此後一連數天，後金軍都不停地派漢軍旗的士卒攻城。但每次投入的兵力都不大，而且陣形極其稀疏，連個楯車都不給用。
明軍用紅夷大炮轟過幾次，一是精度欠佳，二也因為彈藥稀缺，便捨不得再使用，只等敵軍攻得再近些，再用佛郎機炮開火。
佛郎機炮的射程正好在護城河附近。後金軍為了填平護城河，一到這個地方，速度必然有所遲滯，便成為了佛郎機炮極好的目標。幾天下來，護城河附近伏屍纍纍，竟有二千多名漢奸被轟斃於此。
但努爾哈赤根本不考慮漢軍旗的傷亡情況，仍是嚴令催促，趕著這些士卒不斷地湧向戰場。但有一絲猶豫，立即斬首示眾。因此在付出慘重代價後，護城河終於基本上被後金軍填平了。
跨過護城河，努爾哈赤似乎仍不怎麼著急，每日只是不停地派漢軍旗前來騷擾，什麼正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗，如同走馬燈般輪番登場，直至深夜才罷。
每次衝至快到城邊，後金軍便對城頭玩命地射箭，把箭射完，扭身邊走。雖然從下向上仰射很是吃虧，但後金軍勝在人多，還是給守城的明軍造成了一定的傷亡。
尤其是剛來寧遠的孫元化，也不小心在右胸上中了一箭。這一箭深可及骨，雖僥倖未傷到內臟，可創口也非常難以處理。明軍的醫療條件幾乎等於零，只是簡單地包紮了一下。結果第二天，孫元化的傷口就開始發炎，人也發起了高燒。
朱由檢心疼得要命，心想在這個時代，像孫元化這樣精通炮技的人才，其作用就等同於共和國搞「兩彈一星」的專家，一個人就能頂數萬部隊！守住寧遠的希望，可是在很大程度上取決於火炮威力能否發揮。孫元化要是有個三長兩短，那寧遠也就沒什麼戲了！
可惜這個時代也沒有消炎藥，朱由檢只得不顧孫元化的苦苦相求，嚴令他下城休息。至於他能不能自己把炎症扛過去，那就只能看天意了。
明軍的騎兵也曾嘗試向外反衝鋒。但只要往外一衝，後金的步軍立即玩命地往後敗退，絕不和明軍正面交鋒。而女真的精銳騎兵則一直蟄伏在大營內，如同在黑暗中隱身的猛獸。如此一來，雖然後金軍一時攻不下寧遠，但明軍也被搞得疲憊不堪，根本無力衝破後金的包圍圈。
但真正讓朱由檢等人憂心的，則是軍糧問題。滿桂和趙率教的援軍入城後，後金軍果然重新對寧遠四面合圍，外面的糧食想運進來那是不可能了。而且覺華島被付之一炬，山海關又遠在數百里之外，即使能運糧，又從哪裡來運？
城中的存糧本來就不多，援軍一到，又多了一萬張嘴。為著做好長期堅守的打算，袁崇煥下令軍中口糧減半，非戰鬥人員則減為一日一餐，並且以身作則，自己每天只吃一碗稀得能照鏡子的米湯。幾天下來，竟瘦了好幾圈，眼窩深陷，雙腿卻浮腫起來。
可就在糧食如此匱乏的情況下，前日夜間，已經加派專人看管的糧庫竟莫名其妙地著了一場大火。大火雖被撲滅，可那點本來就支撐不了幾天的糧食，終於徹底報銷了。
這場大火起得十分蹊蹺，袁崇煥痛心疾首之餘，正要嚴厲處置相關責任人員，手下卻來回稟，看守庫房的十餘名士卒全被人殺死了！
朱由檢苦笑道：「袁大人，我看這場大火既不像是天災，也不像是疏忽，倒似是有人故意縱火。不然為何殺死庫兵？」
袁崇煥擰著雙眉思索了一陣，突然恍然大悟道：「我說這幾天韃子怎麼不像以前那樣急著攻城，原來他們是知道城中缺糧，想把我們活活餓死！城中必有內奸給韃子通風報信，這把火多半是他們放的！來呀，給本官全城搜查！」
這一查不要緊，果然搜出幾十個後金的密探來。這些人都是漢人，藉著平民的身份做掩護，秘密在寧遠從事間諜活動。明軍從他們的家中抄出弓箭和馬刀等物，皆是女真人打造的式樣，因此對他們的身份確認無疑。
袁崇煥大為後悔，若能早點想到間諜的問題，糧庫也不會被一把大火燒個精光了。
朱由檢也咬牙切齒地道：「想餓死咱們，沒那麼容易！先打發這些漢奸上路！」
於是，當著全城軍民的面，這幾十個後金間諜被一齊斬首。行刑之後，百姓們一擁而上，你爭我搶地撕扯屍體。一方面他們是恨極了這些漢奸；另一方面，也實在是餓得受不了了，竟要將這些屍體煮煮吃掉，聊以果腹！
朱由檢看得心頭十分沉重，問袁崇煥等人道：「軍糧已盡，再不想法子，城中就要出現人吃人的慘劇了！現在怎麼辦？」
