董卓自認為和收養劉協的董太后同族，加讓劉協本身比劉辨有才能，回到京城後，董卓的軍隊完全控制了局勢。於是董卓逼著少帝策免了司空劉弘，自己身居其位。接著，董卓又以司空的身份召集百官開會，議改立陳留王劉協為皇帝。百官們大驚失色，但懾於董卓的淫威，誰也不敢表示反對。第二天，董卓宣佈廢除少帝劉辨，立陳留王劉協為帝，是為獻帝，時年9歲。從此，劉協開始了他作為傀儡皇帝的漫長生涯。
立獻帝后，董卓自封為相國，後又加封為太師，完全控制了中央政權。董卓的軍隊在洛陽劫掠財物，禍害婦女，無惡不作。次年即初平元年(190年)春天，各地的州郡牧守以討伐董卓的名義紛紛起兵。由於起兵的州郡都在關東(潼關以東)，所以史稱「關東之軍」。許多地方豪強響應了這次起兵，帶著自己的私兵萬里相赴，自此正式拉開了東漢末年軍閥混戰的序幕。關東之軍共推渤海太守袁紹為盟主，從北、東、西三面來包圍洛陽。董卓因受關東之軍的威脅，挾持獻帝由洛陽遷都長安。
當時的漢獻帝剛滿12歲，對於一些政事還不是很清楚，但聰明的他對於一些事務還是有分辨之名的，當夜李儒找到獻帝具說發詔之事，獻帝略顯遲疑，心想：這黃盡居然是自己同父異母的姊妹，雖然是何後所生，然作為漢室宗親，她一個女兒家都能起兵討賊而自己卻在這裡坐以待斃，董卓此番又要自己矯詔通告天下，這不等於是要自己剿滅同宗麼？雖然曾經的母親與何後有很深的過節然現在漢室天下垂危之際，共同的敵人是董卓，而並非自己的同宗，董卓要自己剿滅自己的兄弟手足，這不等於是自己害自己一樣麼？
現在的他儼然就是董卓的傀儡了，什麼事都是董卓說了算，董卓欺君罔上，自己甘受委屈，早就想除掉這個心中的禍害了只苦於沒有這個能力和機會，前番自己的同宗起兵與董賊大戰不幸失敗，自己卻無能為力，這回又要借自己之手除掉她們，這如何使得啊？
漢獻帝謂李儒道：「如此重大之事還須跟眾大臣商議才行！」
李儒一聽這話頓時急道：「陛下如今新登大寶天下豈可有二主？這黃盡借皇族之勢到處招搖集結大軍，前番都已經攻到長安了，如若再不加以挾制後患無窮啊！『天無二日民無二主』一旦長安失陷，陛下的境遇可想而知，難不成她黃盡還能繼續擁立你這弟弟不成？我想就是讓你做你恐怕也坐不下去吧？汝難道忘記自己的生身之母是怎麼死的了？」
漢獻帝聞聽這話遂道：「此事事關重大，需明日早朝與眾大臣一起商議此事！」
李儒見他如此執拗，也不再言語，遂憤憤的離去了
獻帝見李儒離開，遂開始召集心腹之人司徒王允、太尉楊彪、國舅董承、太傅馬日鄲、中郎將領西鄉侯朱俊等一同商議，司徒王允對獻帝薦道：「陛下萬萬不可！黃盡乃是皇親國戚，當初起兵討伐董卓也是為了匡復漢室，誅滅董卓，當今朝廷董卓專權、欺君罔上、肆意妄為，陷黎民百姓於水火乃是董卓也！董賊不除國無寧日，董卓乃是當今天下第一禍害，而陛下與黃盡之間的矛盾純屬家事，所以陛下一定要分清當前形勢，萬萬不能本末倒置啊！」
朱俊道：「董卓欺君罔上，濫用生殺大權，禍害百姓，實乃朝廷第一禍患，他要陛下矯詔乃是離間之計，說的明白些就是借刀殺人，讓陛下兄弟手足之間互相殘殺，而他坐收漁翁之利，陛下萬萬不能上了他們的奸計!」
「二位大人說的有理，陛下千萬不能這麼做呀！董賊此計不可謂不歹毒，他這是陷陛下於不仁不義，讓天下人恥笑啊！」太傅馬日鄲也薦道。
聽了幾位大臣之言，劉協有些不明就裡的問道：「依諸位大臣之意，吾該怎麼做呢？」
王允繼續道：「明日早朝，陛下只須正坐引起此話題勿要發言！吾等老臣將同心力駁此建議！」
「如此最好！如此最好！」獻帝連連道。
第二日長安城內金鑾殿上，早朝開始，文武大臣皆紛紛踏至，列於兩旁，董卓更是提劍入殿，走到眾臣前列，位列獻帝一旁，見眾臣跪地落定，獻帝謂眾人道：「今日早朝，列為大臣可有事稟報？」
