返回秦王莊後，朱由檢第一件事就是趕奔醫館，看望與自己一起跳湖的驪山郡主朱存棋。
在包玉憐的精心照料下，朱存棋很快便退了燒。見朱由檢進來，朱存棋卻又覺得雙頰滾燙起來，推說身體不適，又怕耽誤朱由檢的大事，匆匆告辭回西安城了。
望著朱存棋遠去的車仗，朱由檢還真有些悵然若失。包玉憐卻在一旁打趣道：「王爺，您不會是欺負郡主了吧！」
「怎麼會！」朱由檢嚇了一跳，慌忙連連擺手。
「看把王爺給嚇的！」包玉憐笑道，「不過王爺，莫怪玉憐提醒您，郡主雖然生得花容月貌，可與您同為皇室。您就是閱盡天下女子，也不能碰她一根指頭哦~」
「那什麼，我是怕她病還沒好…」朱由檢欲蓋彌彰地掩飾道。
「郡主身體沒病，病在心中！」包玉憐幽幽地道。
第二日，朱由檢在秦王莊召集蕊兒、孫傳庭、林佑坤等人，開始佈置下一階段的工作。
第一件大事，就是灌溉農田。此次涇陽雖經大震，地裡的莊稼也遭受到了一定的損壞，但大部分作物還未受影響。而由於成功地將涇河水引入數十道水渠，各村都已經通水。此時旱情嚴峻，河水的道來可謂是雪中送炭。
而莊稼的收成，在目前來說幾乎是農民的唯一收入。俗話說家中有糧，心中不慌，農民們只要能打下糧食，就能徹底心安，朱由檢的各種後續改革才能順利進行。
因而朱由檢給全體工人放了三天假，讓他們各回各家，分水灌溉。眾人無不歡呼雀躍，皆說若不是涇陽商幫，恐怕莊稼全得旱死，老百姓也得外出逃荒了。
第二件大事，就是災後重建。此次地震的災情統計也終於出來了，地震破壞的範圍巨大，涵蓋陝西、山西、河南三省，數百萬人受災，死亡數十萬人，陝西各縣災情尤重，民房十不存一。
相比較之下，涇陽縣由於採取了及時的減災措施，傷亡的民眾比周圍的縣低得多，但房間倒塌的情況則是一樣的。所以首要的任務便是建房，讓老百姓有地方居住。
孫傳庭大為苦惱地道：「建房並非一日之功，老百姓長期露宿，這可怎生是好啊！」
朱由檢卻笑道：「不破不立。地震當然是壞事，但是咱們可以化壞事為好事。本來過去的建築也沒什麼規劃，房子蓋得質量也不行，這次正好全部重建。好在現在天氣暖和了，暫時住地震棚關係也不大。這件事孫大人先不用管，包在涇陽商幫身上。不出三個月，涇陽各村又將初具規模！」
第三件大事，就是撫恤傷亡家庭。不論是地震還是後來的土匪，都使一些家庭支離破碎。如若不及時撫恤，必將成為不安定因素。
朱由檢這次卻不自己掏腰包了，而是讓涇陽縣衙出錢，凡死亡者一次性給予白銀五十兩，致殘者給予三十兩，被土匪姦污者給予二十兩。而對於被土匪殺死的工人和衙役，算是因公犧牲，更是給予每人一百兩的重撫。
銀子雖然不能挽回生命，卻可以撫慰受傷的心靈。領到銀子的家庭無不感激涕零，就是條件再艱苦，也能鼓起勇氣繼續生活下去了。
而縣衙得了豹子溝的銀子，現在也是財大氣粗。即使支付了這麼多撫恤金，仍然有一半盈餘，足可滿足日常的工作需要了。
第四件大事，就是組建民團，這也是朱由檢一直在謀劃的一件事。因為此次土匪的襲擊，朱由檢將這件事提前提上了議事日程。
對於孫傳庭提出的「請朝廷派官軍入駐涇陽縣」，以及林佑坤提出的「增加秦王衛人數」，朱由檢都予以斷然拒絕。道理也很簡單，不論是普通官軍還是秦王衛，都是朝廷的人馬，說調走便能調走。朱由檢則深知老人家的「槍桿子裡面出政權」是多麼的正確，早就想籌建一支完全聽命於自己的武裝了。
但朝廷向來對藩王防範極嚴，除了必要的看家護院之人，是不允許藩王擁有軍隊的。所以朱由檢經過認真考慮，決定還是從不起眼的民團入手。
其實從嘉靖年間開始，大明國力趨弱，盜寇蜂起，而軍戶制度名存實亡，朝廷兵力衰弱，根本無力剿匪。為了保護自己的家園不受匪徒侵擾，很多村鎮都自己組織起了民團，平時在勞作之餘負責巡邏、維持秩序，一旦土匪來襲，則組織武力抵禦。
