1944年1月中旬，陸軍部特使弗雷德裡克·奧斯本陸軍准將奉命到西南太平洋戰區進行視察。麥克阿瑟特別撰寫了一份報告，讓奧斯本准將交給陸軍部長亨利·**生，並由**生再轉呈給羅斯福總統。在這份報告之中，麥克阿瑟大肆吹噓自己的軍事指揮才能，他說只要他擁有太平洋海、陸軍部隊的指揮權，他就有信心使他的部隊在1944年年底攻佔棉蘭老島，報告之中明顯地透露著他想要從海軍手裡面搶過指揮權的意圖：「假如能夠正確指揮的話，那麼太平洋的現有兵力就已經足夠了，我現在只需要指揮權。我並不想指揮海軍，但是卻必須適當引導他們的戰略，並能夠在向菲律賓群島挺進的艱難跋涉之中，在必要時要求海軍助一臂之力……海軍的正面進攻，如塔拉瓦環礁之戰，是極其可悲的，造成了無謂的犧牲。海軍對於太平洋戰場形勢缺乏瞭解，不承認第一步應當由陸軍建立岸基航空兵保護網之後，海軍艦隊才能投入戰鬥。羅斯福總統是海軍派，但是部長先生您應該跟他談談，盡量去說服他把太平洋戰爭的中心指揮權交給我，我保證在10個月之內拿下菲律賓。」
麥克阿瑟的這份報告在傳開之後自然而然地引起了海軍方面的震怒，許多海軍將領紛紛指責麥克阿瑟不知羞恥，狂妄至極。海軍作戰部長金上將忿忿不平地說道：「一個丟城失地的將軍竟然有臉羞辱海軍，塔拉瓦島之戰即使傷亡大了一些，但是畢竟贏了，而麥克阿瑟丟失的地區卻還在日本人的魔掌之下，溫賴特將軍（在麥克阿瑟逃往澳大利亞之後接替駐菲律賓美軍總司令職務）以及近萬名美軍官兵還被囚禁在敵人的戰俘營之中。」
1月下旬的時候，中太平洋戰區和西南太平洋戰區在珍珠港舉行了一次聯席會議，不過狂妄自大的麥克阿瑟當然是不屑於出席這樣的會議，只是派出了自己手下的西南太平洋戰區參謀長理查德?薩瑟蘭陸軍中將、西南太平洋戰區航空兵司令喬治?肯尼陸軍中將、第7艦隊司令托馬斯?金凱德海軍中將等人參加會議。西南太平洋戰區的幾位代表根據麥克阿瑟的意圖提出建議，希望尼米茲將軍在拿下馬紹爾群島之後，放棄中太平洋攻勢，集中力量和西南太平洋戰區攜手沿新幾內亞島海岸向菲律賓挺進。
薩瑟蘭中將向尼米茲將軍簡明扼要地闡述道：「塔拉瓦島之戰的沉重代價完全是由於缺少岸基航空兵的支援掩護所造成的，如果中太平洋戰區的部隊在攻克馬紹爾群島之後，把主力調到西南太平洋戰區，協同我們攻克新幾內亞島、卡伊群島、哈馬黑拉島、卡爾卡拉隆群島、棉蘭老島，直至解放整個菲律賓，建立起強大的岸基航空兵基地，然後再攻取中太平洋上面的諸島，如此一來就可以有效減少損失。我希望將軍能夠認真考慮我們的意見，把所有的人力和物力都集中到西南太平洋上面。」
應該說，西南太平洋戰區的這種建議在理論上很具有說服力，尼米茲將軍的參謀人員也指出，中太平洋作戰計劃中對有日軍重兵把守的馬裡亞納群島的進攻，但是由於得不到岸基航空兵的支援掩護，所以很可能會比塔拉瓦島之戰還要更加殘酷。而且即將出任太平洋艦隊兼太平洋戰區副總司令的尼古拉斯?托爾斯海軍中將，也向尼米茲將軍提交了一份關於反對進攻馬裡亞納群島的備忘錄，在這份備忘錄之中，托爾斯中將建議太平洋艦隊繞過防禦堅固的大多數中太平洋島嶼，而直接向阿德默勒爾蒂群島、帕勞群島和菲律賓方向進攻。這也就是說，托爾斯中將幾乎完全同意西南太平洋戰區代表提出的意見，把兩個戰區的作戰計劃密切聯繫起來。
尼米茲將軍最後終於被說服了，他改變了自己原來的看法，原則上同意了西南太平洋戰區代表提出的建議，不過他指出作戰計劃需要參謀長聯席會議批准之後才能執行。
