不管王家兩兄弟最後的反應如何，「六扇門」的組建基本上便被確認了下來了，接下來就是和內閣以及刑部商量商量「六扇門」的經費、級別以及人數和具體的規章制度了。
第二天朱厚照在早朝上把組建「六扇門」的事情拋了出來試探一下群臣的反映，大出朱厚照的意料，在之前朱厚照還估計到時候肯定有很多的大臣要反對呢，就像當年錦衣衛組建的時候遭到了群臣集體反對一樣，但是沒想到朱厚照說出了要組建「六扇門」之後雖然還有一小部分的大臣反對，但是大部分的大臣卻是贊成了。
這也是朱厚照和大臣所在的角度不同，朱厚照身為皇上考慮問題的時候總是從自身的角度出發，「六扇門」的組建有很大程度上增加皇權的意味，皇權增加了那麼大臣的權力肯定要遭到削弱了，所以他以為一定會有很多人會反對組建「六扇門」的。
但是大臣們的想法卻和朱厚照有所不同，在大臣們看來一方面「六扇門」未來的面向的對象已經做出了限制了，就是一個專門負責管理江湖事物的機構並沒有插手朝堂的權力，現在大明這樣的機構還沒有，也就說它的組建並沒有直接削弱大臣的權勢，而是間接的可能會限制了大臣的權力，比如皇權增加了，那麼皇帝在和大臣對抗的時候砝碼便多了一個，獲勝的機會也就更大了。但是由於它不是直接削弱的。所以大臣們的感受並不明顯。甚至有一些人還感受不到。所以站出來反對的那一小波人都是感受到了未來的威脅的人之中的一些人。
但是這只是一種可能，萬事便是有利則有弊，什麼事情都不是絕對的，「六扇門」的組建有可能會讓皇權增加，但是同樣的操作得好了也有可能會增加大臣或者內閣的權力。「六扇門」屬於新組建的機構，那麼它的歸屬問題也就沒有確定而且也沒有太多的資料參考。它有可能直屬於皇帝，但並不是絕對，如果大臣們努力一點了也有可能把它歸屬到內部或者兵部、刑部等。那個部門得到了「六扇門」了那不就可能會增加自己的權力嗎。就像李東陽和謝遷兩人一聽說要組建「六扇門」了趕緊站出來支持，不就是打算著把它歸屬到內閣裡面嗎，到時候內閣便可以進一步增加自己的權力甚至徹底的壓倒六部。
當然這事是有著自己打算的人的想法。對於大部分的大臣來說他們支持組建「六扇門」的理由很簡單，就是因為他們認為現在朝廷確實有組建這樣的一個用來管理武林江湖的部門。這些年來江湖上越來越不太平，相互之間的衝突和仇殺也越來越多，這些大臣大都是文官。對於這種行為早就看不慣了，因此有個可以約束一下的部門也有好處。
想要把「六扇門」控制在手中的不在少數，朱厚照作為「六扇門」組建的提出者與規劃者當然希望能夠把這個部門把握在手中了，不過能不能如願就不一定了。而內閣的李東陽和謝遷也想要控制住「六扇門」，除此之外刑部、兵部甚至是吏部也都想要掌握了「六扇門」。
最後一番博弈，吏部最先被剔除，主要是大多數人認為吏部是掌管天下官員的陞遷呢，在加上一個這樣的有點江湖性質的機構有點不倫不類了。所以除了吏部的人之外其他的人十分一致的反對。
吏部被派出了之後馬上的兵部和刑部也被剔出去了。劉大夏一說要把「六扇門」歸屬到兵部，立馬就有人提出來如果兵部能夠把五城兵馬指揮司讓出來他們就支持把六扇門歸屬到兵部。劉大夏自然不願意了，為了一個六扇門還不足以讓他把掌管京城治安的五城兵馬指揮司讓出來呢。
單從六扇門的性質上來說刑部是最有希望得到六扇門的。六扇門管理天下江湖幫派的刑罰其實就和刑部做的事情以及性質差不多，所以看起來把六扇門歸屬到刑部是最合適的。然而李東陽和謝遷兩人卻極力反對，兩人認為如果把六扇門歸屬到刑部勢必會打破六部之間的平衡，如果讓刑部壓倒了其他五部的話勢必會引起朝堂的不穩定。誰讓刑部尚閔圭不在這呢，幾個刑部侍郎畢竟官職不夠再爭也爭不過兩個內閣大臣。
