在抵擋住黑暗核心的入侵之後，記憶組又生成了另一種細胞。這種細胞體形微小，只有正常細胞的一半。它表體灰白，核心帶有一點暗金的顏色。這些是攻擊細胞，如果將記憶組生成的細胞視為一支軍隊，那麼這些攻擊型細胞便是軍隊的前鋒。
它們被打量製造出來之後，便拉出幾道鋒線朝入侵者攻去。這些細胞在血管中迅速地殺進入侵者的陣營，它們往往兩三個細胞一起鑽進核心細胞裡，接著外層的胞衣融解，裡層的暗金核心突然炸開。三兩核心一起爆炸，產生的震盪將入侵者瞬間震成了粉末。
這些攻擊型細胞就像是敢死隊一樣，它們由記憶組不斷生成，接著一**湧進了入侵者的陣地。於是零的皮膚上，那些暗黑的紋路漸漸往下消退。
在製造出攻擊型細胞後，記憶組又增加了另一種細胞。這種細胞是暗紅色的，表面生長著無數細微的觸鬚，它會遊走在攻擊細胞和入侵者的戰場。跟著觸鬚湧動，捕捉著攻擊細胞核心爆炸後的殘片。當捕獲四到五塊殘片之後，這種細胞就會分裂。
它會分裂出三到四個攻擊型細胞，這些暗紅細胞就像戰場上的醫療兵。回收著攻擊細胞的殘片，然後分裂出新的細胞來。如此一來，攻擊細胞的數量立刻提升了一個量級，且仍在不斷增多。
由記憶組生成的細胞種類不同，分工不同。它們就如同一支訓練有素的軍隊，各兵種間互相配合。防禦、衝殺、救護一切井井有條。相比之下，黑暗核心的入侵細胞更像是一支野軍。它們只有瘋狂的進攻，卻沒有戰術，更沒有團隊配合。
在這樣的情況下，這場細胞層面的戰鬥裡，入侵者漸漸處於不利的局面。黑暗核心的入侵細胞不斷被消滅，每消滅一個細胞，對它來說就是一種損失。可能這種損失起初時微乎其微，但隨著戰鬥的發展，當損失的細胞數量達到一個量級的時候，對黑暗核心便是巨大的創傷。
黑暗核心開始收縮入侵細胞，它們集中到幾個區域，而不再分散到各道血管中，自然是想和記憶組的細胞軍團來場大會戰。黑暗核心的入侵細胞毫無疑問是極為強大的，它們充滿了侵略性和攻擊性，就像是一架架低空呼嘯飛掠的轟炸機，所到之處，普通的細胞根本沒有還手之力。
就目前而言，還沒有哪種生命的細胞可以強橫到抵抗黑暗核心的入侵細胸。
可惜這次它撞上了鐵板，零激活的記憶組能夠生成各種物質。記憶組最擅長的就是當零的身體受到損害的時候，會自動記錄其損傷並且迅速建立起來一套針對的防禦機制。如此一來，若無法在短時間內摧毀零，那麼零就能夠不斷進化。理論上來說，零甚至可以進行星際旅行，如果他的身體能夠強橫到進入外太空而一段時間不死的話，記憶組完全能夠將其改造出適合外層空間生存的狀態。
因此，黑暗核心的細胞雖然強橫，卻還不至於令記憶組束手無措。
當黑暗核心擺出決戰的格局時，記憶組也不客氣。它們又生成了第四種細胞，這種細胞和入侵者很相似，都是渾身冒刺。只是它呈暗金色，一出現，便混在攻擊細胞中殺進了入侵者的陣列裡。新的暗金細胞攻擊性十分明顯，它們一接近入侵細胞，就會狠狠撞在一起。
接著胞衣外層的暗金針刺會扎進入侵者體內，接著一縷暗金色的光芒便會侵入核心細胞之中，入侵細胞會迅速被這團金光佔滿。當那暗金色的光芒充斥細胞每個角落時，入侵細胞便這麼給改造了過來。
這第四種細胞，其中已經被記憶組寫入了當初那些傳播者細胞的基因片斷。它們具備將自己的特徵傳播給其它細胞，並迅速將之斥反，化為同類的能力。如此一來，一片片的金色波紋在入侵者細胞中擴散。每一秒鐘，都有無以數計的入侵細胞被斥反。而臨陣倒戈的入侵細胞，又會進一步擴散。
到了這個時候，黑暗核心已經節節敗退。它的入侵細胞戰損已經達到了無法接受的程度，即使這些細胞合攏重新還原為黑暗核心，也會出現一些無法彌補的損傷。黑暗核心開始打退堂鼓，分出一部分入侵細胞抵抗著記憶組的細胞軍團，剩下的則開始退卻。
但很快的，黑暗核心發現這個算盤也打不響。那些防禦細胞不知何時已經悄然繞到入侵細胞的後方，和前面的幾種細胞一起包圍了戰場。這些防禦細胞的攻擊性雖然差了些，可入侵細胞卻無法打破由它們構成的防線。而前方的鋒線上，大片的金色正如同潮水呼嘯而至，於是零的腦海裡聽到了一聲尖叫。
