軍務院在二十二日當天就制定並下發了關於遼東作戰的草案，第二天就送到了遼東前線並說明只作參考，如有不同意見立即上報。遼東督師高第在臘月二十四召開了軍事會議，文官有經略熊廷弼、巡撫王化貞、寧前道袁崇煥、御史監軍黃道周和御史監軍盧象升，武將有山海關總兵馬世龍、寧遠總兵滿桂，還有副將趙率教、副將朱梅、參將張靜安，幾個游擊祖大壽、何可綱、曹文詔、左良玉等人也一起來旁聽。
雖說是軍事會議人來得也多，但因為大明一貫是以文制武，所以會場就成了幾個文官的表演場地，武將們一個個眼觀鼻鼻觀心不動如山，因為他們知道講道理是自己的弱項還不如閉上嘴巴養神。而在幾個文官中，熊廷弼和王化貞雖然職位高但因為是敗軍失地之人所以也不怎麼講話，知道自己說出來的話別人未必肯聽，如果據理力爭別人只需要問一句話：『你這麼厲害當年怎麼敗得那麼慘？』自己只有掩面而走的份。
這樣一來軍事會議就成了督師高第跟寧前道袁崇煥之間的交流了，高第首先安排了三萬守軍的職責。以前的遼東軍隊雖然有十幾萬，但老兵油子多還有怕打仗的膽小之人，加上還有思鄉的客兵整個軍隊的戰鬥力那是相當的低下。根據軍務院的要求幾月前遣返了客兵並從十幾萬人中挑選出願戰敢戰的二萬五千人組建了一萬騎兵，還有山地步兵、陸戰水師和車營各五千，又再挑選了不懼怕據城堅守的守城兵三萬，這三萬人雖不是十分勇敢但至少不會一見敵人就跑。
在高第的安排中馬世龍帶一萬人守山海關，熊廷弼帶一萬人由參將張靜安協助守寧遠關，袁崇煥帶一萬人由總兵滿桂協助守寧遠城，這些大家都沒有意見。但是在安排那二萬五千機動部隊時袁崇煥提出了不同意見並與高第發生了爭執。
高第說道：「軍務院的安排是五千山地步兵營巡守窟窿山以西地段，那兒雖有邊牆箭塔外面敵人的騎兵也不好走，但地段長約有七八里，萬一遇到敵人棄馬翻越邊牆過來也是麻煩事。」
剛說完第一句袁崇煥就不同意，他說：「那裡箭塔密集，根本不需要人巡守，就算敵人翻越過來也沒多大用處，只要敵人的騎兵進不來沒必要管，這五千人應該進寧遠城協助守城，現在城裡只有一萬人太少。」
高第說：「寧遠城北門外排著十幾列月字關城根本不需要費多大心，東面地勢狹窄且高低不平不利於敵人馬隊，只有南門空曠但有一萬騎兵和車營、水師陸戰營各五千，加城內一萬人共三萬人內外配合你還有什麼不放心的？」
袁崇煥說：「趙率教那裡有四萬後備隊，分一半進城防守才讓人放心，現寧遠城內積攢了近百萬石糧草，一旦城破五年內大家都沒得吃，現在開始又沒有了軍餉，沒吃的不用敵人打大家就得完蛋。」
高第帶著嘲諷的笑容說：「那四萬人就是些只會種田修城的膽小鬼，敵人來了跑得比誰都快，你要他們進城不怕他們逃跑？他們逃跑後連城門都會忘了順手給你關上的。軍務院的意思是讓他們進月字關城，那是他們的家，老婆孩子都在裡面他們總得想辦法保護老婆孩子吧？」
袁崇煥也輕蔑地說：「什麼月字關城？就是住兵帶住家屬的火墩，只不過是在外面包了層牆而已，不知是哪個腦袋發熱想出來的，勞民傷財修那些還不如把城修結實些。」
