏力，精神倦怠，整日昏昏欲睡。要想療毒也並不難，只是需要時日。如是春夏季節，大約需要一個月；秋冬季時間要更長一些，至少也需三個月才能復原。在這段時間裡，玉憐須得每日為娘娘金針過穴，娘娘在此期間絕不可有劇烈運動，也不可耗神。」
「玉憐，那就辛苦你啦！」朱由檢感激地道。
從蕊兒的房間出來以後，朱由檢立即趕往監獄，嚴振綱正在那裡審訊那些假和尚。一進牢房，並沒有他想像中的血腥殘酷場面，嚴振綱已經審完幾個，並將簽字畫押的口供呈給朱由檢過目。
朱由檢不禁對嚴振綱笑道：「都管你叫『活閻王』，這次怎麼沒有用刑？」
嚴振綱永遠是那副不苟言笑的樣子，認真地答道：「啟稟殿下，臣以為用刑只是手段而不是目的，如能通過其他方法得到口供，查清案情，也就沒有必要用刑。前面審的這幾個白蓮教徒，都是些稀包軟蛋，一問就招了，因此臣也可以留著些力氣，審那些負隅頑抗的罪犯。」
朱由檢大略看了看那些口供，見這些白蓮教徒果然是以那名護法為首，將香積寺原來的和尚都抓起來押到別處，他們在這裡當起了假和尚。除了侵吞香火錢以外，更哄騙和誘拐了十餘名良家婦女，囚在寺中做性奴。()但是那護法上面還有什麼頭目，他們就不知道了。
朱由檢看罷大怒道：「看來這白蓮教果然是邪教！單是糟蹋婦女這一項，這些人已經全是死罪了。嚴振綱，對他們不要客氣，一定要嚴加審問，最好連他小時候偷鄰居家雞蛋的事都審出來！」
從監獄出來以後，朱由檢又立即密召燕凌和解勝議事，並開門見山地道：「白蓮教乃是邪教，且囚禁娘娘，欲對本王不利，必須狠狠打擊。按理說這事該由朝廷和官府管，但據說白蓮教和官府中人勾結甚廣，指望著他們恐怕什麼事也做不成，本王只好越俎代庖！你們商議一下，看看該怎麼行動？」
這兩員驍將登時來了精神，你一言我一語地探討起來，很快就拿出一個方案：鑒於白蓮教在西安附近各府縣都有分佈，雖然香積寺這個窩點被打掉了，但一時之間其他香壇還得不到消息，可能還會公然傳教。因此可以馬上派出幾十支小分隊，化裝成平民接近香壇，然後以迅雷不及掩耳之勢拿下那些骨幹分子。至於那些信眾，多是無知愚民，抓不抓意義也不大。只有西安城內的白蓮教，因為現在西安還在戒嚴，除非再來一次突襲鎮守太監府那樣的行動，否則只能暫時忍耐。
朱由檢聽罷立即拍板道：「事不宜遲，你們立即行動，明天就把人抓回來，西安城內暫時不要管他。記住，能多抓就多抓，咱們秦王莊的監獄現在空得很，城內也正缺苦力呢！」
不過一天時間，幾十支小分隊紛紛凱旋，抓回來近千名白蓮教徒。有些香壇的「護法」不過是些地痞流氓，秦兵一亮傢伙就嚇尿褲子了，抓捕他們也沒費吹灰之力；有的則仗著自己有些武功，想要拒捕，秦兵也毫不客氣，上來就是一排鳥銃齊射。那些被蒙蔽的信眾，一見平時自詡「刀槍不入」的護法被打成了篩子，這個事實可比什麼說教都管用，當即跪倒連連求饒，保證以後再也不輕信邪教了。
人抓回來以後，朱由檢親自陪著嚴振綱審訊，主要是篩出其中的骨幹分子，並摸清白蓮教的內部組織脈絡。幾天下來，他已經初步瞭解到：白蓮教體系龐大，教眾遍佈全國。最高首領為「教主」，亦稱「尊者」，自稱是彌勒佛轉世，法力無邊。
僅次於「尊者」的是「聖母」，但這個「聖母」絕少露面，從來沒人見過。「聖母」之下，就是「聖女」，一共有四名，像蕊兒的妹妹蕾兒就是其中之一。
這三種身份，算是教內「聖神」，凡教徒皆要每日遙拜。而在教內實際負責管理的叫做「金剛」，無一不是身負絕學的高手；「金剛」之下則是「護法」，也就是每個香壇的頭目。僅西安附近，就設有幾十個香壇，全國還不知道有多少，教眾的數目更是不下百萬。
而白蓮教的「教義」，則是鼓吹如今已是「末世」，只有尊拜來世佛彌勒佛，才能免遭天譴。待信眾被忽悠得深信不疑後，則要求他們捐出一切家產，完全供「尊者」驅策。至於「尊者」到底要他們做什麼，甚至這個「尊者」姓甚名誰，長得什麼模樣，就連這些「護法」也不知道。因為教中魚龍混雜，心性奸邪之人為數不少，類似香積寺的情況非常普遍，而那「尊者」也聽之任之。
審了半天，最關鍵的首腦一個也沒審出來，朱由檢不禁有些沮喪。看來這白蓮教組織嚴密，絕非一日可除，與他們的鬥爭恐怕會持續很長時間。
一天他剛看過厚厚的卷宗，疲倦地揉著太陽穴，石彪匆匆進來稟報道：「殿下，娘娘醒了，急著要見您呢！」