六月初，政務院和聖學院、都察院多次對如何妥善處理與南北商會的紛爭一事進行了商討，一直到六月中旬才有了個結果，就是拆分路商局為商稅局和公路局不變.為了照顧南北商會的情緒，也為了避免朝廷失去信用，三個部門又抽人專門跟南北商會進行了直接磋商‰記住本站的網址：☆後結果就是商稅兩成不變，商業活動中利潤兩成封頂不變，因為這兩個不變是天啟原來的要求，皇帝的面子還是要給的，在照顧皇帝面子的同時也準備給商家作些補償。
為了避免商會瞄著火耗利潤心有不甘，最後決定不按年成收火耗，而是按實際造幣量收火耗。其中銀子鑄銀幣時實際火耗為一成，但要按兩成收取火耗，多餘的這一成拿來發給清廉的官員算是養廉銀，朝廷不在這裡面獲取絲毫收益。見朝廷都不把火耗當作收益存留下來，山西商會和湖廣商會的人也死了心決定從中退出，他們怕再貪心不足會激起所有官員的怒火，商人跟一個官員作對沒什麼，如果跟所有官員作對那就是找不自在。
見兩個商會的人有眼色知道取捨，聖學院建議聽從天啟的意見，將商稅局再次拆分為稅務局和工商局。在這裡作了一個變通，就是把工業和商業分開了，低買高賣獲取差價的稱為商業，將物品重新組合加工的稱為工業。當然，兩成利潤封頂的限制局限於商業，工業暫時不作封頂，這樣既尊重了皇帝的意見，也算是對商人的一種補償。見朝廷這樣變通退讓，山西商會和湖廣商會的兩個會長也非常滿意，覺得對商會中人也算有了交代。
收稅事務上商會退出了，造幣事務上商會也退出了，現在只剩下一個公路局事務和錢莊的放貸業務。對於有商人提出這兩項他們也退出時，聖學院的意見是現在不行，因為現在朝廷沒錢。假如有人真想退出，現在退出的人只能拿回一半銀子，三年後退出的可以拿回本金，五年後退出的可以多拿一半本金作利息。就是說假如有人出資一百萬兩，現在要退股就退其五十萬收回股份，三年後退股的能拿回一百萬本金，五年後退股的能拿回一百五十萬。
為了平息股東們對這事的不滿，朝廷允許股東們自己私下轉讓股份，也允許他們把家中見不得光的存銀分批換成銀元。朝廷原來只把稅銀和參股銀化了造銀幣，對來歷不明的走私銀不作兌換反而要嚴查，現在允許股東們分批兌換相當於幫他們洗黑錢，或者是允許他們在幫別人洗黑錢時撈一筆。對這種補償股東們心知肚明也不再計較，有的人還欣喜若狂。
明朝立國初期流動銀兩數並不多，到了天啟年間全國的銀兩總數大概翻了一翻多，多是從衡貿易中流回大明的♀些多出來的銀子幾乎都集中在商人手中，他們用生絲、茶葉、瓷器等換回了大量白銀，據說做這些生意的人家裡沒有一百萬都不好意思說自己有錢。當然凡事有利就有弊，種桑種茶的多了種糧的必然就少，這也是大明這幾年發生糧食危機的原因之一。
大量的白銀流進大明，但大明朝廷卻沒有得到什麼好處，天啟看到這種情況後下旨造銀幣，逐漸要禁止銀幣以外的白銀流通。在造銀幣時只允許股本銀兩和稅收銀兩造幣，其餘的銀子要換銀幣不但要收兩成火耗還要收兩成稅，這讓很多家有存銀的人很是心慌。其實不僅僅是有存銀的人心慌，朝廷也有些的，的這些有錢人私下造幣或者乾脆作亂反對。現在趁著給股東們一些補償，順便把這事作個了斷，不能收到走私稅至少能收到兩成火耗也不虧。
在錢莊的放貸利息上，政務院再次通告將兩分利封頂的利息降為一分利封頂。至於那些說淡季虧損旺季被封頂平均下來沒賺頭的商人，朝廷不作理會，就一句話覺得虧你可以不做。
在這些互相妥協退讓過程中，朝廷確定了與商人之間的新關係√人有了商戶的身份，根據在工商局登記的資本和項目進行經營活動，便於收稅和便於管理，使商業活動均衡發展，避免出現在某些項目上群進群出，而某些項目上又無人問津的現象。所有人的意見和建議都得到了重視和回復，至少在表面上大家都是滿意的，唯獨在公路局的問題上有一點心結。
路商局和錢莊是天啟當時搞的，總金額有六千萬兩但號稱一萬萬兩，現在被剝來剝去只剩下放在中央錢莊裡的銀元和公路局的項目※千萬銀子收取了一成火耗又提前發了些讓股東們高興了兩天的利息，現在只有五千萬了，這還是大家心疼自己的錢只收實際火耗的結果『莊的放貸利息降為一分後，贏利能力大為下降，公路局更是個只見投入看不到產出的無底洞，也就是說風光一時的路商局和中央錢莊現在成了個爛攤子。
聽到這個結果很多人都心慌了，南北商會的人沒有辦法加上得到了補償還好些，持股的朝中官員、諸多皇族都有些心急如焚，紛紛前來打探消息。戶部的態度不明，因為他們只出了五百萬，還有五百萬是跟天啟借的，打的就是撿來娃兒用腳踢的主意，想的就是大不了把股份劃給天啟。當鄭老貴妃和李康妃派褥啟才知道爛攤子又推給了自己這個創始人身上了。
當政務院幾天後才把經過呈報上來時，天啟也不好說什麼，因為這是他自己要求說沒大事十天一報，偷懶就要付出偷懶的代價═務院把責任退到了聖學院身上，說這一切都是聖學院的主意，聖學院說這樣做是最好的結果，股份的事他們盡了最大努力實在是心有餘而力不足，只有把問題交給皇帝聖裁，相信以天啟的英明睿智一定能有好辦法。
天啟知道他們在胡扯，也知道他們主要對兩成利潤封頂和降利息有微詞。反過來想一想自己也把事情看得簡單了些，組建個班子然後只管躺在一邊分紅利，還要提出這樣那樣的要求，屬於一廂情願也讓人感到為難。不過天啟沒有心慌，他認為問題肯定能得到解決，最多需要些時間。但是，當鉻等諸位王爺陸續上奏表露出對股本的安全表示擔憂時，天啟知道不能再拖了，這幫大爺能不生事已是萬幸，惹得他們摻和進來就麻煩。
這人的關係其實很簡單，但是一摻雜進利益就複雜多了，夫妻成仇兄弟反目的事時有發生，今天的朋友明天變成敵人，昨日的敵人今天又搞合作，這些都是見慣不驚的事♀一開始是商人和朝廷的互相利用，商人需要朝廷的權力作保護傘，朝廷需要商人的銀子支持，一開始都很愉快也很樂觀。但後來就發生矛盾了，不過這也不奇怪，翻開歷史書看看就知道，中國人歷年來就不具備合作精神，真正通過合作做成事的少之又少。
本來是朝廷和商人之間的利益之爭，現在他們互相滿意了反而把矛盾集中在自己這個首創者身上，因為股東們一找上門詢問，幾個部門就互相推諉，充分展示出了善於踢皮球的官僚作風。大家一合計就找到天啟訴苦要天啟作主，因為他們是在天啟的勸說下才參股的，就像很多人一害怕就叫媽，原因就是他認為是他媽把他帶到這世上的，他媽必須對他對付不了的事負責到底。