「從現在開始，你們就是朝廷的軍官了，要更加嚴格要求自己！」
在把民團升格為秦兵之後，解勇、李定國、李來亨做為這支軍隊的元老和骨幹，理所當然地成為軍官。朱由檢讓他們三人皆任百戶，其中解勇和李來亨各領二百人，入駐尚未竣工的涇陽新城；而李定國則獨領四百人，仍駐紮在秦王莊。
至於兵種問題，朱由檢實行混編，也就是每名將領治下，都有騎兵、步兵、鳥銃兵，將來還要增加炮兵。他並未採取按兵種類型分開治軍的做法，因為他深知各兵種協同作戰，才能發揮出最大的戰鬥力。而李定國等人以後皆是獨當一面的將領，也有必要鍛煉指揮各種兵種的能力。
其實眾人也曾提議，如今秦王莊既然規模擴大，又有了城牆，不如改叫「秦王城」。這個名字當然是高端大氣上檔次，但朱由檢秉承「高築牆、廣積糧、緩稱王」的思路，並未同意這個提議。
他心想叫什麼名字並不重要，關鍵在於你有多少實力。而自己現在恰恰需要隱藏自己的實力，讓魏忠賢放鬆警惕，所以還是不要太招搖的好。
當然，朱由檢作為藩王，並沒有授予武將官職的權力。但此時朝廷對地方武裝的控制力已經接近為零，只要將隊伍拉起來，就可以向朝廷上奏章要官。
朝廷為了讓這些武裝為自己效力，也只得有求必應，亂授官職。甚至發生過幾十人的隊伍，人人皆是百戶，小頭目則是參將的滑稽情況。反正戶部也發不出餉銀，你愛叫什麼叫什麼。相比之下，朱由檢任命幾人為百戶，還真的是故意隱瞞實力了。
當然，這三名百戶只是具體統兵的將領。秦兵的最高指揮權仍歸於朱由檢，若有朱由檢授權，孫傳庭也可代行主帥之責。至於平常沒有戰事之時，孫傳庭只負責秦兵的後勤供應，作戰及訓練則是由戚美鳳負責。
戚美鳳已經辭官，要是再出仕擔任軍職，既不合適，又容易引人注目。但她深得戚家軍兵法精要，又曾在與蒙古人、女真人的作戰中戰績輝煌，朱由檢當然不會浪費她的才能。
經過朱由檢的精心安排，秦兵的組織架構就變成了這樣：實際統帥，朱由檢；名義統帥與後勤保障，孫傳庭；主將，戚美鳳；統兵將領，解勇、李定國、李來亨。
如此一來，眾人各司其職，並且相互制約，關鍵事權則決於朱由檢一人。既充分發揮了各人的才能，又不致出現分裂軍權的情況。
而戚美鳳帶來的五十名戚家軍，則是一分為二。其中三十名劃入秦兵中，擔任低級軍官。朱由檢打算讓他們以老帶新，盡快把戚家軍獨步天下的鴛鴦陣傳授給秦兵。這樣一來，秦兵的戰鬥力就能上一個大台階，不光能打土匪，還可以打一些更棘手的硬仗了。
而剩下的二十名精幹士卒，則出任朱由檢的親衛，石彪擔任親衛長。自從在大慈恩寺遇襲，朱由檢覺得自己的安全問題必須要高度重視了。有了這些身經百戰的親衛保護，一般的刺客再想偷襲自己，恐怕就沒那麼容易了。
安排完軍政，就該議財政了。朱由檢又轉而對李貞妍拱手笑道：「秦兵雖在名義上歸了朝廷，但朝廷財政捉襟見肘，恐怕不會提供軍餉，所以我們還是要自己動手，豐衣足食，自籌軍餉，這個任務就著落在黃海商幫身上。本王身份特殊，行事多有不便，所以這幫主之位，還要煩勞翁主接任了。」
李貞妍忙欠身答禮道：「貞妍自當任殿下驅策，只是才疏學淺，恐難當大任。」
「翁主何必過謙！」朱由檢呵呵笑道，「這次販賣藏貨、買回糧食，翁主就組織得極為成功。若要換了本王，恐怕就得搞得一塌糊塗了。翁主放心，遇到棘手之事，由你代表黃海商幫出面，我可以扮作你身旁的一個小夥計，咱們仍可隨時商議。」
「這如何使得？」李貞妍忙道，「讓殿下屈尊做貞妍的手下，可折殺貞妍了！」
「嘿嘿，無妨無妨！」朱由檢大笑道，「我看翁主的易容術比燕凌更精，本王倒很期待翁主親自為我易容呢！」
李貞妍聽得心頭一顫，一朵紅雲飛上臉頰。想那易容之術極為繁瑣，往往要一兩個時辰才能完成。想到與朱由檢長時間獨處，甚至接近於耳鬢廝磨，她的呼吸都有些急促起來。
朱由檢倒未注意到這些，仍是侃侃而言道：「咱們黃海商幫也要發展壯大，一方面國際貿易不能丟，還要繼續擴大規模。貿易對像不要僅限於朝鮮，除了女真、蒙古和日本，任何國家和勢力我們都不排斥。出口的貨物也可以豐富一些，進口卻要以糧食和火器為主。
「另一方面，我們在國內的大城市，以及重要的外國城市，都要布下網點。這些網點除了經商，還要注意搜集各種情報，以便我們能及時掌握國內和國際的動態。這就叫立足中國，放眼世界，嘿嘿嘿嘿。」
李貞妍聞言又是十分敬服，忙問道：「還請殿下示下，要在哪些城市開設店舖？」
朱由檢不假思索地道：「國內嘛，北方的京師、山海關、太原、濟南、洛陽；南方的南京、蘇州、揚州、杭州、寧波、福州、泉州、潮州、廣州、武漢、成都、長沙、南昌、合肥、澳門，這些地方都要設店。
「至於海外，漢城、馬尼拉、新加坡這三個點是必須要有的。另外，我們雖不與蒙古、女真、日本做生意，但在遼陽和東京也要開店，不為掙錢，只為搜集情報。」
李貞妍聽罷對朱由檢更是刮目相看，驚訝地道：「殿下何以對這些地名瞭如指掌，甚至是海外的地名？」
朱由檢不好意思地嘿嘿一笑，在前世他也就地理成績還說得過去。
但緊接著李貞妍又躊躇地道：「可方才殿下所言的武漢、合肥、新加坡、東京，這些地名貞妍卻是聞所未聞！」
朱由檢聞言一怔，這才想起由於歷史的變遷，這些城市在如今可能是另外的名字。他忙問道：「有地圖沒有？我一指你就知道是哪了！」
李貞妍還真帶著一幅地圖，此時忙取出遞與朱由檢。可朱由檢低頭一看，卻立刻頭大如斗！