府院之爭指民國五至六年(1916年至1917年)黎元洪與段祺瑞之間的權力鬥爭。
1916年6月袁世凱死後，原第一任副總統黎元洪依法繼任大總統，段祺瑞任國務總理，段以北洋正統派首領自居，依附日本軍閥，掌握軍政大權，與黎元洪分庭抗禮。
先是在國務院秘書長人選問題上，黎元洪和段祺瑞發生了爭執，最後由徐世昌出面了結。一波未平一波又起，在要不要參加第一次世界大戰對德國宣戰這個問題上，雙方鬥爭更趨激烈。
為了達到主戰的目的，段祺瑞將其手下的十幾個督軍叫到北京，組成「督軍團」，對黎元洪施加壓力，但未獲成功；後來段祺瑞又叫人寫了對德宣戰書要總統蓋印，黎元洪為了平息風波，勉強在文件上蓋了章。即使這樣，段祺瑞仍不滿足，在國會開會討論時，又大肆干涉，終於觸動了眾怒。
恰在這時，段祺瑞私自向日本借款一事被揭露。1917年5月21日，黎元洪瞅準時機在這時下令撤銷了他的總理職務，段祺瑞憤然離京去津，並且指根據臨時約法，總統無權撤銷總理職務，不承認黎的免職令。因一方為總統府，一方為國務院，所以它們間的爭鬥被稱為「府院之爭」。
之後黎元洪請督軍團團長張勳於6月14日入京調解。張勳入京後，擁立宣統復辟。事件為段祺瑞所鎮壓，黎元洪於事後辭去總統職，總統改由馮國璋擔任。府院之爭告一段落。;