左良玉和黃得功留在了官驛，不能夠回到武昌和廬州去了，不過朱由菘和秦三德的命令卻發出去了，在後來的商議之中，秦三德建議左良玉率領的二十萬大軍，在徽州府等地駐守，每個地方駐紮五萬軍士，至於說黃得功率領的五萬大軍，蘇州府駐紮三萬人，松江府駐紮兩萬人。說是商議，其實就是命令。
左良玉不得不照辦，眼前的形勢他是清楚的，要是公開反對，肯定會被視為叛黨，遭遇到最為嚴厲的處罰，再說黃得功愉快的接受了命令，他也不能夠單獨表示反對。
命令發出去之後，左良玉坐立不安，駐紮在武昌的二十萬大軍，由他的心腹指揮和控制，暫時不用擔心軍隊會被誰兼併的問題，可麻煩的是，二十萬大軍沒有多少糧草的積蓄，這些年來駐紮在武昌，左良玉沒有能夠撈到多少的財物，維持二十萬大軍的開銷，已經令他精疲力竭了，這一下二十萬大軍全部被調出來了，不可能攜帶很多的糧草，一旦朱由菘和秦三德控制了錢糧等的開銷，也就等於是控制了二十萬大軍。
這個時候，左良玉開始佩服蘇天成了，人家有著紮實的根據地，江寧營所有的開銷，幾乎不依靠朝廷，這才是人家能夠造反的本錢，反觀自己，看似風光無限，其實一切都在朝廷的掌控之中，離開了朝廷，二十萬大軍根本無法生存。
可左良玉也不會聽之任之，在大軍駐紮方面，他也動了心思，將最為精銳的軍士悉數都集中在徽州府，到時候自己到徽州府去了，離開了南京，脫離了朱由菘和秦三德的控制，如何的行動還不是自己決定，大不了不打戰了。投奔蘇天成去。
做出來了諸多的安排，秦三德也很是疲憊。
官驛成為了臨時的指揮中心，也不接待其他的官吏了，南直隸已經成為了前線，這個時候，識趣的官吏是不會無事找事前往南京去的，躲避都來不及。至於說南方的諸多士紳富戶，還是很著急的，他們聽到的消息都是變味的消息，什麼浙江和福建的紳士富戶，遭遇到了大規模的清洗，幾乎被斬殺殆盡了。所有的財富都落入到蘇天成的手裡，特別是福建的富戶，狀況慘不忍睹，因為男方的士紳富戶，與朝廷有著不小的牽連，很多家族都有人在朝廷做官，他們也認為。一旦被蘇天成抓住了，肯定是沒有好結果的。
所以朱由菘和秦三德來到了南京，他們是完全支持的，巴不得朝廷早日剿滅了蘇天成。
也有一些清楚實情的士紳富戶，這些家族多半在山東有生意運轉，他們知道蘇天成的要求，更清楚蘇天成制定的規則，但在目前的高壓態勢之下。這些人是不會站出來說話的，否則他們就成為了幫兇，還不要等到蘇天成率領大軍壓過來，恐怕就被朝廷和官府清理了。
南直隸的士紳富戶是最多的，這裡也是大明最為富庶的地方，朝廷的銀子有限，不可能拿出來大筆的銀子打戰。要維繫三十餘萬大軍的開銷，朱由菘和秦三德還是要另想辦法，也許是宣傳輿論的作用，也許是牽涉到自身利益了。南直隸的士紳富戶，破天荒的拿出來了部分銀子，算是捐獻給朝廷剿滅反賊的。
這種情況的出現，令朱由菘和秦三德很是高興，要知道在朝廷困難的時候，北方遭遇大規模災荒的時候，想著向南方徵收一些賦稅，都遭遇了反對的。
當然，秦三德考慮最多的，還是統一大軍指揮權的事宜。
看著朱由菘進入了房間，秦三德有些憂慮的開口了。
「朱大人，咱家以為，接下來的征伐，困難重重啊。」
「公公的意思是……」
秦三德看了朱由菘一眼，內心有些不滿意，其實情況朱由菘都是知道的，就是不願意說出來，都到了這個時候了，還玩心眼，有什麼意義啊，若是保不住南直隸，他們兩人都沒有好果子吃的，所以這個時候應該是齊心協力做事情的時候了。
「大人，咱家以為，問題就在左良玉的身上啊，哼，這個左良玉，以為執掌了二十萬大軍，就可以藉機要挾朝廷了，咱家要不是考慮到影響，早就動手了。」
朱由菘點點頭，終於開口說實話了。
「是啊，這個左良玉，到南京來的時候，專門邀約黃得功，在南京城外交談，足足半日的時間，談些什麼，還不是擔心被剝奪了指揮權，失去了二十萬大軍，他還算是什麼啊，故而有這等的焦慮，也是正常的，只不過大戰在即，這等情況是萬萬不能夠繼續出現的。」
