太空之上巨大的鏡面收縮，上百艘移民戰艦帶著炎黃城的居民向著烈日城方向飛進去，而眾多大思維者則是要跟逐漸收縮的人定勝天號離去。自此進化第二部曲以和原劇情截然不同的風格和結果下落幕。
隨著龐大鏡面不斷收起，和移民艦隊的遠航，月球要塞的最高武器控制權解鎖，一切權限移交給人類聯盟，鎖死月球要塞權限，以及固定關鍵機械結構，干擾鎖死電路程序的法力從月球要塞中撤出，十分鐘後回到破曉化身身邊。
破曉化身回頭看了一眼碳基生物圈仍在美麗地球。然後絲毫不留戀的走進人定勝天號戰艦。而其他大思維者也緬懷了一下地球，畢竟即將發生的太陽系戰爭誰勝誰負還不知曉。或許這是最後一眼看地球。但是為了未來必須無視一切荊棘。
端木也多愁善感，離開地球似乎擺脫了什麼，找到了屬於自己的東西。這一刻端木為自己而活。鏡面逐漸收攏，端木轉身，蔚藍的地球在端木背後高照，茫茫太空中一身飄揚古風打扮的端木眼中是無比的確定。這個特寫，相比原劇情中端木阻擋兩大強天位為人類保留了一塊生存地的解脫神情特寫，是兩種精神意志。
月球要塞的人類用複雜的眼光目送破曉等人的離去，無論是劇情中的本來任務還是魔方穿越者。一瞬間感覺到時代不再屬於自己。月球要塞上一切紀年全都是按照太陽曆來計算的，硅機生物圈預示人類的新時代已經被開創了，新紀元似乎已經落幕，太陽曆在所有人心中落下濃厚的烙印。
雖然獲得了月球要塞上殲星彈粒子炮等一系列武器系統，但是哪怕最瘋狂的魔方穿越者也不敢用這些武器對付原主人。只有最先進的人類群體才能代表人類明。此戰已經讓人類聯盟心中動搖自己代表人類的信念。
人類聯盟在大戰結束後派遣了一隻天位和王級代表的隊伍重新登錄地球，大量拍攝畫面，大量的信息通過立體視頻傳遞到月球上，月球要塞中央大廳中，六大強天位和眾多小天位，看著上百個立體投影畫面。
地球的探索者沒到達一個地點就放下一個向著四面八方放射聲波以及電磁波的探測器，以這個探測器所在的點，將周圍一切信息記錄在立體視頻送回月球。
現在整個地球上硅機浩劫的痕跡依稀可見，網格狀的溝壑延伸到地下數十千米，然後化為無數無底洞形成血管一樣的網路插入地幔，所有這樣的深洞到現在還向著地表冒出熱量。
這樣的深洞不僅僅存在與溝壑中，更是出現被溝壑分成的板塊上。一個個洞口就像燒磚形成的氣孔，但是這個氣孔是以地球這麼大的目標來看的，這一個個幾百米直徑的大洞不能說是天坑，而是超級無底洞。
地球地貌的超級改變，令人震撼。多方探查小隊深入地下，發現了大量硅機生命的屍體，以及存在過的遺骸。但是一切都靜靜的擺在那裡。有的跌落在岩漿中在火紅的熔岩中融化，如果不出意外的化十年之內硅機生命存在的一切痕跡都會在熔岩的侵蝕下徹底消失。
看著探查人員不斷送回來的報告，趙澤下令到測量元素含量。在太空超大鏡面抽取釙元素時候，人類聯盟還不知道是怎麼回事，還在感歎這麼龐大的鏡面到底會發動什麼攻擊。
直到背後81號元素抽取時候，大量的（金它）元素在太空中形成一道可觀察的氣體帶時，人類聯盟的所有人才直到攻擊已經開始了，通過光學測量發現這條氣體帶是一種單質，一種極難提取的元素。以人類聯盟的知識量，和一些科學家的推測，已經明白，認知明這個超級鏡面到底發動的是什麼攻擊了。
不僅僅原劇情的土著，就連穿越者們也倒吸一口冷氣。這種場面本來就能拍成電影，形成超級科幻片。雲蓮明猛然想起，王沖傳達的那一句「乾淨的地球」。第二部曲的超級勢力連同元靈催生數百年極度進化的硅基生物圈被連根拔起，果然是乾淨。
等到探查隊到達地球的時候，人類聯盟的高層第一件重要事情就是驗證，驗證硅基生物的狀況，和地殼中的元素含量。大量的硅基生命屍體被收集。全部靜靜的死去，就像睡著一樣，體內結構似乎沒有遭到任何外力損害，探查不出死亡原因。如果真的不知道還好，如果之前沒在地球生存過，瞭解地球上老鼠藥曾經被81號元素製造過也就算了。可是所有天位已經知道了真相，恐怖的真相。