最後只剩下朱厚照和內閣再爭了，內閣雖說有權處理朝中的大部分事情，但是有一個前提那就是其他的六部等部門聽你的政令，要是人家不理睬你或者暗地裡敷衍你內閣也只能啞巴吃黃連了，說到底這個時候的內閣還只是一個建議性質的機構，他並沒有自己可以調動的強力機構來保障自己的政令行得通。人家在乎你了你是個事。不在乎你了什麼都不是。但是如果有了六扇門那就不一樣了，雖說六扇門是一個面向江湖門派的機構，但它畢竟是一個掌握了武力的部門，有了它可以在一定程度上增加內閣的權威。
內閣想要朱厚照自然不同意了，我自己謀劃了這麼長時間好不容易把人給找的差不多了。都給你了那我不是白忙活了嗎。最後朱厚照和內閣爭來爭去還是馬文升站出來想了個折中的辦法，雙方共有。讓六扇門歸屬到內閣。但是六扇門的指揮使的人選卻由朱厚照親自指定並且可以任免。
最大的歸屬的問題確定了，其他的就好辦了，趁熱打鐵，朱厚照直接和內閣把六扇門的級別以及經費等確定了下來了。
最後六扇門被定為了正三品銜，職務仿照錦衣衛，設置六扇門指揮使一名，為正三品。指揮同知兩名，從三品，其中一人負責天天、玄二部事務。另外一人負責地、黃二部事務、指揮僉事三人。為正四品，專門負責審核四部事物並負責監督六扇門，有權直接向內閣或者皇上稟報內情。在指揮僉事之下是天、地、玄、黃四部鎮撫使，為從四品，每一部轄協三個秘密小組負責具體的事物。同時六扇門成立暗殺部以及刑罰部直屬六扇門指揮使管轄。
其中指揮使和指揮僉事由皇上直接任免，其餘職務一律由內閣任免。每一年六扇門的經費由內閣和戶部負責協商，第一年為了組建完善的六扇門特意由戶部出資三十萬兩白銀。
六扇門的職務被規定為專門負責管理天下所有江湖門派、負責登記在冊、舉行活動、協商矛盾、處置威脅國家安定的武林人員以及刺殺等。同時刑部每年處理不了的案件也交由六扇門處理，六扇門可根據情況選擇抓捕或者刺殺，每次行動必須提經指揮僉事負責審核。同時刑部也需要派人進入六扇門完善與六扇門相適應的法律法規，六扇門內部有違法人員交由內閣處理。
三天後在無數人的關注之中六扇門正式成立。原錦衣衛指揮使牟斌調離錦衣衛負責組建六扇門，這也算是讓牟斌干回老本行了，牟斌本來便是一位武林高手，現在由他負責最合適不過了。而早已在京城等待朱厚照多時的林江峰成立暗殺部主事。而王超輝則成了天部鎮撫使。其餘官職空缺則有牟斌負責報以朱厚照和內閣共同審批。
六扇門的成立在天下引起了巨大的影響，以前那些武林人士向來仗著自己武功高強無法無天，行事肆無忌憚。現在一聽說朝廷要成立一個專門管理他們的部門，便引起了很多江湖人物的不滿與挑釁。一時間有很多江湖人物在外面肆無忌憚的攻擊朝廷更有甚者還專門來到京城點名挑戰王超輝和牟斌等人。不過很快這些人便發現自己是多麼的渺小與愚蠢了，在強大的國家機器面前他麼那一點武力根本就不值一提。
當然也有看的明白的，有一些門派的掌門人知道這是朝廷對於江湖門派以往的作風不滿了，而且即便是他們不滿也沒有什麼用，遭受過無數次打壓的他們知道所有的反抗都是徒勞的，既然這樣還不如聽命行事說不定還會得到朝廷的扶持呢。所以六扇門成立了之後每天既有人前來挑釁，但是也有一些門派專門派出了門下的子弟前來京城要求進入六扇門為朝廷做貢獻。對於這些識時務的門派。牟斌當然是來者不拒統統安排到了六扇門裡面。
在朱厚照和內閣大力支持，戶部全力出銀子、數十個門派投效之下六扇門經過了半個月的組建終於開始發揮自己作用了。