聽了袁崇煥的抱怨，高第不但沒有生氣反而露出了微笑，順著袁崇煥說道：「看來袁大人對修建月字關城有看法，繼續說說有什麼不對，本官怎麼覺得這月字關城是一大創舉呢？」
袁崇煥輕咳了一聲正準備對月字關城的修建從頭到腳內內外外全方位通批一番，猛然發現很多人都饒有興趣地看著他，有幾個跟他平時不對付的人更是露出了幸災樂禍的笑容，他也不是缺乏智慧的人，當場就啞住口沒說話在那兒琢磨高第的話是什麼意思。
這時，黃道周輕輕地看了他一眼冷冷地說道：「袁大人請慎言，這月字關城是皇上的創意軍務院全體同意的，下官在軍務院呆了雖然沒多久，但從沒發現皇上腦袋發熱就決定什麼事。」
袁崇煥一聽不由得心頭大怒，看了高第一眼心想：「媽的你個死高老頭敢陰我，引誘老子說皇上壞話，真不是個東西。」轉眼看著黃道周真誠地說：「在下失言，多謝黃大人提醒，不知道黃大人對這些安排有什麼好建議？」
黃道周說：「下官在軍務院中聽皇上多次提醒我們不要跟敵人死拼，每次戰鬥都要用強戰弱。根據皇上的意旨本官以為應該用三千騎兵去巡守寧遠關西面窟窿山後的邊牆，袁大人開始說敵人的步兵進來了也不可怕，但是如果敵人站穩腳跟再把路修好騎兵一進來就完了，在那種地形只要我方有三千騎兵在，無論敵人翻牆進來多少都是菜。」
見高第和袁崇煥都點頭同意，黃道周又說道：「下官這一陣仔細去看過，敵人從寧遠關是進不來的，最有可能的進攻方向是從海邊經寧遠城東邊過來，那裡地勢狹窄可以用騎兵和車營堵在那裡，再命令水師陸戰營在海上由東向西夾擊就沒問題。」
高第說：「軍務院的意思是水師陸戰營應該進城防守，怕海上一結冰損失就大了。」
袁崇煥說：「五千人進城當然好，不進城也可以在覺華島堅守待機出擊，就算海面結冰也可以鑿冰為壕阻擋敵人。」
高第說道：「總之是可用之兵太少，命令東江的毛文龍及時出兵牽制才有把握。」
袁崇煥歎了口氣說：「毛文龍不聽節制，嘴裡答應得好但讓他把將領名單和士兵數一併報過來都一拖再拖。」
高第眨了眨眼睛說：「那怎麼辦？軍務院等著聽信呢。」
袁崇煥笑了笑說：「咱們這裡把方案報上去，並告知軍務院情況，讓毛文龍自己在年前上報，就跟我們沒關係了。」
高第說：「也只有這樣了。」
軍務院在臘月二十六接到遼東前線的修改方案，對袁崇煥再次提出守覺華島感到鬱悶，但更生氣毛文龍不理不睬的態度，商議了一陣決定還是報給天啟讓他定奪。天啟聽了馮選侍的話後很有感觸，覺得自己就是操心太多管得太細，也沒見軍務院的人讓他們自己商議，過完年聽有什麼新情報再說。
一轉眼就過了年，這十天來大家都放假休息，因為有戰事所以不許大家回老家，只允許大家在京中的家裡睡睡懶覺，天啟有時陪春英在一起聽她用破嗓子唱爛歌，聽久了也覺得有意思；有時聽聽馮思琴說說往事或對將來的籌劃，也甚是省心；更多的時候是陪皇后她們打麻將，看到一貫慵懶的皇后認真算牌的樣子，天啟覺得麻將真是個好東西。
正月初六，軍務院再次接到來自皮島的情報，說敵人出兵進犯已經是鐵定的事，估計有八萬左右出發就在這幾天。這時毛文龍的報告也來了，他在報告裡首先對登萊巡撫對東江軍的掣肘和壓製表示了氣憤，也再次強調了缺糧缺餉等實際困難，聲言如果糧餉問題沒有得到徹底解決前恐怕不能及時出兵。