nerv備用總部上方的衛星軌道飛翔著一個使徒，seele提早派出了eva量產機，為了彌補適格者的需求，傀儡系統就派上用場了。
只是力天使的實力也不是吹的，一舉吞噬了六台量產機，seele大驚失色，可好在還剩下三台；只要剩餘的使徒按照劇本全滅，人類補完計劃就能開始了。
現在seele暗中把持著各國nerv分部，配合拷貝版的朗基努斯之槍與不死的生命，以量的優勢力壓聯合國的反對，一意孤行的實施著人類補完計劃。
明日香自加持被seele滅口後，心情一直不佳，雖然接到了出擊的命令；可明日香無精打采的敷衍了一下；「加持前輩死了，那我還駕駛eva做什麼？」
「明日香，你在說什麼傻話！」
「美裡小姐，你不介意嗎？」
「行了，別再沉迷於過去了，你現在應該出擊保護nerv與第三新東京市。」
明日香只能點頭同意了，「我，明白……」
二號機被彈射到了地面，可鳥天使卻什麼也不做，繼續在衛星軌道上飛翔著……
「還是不行嗎？」
「同步率幾乎才剛剛合格，加持的死對明日香打擊好像太大了。」赤木律子擔憂的說道，再這樣下去，明日香會失去駕駛二號機的資格。
「都怪seele，要不是為了他們，加持也不會冒險去偷nerv的軍事情報！」葛城美裡一時氣不過，一拳打在了牆壁上。
「真嗣，去支援明日香，現在她根本不是使徒的對手！」
「明白！」真嗣的初號機也被彈射到了地面上，明日香見到初號機，精神更加萎靡了；「覺得我沒用了嗎？」
「不是這樣的，明日香！」
「那為何你來援助我？」
在衛星軌道的鳥天使突然行動了起來，發出了詭異的光線。
「哇啊啊啊！」「怎麼回事，不要！」
「是精神污染！」赤木律子馬上叫停了，「快撤退！」
「不要過來！」
「母親，不要讓我想起那些事情！」
真嗣與明日香的精神開始崩潰，鳥天使的能力屬於非物理性的精神污染，直接讓適格者精神崩潰！
「這樣不行，真嗣與明日香會受不了的！」
「幻，該怎麼辦？」
「老爸，是時候拿出來了。」
「……」老爸陷入了沉思，「真的要拿出來嗎？seele明擺著就是故意的……」
「你認為還有別的對付方法嗎？」我也無能為力，在大氣層上方的鳥天使，一般常規武器根本打不到他；seele故意騙鳥天使進攻nerv也是為了逼迫nerv使用朗基努斯之槍。這是nerv最後的殺招，在毀掉擁有s2機關的四號機後，nerv總部已經沒有能與seele對抗的武器了。
「麗，去取來……」
「嗯……」麗駕駛著零號機，走向了中央教條……
在同時，明日香的精神還在被鳥天使污染中。
「媽媽，不要，為什麼要打開我的過去！」
「明日香……母親……」真嗣想救明日香，可苦於明日香陷入了過去的痛苦回憶中，動彈不得；初號機也為此被二號機的拖累，無法做出反擊。
明日香抱著頭，拚命不想回想起當年的痛苦回憶，她的母親惣流*恭子*齊柏林參與了eva的計劃，在嘗試與二號機的啟動試驗時，陷入了與唯一樣的處境；雖然成功被救出，可她卻精神崩潰的把一個布娃娃當成了明日香；不肯承認明日香是她的女兒。最後選擇吊死在了明日香的面前……
「明日香，你想再度失去你母親嗎？」我在通訊外面罵道。
「什麼？」
「你想失去駕駛二號機的權限，再度讓你母親成為別人的嗎？」
「你懂什麼！」明日香從精神污染中暫時脫身，道。「你根本不懂……加持前輩死了，我還有什麼駕駛二號機的理由？」
「你母親的靈魂就在二號機裡面！」
「什麼？」
我喘了一口氣道，「eva的核心材料就是適格者母親的靈魂……」
「！」明日香驚呆了，一直被誤認為去世的母親，竟然一直呆在二號機裡面。「你在說什麼？」
「明日香，你沒發覺嗎？適格者的母親都無一例外的因為各種理由去世了……」
「……」
nerv內部頓時安靜下來，所有人都陰冷的看向赤木律子，作為eva的研發者，她不可能不知道這件事情。
「當時二號機的事故是seele造成的，雖然及時救出了你的母親，可愛著你的一部分靈魂卻被二號機吸收了。」
這也是為什麼，明日香的母親會錯誤的把布娃娃當成明日香了，她失去了對明日香的印象；在迷茫中選擇了自殺。
「母親……」明日香握緊拳頭，「我不會把母親再讓給任何人！」
「同步率……達到了百分之八十！」
「真嗣，你還撐得在吧？」
「嗯！」
「你也不想失去你母親吧？」
「想都別想！」真嗣大聲反駁道，站了起來。
地面上彈射出了零號機，手持著朗基努斯之槍，把槍遞給了二號機。
「用這個打敗使徒！」
「明白！」「不會浪費的！」明日香與真嗣共同抓住朗基努斯之槍，瞄向了鳥天使的方向……
「明日香，真嗣，我們會一直在你們身邊守護你們的……」明日香與真嗣背後出現了加持，還有他們兩位母親的靈魂。
「媽媽……」「加持前輩！」
「加油……」
「嗯！」「明白，真嗣！」
初號機與二號機at立場開到最大，將朗基努斯之槍拋了出去！
朗基努斯之槍一擊擊穿了鳥天使的生命之果，順勢被插在了月球的表面上……