薩瑟蘭中將在聯席會議結束之後立刻返回西南太平洋戰區司令部，向麥克阿瑟報告了會議結果，麥克阿瑟聽完報告之後，雖然已經對會議結果感到非常滿意，但是他仍然還是大大咧咧地說道：「不，理查德，這還不夠，還應該把現有的b－29轟炸機都調到我們這裡來，把所有的海軍部隊都置於我的指揮之下，最好還要有一支英國皇家海軍的特混艦隊歸我管轄。理查德，你立刻動身前往華盛頓，把我的意見反映給參謀長聯席會議。」
薩瑟蘭中將目瞪口呆地看著麥克阿瑟，簡直以為他已經瘋了，麥克阿瑟這等於是要當整個太平洋戰區的最高統帥。如果真的按照麥克阿瑟的要求全面移交部隊，那麼就等於變相地解除尼米茲將軍的職務了，在戰爭期間，參謀長聯席會議怎麼能夠同意如此大規模的指揮權轉移呢。薩瑟蘭中將猶豫一下，開口說道：「將軍閣下，這樣做是否太過分了？」
麥克阿瑟不以為然地揮著他的玉米芯煙斗說道：「你儘管去好了，我不懂什麼過分不過分，我只知道需要挽回屬於美利堅的榮譽。」
驕橫自負的麥克阿瑟似乎根本沒有想到過自己的要求會被拒絕，當他向幾天之後來訪的第3艦隊司令哈爾西上將談起這件事情的時候，那口氣就好像他已經是太平洋戰區的最高統帥了。麥克阿瑟得意洋洋地對哈爾西說道：「比爾（哈爾西上將的暱稱），我要告訴你一些你可能還不知道的事情，參謀長聯席會議將調給我一支完全由我指揮的大艦隊。」
哈爾西上將疑惑地望著麥克阿瑟不解地問道：「什麼大艦隊？」
「就是整個太平洋戰區的海軍艦隊。」麥克阿瑟看了一眼哈爾西上將越來越驚訝的表情，更加得意地說道：「我還要告訴你，英國人也要調一支艦隊給我。不過，我希望海軍的作戰都要由我們美國人來指揮，無論由誰來指揮，他的職位都要比英國人高，至少也得同級。比爾，你來干怎麼樣？如果你跟著我干，我將使你成為一個連納爾遜也不曾夢想過的偉人！」
哈爾西上將聽到麥克阿瑟如此狂妄自大的口氣，不禁暗自為他擔心，因為哈爾西上將剛剛從華盛頓回來，他知道海軍作戰部長金上將肯定不會同意麥克阿瑟的這個過分要求。因此，哈爾西上將對於麥克阿瑟的好意除了感到「榮幸」之外，就再也沒有其它表示。
果然不出哈爾西上將所料，繞過馬裡亞納群島，集中力量攻打菲律賓的作戰方案遭到了金上將的強烈反對。在給尼米茲將軍的信中，金上將這樣寫道：「在我看來，把沿新幾內亞島海岸通過哈馬黑拉島、棉蘭老島直穿菲律賓到呂宋島去消滅日軍，作為我們主要的戰略方針，而不考慮掃清中太平洋到菲律賓之間的交通線，那是極其荒謬的，而且這也不符合參謀長聯席會議決議的精神。」
其實，這時候的尼米茲將軍也在為自己在那次會議上的表態而感到後悔。尼米茲將軍之所以在聯席會議上面同意將新幾內亞島——棉蘭老島作為主要進攻路線的原因，就是擔心從中太平洋進攻會遭受重大傷亡，但是在會議結束之後不久斯普魯恩斯中將便指揮第5艦隊輕取馬紹爾群島，以傷亡2600餘人的代價，擊斃日本海軍第6巡防區司令秋山門造海軍少將以下1.1萬餘人，生俘300餘人。消息傳來，尼米茲將軍感到特別歡欣鼓舞，於是他又拿起地圖看了看，取捷徑直接跨過中太平洋發動攻勢的想法又在他腦子裡面浮現了出來，即使還得攻打馬裡亞納群島也在所不惜。就這樣，尼米茲將軍和金上將這兩個人的想法再次一拍即合，把麥克阿瑟的如意算盤又給打亂了。