第一刀牟斌便將屠刀揮向了前段時間那些前來挑釁的人極其後面的門派身上。牟斌親自率隊六扇門全力出動凡是值錢挑釁過六扇門的武林人士不是被殺就是被抓進大牢，而那些人身後的門派也同樣沒有倖免，對於門派較小的牟斌就直接打上去，門派較大的便請求朝廷派遣軍隊協助，一時間六扇門開始橫掃江湖，一直到第二年春季的時候幾乎所有的門派都向六扇門臣服表示願意服從管理之後這場風暴才落下了帷幕。
雖然在這一過程之中有很多門派遭到了毀滅性的打擊，有很多武林人士或死或被關進大牢，但是對於整個大明的武林界來說這確實真正的繁榮的開始。在六扇門成立之前的江湖便是有明以來最繁盛的時候，不管是明朝的其他時候或者是其他的朝代的時候。最繁榮的也和那時差不多，因為歷朝歷代朝廷對待武林人士的方法都是以打擊為主，只要武林門派勢大了朝廷便開始打擊，所以以前雖然那些個武林門派也有興盛的時候，但是卻都不能六扇門成立了之後相媲美。
在將所有的武林門派全都登記在冊之後六扇門便開始了規範武林的第一步。第一步便是身份的確認。明代每個人都有戶籍。不過這些戶籍太普通了根本不能從中看出來具體的身份，所以為了將武林人士區別開來六扇門仿照朝廷僧錄司和道錄司管理和尚以及道士的方法也專門弄出來了一個和和尚、道士的度牒一樣的東西。稱為武牒。每一個行走江湖的人士都必須具有一個可以證明自己身份的武牒，不但六扇門憑著這這個武牒區分身份，就是武林人士也可以憑藉著這個武牒到各地六扇門的機構裡面尋求幫助。此舉一舉將整個江湖門派以及江湖人士規範化、正規化了。
除了負責管理江湖門派、江湖糾紛之外六扇門還肩負著推廣武術的重任。整個大明各種大小門派不下千個，這麼多的門派各有各的特長，各有各的優勢，六扇門的一個重要任務便是將這些全都記錄下來而且還要安排專人來將各家特長糅合在一起以便創造出一套身兼多家所長的武術並用於推廣。同時六扇門還根據各門派的不同情況協助和引導各門各派在全國各地開設武官用以推廣各自的武學。
除此之外在朱厚照的授意之下六扇門還要在大明舉辦一個覆蓋全大明的武林大賽。這個武林大賽四年舉辦一次，每一次舉辦的地點不定，項目涵蓋日常常見的各項兵器以及武學。每一次參賽資格不限，只要具有武牒的人便可以報名參加，在大賽的前一年六扇門會負責在全國各地舉辦預選賽以挑選選手參加最後的決賽。
自從四年一度的武學大賽開始舉辦以來，武學之風便在大明大盛，全國各地的武官如同雨後春筍一般冒了出來，而且為了達到全面習武強身的目的各地招手學徒只看重品德而不看重資質，以至於二十年後大明習武之人十之四五，而達到一定水平申請了武牒的人更是多達百萬人之多。每四年一度的武林大賽更是吸引了數千萬人次的觀看。
不過這都是以後的事情，現在的六扇門才剛剛組建還沒有顯現出來他的威力呢。
牟斌離開了錦衣衛之後在錦衣衛還是引起了一陣轟動。不管之前多少人對牟斌不滿，但是畢竟牟斌已經當了近二十年的錦衣衛指揮使了，現在錦衣衛裡那一個人不是他看著一步一步成長起來的，所以當牟斌走了時候錦衣衛裡很多人還是在牟斌面前留下了不捨的眼淚。
牟斌走了之後錦衣衛經過短暫的平靜便熱鬧了起來了，近二十年了，錦衣衛在牟斌的壓制之下都快比國子監的人還要君子了，現在沒了人約束了，一下子錦衣衛裡的大多數人便開始打起了外面人的主意了。
而同時在錦衣衛的高層，一番由於指揮使的位置引發的爭鬥也迅速展開，牟斌走了之後不知道什麼原因並沒有新的指揮使被派遣過來。，也就是錦衣衛指揮使的位置空缺了，一下子很多人便坐不住了，兩個指揮同知、兩個指揮僉事甚至就連南北鎮撫使都加入到了搶奪指揮使的位置的行列了。