「朱大人說的是，咱家擔心的就是這樣的情況，這個左良玉，一直都想著進入江寧營，若不是機會不好，說不定已經是蘇天成手下的將領了，如今要和蘇天成作戰，還不知道他是怎麼想的，咱家想到了劉澤清，當初皇上下旨，要求劉澤清抵抗江寧營，可劉澤清做什麼事情啊，在浙江各地瘋狂的劫掠，說是軍餉不足，根本沒有想到去抵抗江寧營，結果如何，十萬大軍灰飛煙滅，自己也不得善終，這個左良玉，好像也是這樣的想法啊。」
朱由菘點點頭。
「公公說的是，南直隸是富庶之地，特別是蘇州和揚州，乃是商賈集中之地，左良玉想到的就是這些地方，大軍也想駐紮在這些地方，難道前面劉澤清的教訓，他不知道嗎。」
秦三德看了一眼朱由菘。
「左良玉不可能不知道，其實他想到的就是擴充自身的實力，想著依靠這次剿滅蘇天成的任務發大財啊，這發財背後的目的，以為誰不知道嗎，朝廷與蘇天成之間的搏殺，若是朝廷取得勝利，左良玉依靠二十萬大軍，足以自立了，朝廷經過了這樣的廝殺，恐怕是元氣大傷，顧不上他了，由此割據的情況就有可能出現，若是朝廷失利了，左良玉更會利用二十萬大軍做文章，至少和蘇天成有交換和談條件的資格，說到底，左良玉根本就沒有想著廝殺，主帥都是這樣的想法，他手下的軍士，就更不用說了。」
「這可不行啊，公公有什麼對策嗎。」
秦三德的臉上浮現出來冷酷的表情。
「左良玉的算盤打得太精了，他恐怕還想著，等到離開南京之後，繼續控制大軍的，目前最大的問題，是糧餉掌握了大人和咱家的手裡，一旦拿到了部分的軍餉和糧草，左良玉肯定會想辦法消極怠工的，想著依靠他去征伐蘇天成，根本就不可能。」
朱由菘不說話了，他知道，秦三德內心有了計劃。
「事關重大，咱家還是要請蘇大人配合啊，咱家已經以左良玉的名義，請左良玉手下參將以上的軍官，悉數到南京來，名義上就是領取軍餉和糧草，這是一次機會，一定要把握住，把握了這次的機會，大人和咱家就能夠牢牢的掌握這二十萬大軍了。」
朱由菘的臉色很是平靜。
「公公，此事重大，還真的需要仔細的謀劃，若不然二十萬大軍散了，恐怕不要等到蘇天成進攻，南直隸就會出現問題了。」
「有錢能使鬼推磨，沒有什麼特別擔心的，咱家就不相信，所有人都是左良玉的死忠，咱家早已經寫了密折，京營裡面的諸多將領，應該已經趕赴南京來了，左良玉的那些心腹將領，不管是什麼想法，一律都不要留下來，必要的時候，左良玉也要為朝廷盡忠了。」
兩人商議的聲音開始變小了，這等整肅軍隊的做法，不是沒有，只不過很不成功，崇禎二年的時候，袁崇煥殺毛文龍，就沒有能夠把握好，結果毛文龍手下的諸多將領，後來都造反了，後金皇太極分封的幾個漢人王爺，悉數都是毛文龍的手下。
秦三德和朱由菘可不會走這等的老路，他們要做到萬無一失，將左良玉的心腹一鍋端，儘管說這樣做，可能在短時間之內，對大軍的戰鬥力又影響，但從長遠的利益來看，這樣做是非常有必要的，只要能夠牢牢的掌控這二十萬大軍了，加上黃得功率領的五萬大軍，二十五萬的大軍，可不是那麼輕易就能夠被剿滅的。
秦三德畢竟在江寧營那麼長時間，雖然沒有真正管多少的事情，可耳聞目睹之間，學也學到了不少東西了。
朱由菘雖然對率領大軍作戰的事宜不是很熟悉，但對於官場上的鬥爭卻是非常清楚的，他知道，不能夠控制左良玉的二十萬大軍，一切都無從說起，若是南直隸很快就丟失了，他的腦袋恐怕也保不住了，同時秦三德表現出來的能力和自信，也感染了他，讓他覺得，只要能夠按照預定的步驟，一步步的落實，打敗蘇天成也不是不可能的事情，至少雙方可以僵持很長的時間。
觀點就在這樣的氛圍之下統一了，誰都不會想到，還沒有開始對蘇天成進行征伐，明軍內部的爭鬥就首先開始了，而且這不是一般的內訌，已經成為你死我活的拚殺了。