當前進階級成為統治階級時，認知明已經變成了純粹的明。天位再次見識到思維的力量，同時感到了無力。穿越者也見識到了一種恐怖的毀滅方式，毀滅一個星球的抵抗力量，並不需要動用母艦龐大的能量將整個星球炸掉。而是直接消滅承載思維的身軀。認知明在太陽上看似牲畜無害，人類聯盟也想證明自己更強。但是如今失去了膽量。靈氣看似萬能，但是終究不能抵擋一切。
雖然認知明已經遠離，人類聯盟看似已經佔據了整個地球，以及獲得了強大的月球要塞。但是所有人的心中都留下濃厚的壓抑，一種前進者將自己所有的缺點反襯的淋漓盡致的無奈。無法放棄因為血統力量而獲得的統治的地位，無法放棄因為力量而不是思考取得的力量。自我勇氣和毅力無法完成解決缺點的無奈。這種被證實並且點出來的缺陷，就像實話一樣比單純的恐嚇跟讓人害怕。直接劍指道心。
再也沒有修煉來逆天的豪情，因為過不了自己這一關。元靈把握了所有血統者的缺點。喜好力量喜好凌駕他人的缺點。如果沒有認知明，這所有的一切都可以推到世界變化成弱肉強食的自然法則上，自己必須依照天地大變後的叢林法則生存，公元前的人類合作制度都是虛偽落後的。
人類聯盟已經廢了，進化三部曲的描述的思想精神已經廢了，主線已死。充分認識自己缺點的人類聯盟既然已經確定無法放棄約束夢想和生產力發展的統治地位，那麼就會以維持自己高等地位為存在。一切玄幻中魔世界的豪情熱血全部化
為冰冷無情的家族血統門閥制度。
地球元靈現在面對正是這樣一個現實的人類種族。一個絕對冰冷無情的人類。硅基生命被滅，讓地球元靈知道自己在地球上製造劫難的手段已經不值得一提。硅基明能被滅一次就能被滅第二次，至於其他種族，在認知明遺留的高科技武器以及月球要塞下。人類聯盟已經立於不敗之地。地球上絕不會誕生其他種族威脅人類。
人類聯盟現在沒有夢想者領跑，沒有外部威脅。已經處於一個非常穩定的時期。這個時期恰恰是眾多穿越者熟悉的未來世界結構。萬年不變一切停滯，高層依靠獲取的資源優勢維持優勢的統治地位。一切夢想被地位差距壓抑。宣揚的平等自由在人類社會財富分配不公平的事實下，被實際社會階級無情的分割。二十一世紀的美國說的沒錯，這的確是人類社會的一種最終制度。
太陽曆27年，烈日城上，夢想者匯聚的地方。已經時刻感覺到大決戰的氣息。破曉化身到達人類聯盟後徹底解體，化為一塊承載量子基因肉塊重新融入程攀體內。
端木在內在地球炎黃城誕生的大思維者，驚奇看著烈日城這個壯麗的人造物。早就聽說烈日城是大思維者的夢想聖地，炎黃城只是認知明的一隻偏師。但是一直不曉得其中的概念，現在發現烈日城中多大八千萬大思維者的存在，端木發現之前在地球上認知聯盟顯示的實力不能用冰山一角來形容，而是九牛一毛。
只有大思維者才能作為明的成員，龐大的工業體系已經讓普通人無法摸透，只能在虛擬世界中不斷實踐之前的工業革命，在極度貼近現實虛擬世界中實踐人類歷史上的工業革命，讓自己的思維進化到足以趕上這個壯麗的夢想時代。
夢想者即為統治階級，以思維模式複雜程度為階級劃分。這種劃分讓認知明的統治階級無愧於統治階級。掌握了最強的生產力，和最廣闊的新人來源。進入這個階級都是大智慧者大毅力大勇氣的存在。端木閃爍著漂亮的藍色眼睛說道：「我明白了，這才應該是未來。」
一道訊號打斷了端木的陶醉。最高指揮官召開第一次會議，端木急忙用一絲思維沉入虛擬會議大廳中。
虛擬大廳中不過五分鐘，八千萬大思維者，化為光點來到這個超巨型虛擬空間中，整個空間是太陽系為背#景劇場，太陽系中眾多星球清晰體現在這個浩瀚的虛擬空間中，在這片虛擬空間大思維者投放的思維不會像在現實中一樣被約束，而是可以迅速到達某一個點。端木到達虛擬世界的地球，發現地球上的幻化的畫面精度清晰到細胞上。
虛擬空間中程攀降臨了，頓時吸引了所有人的注意力。程攀輕輕虛點，水星逐漸變化，被拆分在赤道上形成百葉窗的鏡面，隨後移動至南北極，形成兩大太昊鏡，這是一個紀錄片記錄每一個時間段太昊鏡的進度。時間很快到達現在，但是太昊鏡的變化沒有結束。程攀說道：「接下來是工程預期」隨後太陽上南北太昊鏡子逐漸合攏，整個太陽系一片黑暗唯獨對著地球投射一道光。
這時的動畫的時間停在了太陽曆28年八月。自此太陽系黑暗時代到來。程攀說道：「太昊鏡只有一年的時間就，太陽就是我方蚌殼中的明珠。戰爭即將到來。」