在朱由檢記憶中的歷史上，自從嘉靖年間戚繼光屢次大敗倭寇，倭寇就逐漸從東南沿海絕跡了。到了萬曆朝，中朝聯軍又大敗豐臣秀吉的侵朝日軍，打擊了日本擴張的野心。自此日本走上了閉關鎖國的道路，直到幾百年之後的明治維新。
可是在這個時空裡，倭寇卻是如此囂張，甚至打到了渤海腹地，這是怎麼回事？
聽完戚顯宗的介紹，朱由檢才明白了個大概，也順帶瞭解了一下日本歷史。原來日本在中古時期小國林立，後來由位於本州島中部的大和國征服了日本的大部分地區，其首領改稱「天皇」。
隋煬帝時，當時的日本執政者聖德太子派遣大臣小野妹子覲見煬帝並遞交國書，其中有「東天皇敬白西皇帝」之語，惹得隋煬帝勃然大怒。之後隋煬帝之所以固執地三征朝鮮，其中倒有一多半原因是想以朝鮮為跳板，滅了這個不知天高地厚的蕞爾小國。
後來日本聰明地以唐為師，稱藩納貢，並多次派遣唐使來中國學習文化制度，連中國的文字都照搬了過去。這讓唐、宋的統治者誤以為日本與其他藩屬國差不多，而沒有看出日本巨大的野心。
再後來蒙元滅宋，日本遂與中國斷絕了官方聯繫。忽必烈曾經發南宋降卒兩次渡海攻日，皆因遭遇颱風而折戟沉沙，這就是日本人吹噓的「神風」。日本也因之幸運地避免了覆滅的命運，自此野心逐漸膨脹，不再把中國放在眼裡，認為「崖山之後再無中華」，日本反倒是中華文明的正統繼承者。
到了明洪武年間，狡詐的日本統治者一方面遣使來「朝貢」，其實就是想多撈點經濟利益；另一方面卻縱容倭寇襲擾東南沿海，試探明朝的底線。
朱元璋初時也沒把日本放在眼裡，既然有使臣來朝貢，自然是要接見的。孰料日本使臣答裡麻極其狂妄，朱元璋問他「爾國風俗如何」，其實就是和他客套敷衍兩句，答裡麻卻早有準備，以詩作答，大放厥詞：「國比中原國，人同上古人。衣冠唐制度，禮樂漢君臣。銀甕儲清酒，金刀膾素鱗。年年二三月，桃李自陽春。」
字裡行間，竟有標榜日本才是漢唐繼承者之意。朱元璋自然大怒，遂拒絕日本朝貢，並在給後代的《祖訓》中特意加註：「日本國雖朝實詐，暗通姦臣胡惟庸謀為不軌，故絕之。」
日本與中國的歷史聯繫大抵如此。從其國內而言，這個國家很奇怪，由於國民信奉「神道」，認為天皇不是人而是神，皇室當然也利用這一點維護自己的統治。因此從嚴格意義上來說，日本曾經是個政教合一的國家。
由於日本是個島國，獨特的地理環境使得它幾乎未受過外族的入侵。承平日久之後，天皇一代不如一代，權力逐漸落入貴族手中。其中最典型的就是「將軍」，從中國人比較容易理解的角度來說，這個「將軍」相當於魏王曹襙一流人物，在京都之外開設幕府，天皇基本上完全被架空。但由於天皇還是「神道」的領袖，仍是出於維護統治的考慮，「將軍」並沒有廢除「天皇」，而是將這個傀儡一直保留下來，這才有了日本吹噓的所謂「萬世一系」。
隨著地方封建領主勢力的不斷膨脹和幕府的不斷衰落，到了十五世紀，「將軍」又被架空了，各地的「大名」，也就是封建領主，為了爭奪地盤大打出手，這就是日本的「戰國時代」。但奇葩的是「天皇」和「將軍」都被保留了下來，一個國家兩個傀儡，遍觀各國歷史，日本這也算是蠍子粑粑獨一份了。
其後織田信長異軍突起，逐漸擊敗各地大名。就在他快要成為新一任「將軍」的時候，由於部下叛亂，織田信長舉火**，勝利果實被他的部將豐臣秀吉摘得。
日本人還有個毛病，那就是名字可以隨便改。就以豐臣秀吉來說，他原名木下籐吉郎，因為幼時貧困營養不良，再加上基因的問題，身材矮小酷似猿猴，常被人稱作「猴子」。成為織田信長的家臣之後，他自覺出身卑微面上不好看，就從織田的兩大家臣「丹羽」和「柴田」中各取一字，改姓「羽柴」。在中國人看來，這是一種典型的「三姓家奴」行為，但日本人反倒覺得很光榮。
而「秀」這個字，只有有身份、有功績的人才能用。所以木下籐吉郎就變成了羽柴秀吉，但此人野心極大，在擊敗各地大名，取得日本實際掌控權後，覺得「羽柴」這個姓又不夠拉風了，就強迫天皇賜姓「豐臣」，變成了豐臣秀吉。
豐臣秀吉極其狂妄，統一日本尚不知足，還妄想吞併大明，遷都北京。於是他調遣二十萬大軍悍然發動侵朝戰爭，意圖以朝鮮為跳板進攻中國。
不過當時明朝國力還不弱，萬曆皇帝力排眾議派軍入朝作戰，歷經數載，屢有勝績，強有力地遏制了日本的擴張。沒過幾年，豐臣秀吉病死，在朝日軍急著回國內戰，匆忙撤退，結果在海上被中朝聯軍殺得大敗，這就是露梁海之戰。
豐臣秀吉死後，日本重新進入幕府時代，首任將軍是德川家康。此人為人較為謹慎，拋棄了豐臣秀吉的擴張政策，因此日本國內也算消停了一陣。
但日本國小地狹，資源匱乏，又心比天高，總覺得高人一等，因此必然要向外擴張。而且雖然幕府建立，各地的大名卻並未消失，仍有很強的實力。有些大名便悄悄地擴充實力，對內陰謀推翻德川幕府，對外則一方面聯繫西洋人，獲取他們的先進武器，一方面重新組織倭寇四處劫掠，以充軍資。
尤其是位於日本西南方四國島上的薩摩藩，更是擅自入侵大明的屬國琉球，俘虜琉球國王尚寧。琉球本來是個主權國家，只因為實力太弱，無力保衛自己，現在居然淪為日本一個地方勢力的附庸，著實讓人感慨。
朱由檢聽到此處不禁問道：「岳父大人，照此說來，薩摩藩相當於不遵幕府號令，有自立之意，幕府難道不管？」
戚顯宗雙眉緊鎖道：「幕府現在自顧不暇，臣以為幾年之內，日本政局必然大變。現在的倭寇只能算是探路，臣擔心幾年之後日本統一，也許會再度傾巢而出！」