朱祁鎮的你們看著辦吧這句話一出，給了徐有貞等人莫大的信心，第二日就開始了秋後算賬，大批朝廷命官被逮捕，有些的確是和于謙較為親近的人，但是大多數還是與徐有貞石亨等政見不一的人，只是借此機會消除異己罷了。還有一些則是曾經做過一些有損於朱祁鎮事情的人，當時的落井下石，今日卻造成了自己的牢獄之災，重者還可能身首分離有殺身之禍，也不知道他們是否後悔了。比如是金刀案中的盧忠，還有那個砍掉南宮周圍樹木的高平，都難逃此劫。當然同時內閣成員也變動頗多，江淵，商輅，陳循等等內閣大臣被撤換下來。
徐有貞石亨等人幫助朱祁鎮謀取政變，就是為了自己的榮華富貴，這幫復辟大臣沒有虧待自己，互相保舉提名，朱祁鎮和盧韻之也一一首肯，這讓他們尤感欣慰。徐有貞晉為兵部尚書，入內閣。石亨則封為忠國公，也算應對了前去帖木兒的路上石方曾說過的，石亨日後必定拜公封侯的預言。
張軏功勞也是不小，被封為侯爵，名為太平侯。而楊善楊准等人則是低調了很多，略勝半級以示表彰，盧韻之更是推辭了朱祁鎮把他列為三公的想法。盧韻之手握重權已有凌駕於皇權之上的趨勢，要這些虛名也就沒用了，況且于謙已死，在世的群雄沒有能與盧韻之抗衡的，更不用再政務上壓制別人了。如此一來，楊善和楊准的陞遷就好理解了，一個為盧韻之的岳父，一個是盧韻之岳父的伯父，這兩個身份比皇親國戚還要好用，所以升不陞官也就可有可無了。
但是同是中正一脈的曹吉祥卻一躍而起，得到盧韻之的授意，接管了司禮太監的職務，牢牢的控制住了內宮，同時監管三大營。加之盧韻之手中所握的兵權，現又是自己人監管，守備京城的主力，國之利劍的三大營已經成為了盧韻之的私兵。
這次奪門之變，京城三大營的兵力起到了重要的阻攔于謙城外大軍的作用。當年程方棟佔據京城，于謙向盧韻之被迫議和，在兵權交割的時候，盧韻之和于謙曾有過約定。一，絕不更換異姓自立為王，江山仍有朱氏皇族來坐。二，一旦有邊疆戰事，定會抵抗外敵，不讓外族入侵。三，定國安邦，讓動盪局面平復，百姓脫離戰爭的災禍之中。
有了這三條約定，于謙才放心的把兵馬交給了中正一脈，于謙不相信中正一脈，但是于謙知道在這種大是大非的問題上，中正一脈還是靠得住的。盧韻之此次並沒有違反曾經的約定，做一個言而無信的小人，因為這個約定本來就思前想後很是全面。
第一，盧韻之是復辟，沒有自立為王，也沒有立異姓為皇，依然是朱祁鎮這個姓朱的坐江山。第二就壓根不存在了，這幾年邊疆戰事並不緊急，沒有需要調動京城兵馬的危及情形。第三就是此次政變除了在南宮被王振殺死的那些死忠于于謙的守備外，根本沒有傷亡，更牽扯不上普通百姓和局勢動盪。城外大軍對峙也不過是震懾而已，好似演習一般。奪門之變可謂是兵不血刃，就一舉成功了。
京城權力更替之後，權勢最高的內閣已經形同虛設，但是徐有貞卻挺在乎內閣的構成的，內閣原先的五人中被裁去了四人，只留個不當事的高谷，於是徐有貞提拔了同為奪門之變的參與者許彬，以及自己的親信薛瑄入閣。即便如此，還是少了一個，徐有貞看中了李賢，於是李賢也入閣了。令徐有貞沒想到的是，日後自己的失敗竟與李賢也有著千絲萬縷的關係，若是他能提前知道定不會做出提拔李賢的舉動，還會把李賢打入深牢大獄，起碼此時復辟一黨還是如日中天的。
于謙死了，被押入牢中的時候就已然不行了，徐有貞的意思是宣稱于謙畏罪自殺，而盧韻之和朱祁鎮則不允許。朱祁鎮聲稱于謙若是死在牢中，百姓定誤認為于謙是被折磨而死，是以隱瞞真相的作為，與國威不利。而盧韻之則是答應過於謙，讓他死的光明磊落最好是被奸佞所害，就如徐有貞這樣的人最為合適，當然這個理由盧韻之並未明講。徐有貞也不敢多問，皇帝和盧少師都說話了，誰敢不從呢。
於是乎王雨露出現在了天牢之內，半個時辰後于謙面色如初，神態依然，只是緊閉雙眼，若是有人把手搭在他皮膚上就會發現冰涼一片，原來只是看似活人罷了。
罪名已然張羅好了，那就是迎立外藩，換句話說也就是謀反罪。
正月二十三日，崇文門外，于謙被斬首處決，天氣冷寒加之王雨露用藥的確高深，于謙栩栩如生的在百姓面前最後一次露面，隨著人頭落地血如湧注，活靈活現的逼真至極也真難為了王雨露。本來徐有貞意欲要腰斬于謙，卻被盧韻之瞪了一眼不再敢自作主張，徐有貞這種人可能永遠不明白什麼叫做惺惺相惜，活血只懂得臭味相同吧。
隨著于謙的斬首，他的家也被抄了，可是每個前去抄家的官員都面如死灰，他們皆深深地被死去的于謙又震撼了一回。因為這個朝中一品大員竟然家徒四壁，手握著兵權有大量軍械糧草損耗軍餉可以貪污，竟然還是如此清廉，家中唯一值錢的就只剩下朱祁鈺曾賜給于謙的寶劍和蟒袍。眾人都明白了，什麼才叫清官，什麼才叫忠臣，國之財，過而不取。
于謙的兒子兒媳紛紛被發配邊疆，本來叛國罪應該誅九族的，可是他們卻被逃過一劫，想來也一定是盧韻之的功勞。
于謙的兒媳張氏被發配山海關，兒子於冕被驅逐到山西龍門，在那裡得到了方清澤的照顧，於冕欣然接受了中正一脈的幫助，因為于謙曾說過，盧韻之乃當世梟雄，也是個有廣闊胸懷的人。父輩的爭執已然結束，於冕只希望日後能給父親平冤昭雪，而盧韻之語氣堅定的答應了他。