在秦王莊外城的軍營大帳中，朱由檢接見瞭解勝這一支秦兵中的大小頭目。這些人都是部隊中的骨幹，但因為在名義上只是民團，他們的身份也都是團勇，因此並無職位，更無軍階的高低之分。
過去秦兵的兵力非常少，朱由檢還顧不上考慮編製問題。現在秦兵的總兵力已經上萬，而且還要進一步擴充。所以編製問題已經到了非解決不可的地步，否則就會直接影響戰鬥力。
在解決編製問題之前，朱由檢也曾與孫傳庭探討過明軍現有的編制。結果令他大失所望，因為現狀就是一個字：亂！
從整體上看，明軍分為邊軍和衛所兩大體系。邊軍即是遼東、薊州、宣府、大同、太原、延綏、寧夏、陝西、甘肅這九個邊陲重鎮，這裡的軍事長官是總兵官，簡稱總兵。
總兵責任重大，權力同樣很大，可以根據戰事需要，對麾下部屬任意編製。九鎮的編制各有不同，簡直是隨心所欲，可以說總兵基本上不能換，一換就要亂套。久而久之，就出現了像李成梁、祖大壽這樣的半軍閥。
而九邊的邊軍即使奉詔趕赴同一戰場作戰，也是只聽自己長官的命令，各打各的，根本談不上什麼協同。所以才會有滿桂與祖大壽交惡的情況出現。除非最高長官「督師」出面，否則誰也不服誰。這樣的部隊，不被各個擊破才怪！
而衛所截然不同於邊軍，可以看作是明軍分駐各地的地方衛戍部隊。按明初之制，凡州府必設一所，幾個府合起來共設一衛，衛、所之間是上下級的統轄關係。衛設指揮使，統兵五千六百人；衛下有千戶所，統兵一千一百二十人，長官是千戶；千戶所下有百戶所，統兵一百一十二人，長官是百戶。百戶所之內，五十人為一總旗，一總旗下設五小旗，長官為旗長。
總的來說，衛所制就是按照轄地進行兵力的平均分配。這在兵種單一、作戰手段簡單的冷兵器時代以及和平年代，當然未嘗不可。可現在已是亂世，一則軍戶制名存實亡，各衛所吃空餉現象十分嚴重，兵力普遍不到定額的四成；二則面對凶殘的女真和蒙古騎兵，以及飄忽不定、來去如風的流賊，以衛所為單位的明軍也明顯力不從心。
除此之外，還有京師三大營，即所謂五軍營、三千營和神機營，每營定員五萬。在明朝開國之初，這本是馬上皇帝朱元璋和朱棣的親軍，戰鬥力最為強悍。不過土木堡一戰，三大營全軍覆沒，雖然後來重新組建，但逐漸不再承擔野戰任務，而轉為京師的衛戍部隊，戰鬥力直線下降。而且同樣缺員嚴重，實際只有七八萬人而已。
最後還有「親軍二十六衛」，像孝陵衛、錦衣衛、騰驤右衛、秦王衛等等都算。這些「衛」名為軍隊，實則並非執行作戰任務，真上戰場是不行的。
當然，因為流賊肆虐，官軍應接不暇，又出現了「民軍」，像秦兵、天雄軍就是典型的例子。這些部隊的建制就更加混亂，甚至根本沒有建制。
而朝廷雖然在名義上設有五軍都督府，負責全國兵力的調度，但實權則控制在各地的鎮守太監手中。這些太監哪懂軍事，基本上是誰和他關係好，他就讓誰陞官做主將，更把本來就戰鬥力低下的明軍攪得一塌糊塗。而真正有戰鬥力的部隊，則基本處於失控狀態，像遼東邊軍，現在已經快成了祖大壽的私兵了。
瞭解到明軍的建制現狀以後，朱由檢清醒地認識到：如果還按照明軍這一套來，根本無法實現多兵種協同作戰的現代戰爭模式，也無法充分發揮秦兵的威力。因此他決心按照現代軍隊的編制方式，對秦兵進行一次整體改編。由於解勝的部隊就駐在秦王莊，又打著民團的旗號，所以就成為了朱由檢最先進行改編的一支。
眾頭目給朱由檢見禮之後，朱由檢開門見山地道：「今天召集各位，是要對民團進行改編，組建一支新式軍隊。這支軍隊按照大體『三三制』組建，也就是說，高一級的單位下轄三個較低一級的單位，而這較低一級的單位又下轄三個更低一級的單位。
「具體來說，最底層的單位為班，每班設班長一人，戰士九人，標準建制為十人。三個班為一排，三個排為一連。一個連約為一百人。三個連為一營，三個營為一團，一個團約為一千人。咱們現在共有三千人，如果組建更高級別的師，人數嫌少了些，不如組成一個加強團，下設八個營。」
「殿下，為何要實行『三三制』？」陳五娃好奇地問道，「為什麼不是『二二』或『四四』、『五五』？」
「問得好，說明你肯動腦筋！」朱由檢先肯定了陳五娃的敢於發問，然後耐心地解釋道，「一個最小、最基本的作戰單位，就是三個人。這三個人可以形成掎角之勢，互為支援掩護。而在兵力較多的情況下，我們往往會安排一部主攻，一部輔攻，剩餘一部做預備隊，也恰好是三部。所以『三三制』較為方便部隊的作戰。但是這也不是絕對的，像咱們這個加強團，就要設立八個營。每個營都有每個營的作戰特點，打仗的時候才好調配。」
眾將聽了恍然大悟，均對這位王爺的軍事素養和精心安排感到敬佩。其實朱由檢並不是軍人出身，只不過在前世看過一些軍事方面的書籍，又有現成的制度，可以直接照搬而已。
接下來，朱由檢宣佈將這個團的番號定為秦兵第一團。當然番號只對內，對外還是叫民團，以免太過招搖。至於番號的意義，朱由檢也為眾人講解了一番。有了番號，除了調配部隊更為方便之外，一旦在戰場上打亂了套，尤其在是軍事長官陣亡或失去聯繫的情況下，也可以根據部隊的番號迅速收攏和安置部隊。
對獲得「第一團」這個番號，眾將都極為激動，因為「第一」這個稱號還有更多的象徵意義。朱由檢也趁機為他們打氣道：「希望諸位不要辜負『第一團』這個光榮的名字，事事處處都要勇爭第一！」