那聲音裡，分明帶著恐懼的味道。
原來黑暗核心也會害怕，或許說它從普羅休斯體內分離之後，為了適應環境而不得不進化出自我意識。如此一來，雖然可以自主進化，但有了意識，便也會擁有類似生物的情緒。那是生命與生俱來的本能，就連黑暗核心也不例外。或許它化身成黑暗之神後，壓根沒想到有一天會逼上這樣的絕境。
戰鬥仍在繼續，記憶組的細胞軍團已經開始收縮戰線，入侵者全數被殲滅只是時間上的問題。黑暗核心同樣意識到這個問題，它似是下了一個決定，接著零的腦海中響起一個低沉，略帶匆促的聲音：「我投降！我可以放棄抵抗，甚至開放我的意志。你將成為我的主人而非宿主，只要你不毀滅我，你會得到更為強大的力量。」
不得不說，這是一個十分誘惑的提議。黑暗核心作為普羅修斯的動力源泉，其價值絕非普通的生物器官所能夠衡量。試想想，即便只是得到它用支配者偽裝成的種子，像莫妮這種只是擁有潛力的人類都可以一躍成為九階強者。那麼得到完整的黑暗核心，零說不定能夠一步跨進十二階，甚至更高的層次！
可這個想法才剛升起，就立刻被零掐滅。若是其它性質的東西，零或許會賭一把。可這是黑暗核心，天知道它會不會給自己留下什麼後門。到時候無法成為它的主人，反而淪為宿主，那就可悲了。
力量固然重要，但來自於自己的力量無論何時都要保險一些。零咬牙，在腦海裡回應道：「我拒絕！」
他的意志被記憶組忠實地執行，細胞軍團加大了殲滅的力度，一時間，入侵細胞的陣線隱有崩潰之勢。黑暗核心突然收攏了所有細胞，它們集合在一起，飛快地重組回原先稜形晶石的模樣，而不再以細胞的形態出現。同時，稜形晶石的表面噴出一圈淡淡的黑焰，這是防禦性能全開的表現。
在這樣的狀態下，黑暗核心不會那麼容易被吞噬掉，還有機會逃出零的體內。只是記憶組似乎不打算讓它如願以償，無以數計的金色細胞一擁而上，它們撞上黑暗核心的時候就會被那外層的火焰燒成了灰。可金色細胞實在太多了，除卻之前記憶組自行生產的之外，其中有一小半來自於被同化的入侵細胞。
如此一來，零的血管中充斥著大片的金色。它們就像悍不畏死的小兵，前撲後繼地衝擊著黑暗核心。在金色細胞的不斷衝擊之下，黑暗核心外層那圈火焰越來越淡，到最終完全熄滅。沒有了火焰的保護，金色細胞開始進攻黑暗核心的本體。
它們那些金色的尖刺每次只能在黑暗核心的表面開出一個幾乎無法察覺的缺口，而且金刺一旦進入黑暗核心之中，就會被核心深處散發的一陣震盪性力場所震爆，然後核心會分泌出一種漆黑的物質將缺口補上。只是金色細胞的數量太多，多到足以迅速消耗核心能量的程度。
到了這時，黑暗核心已經到了強弩之末。只能被動地防禦著金色細胞的入侵，當金色細胞耗損了三分之二的時候，黑暗核心的表面已經千瘡百孔，它甚至已經沒有力量去修補缺口，只能將能量緊縮到中心處。而這個時候，金色細胞開始將自己的基因片斷傳播進黑暗核心裡，試圖改變其基因，使之同化。
這是前所末有的事，就連零也不知道，一旦同化成功，那麼黑暗核心會變成什麼東西？這個問題沒有人能夠知道，隨著金色細胞的不斷進攻，它們同時也為記憶組截取了黑暗核心的基因片斷。零的大腦樞陣立刻運行起來，開始破譯黑暗核心。但從建立起來的數據模型來看，要完全破譯黑暗核心需要的時間不是一般的長，幾與破譯虛無的奧秘不相上下。
黑暗核心這時發生了變化，它的外層已經注滿了一圈金色，只有中心處仍是漆黑一團。它的自主意識似乎消失了，沒有再形成某種強烈的意志波動，只有純粹的於核心深處仍有能量的震盪感傳來。突然，核心外圍的一圈物質突然崩裂迸碎。
核心被磨去了稜角，如今只剩下指甲般大小的圓形晶體。這是黑暗核心最終，也是最純粹的物質，它已經還原到最初的形態，甚至比從普羅休斯體內被剝離出來的時候還要更加純粹！