袁崇煥也苦著臉道：「為今之計，恐怕只有先殺馬果腹，然後靜待援軍了。」
「不行！」滿桂和李崇瑤同時叫出聲來。他們的理由也很充分，戰馬就是騎兵的生命，沒有了馬，騎兵就失去了戰鬥力！
滿桂的建議是立即突圍。但眾人反覆計議，還是覺得不到萬不得已，不能走這一步。因為就算突圍成功，寧遠城也就徹底毀了，孫承宗和袁崇煥的關寧防線，也就徹底泡湯了。
而且明軍餓了多日，走路都直打晃。在這種情況下強行突圍，恐怕也難以避免全軍覆沒的命運。
眾人議了半天，還是沒有良策，最後都陷入沉默之中。
李崇瑤鬱悶得尖聲叫道：「韃子倚多為勝，又欺負咱們沒有軍糧，算什麼英雄好漢！努爾哈赤若有膽子，便來和我一對一地單打獨鬥！」
戚美鳳本來心情也很差，但還是被李崇瑤給逗樂了：「崇瑤妹子，你以為兩軍對壘是像比武一樣？那可就錯了！打仗的唯一目的就是獲勝，只要能戰勝敵人，什麼惡毒的手段都可以使用！以多勝少，實在太過平常，換了我也會這麼做的！」
李崇瑤兀自嘴硬道：「我就是瞧他們不起！每次攻城，都在後面縮著，只讓那些投降的漢軍來送死！」
「停停停！」朱由檢突然猛地蹦了起來，直勾勾地盯著李崇瑤，「你剛才說什麼？」
李崇瑤被他的眼神看得有些不好意思，別過臉去道：「我就說瞧不起韃子，怎麼了？」
「不是這句，是前邊那句！」朱由檢急吼吼地道。
「前邊那句怎麼了？」李崇瑤莫名其妙地道，「我就是說想和努爾哈赤單打獨鬥，只可惜借他個膽子，他也不敢！」
朱由檢卻不接她的話茬，匆匆地來回踱了兩趟，突然猛地停住，激動地大叫道：「我有打退敵兵的主意了！」
「你能有什麼主意？」李崇瑤不以為然地道。
朱由檢顧不得她的奚落，激動地道：「射人先射馬，擒賊先擒王，這個簡單的道理我怎麼給忘了！只要幹掉努爾哈赤，韃子必然大亂，寧遠之圍也就解了！」
「我還以為是什麼好主意！」李崇瑤冷笑著道，「你說得倒輕鬆，老奴躲在數里之外的大營裡，連紅夷大炮都打不到。他又像個烏龜一樣縮著不出來，你怎麼幹掉他？」
袁崇煥等人本來還抱有一絲希望，聽了朱由檢的話也都紛紛搖頭，均認為這只是不切實際的幻想而已。
「你們糊塗啊！」朱由檢急得一拍大腿，「他不出來，我們可以過去嘛！這樣不就離近了？」
「過去？你不要命了！」李崇瑤氣極反笑，「你這王爺也糊塗得緊，那韃子大營中自有千軍萬馬，你若過去，連營門也進不了，就被人家射成刺蝟了！」
「崇瑤妹子，不許對殿下無理！」戚美鳳生怕李崇瑤的話太刺耳，惹惱朱由檢，趕忙擺出姐姐的派頭，呵斥李崇瑤。
李崇瑤吐了吐舌頭，一臉嘲諷地笑道：「姐姐倒是很護著王爺喲！」
戚美鳳俏臉一紅，不再言聲。其實就連她也認為朱由檢是吃錯藥了，只是不好意思反駁而已。
「你們都仔細聽我說！」朱由檢見眾人都不理解自己的想法，急得大叫道，「我也沒說衝進後金大營啊！咱們只須在夜深以後，偷偷地運一門佛郎機炮出城。摸到後金大營旁邊，對準裡面的中軍大帳開上一炮。只要這一炮打准了，努爾哈赤不是立刻就升天了麼？」
眾人皆聽得目瞪口呆，半晌無言。過了好半天，滿桂突然暴喝一聲：「妙！」
他這一嗓子太過突然，倒把朱由檢嚇得一哆嗦。滿桂卻激動地大吼道：「殿下這法子我看可行！這幾天末將仔細觀察過，老奴的黃龍帳就在大營門內不遠。佛郎機炮可以打一百多步，只要能順利將炮搬運到射程之內，定可大獲成功！」
袁崇煥卻皺眉道：「這法子太過冒險。既然是偷著出城，人數不可能太多，必須控制在幾人之內。這幾人既要隱蔽自身行藏，又要抬炮，還得會開炮，且必須懂得校炮。這一炮也必須命中，絕無再次擊發的機會。如此之難，誰能勝任？」
「現在孫大人有傷在身。除他之外，寧遠城內最會校炮的，也只有本王了！」朱由檢豪氣干雲地道。
「你？你還是算了吧，我的王爺！」李崇瑤呵呵大笑道，「你連炮都推不動，光會瞄準有什麼用？」
袁崇煥也連連擺手道：「殿下乃千金之軀，豈可輕涉險地？此舉萬萬不可！」
戚美鳳卻微微一笑道：「末將願陪殿下出城，誓死保衛殿下！」
李崇瑤也不甘人後地嚷道：「姐姐要是去，那我也去！」