美軍對日本本土的無差別攻擊在日本引起了恐慌，即便是用刺刀押著工人進入工廠，還是每天有大量的人攜家拖口逃亡鄉村和山中，東京、大阪、名古屋這樣的大城市都遭到了毀滅性的打擊，燒得變形碳化的屍體到處都是，散發著焦臭異味，富士山頂的白雪也被現代化的武器所污染變成了黑色，整個大和民族遭到了空前的災難。
就在一個月前還在載歌載舞慶祝太平洋戰場的巨大勝利的日本人此刻大多變成了亡魂，幾十萬被燒傷的患者缺少醫藥，每天都有大量的人死亡，傷者的呻吟和嚎叫聲讓人毛骨悚然。
個子不高的裕仁天皇在北海道的秘密行宮安頓了下來，回想起來還真是心驚膽顫的驚魂夜，皇宮被焚燬一空不說，留守的文官侍從全面斃命的消息對裕仁天皇打擊頗大，如果真的當時堅持不走，恐怕現在也化為焦炭了，美國人這是要滅亡整個大和民族啊！這是進行另外一種的滅絕式的屠殺，現在國內的糧食儲備早已告急，每天餓死人的消息已經讓裕仁天皇麻木不堪，加之東京、大阪、名古屋幾大城市變成廢城和死城，整個日本都陷入了無限的恐慌之中，似乎現在的日本沒有一個地方是安全的。
就在當晚，美國人轟炸了熊本、六本木、仙台三個名不見經傳的地方，尤其居民不足三十萬的熊本死傷超過二十萬人，毫無防備的居民加上進城避難逃荒的親屬被直接全部燒死在睡夢中，裕仁天皇不明白美國人為何要轟炸那些小地方？難道就純粹是為了殺人而殺人嗎？
裕仁天皇哪裡知道，轟炸熊本、六本木、仙台的情報是高飛提供給寇締斯?李梅，軍統給高飛偽造了一份假的情報，顯示來自關東軍的秘密資料，日本人在以上三地建有秘密設施，訓練秘密部隊，於是寇締斯?李梅就直接實施了大規模的轟炸。
帝國絕對安全的領空一夜之間被戳穿了？如同妓女最後一塊遮羞布一般被撕掉？暴怒的裕仁天皇將東條英機和山本五十六等人全部招致秘密行宮，他想知道這到底是怎麼一回事？關東軍的參謀長石原莞爾聲稱海軍聯合艦隊主力全軍覆沒，但是海軍陰謀欺騙國民與御前會議，海軍指責陸軍丟掉了整個中國戰區和滿蒙，面臨絕境的關東軍隨時可能全軍覆沒。
海軍與陸軍相互之間的指責讓裕仁天皇萬分惱火，似乎所有的人看待他都如同看待一頭傻驢一般？任意的隱瞞欺騙？堂堂的大日本帝國到底怎麼了？為何會在一夜之間，一切全部崩坍？受到驚嚇，極度疲倦的裕仁天皇有太多太多的問題了。
實際上，這已經是二個月之中，山本五十六第二次被召回本土了，第一次是慶祝太平洋海軍之輝煌勝利，山本五十六所憂慮的是海軍方面執意隱瞞戰報，對於日本人來說，海軍如果與美國人形成了拼消耗的局面，那就等同於輸掉了戰爭，而且經過一年多的全國戰時調動和總動員，美國巨大的戰爭實力迅速彰顯出來。
太平洋大海戰一役，由斯普雷恩斯少將和弗萊徹中將率領的第十六、第十六特混艦隊一舉殲滅了日本四艘大型航空母艦，將數百名訓練有素的日艦機飛行員葬送海底，自此，日本海軍僅僅維持了六個月的輝煌，便開始失去了制海權和制空權。
接下來的薩沃灣海海戰、所羅門海戰、瓜達爾失納爾海戰以及馬裡亞納大海戰中，日本聯合艦隊一敗塗地，一艘艘航空母艦、戰艦被美軍轟炸機炸沉或重創，日本聯合艦軍隊損失了三分之二的大型航空母艦和二千名訓練有素的艦機飛行員，這個巨大的損失這不是三五年就能填補的，更為主要的是美國人在太平洋上已經躍躍欲試，似乎又在準備新的全面攻勢。
山本五十六不是東條英機那樣的精神萬能主義者，日本在太平洋戰爭中從戰略主動轉變成戰略被動，實際上並不是偶然的，除了美國強大的軍工實力外，最為最要的還是其科技研發能力遠遠勝過日本，日本雖早在明治維新就己擠進世界列強之中，但在科學研究發展方面上卻是一個不折不扣的瘸子，日本人在科學創新研究方面並無什麼重大的發明或發現。
其近代的崛起強大是靠著一味的摸仿、抄襲、借鑒得來的，日本人本身並無自主創新，所以比起落後的農業國家來起來似乎很強大，但與世界真正強國如美國較量時，這一弱點便彰顯出來，因為日本不但無法從美國在獲得貸款購買急需的廢鋼鐵、航空發動機、橡膠、石油和最新的科技裝備，得不到這些原型機，就意味著日本人需要投入從前未有的投資去進行研發，而已經習慣了剽竊的日本人缺乏科研實力，導致武器裝備落後與美國。
山本五十六是日本帝國海軍中保持清醒頭腦的為數不多的幾個人，他早就意識到了日本聯合艦隊的防空火力十分薄弱的問題，航空母艦很容易被美軍轟炸機突襲轟炸，一旦巨大的航母遭到轟炸機和魚雷機的襲擊，後果則是毀滅性的。
山本五十六認為這是日本工業基礎與美**工科技巨大差異造成的，日本海軍的艦載機零式戰鬥機以輕快靈活著稱，在戰爭初期擊確實落了大量美軍飛機，但這種飛機裝備輕薄，防護性差，駕駛艙和發動機未有任何防護措施，飛機一旦被擊中，發動機就會洩油甚至起火爆炸，造成機毀人亡，而美國戰機不但在飛機座艙裝了甲，充分保護了機內人員，發動機和油箱也增加了鋼板的厚度，並且油箱鋼板外還罩了一層厚厚的橡膠，一旦油箱被彈片擊穿，橡膠會融化堵住彈孔，以免飛機洩油，引起著火爆炸，另外美國戰機裝配了渦輪增壓技術，使美機爬升得更高，可隱藏於高空雲層中對日艦實施突然打擊！
這是國家工業、科技實力的巨大差距，是戰術根本無法拉近實現的。