首先上奏的是軍參處以陳奇瑜為代表的幾個參謀，他們在聯名上呈的奏章裡說既應該給武將放權，讓其有更大的臨時機斷權力以適應戰場上瞬息萬變的戰況，同時也應該由文官對其進行有效的監督，避免掌軍之人慢慢坐大最後成為漢末之董卓、曹操那樣的軍閥。至於說年齡與官職掛鉤一事因為是從未有之新事物所以暫不評論，是非對錯由時間來驗證，如果官員們不能證明這樣做妨礙了朝政的施行就應該無條件執行。
軍參處的人都是文官但都管的武事，所以他們說的話應該算是比較公正，這就給文武關係定了個調子。順著這個調子遼東系將領以新任副將張靜安為代表也一起聯名上奏，認為文官對武將進行監督是正確的，但應該側重於幫助和配合。打仗是武將們的本份事，但軍中各種事務很繁雜讓領兵之人煩心，如果讓負責監督的文臣把這些事分擔起來大家各司其職都有利。年齡與官職掛鉤一事與武將無關所以他們也不評論。
洪承疇是文官，本想在小範圍內衝動一下看能不能使自己免於降職，但他沒想到因為自己的奏章使全國的官員都知道了有自己這號人，加上皇帝把他的奏章明發全國讓所有人表態，他才知道這事玩大了。一時間很多朋友、同年、同鄉都勸他服個軟撤回奏章，再對皇帝的新政吹捧一下說不準能過了這一關。
但洪承疇明白，現在全盤否定自己的話已經不可能了，那樣他會裡外不是人到時候別人會用他自己的話去收拾他，他知道對其不滿的人和私下讚賞他的人都很多，所以他決定堅持一半放棄一半。他決定放棄的是年齡與官職掛鉤一事，這件事明眼人一看就知道他是在為自己說話而不是為了朝廷作想，他一旦放棄也能體現他的高風亮節給自己加分。於是他在二次上奏中說自己考慮不周，同意軍參處的用時間來驗證是非對錯的提議。
但對文武關係一事他表現出了強硬的堅持，他堅持認為文官必須管著武將，至少要有壓制住同級別武將的權力。他的理由有兩點，一是武將手裡有兵，如果文官不能壓制住擁有這種不安定因素的武將，一旦產生破壞力就很難辦，必須要從源頭上加以控制。二是從朝廷安排上來說明，他指出文官要年齡與官職掛鉤是為了限制文官的野心，武將沒有年齡與官職掛鉤這一說，那麼他們的野心就有隨時膨脹的空間，從這點來說文官管著武將也是必須的。
天啟並沒有要求聖學院必須表態，前一陣只是讓劉宗周回去後找人仔細商議出一個萬全之策，但劉宗周和聖學院中其他人坐不住了。聖學院是什麼地方？是退休官員在一起總結經驗的地方，是博學大儒一起坐而論道的地方，劉宗周本人也是嚮往著能成為繼往開來的大儒。儒家講的是勞心者治人，這些退休官員也是幾十年如一日地身體力行著如何治人，如何明確文官和武將的關係就是要明確在某些時候應該由誰來治誰。
在聖學院中著書立說的都是自認有兩下子的人，有兩下子的意思就是他們在治人方面都很有經驗，個個都是治人專家。從某種意義上說治和整一個意思，因此這些治人專家也可以說成是整人專家。一看朝裡朝外的大官小官都在說朝廷應該如何做，這讓聖學院中的人感到很羞愧，剛登堂入室的毛頭小子都在大放厥詞，這讓以整人專家自居的聖學院中人情何以堪？
為了證明聖學院中人不是吃素的，劉宗周代表大家奮然上奏，由於洪承疇已經放棄了想要取消年齡與品級掛鉤的要求，所以劉宗周在奏章中針對文武關係一事做了具體分析和多種建議。
他首先從性格上分析了武將粗豪適合在邊陲以粗暴手段抗敵，文官柔弱細緻適合管理內部事務包括管理武將，但讓文官無條件壓制住武將也不妥，應該按軍事文官例將武將降品確立雙方關係。比如說四品文官可以跟三品武將分庭抗禮，對三品以下武將可以奉命管理。
然後劉宗周又以歷史事件為例，指出武將之所以會叛亂要麼是身邊沒有能壓制得住他的人，要麼是他能夠隨意掌握糧草和武器裝備，要麼是他在一個地方呆久了使朝廷的軍隊成為了他的私兵，要麼是他的駐紮地周圍沒有能與之抗衡的武裝力量，這些都可能使一個武將的野心不受控制地膨脹。
針對這些原因劉宗周建議一要在軍隊中派駐常駐監軍貼身監督帶兵將領，二要讓文官管理糧草和武器裝備尊上命按時、按地、按量發放不得輕給，三要定期換將讓將領與士兵無法建立私人關係，四要讓守備部隊和野戰部隊分開讓不同將領統轄互相監督。
針對最後一個將在外君命有所不受的問題，劉宗周說將領要執行上級的命令，但是也可以根據具體情況自行決斷，但如果自行決斷的命令與上級的命令有出入，這個自行決斷下達的命令必須由將領和監軍兩人同時簽署才有效力。
到這時文武關係之爭才算告一段落，而此時都已經是三月下旬了。天啟從頭到尾細看了每一份奏報，但到了最後他也不是很滿意，因為他想到一個問題，努兒哈赤和各地土司都很能打，他們是怎麼處理謀士和武將之間的關係呢？
這天中午吃飯，天啟先跟皇后談論了幾天後給信王選妃的事，說信王的幾個師傅都很稱職，黃尊素和錢謙益因為本身是信王府的左、右長史，他們在空餘時間對信王府的修建和修飾都給了很多好建議。在學業方面經過半年多的學習信王已經學了很多，處理起政務來也是非常老練，等信王成親後文震孟不再給信王授課回都察院專任御史，黃尊素和錢謙益就留在信王府方便信王咨詢，等朝廷有合適位置也可以推薦他們出來做事。
說著說著天上就下起了稀漓漓的春雨，皇后說：「知道皇上中午在這吃飯，臣妾特意派人告訴馮選侍和衛選侍讓她們吃完飯過來一趟，現在天上下雨了不知道她們身邊的人有沒有帶雨具，會不會淋著她們？」
天啟問道：「你叫她們來做什麼？看雨景說情話我們兩個就夠了，人多了反而說不出口的。」
皇后笑道：「都老夫老妻了還說什麼情話？臣妾叫她們來是想起這一個月來皇上都在關心朝中的事，不知道最後怎麼樣了讓她們說說臣妾也可以長點見識。」
天啟說：「她們兩個這一陣一直在一起嗎？」
皇后說：「是啊，說起來也怪，張春英和劉三浪是從小長大的人，周青周碧是兩姐妹，這兩對在一起玩還說得通，這衛笑蘭和馮思琴怎麼會攪到一起去的呢？再說她們一個有頭腦一個會武藝也挨不著啊。」
天啟笑著說：「這事朕明白，因為她們都是有心結的人，馮思琴心裡可能還對家人有怨氣，衛笑蘭的父母親都沒找到，外祖家因為從賊造反也都死光了，她兩人在一起玩算是同病相憐。」
皇后驚訝地問：「不是說衛笑蘭的父母親都逃出來了嗎？怎麼還沒找到？」
天啟說：「前一陣楊公春報告說錦衣衛專門去查過，不過都過了好幾年已經不好找了，聽說她父母開始是隨秦良玉平亂，後來又到哪裡去了就不清楚了，只有等一切安定了再說。」