民團的成員，就是當地的青壯年村民；而民團的經費，自然是村裡的富戶出。因此民團漸漸演變成為地主的私人武裝，有些地主豪強甚至擁兵自重，連官府也不放在眼裡，田賦也是能拖就拖，能賴就賴。官府對此心知肚明，卻是毫無辦法，只能睜一隻眼閉一隻眼。
在此種情況下，建立民團實在是司空見慣的事情。朱由檢正是看到了這一點，也打著涇陽商幫的旗號，豎起了民團的大旗。
但朱由檢的「民團」只是個幌子，他的目標可是建立一支精銳軍隊。因此他可不是搞那種半生產半訓練的民兵組織，而是一上來便高標準嚴要求，組建完全脫產的職業部隊。
首先，他公佈了民團的待遇。普通團勇月薪十兩，足足是一般工人的五倍；團練，也就是民團的小頭目，更是達到月薪二十兩，是知縣薪俸的好幾倍。
俗話說重賞之下必有勇夫，誰不想多掙銀子？告示一貼出來，應徵的小伙子就擠破了頭。
可下一條規定一公佈，很多人立刻傻眼了：團勇必須完全脫產，每月三十日天天訓練，並且要集體住宿，每五日才能回家一次。
不少貪戀老婆孩子熱炕頭的村民，立刻就打了退堂鼓。儘管如此，還是有三千多人應徵，畢竟銀子的誘惑實在是太大了。
朱由檢見狀喜出望外，但是他可不想一下子招這麼多人。一則現在他財力有限，養不起這麼多兵，也無法在短時間內購置足夠的裝備；二則兵在精而不在多，濫竽充數的兵他可不要，他要的是真正能打仗、能殺死敵人的戰士，而不是吹拉彈唱的將軍。
於是他馬上公佈了第一輪的選拔規則：二人一組捉對廝殺，誰能把對方打得起不來，誰就過關！
這個方法雖然原始，但卻極為有效。為了爭奪寶貴的機會，這三千多人都瞪著眼珠子，咬著後槽牙，與自己的對手展開了激烈的打鬥。有些人打著打著急了眼，竟然下起了死手，若不是秦王衛維持著秩序，非鬧出人命不可。
但朱由檢要的就是這個效果。他深知打仗可不是兒戲，在戰場上不是你死就是我亡，來不得半點虛假！如果連這種選拔也不敢玩真的，那也就不用當兵了，當了也是送死的料。
第一輪選拔過後，只剩下一千五百人了，皆是些身體健壯、孔武有力的小伙子。朱由檢馬上開始了第二輪選拔，這一輪卻十分簡單，就是在烈日下暴曬，一動也不准動。誰要是先動，立即淘汰。
這一輪的考驗，是為了檢驗應徵者的紀律性和忍耐力。朱由檢也知道，一支有戰鬥力的部隊，必然是一支紀律嚴明的部隊。若有令不行、有禁不止，就算單兵的戰鬥力再強，那也是一群由兵痞組成的烏合之眾。
果然，測試進行了沒多久，就有些沒耐性的人開始口出怨言。而朱由檢也毫不客氣，立即將這些人攆了出去。
此時正值四月末五月初，正午的驕陽已經熱力十足。又過了一會兒，所有應徵者都大汗淋漓，有些人便忍不住抬手擦汗。
「把那些擦汗的趕出去！」朱由檢面無表情地道。
「我不就是擦擦汗麼，怎麼啦！擦汗礙著打仗什麼事了？」一個小伙子忿忿不平地大聲嚷道。
朱由檢冷笑一聲道：「你覺得擦擦汗沒什麼？如果你和敵人都端著鳥銃互相瞄準，而此刻你擦了擦汗，那敵人一定會趁你分神，一槍把你的腦袋崩爛！又如果你和戰友們埋伏在敵陣之前，你忍不住擦了擦汗，那所有的戰友都會暴露，所有的人都會因為你這一個小動作而送命！到了那個時候，你還會覺得擦汗是無所謂的事麼？」
「我…我保證不擦了，再給我一次機會吧！」那個小伙子滿面羞愧地叫道。
「在戰場之上，敵人可不會給你第二次機會！」朱由檢威嚴地道，「回家去吧，下次招團勇的時候再來！希望你不要犯相同的錯誤！」
這輪選拔足足進行了一個時辰，能堅持下來的已不足千人。
可第三輪選拔的內容，就更讓人大吃一驚，竟然是寫字！誰要是連自己的名字都不會寫，立即淘汰！
這下，涇陽商幫的工人可就沾了大光了。因為一直在上夜校，人人都會寫幾十個字，這輪選拔簡直是沒有任何難度。而有些文盲就只能無奈地離場。
三輪選拔，最後只剩五百人。朱由檢望著這五百名新團勇，胸中頓時湧起一股豪情，暗想道：別看現在只有五百人，這卻是自己開始征服天下的第一步！