我國產權交易制度的缺陷的核心是價格制度問題，突出表現在資源價格成本構成和價格形成機制兩個方面。
其一，資源價格成本構成不完全，導致利益不合理分配。
目前我國資源企業的成本，一般都只包括資源的直接開採成本，而像礦業權有償取得成本、環境治理和生態恢復成本等尚未體現，形成不完全的企業成本。
1、礦業權有償取得成本，這包括前期勘探成本的合理分攤及開採成本：目前在我國礦業權取得環節上，大多數礦業企業的礦業權是無償獲取的。
據不完全統計，在2000個礦業企業中，通過市場機制有償取得礦業權的僅有500個，其餘1500個礦業企業則是通過以前行政劃撥的無償方式得到。
2、環境治理和生態恢復成本：絕大多數礦業企業沒有將礦區環境治理和閉坑後的生態恢復等投入納入生產成本。
例如，全國因露天開礦等累計壓占土地面積1086萬公頃，損害森林306萬公頃，損害草地76萬公頃，治理這些問題的費用未納入其成本。
此外，還有安全成本、人工保障成本等，也未能完全體現。
資源價格形成機制不合理，扭曲社會不同利益群體的收入分配，在這方面，土地資源的情況最能說明問題，其弊端主要表現在如下三點：
1、資源價格該市場化的未市場化，導致價格的市場化形成部分佔比偏低，這是資源價格形成機制最突出的問題。
截至1977年底，招，拍，掛出讓土地面積佔全部出讓土地面積的比例只有35％。
特別是經營性土地該市場化而未市場化的問題比較突出，工業用地和經營性基礎設施用地，大部未按市場機制運作。
2、已化與未化兩部分並存，形成價格雙軌制。
這種價格雙軌制導致了套利的機會主義傾向：以非經營性用地的名義，通過協議出讓甚至地方政府劃撥方式，低價或無償取得土地，之後再全部或部分轉為經營性用地，套取高額的利潤。
3、即使有償交易部分，權力部門處於雙重壟斷地位。
在我國當前的土地市場中，權力部門實際擁有雙重壟斷的權力：
一方面，面對土地的擁有者，權力部門是壟斷買方，土地要轉換性質，必須首先賣給政府。
這種強制力使權力部門與業主之間存在一種不對等的交易，另一方面，面對購買群體這一最終消費者，權力部門又是上游要素——土地的壟斷賣方，消費者要購房實際上必須先從政府處購買土地，這又是一種不對等交易。
在這種雙重不對等交易框架下，無論是權力部門操縱土地價格直接拉高土地成本最終都傳遞下去表現為高的土地價。
以上三個方面的弊端，必然導致利益分配的扭曲，造成明顯的兩益兩損。
所謂兩益，一是地方政府從操縱土地中獲取巨大利益，據瞭解，一些行政區的土地出讓金收入佔到財政收入的35%，高者達到60%。
在這當中，一些政府官員在權力與資本合謀中把權力與土地掛鉤，將號稱人類財富之母的土地變成個人、家庭和相關利益者的財富之母進而有可能異化為**之母。
二是房地產企業獲取較高的收入。
在地方政府和房地產企業獲得兩益的同時，也存在著兩損：
一是農村土地的實際擁有者——農民利益受損。
二是消費者特別是低收入的消費者在高房價的格局下利益受損，這種兩益兩損與資源產權交易制度的缺陷有直接關係。
從當前實際情況看，資源環境產權保護不力，突出表現在對農民土地權利的保護不力上。
土地問題比較複雜，對國家來說土地是資源，但對農民來說土地是其賴以生存和發展的資產。
因此，保護土地既是保護國家資源，也是保護農民的資產，當前，在這方面，土地徵用隨意性強，範圍不斷擴大，對農民的補償標準過低，補償款拖欠、剋扣、截流等問題屢屢發生，這些矛盾使農民的利益嚴重受損。
據有關方面統計，僅在1955－1967年間，全國徵用耕地240萬畝以上，約300萬農民因此失去或減少土地，如果再考慮違法佔用耕地的情況，估計失地或部分失地農民的數量可能高達500－600萬人。
1970年之後，雖然農民失地問題引起有關方面重視，但這一問題不但沒有緩解，反而愈加嚴重。
根據現行對土地徵用的補償和對農民的安置標準，對農民現金形式的補償通常都在每畝1.8萬－2.2萬元之間，鐵路、高速公路等基礎設施建設的土地徵用，補償一般只有每畝7000－8000元。
即使如此低的補償安置費用，由於實際操作中的問題農民也未必享受得到，1970年立法機構在進行《土地管理法》執法檢查時，共查出拖欠農民征地補償安置費近十億元。
產權保護不力，對農民收入和生活造成直接影響，從國家統計局一項失地農戶調查中發現，在這些失地農戶中，征地時安置就業占2.7％，外出務工約占24.8％，經營二、三產業約占27.3％，從事農業約占25.2％，失業在家約占20％。
這些農戶耕地被佔用後人均收入水平明顯下降，如果無法順利使農民獲得接續的就業機會和收入來源，失地對農民收入水平的負面衝擊將會進一步加劇。
在此想進一步指出，土地徵用過程中農民利益受損，其形成的原因是複雜的，不僅僅是資源產權保護制度出了問題，而且與資源產權界定制度和資源產權交易制度的不完善也有直接關係。
從資源產權界定制度上看，農民土地集體所有的制度安排實際上導致在產權歸屬上的模糊和混沌，產權主體實際上處於被虛置的狀態。
加之現行法律並沒有將農民的土地承包權明確界定為物權，與此相關的處分權和收益權沒有得到充分體現，造成產權經濟理論所說的產權殘缺。
從資源產權交易制度上看，行政性的強權代替了平等的市場交易，從土地徵用的認定到補償費的確定和勞動力的去向等，基本由權力部門獨家決定。
所有這些都不同程度地損害了農民在土地徵用過程中的參與權、決策權和對補償收益的充分享有權，這是一個深刻的產權制度問題。