李儒首先出列道：「陛下！前番黃盡假冒公主名義起西涼大軍20萬攻打長安結果被太師擊敗，太師神勇之至擊退來犯之敵保住了長安也保護了陛下，臣建議給這一仗出師的所有將領謀士加封進爵，封賞論功，尤其是董太師，為社稷披肝瀝膽、忠心耿耿、戰功卓著，臣建議封太師為郿侯，進位相國。」
獻帝一聽這話不覺一愣，這分明是要挾寡人給董卓加封進爵麼，劉協道：「諸位大臣以為如何？」
「不然！董賊欺君罔上、禍國殃民、專橫跋扈、欺君罔上有何德何能居然要封侯進位？理應午門外斬首示眾以謝天下！」說話者乃是尚書丁管也，字元雄，沛國人。
丁管話畢，滿朝文武無不驚駭，再看董卓氣的臉色鐵青，牙關咬碎，提劍出於眾前，對丁管怒道：「汝血口噴人，污蔑朝廷重臣，理應當斬！」
丁管怒髮衝冠指董卓道：「董賊!汝濫殺無辜、禍國殃民、天理不容！」
董卓呵斥道：「來人啊！將這個逆臣賊子拖出去給我斬了！」
丁管聞後以手中籤筒向董卓砸去，董卓一閃躲了過去，侍衛們忙將丁管拖出去斬了。
原來這丁管對董卓早已不滿，一向以忠臣自居的他，恨不得將董卓碎屍萬段，前番董卓擅行廢立之事，只因自己身患疾病臥病在床未能出席，這次再次聞聽有人給董卓張目，丁管早已氣的七竅生煙，頓時火往上湧，自古「忠孝不能兩全」，他丁管更是一個寧向直中曲不向曲中直，寧折不彎的這樣一個性格，當即便按耐不住，出列大罵董卓，他心中明白這樣做的後果，他早已將生死置之度外，但即便死了他也要死得其所這就是忠臣的勇氣
丁管一死，朝堂上再沒了反對的聲音，董卓掣劍在手，站立殿中，殺氣頓時佈滿整個朝堂，帳下李儒、李肅、呂布、李傕、郭汜、華雄等董卓死黨也紛紛環顧眾臣，王允見董卓勢眾，如若再諫也只能是自取滅亡，遂沒有發言，其它大臣見王允沒有說話，便也都沉默不語開來。
董卓這時謂獻帝道：「陛下意見若何啊？」
漢獻帝見朝堂之上一下子沒了反對的聲音，又見董卓掣劍在手，董卓部將也都怒目而視，已經明白七分，遂戰戰兢兢道：「太師居功至偉擔當此職身為合適！」
作為一個年僅12歲的孩子的漢獻帝，對於這種場面要說不怕那是說瞎話，但聰明人往往都是「識時務者」，善於轉變，漢獻帝見董卓勢大沒人能攔，自己要保全自己也只能妥協了。
董卓聞後不覺哈哈大笑起來，滿朝文武皆沉默不語，百感交集，有的歡喜、有的高興、有的難受、有的憤怒、有的表情凝重、有的欣喜躍然臉上，整個朝堂出現了眾多的面孔
李儒見此項議題得以通過，遂繼續道：「西涼大軍雖然已經敗退，然黃盡、秦易等餘黨健在而且據探作稱已經潛入荊州地界，所以餘孽不除必為後患，斬草要除根，為保社稷太平，還望陛下發矯詔，佈告天下將二人設為叛賊逆黨，教天下人共討之，只有這樣，陛下方能高枕無憂啊！」
漢獻帝聞後環顧眾大臣，正好與王允目光碰撞到一起，王允用眼睛暗示了他一下，漢獻帝頓時領悟開來，遂道：「不知諸位大臣意見如何啊？」
王允首先出列道：「臣以為這件事還須從長計議！因為黃盡的身世好多人不知曉，至於她是何許人也，身份之謎還未解開，如果真的是皇親國戚的話真的如傳說中那般是何後之女，先帝所生，發矯詔昭告天下就實為不妥了！」
「非也！非也！王大人所說不妥！這黃盡和秦易冒名皇親國戚攻打長安可見賊心之大，苦於前番戰敗若是戰勝的話入駐長安必然危及陛下的統治，後果不堪設想，所以應及早對二人矯詔昭告天下，要天下人共誅之！」李肅接過來道。
太尉楊彪道：「當今天下群雄並起，海內四分五裂，諸侯各霸一方，宇內多有不服，倘若發矯詔將二人逼急，俗話說『物極必反』，二人若與各地頑孽結成一派，非但解決不了問題還會激化矛盾，只恐到時候就難以收場了！」
這時李儒再道：「二人有非分之想不臣之心，打著皇親國戚的幌子胡作非為危害極大，倘若不早除掉後患無窮啊！陛下須早早做出決定才是啊！」
李儒言罷，李傕隨即附和道：「李大人言之有理，還望陛下早早矯詔！」