董卓廢了少帝又提拔了不少親信，以為大事已定，便一心想要出兵再討南燁。李儒這回再也無言勸阻只好按照先前定下來的的計策，解除了城中禁令，允許百姓搬遷。
洛陽百姓已經被董卓這種朝令夕改，反覆無常的做法給搞怕了，雖說解除了禁令，可是卻沒有百姓敢往外搬，就怕董卓再反悔。
董卓見百姓不配合自己的計策心中惱怒無比。對麾下眾將道：「區區草民敢不按計而行當真可惡！」
李傕道：「之前主公搜牢，百姓盡皆遷移，主公何不再行此計？」
董卓大笑道：「如此甚好！我并州虎狼之師還未體會洛陽繁華之處，可命我軍搜牢。」
李傕獻策也是沒安好心，想要藉機大撈一筆。見董卓應承，第二日便領西涼兵在城中劫掠，呂布的并州兵也一同行事。洛陽百姓這次算倒了血霉，之前搜牢還是洛陽城中士卒，多少對於本地百姓還會手下留情，掠奪錢財者多，殺傷人命、姦淫婦女者少。
西涼兵和并州兵可不管那些，到處殺人放火，姦淫劫掠，把整個洛陽城攪得雞犬不寧，怨聲載道。洛陽百姓忍無可忍只得再次外遷，百姓們既恨董卓倒行逆施胡作非為，又恨自己早不聽法師勸告才遭此大難。
董卓生怕遷入科學城的百姓不多，又縱兵在洛陽附近鄉亭劫掠。一日董卓見村民集會，男女齊聚，便命士卒圍住。男子盡皆殺之，割下頭顱，血淋淋地並排在車轅之上。而後又掠婦女、財物，裝載車上，懸頭千餘顆在車下，揚言殺賊大勝而回。在城門外焚燒人頭，以婦女財物分散眾軍。
董卓在城裡城外這麼一折騰，可把科學城中的南燁忙的夠嗆。無數百姓蜂擁而至，讓南燁不得不小心起來。他一邊下令忙著安頓百姓，一邊嚴加盤查，生怕有奸細藉機混入科學城中。
好在科學城本就不是一般城池，實行的是軍事化管理，奸細想要混進來也沒那麼容易。大量百姓的湧入倒是讓南燁得到了不少洛陽城內的新消息。得知董卓已然廢了少帝擁立獻帝，南燁便知道距離十八路諸侯討董卓已然不遠了。
南燁麾下眾將見百姓再次紛紛湧入都來提醒南燁謹防董卓之計，南燁乾脆借此機會召集眾將議事。蘇雙道：「事出反常即為妖，董卓先前阻百姓離城，如今又放百姓出城，分明是想以百姓斷我糧草，法師不可不防。」
王越道：「法師何不再將百姓送入交州，以破此計？」
張遼道：「王總鏢頭所言不妥。此若是董卓之計，定然不會讓百姓安然出城。董卓、呂布麾下皆騎卒眾多，就算百姓出城也能追趕屠殺，百姓依舊會投城中來。」
史阿道：「若派遣重兵護送百姓南下如何？」
趙雲道：「師兄之言差矣！護送百姓之兵少了無用，若是多了城中空虛豈不讓董卓趁虛而入？」
張世平道：「何不讓百姓分散，自行遷往交州。」
蘇雙搖頭道：「交州路遠，如今天下又不太平。倘若無人護送，十成百姓能有一成活到交州便不錯了。」
南燁見眾將紛紛皺眉搖頭不知所措很是奇怪，問道：「若董卓此時圍城，糧草還可供應百姓多久？」
掌管城中錢糧的蘇雙道：「城中糧草雖多，可是若供二十萬百姓消耗，只能維持一年有餘。」
南燁掐指一算，有一年的工夫董卓都遷都長安了。便道：「既然能維持一年，我等又何懼董卓？儘管讓百姓遷入便是。」