麥克阿瑟得知尼米茲將軍變卦，頓時勃然大怒，他認為尼米茲將軍出爾反爾，簡直就是在戲弄他。一向眼高於頂的麥克阿瑟怎麼可能嚥得下這樣一口惡氣，他正準備上書馬歇爾上將告狀，沒想到又接到參謀長聯席會議發來的電報，要求他把剛剛攻佔的阿德默勒爾蒂群島改造成為供尼米茲將軍的第5艦隊和他的第7艦隊共同使用的海空基地。面對這樣的要求，麥克阿瑟頓時火冒三丈，直接把電報扔在了地上。
麥克阿瑟本來就對尼米茲將軍的變卦耿耿於懷，現在又看到尼米茲將軍想要從他手裡面奪走阿德默勒爾蒂群島，於是認定尼米茲將軍居心不良，想要侵佔他的地盤。麥克阿瑟寫信給馬歇爾上將表示抗議，指責尼米茲將軍建議參謀長聯席會議讓他交出阿德默勒爾蒂群島損害了他的「個人榮譽」，侵犯了他的完整指揮權，他要求盡早批准他親自去向陸軍部長**生和羅斯福總統陳述意見。
馬歇爾上將接到麥克阿瑟的來信，覺得太平洋戰場上面陸海軍的分歧已經到了非解決不可的時候了，他首先回信安慰麥克阿瑟：「除非你自己放棄指揮權，否則在你地區內的所有基地設施都歸你指揮，你在指揮上的完整性和個人的面子都沒有問題。如果你想晉見陸軍部長和總統談談這個問題或者其他問題，我也隨時都可以為你安排。」
為了解決麥克阿瑟和尼米茲將軍之間的分歧，參謀長聯席會議決定召回他們兩個人，到華盛頓討論下一步的戰略決策，確定進攻日本的最佳路線。麥克阿瑟接到開會通知之後，認為參謀長聯席會議偏袒尼米茲將軍，於是便以前線戰事緊張，自己身為主帥不能擅離職守為借口，只是委派了他的參謀長理查德?薩瑟蘭陸軍中將全權代表他出席會議。
這次參謀長聯席會議的主要議題就是關於美軍如何進入呂宋——台灣——中國大陸這個三角圈的戰略問題。薩瑟蘭中將在會議上面詳細闡述了麥克阿瑟的意見，他說：「通往呂宋島的路線是戰略上最好的路線，因為只有這條路線才是從西南太平洋戰區打到日本最直接的路線。麥克阿瑟將軍個人以及整個美國都受惠於菲律賓人，因此應當像償還信用債務那樣盡可能快地解放菲律賓，以報答含辛茹苦的菲律賓人民長期以來對美國的耿耿忠心，報答他們在戰爭初期所作出的犧牲以及他們不屈不撓地抵抗日本佔領的抗爭精神。麥克阿瑟將軍曾經發誓一定要打回菲律賓，他認為，如果美國在擁有足夠資源並且處於可以援助菲律賓的戰略地位時不去援救忠誠的菲律賓人的話，那麼美國在整個東方的威信就要受到無可挽回的損失。如果繞過菲律賓而讓菲律賓人自己解放自己，那麼美國將理所當然地永遠無權再次得到他們的友誼。」
但是海軍方面則認為台灣是一個比呂宋島更好的會合地點，它既可以封住日本和荷屬東印度群島之間的瓶頸口，又可以充當踏上整個中國海岸的墊腳石。金上將贊成攻佔台灣和中國大陸的沿海港口計劃，他直截了當地指出：「從菲律賓出發進攻日本本土沒有什麼優勢。」
出席參謀長聯席會議的大部分美軍高級將領都被麥克阿瑟拒絕參加會議的傲慢態度所激怒，幾乎一致同意優先考慮中太平洋進攻路線，而西南太平洋戰區的行動則應該與之配合並給予必要的支持。
由於薩瑟蘭中將和尼米茲將軍雙方各執己見，誰也不肯讓步，參謀長聯席會議接連開了幾天也沒有什麼實質性結果，目前看來除了讓陸軍和海軍各行其是之外，似乎沒有什麼良計妙策可以平衡陸海軍雙方的利益。麥克阿瑟過於自負，而就他本人在美國民眾和政界所受的歡迎而言，他又是一個強有力的人物，他不甘心自己被置於海軍將領的領導之下，而尼米茲將軍也拒絕把自己最心愛的航母艦隊交給一位陸軍將領指揮。