隨著朱由檢的一聲令下，秦兵的絕地大反擊開始了！
其實以秦兵的實力，又怎會守不住城池。()外城的陷落，只不過是一個巨大的「陰謀」！這個「陰謀」的高明之處就在於，流賊不是驅使百姓攻城麼，秦兵就欲擒故縱，讓他攻進來！
就如同這條計策的制定者李定國預想的一樣，攻破外城之後，流賊立即被勝利沖昏了頭腦。他們也顧不上驅使百姓了，立即衝進來打算燒殺搶掠一番。
而這條計策得以實施的先決條件，就是秦王莊還擁有一道內城牆，並且比外城牆修築得更加堅固，也更接近竣工狀態。並且由於小了一圈，防禦的正面也縮小了，守城變得更加容易。流賊連外城都難以攻破，內城就更是萬無一失了。
而秦王莊的重要建築，除了兵工廠位於外城之外，其他重要建築、包括絕大多數民居都位於內城。就算放棄了外城，秦王莊仍可維持正常的運轉，最重要的是百姓不會暴露在敵人的屠刀之下。即使是兵工廠，工匠和槍支彈藥也早轉移了，留下的不過是一處空房子而已。
而且在內外城之間的近百座小型堡壘，也首次發揮了重大的作用。這些堡壘的靈感還是來自《地道戰》，朱由檢用地道把它們全都連接了起來。地上看是孤零零的堡壘，地下卻是錯綜複雜，到處是機關埋伏。秦兵在這裡訓練久了，當然輕車熟路；可外來的流賊哪裡知道厲害，當然是有進無出，有來無回！
先有攻破外城的喜悅，再有堡壘襲擾的焦躁，最後就是攻破內城的誘惑了。李定國料定闖營必有大將來攻城，因此仍讓秦兵故意保存實力，直到大批流賊開始攻城，才給其雷霆一擊。沒想到收穫竟是如此之大，生擒闖營前鋒大將郝搖旗，這可是李自成手下最能打的將領了。
郝搖旗一被俘，流賊士氣浮動。朱由檢見機不可失，立即發動反攻命令。內城的城門當即大開，城內的四隊騎兵早已等得不耐煩，當即分東、西、南、北四個方向縱馬狂奔而出，直取外城的四大城門。
別看流賊在城中暈頭轉向，秦兵卻對每條小街小巷都十分熟悉，再窄的道路也不減速，並且也絕不戀戰。在這四股黑色洪流面前，誰敢阻擋誰就得粉身碎骨，因此這四隊騎兵就如同劈波斬浪一般，不多時就衝到了城門口處。
與此同時，秦兵的步兵也從城中殺出，內外城之間也伏兵四起，到處開花！原來那些藏身地道的秦兵又從堡壘殺了出來，這次他們卻不只是躲在上面放箭放鳥銃了，而是如同猛虎下山一般，直接向外城牆衝去！
而流賊今天本來一直打得順風順水，雖然攻入外城後受了點挫折，也沒太放在心上，最起碼絕對沒料到守軍還會重新殺出來。
可頃刻之間風雲突變，不但守軍殺出來了，自己的主將還讓人家抓了俘虜，流賊如何能不驚慌？因此立即一片大亂，能逃命的都拚命外城外逃，來不及逃的也只能各自為戰，根本組織不起有效的反擊。
至於被流賊驅趕著來攻城的老百姓，就更是驚慌失措，甚至連逃跑都不會了。當然，就是想跑，他們也跑不過訓練有素、準備充分的秦兵。
而秦兵的目標非常明確，就是首先控制四座城門，進而控制整座外城牆，來個甕中捉鱉！
在四座城門守衛的，是郝搖旗手下最為精銳的騎兵。他們還不知道郝搖旗已經被俘，但見敵軍從裡面衝出來，已知道大事不妙。他們也很清楚，如果守不住城門，裡面的部隊，包括主將在內肯定全得玩完，因此也拚死抵抗起來。
一場秦兵自成軍以來前所未有的激戰，終於開始了！
此時雙方短兵相接，秦兵沒有有利的地形，沒有火器的優勢，更沒有兵力的優勢，有的只是一往無前的決心！在幾員將領的帶領下，他們呼喊著狠狠撞入流賊陣中，很快便與流賊混戰在了一起。
而趁著這個機會，秦兵的步兵也逐漸接近了外城牆。由於流賊的騎兵全被死死地釘在城門附近，步兵們倒沒受到什麼阻擋。而且他們雖然推進速度很快，但也一直盡量保持著鳥銃三段擊的陣勢，就有零星的流賊擋路，也立刻打成了篩子。
此時，城外的李自成也嗅到了危險的氣味，立即派出大批流賊向四座城門殺來。就在這千鈞一髮之際，秦兵的鳥銃手終於搶先登上了城頭，突然向城下的流賊拋下了一個個鐵球！
流賊哪知道這是什麼玩意，還以為只是普通的鐵疙瘩，只要不正好砸到腦袋上就行。哪知這些鐵球還不等落地，突然發生了猛烈的爆炸！一聲聲巨響過後，城門內外到處是瀰漫的硝煙，而硝煙之中，到處是被炸得血肉模糊的流賊屍體！
這就是朱由檢的另一樣秘密武器：手榴彈！
其實早在寧遠之戰中，眼看城破在即之時，朱由檢就讓守軍直接把彈藥箱引燃扔下城去，當做簡易的手榴彈使用，取得了出人意料的戰果。
從那以後，朱由檢就一直在琢磨，怎麼能製作出正式的、便於使用的手榴彈來。但他依稀記起，前世的手榴彈那都是有引信的，具有延時引爆功能，也就是影視劇中常見的「拉弦」。這東西可有一定的技術含量，至少朱由檢自己是做不出來的。
所以他只好讓工匠們生產一種簡易的替代品，無非就是一個鐵殼子裡面加上火藥，然後用一根藥捻與外界相連。使用之時，先點燃藥捻，然後趕緊扔出去。由於藥捻在飛行過程中很容易熄滅，所以這種簡易手榴彈的可靠性很差，扔十個能響三個就不錯了。
但是朱由檢並不氣餒，現在他解決的是從無到有的問題。只要有，總比沒有強！
今天在反攻外城牆的關鍵時刻，朱由檢也讓步兵們帶上了這種「鐵疙瘩」，果然收到了奇效！
趁著戰場上出現一個短暫的空檔，秦兵立即衝下城頭，奮力將那又厚又重的城門緩緩關閉。隨著一聲巨響，城門被徹底關死，甕中捉鱉的時刻終於到來了！