張遼搖頭道：「法師征戰南北百戰百勝，且每戰皆是速戰速決，恐怕還沒有被困城中的時候。法師可知，城防攻守別說一年，便是三年五載也不稀奇。董卓如今已行廢立之事，執掌朝中大權，自可徵兵徵糧與我軍相持。一年之後，我軍內無糧草，外無援兵，此城不攻自破。法師恕我直言，為今之計最好便是棄城而走。若董卓來追拚死一戰，勝負還在兩可之間。勝了固然可喜，即便敗了法師也可回到交州東山再起，聚集英豪共討董卓，好過困死城中。」
眾將聞聽張遼此言雖然十分不捨，可是也都紛紛點頭，認為此言有理。南燁麾下武將都不怕和董卓死磕，卻都怕困死在城中，最後連死磕的機會都沒有了。
南燁聽張遼提議棄城方才恍然大悟，在座這些人可不知道歷史走向如何，更不知道馬上群雄討董就要開始。在他們眼裡，執掌朝綱的董卓已然勢大，日後董卓會越來越強，南燁以一座孤城對抗權傾天下的董卓無疑是以卵擊石。只有回到交州的根據地，才有對抗董卓的資本。
想通了這個道理，南燁笑道：「遠所言深合兵法，可惜卻不合科學大道。」
張遼長聽南燁麾下眾將科學長，科學短，不過他還弄不清什麼是科學大道，便問南燁道：「不知法師所言科學大道為何物？」
南燁道：「科學便是真理，是實事求是，而這世間真理便是得民心者得天下，失民心者失天下。董卓、呂布看似勢大，可以為所欲為無敵於天下。可是他們倒行逆施與民心天道相悖勢必不能長久。洛陽人口百萬，如今已有半數投我，那董卓又有何優勢可言？洛陽一城，董卓尚失其一半，這天下董卓失之多矣。遠或許覺得我等內無糧草，外無援兵。可在我看來，我等糧草不缺，援兵更多。我便在此斷言，不出一年，便有天下半數英豪助我來破董卓。」
眾將聞聽南燁之言精神一振，在場大多數人跟隨南燁日久，知道法師從不虛言。既然南燁說出這話，那便是十拿九穩，都放下心來。
張遼新投南燁不知道南燁的厲害，雖然覺得南燁言之有理，可是心中還是沒底，便問道：「既然法師有如此把握，我等又該如何應對董卓之策呢？」
南燁道：「當然是以不變應萬變，百姓照收，士卒照練。董卓是兔子尾巴長不了，秋後的螞蚱沒幾天蹦頭了。不過我等也不能光想著靠別人來救，還要自救才行。趁著董卓還未圍城，王總鏢頭派幾個鏢師去通知那些與我等合作的義軍，讓他們見機行事。一旦有人高舉義旗發兵討董便一同行事。」
眾將聽南燁說的輕鬆逗趣皆面露笑容，唯有王越皺眉道：「各地山賊義軍與我等合作是看在鏢局之利。若為天下大義，恐怕他們不至。法師何不送信到交州求援？」
南燁道：「交州路遠，又正是休養生息之時，出兵甚是不便。至於各地義軍來與不來皆無關緊要，我也正想看看哪些人能為了大義聽我號令。若是只圖利益不顧大局者，也就稱不上什麼義軍，還是山賊草寇，鏢局日後便要小心防範。應邀而來者，則可考慮多分一些鏢利作為回報。」
眾將見南燁早有定計便分頭行事。王越派人四處聯絡，高順、史阿訓練步卒，張遼、趙雲訓練騎兵，蘇雙等人管理民生。
沒過幾日，董卓感覺科學城中的百姓不少了，便發兵圍城。因為此次無需攻城，只是消耗城中糧草，所以董卓、呂布都沒有親自出馬，只派李傕、郭汜領五萬士卒紮營在科學城外進行威懾，百姓只能進而不能出。
洛陽百姓見兩邊又要開戰哪裡還敢再遷入科學城中？再一次停止了遷移。南燁對此情況早有預料也不著急，就在城中靜候十八路諸侯來援。偶爾還派出親衛、騎兵騷擾李傕、郭汜一番，全當實戰練兵。